检索结果-内蒙古大学图书馆

中华放射肿瘤学杂志 2025年第1期34卷 103-103页

作者：王擎何慧婧中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

在科研活动,如研究设计、数据分析及文献审阅中,混杂(confounding)与效应修饰(effect modification)是两个关键的流行病学概念。理解这两个概念对于正确解释研究结果至关重要。目前仍有大量研究论文中对这两者进行了错误的使用或混淆。... 详细信息

在科研活动,如研究设计、数据分析及文献审阅中,混杂(confounding)与效应修饰(effect modification)是两个关键的流行病学概念。理解这两个概念对于正确解释研究结果至关重要。目前仍有大量研究论文中对这两者进行了错误的使用或混淆。本文通过明确的解释和实例分析,帮助读者清楚地区分和理解这两个重要的流行病学概念。

关键词：医学统计科研活动流行病学数据分析混杂读懂实例分析

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基因治疗中的核酸药物及非病毒递送载体的研究进展

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基础医学与临床 2022年第1期42卷 41-50页

作者：刘健中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

基因治疗是针对基因异常相关疾病的终极治疗技术,各种具有不同机制的核酸药物的出现为基因治疗带来了更多的可能性。但是,由于存在体内稳定性差、难以高效进入靶细胞等问题,核酸药物需要载体的帮助而进入目标细胞并到达特定的胞内位置,... 详细信息

基因治疗是针对基因异常相关疾病的终极治疗技术,各种具有不同机制的核酸药物的出现为基因治疗带来了更多的可能性。但是,由于存在体内稳定性差、难以高效进入靶细胞等问题,核酸药物需要载体的帮助而进入目标细胞并到达特定的胞内位置,因此,开发安全高效的核酸递送系统是基因治疗的基石。与病毒载体相比,非病毒载体具有更高的安全性,但转染效率较低。随着纳米技术的发展,非病毒载体的效率得到了显著的提升,进入临床研究的数量逐渐增多。本文简要介绍基因治疗中的核酸药物及其递送载体,对非病毒核酸药物递送技术的瓶颈及进展做综合评述。

关键词：基因治疗核酸药物非病毒载体药物递送系统

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炙甘草来源的sRNA可能通过靶向TNF-α缓解轻度ADRS模型小鼠的肺损伤

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1030-1039页

作者：姜振宇王小娜汤克功陈明锐蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞... 详细信息

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞中,通过ELISA检测脂多糖(LPS)或poly(I:C)刺激的人肺腺癌细胞系A549的炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α;通过RT-qPCR检测LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的mRNA水平;用LPS或poly(I:C)气管滴注构建小鼠轻度ARDS模型,将小鼠分为native组、模型组、NC组和sRNA治疗组,通过ELISA检测小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)和血清中炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的浓度;观察轻度ARDS模型小鼠存活情况,统计分析小鼠的存活率。结果生物信息学分析筛选出50条可能与TNF-αmRNA结合的sRNA;双荧光素酶报告基因系统和人单核细胞白血病细胞系(THP1)炎性细胞模型筛选出1条能靶向TNF-α的TNF-α-sRNA-9,这条sRNA来源于四逆汤中的炙甘草;与NC组相比,TNF-α-sRNA-9降低了LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),降低了mRNA水平(P<0.05);与NC组相比,TNF-α-sRNA-9的治疗降低了轻度ARDS模型小鼠的支气管肺泡灌洗液和血清中的IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),增加了小鼠的生存率。结论TNF-α-sRNA-9可能通过靶向TNF-α缓解轻度ARDS模型小鼠的肺损伤。

关键词：急性呼吸窘迫综合征急性肺损伤小RNA TNF-α 四逆汤

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BEND6过表达对小鼠神经干细胞基因转录表达的影响

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基础医学与临床 2023年第2期43卷 246-251页

作者：周梦杰孙倩倩于洋中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显... 详细信息

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显微镜下观察细胞中红色荧光的表达以确认mScarlet和mScarlet-BEND6蛋白的表达。分别提取两组细胞的总RNA,通过全转录组二代测序并对测序数据进行质控、参考基因组比对、定量分析、差异基因表达分析和富集分析,从而表征BEND6过表达对小鼠NSCs基因转录表达的影响及其在小鼠神经发育中的潜在功能。结果成功获取并贴壁培养小鼠NSCs。全转录组测序分析发现,与对照组相比,过表达BEND6的神经干细胞中有165个差异表达基因,其中有102个基因上调,63个基因下调。富集分析显示这些差异表达基因主要与膜电位改变,突触传递,刺激反应,生长发育等生物学过程的调节有关。结论BEND6过表达能够调控小鼠NSCs中的特定基因的转录水平,可能具有调控特定生物学过程及小鼠生长发育的功能。

关键词： BEN结构域 BEND6蛋白神经干细胞

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一次读懂医学统计:置信区间,医学研究的不确定性度量尺

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中华放射肿瘤学杂志 2025年第3期34卷 310-310页

作者：韩伟何慧婧中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰... 详细信息

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰是“量化”随机误差带来的不确定性的工具,它提供了一个估计值的可能范围,帮助我们理解研究结果的可靠性。

关键词：置信区间医学统计不确定性度量帮助理解随机误差可信区间可靠程度估计值

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利用Hnf4α敲除的小鼠肝脏类器官探究发育模型的应用潜力

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 724-732页

作者：张智玉曹军梁俊波中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO... 详细信息

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO的转分化过程,使用公共测序数据集分析胎肝发育过程中的分化,并从基因表达的变化趋势、生物学功能,以Hnf4α为例的regulon调控关系这三个方面对两种分化过程进行比较。结果ICO转分化过程中基因表达的变化趋势与胎肝发育总体一致;转分化过程中表达上调的差异基因主要富集在与肝实质细胞生物学功能密切相关的代谢相关通路;ICO转分化过程中Hnf4α的下游靶基因与胎肝发育部分相似。结论ICO转分化模型可以部分模拟胎肝发育中的分化过程。

关键词：胆管类器官转录组测序分化肝细胞核因子4α(Hnf4α)

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BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

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生物信息学 2023年第2期21卷 106-113页

作者：高靖静王晓月中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱... 详细信息

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

关键词： CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计编辑效率卷积神经网络

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基于自转运蛋白Ag43的HPV16L1蛋白的细菌表面展示

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第3期42卷 178-184页

作者：蔡锟王哲黄丕英韦良婉王星媛许雪梅储引娣朱沛沛范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国人民解放军总医院第二医学中心神经内科二病区国家老年疾病临床医学研究中心北京100036

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/... 详细信息

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/552、Ag43/700;(2)克隆HPV16L1编码基因序列,利用基因工程手段将其分别连接到上述4种Ag43表面展示载体,获得4种重组蛋白表达载体;(3)HPV16L1-Ag43融合蛋白表达及SDS-PAGE分析;(4)利用胰蛋白酶消化验证HPV16L1蛋白在大肠埃希菌的表面展示。结果:琼脂糖凝胶电泳结果显示PCR扩增获得的Ag43和HPV16L1条带与预期大小一致,表面展示载体和重组蛋白表达载体的基因序列均通过基因测序验证无误。经IPTG诱导后,构建的4种Ag43表面展示载体均能表达HPV16L1蛋白。胰蛋白酶消化后,4种重组蛋白条带均减弱,且Ag43/700-HPV16L1条带减弱最明显。结论:成功构建了基于自转运蛋白Ag43的细菌表面展示载体,HPV16L1蛋白可通过构建的4种Ag43表面展示载体表达并展示在大肠埃希菌表面,且仅保留α-螺旋和β-桶状结构域部分的Ag43表达载体即Ag43/700的表面展示效果最优。

关键词：自转运蛋白细菌表面展示 HPV16L1 Ag43

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传统与光谱流式细胞仪对自发荧光样本检测的比较

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 809-816页

作者：陈家欢李丹丹孙艳王艺蕾王铎孔杰刘晓玲中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院北京协和医学院、北京协和医院检验科北京100730 长治医学院山西长治046000

目的比较传统与光谱流式细胞仪检测自发荧光样本的性能。方法以annexin V(AV)/碘化丙啶(PI)染色检测细胞凋亡为模型,制备带有自发荧光的单细胞样本,分别用传统与光谱流式细胞仪采集同一样本荧光信号。结果自发荧光干扰异硫氰酸荧光素(FI... 详细信息

目的比较传统与光谱流式细胞仪检测自发荧光样本的性能。方法以annexin V(AV)/碘化丙啶(PI)染色检测细胞凋亡为模型,制备带有自发荧光的单细胞样本,分别用传统与光谱流式细胞仪采集同一样本荧光信号。结果自发荧光干扰异硫氰酸荧光素(FITC)通道荧光信号,传统流式细胞仪应避免使用FITC通道的荧光素;而光谱流式细胞仪可以清楚分辨FTIC通道的荧光素和自发荧光。同时优化了样本制备方法和annexin V/PI染色方案。结论光谱流式细胞仪对于自发荧光样本的检测在一定条件下具有相对优良的性能。

关键词：自发荧光流式细胞术光谱异硫氰酸荧光素(FITC)

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K562细胞中N-乙酰基转移酶10的RNA结合图谱分析

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 739-744页

作者：李高原王妍然王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-callin... 详细信息

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-calling分析和对peaks进行注释,鉴定NAT10结合位点。并对所结合基因的类型和结合区域进行分析。进一步通过基因功能富集分析,探索其结合的RNA的功能。结果NAT10主要结合于蛋白质编码基因的转录本,并在3′非翻译区域(3′UTR)富集,预测显示其结合的转录本与DNA损伤修复等功能相关。结论NAT10可能通过与DNA损伤修复相关信使RNA(mRNA)的3′UTR区域结合,实现基因表达调控作用。

关键词： N-乙酰基转移酶10 K562细胞紫外交联免疫沉淀测序技术(eCLIP-seq)

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