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小鼠生精细胞特异表达载体AAV-Dazl-RFP-Flag的构建及表达验证

基础医学与临床 2020年第6期40卷 753-758页

作者：李雅惠李凯罗艳云李梦真邙新雨宋伟杨涛山西医科大学生物化学与分子生物学教研室山西太原030001 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建含有生精细胞特异启动子Dazl的真核报告基因表达载体AAV-Dazl-RFP-Flag,研究生精细胞特异启动子Dazl在生精细胞中的启动效果。方法通过同源重组的方法对腺相关病毒载体AAV-CMV-RFP-Flag进行改造,构建小鼠生精细胞特异表达载体AA... 详细信息

目的构建含有生精细胞特异启动子Dazl的真核报告基因表达载体AAV-Dazl-RFP-Flag,研究生精细胞特异启动子Dazl在生精细胞中的启动效果。方法通过同源重组的方法对腺相关病毒载体AAV-CMV-RFP-Flag进行改造,构建小鼠生精细胞特异表达载体AAV-Dazl-RFP-Flag。在体外,转染GC1-spg野生型细胞和HEK-293T细胞,通过免疫荧光、q-PCR、Western blot验证AAV-Dazl-RFP-Flag在体外的表达特异性。在体内,将AAV-Dazl-RFP-Flag进行腺相关病毒(AAV)包装,通过显微注射技术将AAV注射到小鼠睾丸内,通过q-PCR检测AAV-Dazl-RFP-Flag在体内的表达特异性。结果成功构建了AAV-Dazl-RFP-Flag表达载体,并在体内、外水平验证了AAV-Dazl-RFP-Flag的表达。结论小鼠生精细胞特异表达载体AAV-Dazl-RFP-Flag可以在生精细胞中特异性表达,为雄性生殖不育的基因治疗提供更高效的载体工具。

关键词： Dazl 启动子基因治疗精子发生

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MST1通过促进PEPCK的表达调控小鼠肝脏糖异生

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基础医学与临床 2020年第12期40卷 1656-1660页

作者：解相宏耿超赵微李春美张伟虹杨佳卉刘晓军中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 山西医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室山西太原030001

目的探讨哺乳动物不育系20样激酶1(MST1)在小鼠肝脏糖异生途径中的作用及调节机制。方法RT-qPCR检测MST1 mRNA在糖尿病模型db/db小鼠和对照db/m小鼠肝脏组织中的表达。通过腺病毒感染小鼠肝原代细胞,检测MST1过表达后肝细胞的糖输出能... 详细信息

目的探讨哺乳动物不育系20样激酶1(MST1)在小鼠肝脏糖异生途径中的作用及调节机制。方法RT-qPCR检测MST1 mRNA在糖尿病模型db/db小鼠和对照db/m小鼠肝脏组织中的表达。通过腺病毒感染小鼠肝原代细胞,检测MST1过表达后肝细胞的糖输出能力。在HepG2细胞中,运用荧光素酶报告基因实验检测MST1对磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPCK)编码基因的启动子活性的作用。利用干扰腺病毒在小鼠肝原代细胞中敲低叉头盒转录因子O1(FOXO1),检测MST1过表达对PEPCK mRNA水平的影响。结果MST1 mRNA在糖尿病db/db小鼠的肝脏组织中高表达(P<0.001)。在小鼠肝原代细胞过表达MST1促进了葡萄糖的输出(P<0.05)。在HepG2中,过表达MST1促进了PEPCK mRNA的表达(P<0.001)和启动子活性(P<0.01)。进而,当敲低FOXO1表达后,MST1诱导PEPCK mRNA表达的作用消失。结论MST1促进PEPCK表达参与调控小鼠肝脏糖异生依赖于FOXO1。

关键词：肝脏糖异生哺乳动物不育系20样激酶1 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶叉头盒转录因子O1

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人胚胎干细胞RNA的细胞质和细胞核内的定位

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基础医学与临床 2020年第6期40卷 765-770页

作者：周凡琦冯文新谭普文马艳妮王栋余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 河南地矿职业学院河南郑州450000 南方医科大学基础学院生物信息系广东广州510000

目的探讨人胚胎干细胞(hESCs)中RNA细胞核和细胞质内分布信息。方法分离hESCs细胞质与细胞核后提取RNA并测序,生物信息学分析核和质中RNA定位特点,并使用RT-qPCR实验技术验证RNA的定位。结果 hESCs细胞质中RNA种类及其特异定位的RNA均... 详细信息

目的探讨人胚胎干细胞(hESCs)中RNA细胞核和细胞质内分布信息。方法分离hESCs细胞质与细胞核后提取RNA并测序,生物信息学分析核和质中RNA定位特点,并使用RT-qPCR实验技术验证RNA的定位。结果 hESCs细胞质中RNA种类及其特异定位的RNA均多于细胞核,其中特异性定位在细胞质中的RNA有2 952个,细胞核中634个。结论描绘hESCs中RNA细胞核和细胞质定位图谱,鉴定了多个特异定位在细胞核与细胞质的RNA。

关键词：人胚胎干细胞 RNA定位

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shRNA干扰eIF4A1基因对胶质瘤细胞体内外生物学特征的影响

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中国科学：生命科学 2019年第8期49卷 987-995页

作者：张俊文范文华方胜陈虹黄秉仁刘福生北京市神经外科研究所脑肿瘤研究中心首都医科大学附属北京天坛医院北京100050 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

胶质瘤是颅内常见的肿瘤,其中恶性脑胶质瘤成弥漫性生长,尽管给予手术、放疗或化疗等综合治疗,仍极易复发,迫切需要探索新的治疗方法.但是胶质瘤的治疗靶点匮乏,因此探索有效的靶点对其治疗具有重要的意义.本研究中首先利用中国脑胶质... 详细信息

胶质瘤是颅内常见的肿瘤,其中恶性脑胶质瘤成弥漫性生长,尽管给予手术、放疗或化疗等综合治疗,仍极易复发,迫切需要探索新的治疗方法.但是胶质瘤的治疗靶点匮乏,因此探索有效的靶点对其治疗具有重要的意义.本研究中首先利用中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库(Chinese glioma genome altas,CGGA)分析了真核生物翻译起始因子中eIF4A1与脑胶质瘤的关系.生物信息学分析显示,eIF4A与胶质瘤病理分级相关并且在胶质瘤细胞中高表达.eIF4A1的抑制剂Silvestrol明显抑制胶质瘤细胞的增殖能力.利用慢病毒感染胶质瘤细胞建立shRNA干扰eIF4A1基因的胶质瘤细胞株,进行了一系列体内外生物学特征的实验,研究结果发现,shRNA干扰eIF4A1基因后能够有效抑制胶质瘤细胞的增殖、克隆形成、细胞侵袭和迁移.因此,本实验研究证实eIF4A1是胶质瘤治疗的有效靶点,为胶质瘤的临床治疗提供可靠的理论基础.

关键词：胶质瘤 eIF4A1 增殖克隆形成侵袭迁移

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一个X连锁显性遗传Nance-Horan综合征家系致病突变的遗传学研究

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中华眼科医学杂志（电子版） 2019年第3期9卷 160-165页

作者：李心如孟晓露司锘宋籽浔肖伟中国医科大学附属盛京医院眼科沈阳110004 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心北京100005

目的对中国东北辽宁地区一个三代后极性先天性白内障合并小眼球小角膜家系进行致病变异筛查,为临床明确诊断及遗传咨询提供必要的遗传学依据。方法 2017年4月采集该家系中2例患者和1例正常对照者的外周静脉血,提取基因组脱氧核糖核酸,... 详细信息

目的对中国东北辽宁地区一个三代后极性先天性白内障合并小眼球小角膜家系进行致病变异筛查,为临床明确诊断及遗传咨询提供必要的遗传学依据。方法 2017年4月采集该家系中2例患者和1例正常对照者的外周静脉血,提取基因组脱氧核糖核酸,对先证者进行眼部检查。通过MiSeq测序平台对4813个临床疾病相关基因进行高通量测序,寻找致病变异位点。结果该家系表现为后极性先天性白内障伴有小眼球小角膜,呈X连锁显性遗传。对家系中3个成员基因组脱氧核糖核酸进行测序,发现家系内患者携带X染色体NHS基因无义突变(NHS c.742C>T,p.R248^*),该突变在家系中与疾病表型共分离。通过查询人类基因突变数据库,该突变为Nance-Horan综合征致病突变,患者临床表现与该综合征相符。结论该家系诊断为Nance-Horan综合征,NHS基因c.742C>T(p.R248^*)突变是该家系的致病变异。

关键词： Nance-Horan综合征 NHS基因高通量测序

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2个黑棘皮病家系的遗传学分析

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广西医科大学学报 2019年第5期36卷 815-818页

作者：余雪张学马东来王蓉蓉刘佳玮霞尔巴提·哈布烈提广西医科大学第一附属医院中国医学科学院地中海贫血防治研究重点实验室南宁530021 中国医学科学院基础医学研究所-北京协和医学院基础学院麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院北京协和医院北京100005

目的:对2个黑棘皮病(AN)家系的致病基因进行鉴定。方法:收集先证者及家庭成员的临床资料,采集外周血提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序,筛选出可疑致病位点后,用聚合酶链式反应和Sanger测序在家系成员和200名健康志愿者中进行... 详细信息

目的:对2个黑棘皮病(AN)家系的致病基因进行鉴定。方法:收集先证者及家庭成员的临床资料,采集外周血提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序,筛选出可疑致病位点后,用聚合酶链式反应和Sanger测序在家系成员和200名健康志愿者中进行验证。结果:在2个家系的患者均检测到FGFR3基因c.1955A>C错义突变,该突变导致其编码的第652位氨基酸由赖氨酸变成苏氨酸(p.K652T),在家系中的正常成员和200名健康志愿者中均未检测到相同突变。该突变在ExAC等公共数据库中未见报道。结论:FGFR3基因c.1955A>C错义突变可能是这2个家系AN的病因。

关键词：黑棘皮病 FGFR3 基因突变

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新疆和田地区维吾尔族长寿相关基因的全基因组筛查

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中华医学杂志 2018年第48期98卷 3958-3962页

作者：古再努尔·阿迪力陈凤辉程祖亨邱长春玛依拉·吾甫尔新疆医科大学第一附属医院综合心脏内科乌鲁木齐830054 新疆医科大学护理学院中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室

目的初步筛查新疆和田地区维吾尔族长寿相关基因。方法应用全基因组关联分析(GWAS),基于DNA池技术(DNA-pooling)及全基因组扫描(SNP-Map)策略,2014年1至6月对和田维吾尔族长寿组(年龄≥90岁,n=54)及对照组(70岁之前死亡者,n=54)进行全... 详细信息

目的初步筛查新疆和田地区维吾尔族长寿相关基因。方法应用全基因组关联分析(GWAS),基于DNA池技术(DNA-pooling)及全基因组扫描(SNP-Map)策略,2014年1至6月对和田维吾尔族长寿组(年龄≥90岁,n=54)及对照组(70岁之前死亡者,n=54)进行全基因扫描,选取可能有差异的基因位点后,用直接测序和PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)方法,对各位点进行大样本验证,按上述标准选取500人为长寿组,250人为对照组,计算出基因型及相应等位基因的频率。结果长寿相关基因的全基因组SNP中,rs6450874、rs6800573和rs6741735三个位点各基因型和等位基因频率分布在两组间差异均无统计学意义(均P>0.05);rs1718307、rs4449651、rs11217987和rs2907092基因型和等位基因频率分布两组间差异均有统计学意义(均P<0.05)。rs11217987 TT基因型(OR=1.462,P=0.034)、rs2907092GG基因型(OR=3.000,P=0.018)与长寿呈正相关,rs11217987位点T等位基因(OR=1.382,95%CI:1.075~1.776)、rs2907092位点G等位基因(OR=1.672,95%CI:1.267~2.205)携带者长寿的频率较高。rs4449651(OR=6.892,P=0.009)、rs1718307(OR=4.036,P<0.001)TT基因型与长寿呈正相关,且OR值均>4.0;这两个位点的T等位基因携带者(OR=1.793,95%CI:1.298~2.477;OR=1.830,95%CI:1.391~2.407)长寿的频率较高。结论GWAS能够有效及大范围地分析人类长寿相关基因,rs1718307、rs4449651、rs11217987和rs2907092与新疆和田地区维吾尔族长寿相关。

关键词：长寿全基因组关联分析多态性单核苷酸

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两种台式高通量测序平台应用于癫痫患者基因突变检测的对比研究

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国际遗传学杂志 2018年第1期41卷 1-6页

作者：司锘王蓉蓉张俐俐李小玲汪涵卢超霞柳青张学中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心中国医科大学细胞生物学系中国医学科学院北京协和医院神经科

目的应用Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM两种台式高通量测序平台,使用同样的序列捕获系统,结合两个平合各自配备的标准化试剂及软硬件设备,对癫痫患者进行突变检测,对比两个平台在使用成本、操作难易度、突变检测效果等方面的表现,从... 详细信息

目的应用Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM两种台式高通量测序平台,使用同样的序列捕获系统,结合两个平合各自配备的标准化试剂及软硬件设备,对癫痫患者进行突变检测,对比两个平台在使用成本、操作难易度、突变检测效果等方面的表现,从而针对癫痫多基因诊断panel优化检测流程、指导测序平台选择。方法获取患者知情同意后采集30名癫痫患者外周血,提取基因组DNA。其中8名患者DNA采用Ion Xpress;Plus gDNA Fragment Library Preparation,另22名患者基因组DNA采用Dlumina TruSeq DNA LT sample prep kit进行文库制备,之后使用NimbleGen定制序列捕获系统对428个目的基因的编码区进行富集。构建完成的文库分别采用Ion Torrent PGM和Illumina MiSeq测序平台测序。Ion Torrent PGM平台产出数据用Ion Torrent Suite3. 2软件进行序列比对及SNPs和Indels提取,Illumina MiSeq平台产出数据用BWA-MEM和Samtools软件进行序列比对和变异提取。结果 Illumina MiSeq平台测序每次运行最多可完成12个样品的测序,总数据量超过5Gb,平均测序深度达137×,靶区域覆盖度为96.4%,平均每个样本提取2056±9. 042个变异,从样本制备到数据产出周期约6天。Ion Torrent PGM平台一张318 v2芯片可得到1. 4 Gb数据量,8个样本平均测序深度达70×,靶区域覆盖度为96. 1%,平均每个样本提取3028±678. 9个变异,从样品制备到数据产出周期约6天。PGM平台使用成本低于MiSeq,而MiSeq平台操作易用性及测序质量优于PGM平台。结论靶序列捕获结合下一代测序技术可以实现对癫痫致病基因的批量快速检测,两种台式高通量测序仪均可满足检测需求,Ion Torrent PGM平台应用灵活、成本经济。Iliumina MiSeq平台单次运行产出数据大,数据准确性高,适用于大批量样品检测。

关键词：台式高通量测序平台 MiSeq测序仪 PGM测序仪

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RanBPM结合干扰素λ信号通路中的干扰素受体1

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中国科学：生命科学 2017年第7期47卷 718-727页

作者：张俊文丛晓杰赵乔佳杰杨霞李梦陈虹米蕊芳金贵善黄秉仁刘福生中国医学科学院&北京协和医学院基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 北京市神经外科研究所脑肿瘤研究中心首都医科大学附属北京天坛医院北京100050

最新发现的干扰素λ表现出抗病毒、抗增殖和促凋亡活性,同I型干扰素一样干扰素λ结合干扰素λ受体复合体后进行信号传递.干扰素受体是由干扰素受体1和白介素10的受体2形成异二聚体,但是干扰素λ信号通路的分子调控机制仍不清楚.本研究... 详细信息

最新发现的干扰素λ表现出抗病毒、抗增殖和促凋亡活性,同I型干扰素一样干扰素λ结合干扰素λ受体复合体后进行信号传递.干扰素受体是由干扰素受体1和白介素10的受体2形成异二聚体,但是干扰素λ信号通路的分子调控机制仍不清楚.本研究分别运用谷胱甘肽巯基转移酶沉淀试验和免疫共沉淀试验证明了Ran蛋白的结合蛋白RanBPM与干扰素λ受体1相互作用.干扰素λ1能够促进干扰素λ受体1与RanBPM的相互作用和影响RanBPM在细胞内的分布.干扰素λ受体1与RanBPM的相互作用与保守的TRAF6的结合位点无关.RanBPM作为一个支架蛋白通过调控干扰素刺激反应元件的活性,是新的调控干扰素λ途径的蛋白.

关键词：干扰素λ 干扰素λ受体1 相互作用 RanBPM

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结肠癌细胞HCT116中p53的R213突变对靶基因p21表达的影响

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基础医学与临床 2017年第5期37卷 663-667页

作者：张妍张艳君张业首都医科大学附属北京潞河医院中心实验室北京101149 首都医科大学附属北京潞河医院消化内科北京101149 中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的确定在结肠癌细胞系中,p53的213位精氨酸突变后对其下游靶基因p21表达的影响。方法在p53缺失的结肠癌细胞系HCT116^(-/-)中转染p53的R213位突变的质粒;荧光素酶双报告基因系统检测p53靶基因启动子活性;EMSA检测p53与其靶基因p21的... 详细信息

目的确定在结肠癌细胞系中,p53的213位精氨酸突变后对其下游靶基因p21表达的影响。方法在p53缺失的结肠癌细胞系HCT116^(-/-)中转染p53的R213位突变的质粒;荧光素酶双报告基因系统检测p53靶基因启动子活性;EMSA检测p53与其靶基因p21的结合能力;real-time PCR和Western blot检测p53下游靶基因p21的表达。结果 p53蛋白213位精氨酸突变为赖氨酸后,明显降低了p53靶基因的启动子活性(P<0.05);与靶基因p21启动子的结合能力明显降低(P<0.05);并抑制了p21基因的表达(P<0.05)。而213位突变为谷氨酰胺后,迁移率比突变前明显变快。结论在人的结肠癌细胞中,p53蛋白R213位的不同突变对下游靶基因p21有不同的影响,提示存在着不同的调控机制。

关键词： p53 213位精氨酸 p21 突变

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