检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物医学工程学报 2008年第5期27卷 764-772,782页

作者：张智张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的... 详细信息

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的语料集和工具、所涉及的技术和方法等方面,对蛋白质相互作用的文本挖掘进行综述,并对研究前景进行展望。

关键词：文本挖掘关系抽取蛋白质相互作用模式识别

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短时非线性方法用于心率变异性分析

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中国生物医学工程学报 2015年第2期34卷 229-236页

作者：刘红夺儿朱逸湛萍王志刚彭屹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

非线性分析为揭示心率变异性(HRV)的生理和病理变化提供了新的视角,不仅可反映更多关于心脏自主神经对于心率动力学调节的信息,而且与传统的时域和频域分析形成互补。特别是短时非线性分析契合了心率动力学的非线性和非平稳特征。文中... 详细信息

非线性分析为揭示心率变异性(HRV)的生理和病理变化提供了新的视角,不仅可反映更多关于心脏自主神经对于心率动力学调节的信息,而且与传统的时域和频域分析形成互补。特别是短时非线性分析契合了心率动力学的非线性和非平稳特征。文中就符号动力学、去趋势波动分析中的短时分形尺度指数α1,与复杂度相关的近似熵和样本熵,以及定量递归分析等方法,分别介绍了它们在短时RR间期序列分析中的应用。同时从短时非线性分析与长时序列结合,以及基于多分析域指标的判别分析这两方面,说明了短时非线性方法在HRV分析中的应用拓展。最后,就这些方法应用于临床需要解决的问题进行了阐述。

关键词：心率变异性非线性分析短时序列心脏自主神经

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致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建

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中国生物医学工程学报 2012年第6期31卷 882-888页

作者：许三岗庄永龙郝志勇单广良杨啸林王恒中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fis... 详细信息

为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述。致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示。该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究。

关键词：疟原虫功能注释二级数据库

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心率变异性时频分析参数用于心电图ST段偏移时段的判别

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中国生物医学工程学报 2008年第1期27卷 23-28页

作者：许亮王星孙中伟彭屹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

利用ST段偏移时心率变异性(HRV)存在的变化,探讨区分ST偏移时段和正常时段,进而区分缺血或单纯心率改变引起ST段偏移的可行性。从Long-term ST-T(LTST)数据库免费下载的心电信号数据中,选取25个记录中缺血引起ST段偏移时段(105段)和单... 详细信息

利用ST段偏移时心率变异性(HRV)存在的变化,探讨区分ST偏移时段和正常时段,进而区分缺血或单纯心率改变引起ST段偏移的可行性。从Long-term ST-T(LTST)数据库免费下载的心电信号数据中,选取25个记录中缺血引起ST段偏移时段(105段)和单纯心率变化引起ST段偏移时段(43段),以及所选时段前后各5min作为对照时段。选用平滑伪Wigner-Ville分布(SPWVD),计算不同时域段和频域段的心率变异性(HRV)分析参数。利用Fisher线性判别和支持向量机进行判别分析,并采用留一法检验分类判别的正确率。对于Fisher线性判别,ST段偏移时段判别的正确率随时段持续时间的延长而减小,而不同诱因区分的正确率却较高(不低于89.7%)。支持向量机法对上述各种检测和分类判别的正确率均为100%。研究结果为从非形态学的角度检测ST段偏移时段的存在和产生原因的判别,提高心肌缺血判别的准确性,提供了有参考价值的信息。

关键词：心率变异性 ST段偏移平滑伪Wigner-Ville分布 Fisher线性判别支持向量机

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代谢重编程在肺动脉高压发病机制中的研究进展

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中国病理生理杂志 2021年第11期37卷 2062-2071页

作者：齐先梅罗娅王婧中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100730

肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)是一组严重的进行性心肺疾病,肺血管收缩、肺中小动脉重构及原位血栓形成引起肺血管阻力逐渐增加,最终导致右心衰竭甚至死亡[1-2]。目前认为促进PH发生发展的关键机制是血管细胞的过度增殖和/或... 详细信息

肺动脉高压(pulmonary hypertension,PH)是一组严重的进行性心肺疾病,肺血管收缩、肺中小动脉重构及原位血栓形成引起肺血管阻力逐渐增加,最终导致右心衰竭甚至死亡[1-2]。目前认为促进PH发生发展的关键机制是血管细胞的过度增殖和/或抗凋亡[3],同时血管收缩、炎症及纤维化也参与其中[4-5]。PH患病人数庞大,发病率逐年升高[6],由于对PH发生的病理生理机制认识不全,目前尚无治愈方法[7]。代谢重编程通过供给能量、生物合成中间物和还原性物质,维持细胞的氧化还原稳态并保证生物分子合成,使细胞呈现增殖、迁移以及抗凋亡的肿瘤样恶性表型,导致肺血管重构和右心室肥厚,加速PH的发生发展[7]。

关键词：肺动脉高压代谢重编程发病机制

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信号响应性基因载体及其应用研究

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中国生物医学工程学报 2015年第1期34卷 99-108页

作者：王晶刘健许海燕中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

获得合适的基因载体是基因治疗取得成功的关键因素之一。由于病毒载体存在安全隐患问题,人们致力于非病毒载体的研究,但其递送效果仍不理想。为了提高其基因递送效率,改善其靶向性及特异性,并调控其在体内及细胞内的动态,研发具有响应... 详细信息

获得合适的基因载体是基因治疗取得成功的关键因素之一。由于病毒载体存在安全隐患问题,人们致力于非病毒载体的研究,但其递送效果仍不理想。为了提高其基因递送效率,改善其靶向性及特异性,并调控其在体内及细胞内的动态,研发具有响应机体内外各种物理、化学及生物信号功能的非病毒载体,逐渐形成了一个重要的研究方向,受到学术界与产业界的极大关注。本文从信号的性质及来源上,将非病毒基因载体分为响应外部物理信号和响应内部化学与生物信号;从响应模式上,将其分为响应单一信号和响应多种信号。系统阐述了此类载体的结构特点、作用机理,并对其研究进展和实际应用进行了综合评述。

关键词：信号应答刺激响应性非病毒基因载体药物递送系统

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急进和渐进西藏对南极考察昆仑站预选队员心血管功能及其应激因子的影响

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中国应用生理学杂志 2020年第5期36卷 419-424页

作者：卢艳花熊艳蕾方露陈楠徐成丽中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100005

目的:分析急进和渐进西藏高原对拟进入中国南极考察昆仑站的第31、32和33次预选队员的心血管功能及其相关应激因子水平的影响,为选拔合格的内陆考察队员提供科学依据。方法:以2014~2016年第31、32和33次队共85名中国南极考察昆仑站预选... 详细信息

目的:分析急进和渐进西藏高原对拟进入中国南极考察昆仑站的第31、32和33次预选队员的心血管功能及其相关应激因子水平的影响,为选拔合格的内陆考察队员提供科学依据。方法:以2014~2016年第31、32和33次队共85名中国南极考察昆仑站预选队员为研究对象,依据进入高原方式分为乘飞机急进高原组(急进组,n=55)和乘火车渐进高原组(渐进组,n=30),分别在上海出发(海拔4 m)、到达拉萨(海拔3658 m)和进入更高海拔的羊八井(海拔4300 m)3个时间点,采用心功能仪和心电图仪动态检测预选队员的心血管功能,并同步采集队员的唾液样本,采用ELISA法检测唾液中应激因子睾酮(T)、皮质醇(COR)和免疫球蛋白A(IgA)水平。结果:与海拔4 m相比,两组队员在到达海拔3658 m、4300 m高原时,心率(HR)显著升高(P<0.05),指端静脉血氧饱和度(SpO 2)显著下降(P<0.05),但两组间在相同海拔高度上无显著差异;两组间心电传导异常率无显著差异;与海拔4 m相比,到达3658 m和4300 m处两组队员的血压均显著升高(P<0.05),部分心肌收缩和泵血功能指标均显著降低(P<0.05),但由于心率增加代偿,心输出量(CO)无显著变化。在海拔4300 m时,急进组的肺水指数(TFC)显著高于渐进组(P<0.01)。进入高原后与出发水平的差值比较,两组在海拔3658 m处T变化量无显著性差异(P>0.05),急进组COR和IgA变化量显著高于渐进组(P<0.05);在海拔4300 m处急进组IgA变化量显著高于渐进组(P<0.05)。结论:对比渐进高原,急进高原对南极考察昆仑站预选队员的心血管功能及唾液中的应激激素和免疫球蛋白水平均有更明显影响。提示应在岗前严格选拔能适应南极昆仑站低氧环境的考察队员,保障南极考察队员身心健康,确保南极考察任务顺利实施。

关键词：西藏高原中国南极考察预选队员心血管功能应激因子

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基于Web Service的生物学实体映射数据库

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中国生物医学工程学报 2010年第5期29卷 704-709页

作者：张智张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

生物学实体映射就是要实现对基因、蛋白质、小分子物质、化合物和药物等实体的不同标识符和名称之间的相互转换。生物学实体映射可以帮助生物医学研究者将实验结果关联到海量的在线生物医学数据资源,并为生物医学文本挖掘和信息检索的... 详细信息

生物学实体映射就是要实现对基因、蛋白质、小分子物质、化合物和药物等实体的不同标识符和名称之间的相互转换。生物学实体映射可以帮助生物医学研究者将实验结果关联到海量的在线生物医学数据资源,并为生物医学文本挖掘和信息检索的研究者在命名实体识别和查询关键词扩展方面提供技术支持。构建一个生物学实体映射数据库,其中存储了大量的生物学实体映射信息;还构建一个基于Web Service的生物学实体映射网络应用系统,为用户同时提供通过浏览器和通过Web Service的两种方式访问生物学实体映射数据库。

关键词：生物学实体映射网络服务数据库

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光热疗法中热休克蛋白的抑制策略及其研究进展

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中国生物医学工程学报 2023年第2期42卷 229-234页

作者：蒙艺灵温涛许海燕中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

光热疗法是在外部光源照射下利用光热剂精准高效杀死肿瘤细胞的疗法,其在实体瘤治疗领域具有广阔的应用前景。然而,近年来研究发现,光热疗法会导致细胞热休克蛋白的异常上调,使细胞的耐热性能增强而影响治疗效果。为了克服热休克蛋白对... 详细信息

光热疗法是在外部光源照射下利用光热剂精准高效杀死肿瘤细胞的疗法,其在实体瘤治疗领域具有广阔的应用前景。然而,近年来研究发现,光热疗法会导致细胞热休克蛋白的异常上调,使细胞的耐热性能增强而影响治疗效果。为了克服热休克蛋白对光热治疗效果的影响,近年来提出了多种解决策略。对光热疗法中依据不同原理采取的热休克蛋白抑制策略及研究进展进行分类,通过主要的典型研究实例进行介绍,包括:在光热治疗体系中加入热休克蛋白抑制剂、阻断肿瘤细胞的糖酵解代谢、诱导产生脂质过氧化物或高活性氧以及对热休克蛋白基因进行干扰和基因敲除等,并对不同策略的优缺点进行比较和总结。最后,对光热治疗系统中热休克蛋白抑制策略的未来发展进行展望,指出使用多方法联合,或设计新型载体和药物是克服现有策略局限性的重要途径。

关键词：光热疗法热休克蛋白抑制

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蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

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中国生物医学工程学报 2013年第2期32卷 129-134页

作者：邵晨孙伟中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。... 详细信息

在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题。本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果。结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小;每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5%,蛋白数的差异为1%～5%。说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高。因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象。当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列(如一些特殊的蛋白异构体或突变体)时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库。

关键词：蛋白质数据库蛋白质组学数据库检索

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