检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物医学工程学报 2020年第6期39卷 652-666页

作者：杨斌斌刘霖雯张唯唯中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

脑皮层下结构分割问题是神经科及其他相关疾病计算机辅助诊断和治疗的基础。通过分割和分析核磁共振图像中的脑结构,可以对自闭症谱系障碍、脑卒中、脑肿瘤等疾病进行早期诊断和治疗。为解决精准脑结构分割的问题,基于深度学习基本理论... 详细信息

脑皮层下结构分割问题是神经科及其他相关疾病计算机辅助诊断和治疗的基础。通过分割和分析核磁共振图像中的脑结构,可以对自闭症谱系障碍、脑卒中、脑肿瘤等疾病进行早期诊断和治疗。为解决精准脑结构分割的问题,基于深度学习基本理论,提出一种DenseMedic网络的核磁共振图像脑皮层下结构的分割算法。首先,OreoDown方法通过较早地增大卷积核的步长增大特征感受野的增长速度,并使用不变尺寸的卷积层夹心式地恢复网络深度,使速度的增加带来有效的感受野增加;其次,DenseMedic使用Dense Net的思想实例化OreoDown框架,通过密集连接的特征提取操作来获取多尺度的上下文信息;最后,在各层中使用混合空洞卷积进一步扩大感受野,解决特征感知过于粗糙的问题。采用Dice相似度系数(DSC)、交并比(IoU)、95%Hausdorff表面距离(HSD95)和平均表面距离(ASD) 4个指标,评价神经网络的分割性能。在公开的IBSR数据集的18例图像上进行实验,算法的4个指标分别达到89.2%、80.7%、1.982和0.882;在公开的MBBrainS18数据集的7例图像上的实验显示,算法的4个指标分别达到88.7%、79.8%、1.249和0.570。实验表明,所提出的算法使脑结构的分割结果与真实结构在区域上有更多的重叠,在轮廓上更加相似,可以更好地完成各个脑皮层下结构的分割。在临床应用中,对脑皮层下结构的精准分割将有助于准确测量相关疾病诊断的关键指标,并实现快速的计算机辅助治疗。

关键词：全卷积神经网络阶梯式降采样密集连接混合空洞卷积

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胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能

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中国医学科学院学报 2020年第3期42卷 289-296页

作者：张爱东史娟中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物... 详细信息

目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。

关键词：胃癌癌症基因组图谱数据库剪接因子富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10

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蛋白酪氨酸磷酸酶4A3(PTP4A3)促进小鼠胎肝来源红系细胞脱核

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基础医学与临床 2022年第7期42卷 1026-1030页

作者：胡欣俊余东林范宏韩改净薛征吕湘中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病理生理学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探索在小鼠胎肝来源红系细胞中蛋白酪氨酸磷酸酶4A3(PTP4A3)在红系终末分化和脱核中的作用及分子机制。方法RT-qPCR检测Ptp4a3在终末分化过程中的表达情况。利用短发夹RNA(shRNA)干扰技术在小鼠胎肝诱导红系分化体系中敲低Ptp4a3的... 详细信息

目的探索在小鼠胎肝来源红系细胞中蛋白酪氨酸磷酸酶4A3(PTP4A3)在红系终末分化和脱核中的作用及分子机制。方法RT-qPCR检测Ptp4a3在终末分化过程中的表达情况。利用短发夹RNA(shRNA)干扰技术在小鼠胎肝诱导红系分化体系中敲低Ptp4a3的表达,流式细胞分选GFP阳性细胞后RT-qPCR验证其敲低效率,流式细胞测量术分析检测Ptp4a3敲低后对红系分化和脱核的影响。RNA表达谱测序并分析在红系细胞终末分化过程中Ptp4a3敲低影响的通路和基因。结果PTP4A3在红系细胞终末分化过程中表达水平逐渐升高。在小鼠胎肝来源红系细胞中成功敲低Ptp4a3的表达,流式细胞测量术检测发现敲低Ptp4a3可显著降低红系细胞脱核率(P<0.05)。表达谱分析发现敲低Ptp4a3影响红系终末分化过程中细胞周期相关基因表达。结论PTP4A3在红系细胞终末分化晚期高表达,并参与调控细胞脱核过程。

关键词：蛋白酪氨酸磷酸酶4A3 红系终末分化红系脱核细胞周期

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细菌外膜蛋白BamA突变体构建及位点运动性分析

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军事医学 2022年第9期46卷 677-681页

作者：王媛李志慧魏倩董国福储引娣王长振军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所北京100850 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建细菌外膜β桶状蛋白组装机器(BAM)核心组分BamA点突变原核表达载体,获得特定位点突变BamA蛋白,并分析该蛋白多肽易位相关(POTRA)结构域上G313位点运动特性。方法利用重叠延伸PCR(SOE-PCR)将BamA蛋白第690和700位天然半胱氨酸(C... 详细信息

目的构建细菌外膜β桶状蛋白组装机器(BAM)核心组分BamA点突变原核表达载体,获得特定位点突变BamA蛋白,并分析该蛋白多肽易位相关(POTRA)结构域上G313位点运动特性。方法利用重叠延伸PCR(SOE-PCR)将BamA蛋白第690和700位天然半胱氨酸(C)突变为丝氨酸(S),将POTRA结构域上第313位氨基酸由甘氨酸(G)突为C,构建含BamA-C690S-C700S-G313C突变的原核表达载体pET22b-Strep-BamA。异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导突变蛋白表达后,利用Strep-Tactin Sepharose柱亲和层析方法对突变体蛋白进行纯化。甲烷硫代磺酸(MTSL)标记所得纯化蛋白的半胱氨酸后,进行电子顺磁共振(EPR)波谱检测,通过EPR波谱拟合获得旋转相关时间τ_(c),分析G313C氨基酸位点的运动特性。结果构建了BamA-C690S-C700S-G313C突变体原核表达载体,实现了突变体蛋白有效表达和纯化。G313C位点EPR波谱为单成分运动状态波谱,其τc值为(2.30±0.03)ns。结论该研究建立了BamA点突变原核表达和蛋白纯化方法,并获得BamA蛋白G313C运动性特征参数,为进一步研究BamA蛋白在外膜蛋白整合过程中的结构机制提供了数据。

关键词：细菌外膜蛋白质类 BamA 突变定点自旋标记-电子顺磁共振运动性

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新型微量注射装置在建立帕金森病模型小鼠中的应用

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基础医学与临床 2022年第7期42卷 1031-1034页

作者：左赋兴苑青蔡洪庆韩睿钦万经海国家癌症中心国家肿瘤临床医学研究中心中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院神经外科北京100021 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探讨应用改良的小鼠脑内微量注射6-羟基多巴胺(6-OHDA)装置制备稳定帕金森病(PD)模型小鼠的可行性。方法随机将C57BL/6J雌性小鼠分为实验组(10只)和对照组(10只),实验组应用新型微量注射装置进行单侧纹状体内6-羟基多巴胺(6-OHDA)注... 详细信息

目的探讨应用改良的小鼠脑内微量注射6-羟基多巴胺(6-OHDA)装置制备稳定帕金森病(PD)模型小鼠的可行性。方法随机将C57BL/6J雌性小鼠分为实验组(10只)和对照组(10只),实验组应用新型微量注射装置进行单侧纹状体内6-羟基多巴胺(6-OHDA)注射,对照组则使用普通微量注射器。建模后,观测记录小鼠异常行为并统计分析黑质和纹状体组织学改变。结果旋转实验提示,实验组小鼠均出现阿扑吗啡(Apo)诱导的旋转行为,对照组仅5只小鼠出现旋转行为。建模28 d,对照组小鼠30 min旋转圈数较7 d显著下降(P<0.05),且与实验组差异显著(P<0.05)。免疫组化染色发现,实验组小鼠的黑质多巴胺能神经元较对照组显著减少(P<0.05)。对照组小鼠患侧纹状体内反应性增生的星形胶质细胞增多,部分具有神经前体细胞特征。结论用于颅内立体定向注射的新型微量注射装置可显著提高制备PD模型小鼠的成功率。

关键词：帕金森病 6-羟基多巴胺(6-OHDA) 立体定向框架新型微量注射装置多巴胺能神经元

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海马内注射鸢尾素缓解小鼠抑郁样行为

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基础医学与临床 2022年第12期42卷 1850-1854页

作者：李晶黄炳轩许琪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系国家医学分子生物学重点实验室北京100005 北京市第一六六中学北京100006

目的探讨鸢尾素对抑郁症模型小鼠抑郁样行为的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分成模型组和健康组,模型组采用开放空间强迫游泳(OSFS)方法建立抑郁小鼠模型,造模成功后将造模组随机分成“模型-对照”组和“模型-鸢尾素”组。健康野生小鼠... 详细信息

目的探讨鸢尾素对抑郁症模型小鼠抑郁样行为的影响。方法将C57BL/6小鼠随机分成模型组和健康组,模型组采用开放空间强迫游泳(OSFS)方法建立抑郁小鼠模型,造模成功后将造模组随机分成“模型-对照”组和“模型-鸢尾素”组。健康野生小鼠正常饲养,同样随机分为“健康-对照”组和“健康-鸢尾素”组。所有鸢尾素组小鼠通过脑立体定位注射向两侧海马分别注射77 pmol鸢尾素,对照组注射同体积的溶剂(PBS)。利用强迫游泳及悬尾检测等实验对其抑郁样行为进行检测。结果与健康组比较,抑郁模型组小鼠在强迫游泳测试(P<0.01)及悬尾测试(P<0.05)中的不动时间显著延长,证明成功模拟了抑郁症患者的绝望样行为,模型构建成功。与“模型-对照”组相比,鸢尾素可显著缩短“模型-鸢尾素”组小鼠在强迫游泳实验(P<0.001)及悬尾实验(P<0.05)中的不动时间。结论鸢尾素可显著改善开放空间强迫游泳抑郁模型小鼠的抑郁样行为。

关键词：鸢尾素抑郁症体育运动抗抑郁

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市售中药饮片DNA条形码鉴定研究

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药学学报 2021年第3期56卷 879-889页

作者：辛天怡娄千郝利军李冉郡林余霖许文杰马婷玉林烨暄董一昕蒋澄宇宋经元中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所国家中医药管理局中药资源保护重点研究室北京100193 西南交通大学生命科学与工程学院四川成都610031 中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京协和医学院基础学院生物化学系北京100005 中药资源教育部工程研究中心北京100193

中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中国药典》,但目前尚缺乏应用于中药饮片的系统性研究。本研究共收集212份市售中药饮片,包含根及根茎、果实种子、全草、花、叶、皮、茎木等不同入药部位,验证中药材DNA条形码分子鉴定法对中... 详细信息

中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则已纳入《中国药典》,但目前尚缺乏应用于中药饮片的系统性研究。本研究共收集212份市售中药饮片,包含根及根茎、果实种子、全草、花、叶、皮、茎木等不同入药部位,验证中药材DNA条形码分子鉴定法对中药饮片基原物种鉴定的适用性和准确性。结果表明,共有161份样本成功获得DNA条形码序列,占收集中药饮片样本量的75.9%,其余样本基因组DNA降解,无法获得扩增产物。实验所得DNA条形码序列分析结果如下:138份饮片为《中国药典》(2020年版)收载相应药材的基原物种,占获得序列样本数的85.7%;14份样本分析结果中包含《中国药典》收载相应药材的基原物种以及同属近缘物种,经过形态学鉴定,其中8份为正品,3份掺有伪品,3份缺少鉴别特征,不能确定基原;7份样本为混伪品;另有2份样本检出掺伪现象。本研究证实中药材DNA条形码分子鉴定法能有效检出市售中药饮片的掺伪/混伪现象,可用于市售中药饮片的基原物种鉴定,值得在中药饮片加工生产企业及药品监督检验管理机构推广,同时有助于促进中药学研究的跨学科交流,共同挖掘中药作用靶点和药效机制,推动个性化精准医疗及"精准药物研发"。

关键词：中药饮片 DNA条形码 ITS2 psbA-trnH 分子鉴定市场监控

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NF-κB抑制剂通过逆转LPS诱导的BMPRⅡ下调改善肺血管重构

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生理学报 2020年第5期72卷 541-550页

作者：周美君邢岩江杨隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院细胞生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 浙江大学医学院基础医学院生理学系浙江大学医学院附属第二医院心内科杭州310058

动脉性肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension,PAH)的发生、发展与骨形态发生蛋白受体II型(bone morphogeneticprotein receptor type II,BMPRII)编码基因的遗传突变和核因子κB(nuclear factorκB,NF-κB)通路介导的炎症反应密切相关。本文旨在研究NF-κB通路抑制剂对脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的肺动脉内皮细胞损伤的作用。用1μg/mL的LPS处理人肺动脉内皮细胞,用免疫印迹和qPCR检测BMPRII和白介素8(interleukin-8,IL-8)的表达水平。腹腔注射野百合碱(monocrotaline,MCT)建立大鼠PAH模型,用免疫荧光染色法检测肺动脉内皮细胞BMPRII和IL-8的表达情况,检测模型大鼠心脏血流动力学变化和肺血管重构情况。结果显示,LPS可引起人肺动脉内皮细胞BMPRII的表达下调和IL-8的表达上调,NF-κB抑制剂BAY11-7082(10μmol/L)可逆转LPS的作用。在MCT-PAH大鼠模型中,肺动脉内皮细胞BMPRII表达下调,IL-8表达上调,右心室/(左心室+室间隔)重量比值[weight ratio of right ventricle to left ventricle plus septum,RV/(LV+S)]和右心室收缩压(rightventricular systolic pressure,RVSP)显著升高,心输出量(cardiac output,CO)和三尖瓣环收缩期位移(tricuspid annular plane systolicexcursion,TAPSE)明显降低,肺血管壁明显增厚,连续21天腹腔注射BAY11-7082(5 mg/kg)可逆转上述变化。以上结果提示,LPS通过NF-κB信号通路下调BMPRII的表达水平,促进PAH的发生、发展,因此NF-κB信号通路可作为PAH潜在治疗靶点。

关键词：肺动脉高压骨形态发生蛋白受体Ⅱ型核因子κB信号通路 BAY11-7082

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基于人工智能的心血管疾病预测模型研究现状

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蚌埠医科大学学报 2025年第1期50卷 6-13页

作者：彭石娟王小满高琴陈厚早蚌埠医科大学卫生管理学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学基础医学院生理学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233030 中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究国家重点实验室北京100005

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,... 详细信息

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,传统的风险模型通常无法捕捉危险因素之间的非线性关系。人工智能(AI)技术,特别是监督式机器学习和深度学习,为CVD预测提供了新视角和工具。近几年,基于电子病历、多模态影像等临床数据和衰老大数据可以准确地预测CVD的发病和死亡风险,因此,本文将从传统评分、基于AI的临床数据和衰老大数据的CVD预测模型研究现状分别进行阐述,为促进AI结合CVD提供思路。

关键词：心血管疾病人工智能预测模型衰老生物学年龄

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双三体胚胎干细胞的增殖与分化特征分析

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中国细胞生物学学报 2021年第5期43卷 922-931页

作者：张美丽肖蓉贾玉艳黄粤中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

该文旨在研究双三体胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)在细胞增殖、分化以及畸胎瘤形成等方面的特征,揭示非整倍体与肿瘤发生之间的关系。首先建立了两株常染色体双三体的小鼠ESC株系,通过微阵列比较基因组杂交(array comparative ... 详细信息

该文旨在研究双三体胚胎干细胞(embryonic stem cells,ESCs)在细胞增殖、分化以及畸胎瘤形成等方面的特征,揭示非整倍体与肿瘤发生之间的关系。首先建立了两株常染色体双三体的小鼠ESC株系,通过微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization,array CGH)和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)实验对双三体ESC株系进行了染色体拷贝数分析和核型鉴定;通过绘制细胞生长曲线检测了双三体ESCs的增殖能力;通过流式细胞术检测了双三体ESCs的细胞周期和细胞凋亡情况;采用细胞克隆形成实验分析了双三体ESCs的克隆形成效率;通过实时荧光定量PCR和免疫荧光染色实验检测了双三体ESCs中多能干细胞标志物的表达;通过撤掉培养体系中的白血病抑制因子(leukemia inhibitory factor,LIF)诱导分化和进行拟胚体(embryoid body,EB)形成实验检测了双三体ESCs的分化能力;通过重度联合免疫缺陷(severe combined immunodeficiency,SCID)小鼠皮下接种细胞实验分析了双三体ESCs的畸胎瘤形成能力和体内分化能力。结果显示,这两株双三体细胞分别是3号与6号染色体双三体并伴有Y染色体丢失的ESCs(DTs-3+6),以及6号与8号染色体双三体的ESCs(DTs-6+8)。双三体ESCs表现出相对于野生型细胞较强的生长增殖能力和OCT4、SOX2、NANOG等多能干细胞标志物的高表达。当培养液中不添加LIF时,野生型细胞基本完全走向分化,而双三体细胞形成许多未分化或部分分化的克隆,碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,AP)染色阳性。在EB分化早期,双三体细胞中Fgf5、T、Foxa2等三胚层标志物的表达水平较野生型细胞明显降低,分化滞后。当被接种到SCID小鼠皮下后,双三体ESCs形成畸胎瘤的能力较野生型细胞增强,畸胎瘤中包含大量未分化区域。因此,双三体ESCs的生长增殖能力增强,它通过限制细胞分化能力而促进畸胎瘤形成。双三体ESCs是研究非整倍体在肿瘤发生发展过程中作用的重要模型。

关键词：非整倍体双三体胚胎干细胞增殖分化畸胎瘤

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