检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2023年第6期43卷 923-930页

作者：颜家琦王思齐王峥李隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖... 详细信息

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖异生模型,应用试剂盒检测培养基中葡萄糖含量,RT-qPCR检测糖异生相关基因表达,蛋白印迹检测p-AKT水平。应用棕榈酸与油酸诱导脂质蓄积模型,油红O检测细胞内脂质含量,蛋白印迹检测FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平。结果低剂量(0.5、1、2μg/mL)的黄连总生物碱处理24 h后小鼠原代肝细胞存活率在80%以上。糖异生模型组葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较对照组升高(P<0.05),p-AKT蛋白水平较对照组降低(P<0.05);黄连总生物碱(1、2μg/mL)与小檗碱(2.5、5μmol/L)处理后葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较模型组降低(P<0.05),p-AKT蛋白水平较模型组升高(P<0.05)。脂质蓄积模型组油红O染色较对照组增加(P<0.01),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较对照组升高(P<0.01);黄连总生物碱(1、2μg/mL)、黄连碱(2.5、5μmol/L)与小檗碱(2.5、5μmol/L)组的油红O染色较模型组减少(P<0.05),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较模型组降低(P<0.05)。结论小檗碱通过上调p-AKT水平而降低小鼠原代肝细胞糖异生,黄连碱与小檗碱通过降低FAS、PLIN1、PPARγ的表达而减少小鼠原代肝细胞脂质蓄积。

关键词：黄连生物碱原代肝细胞糖异生脂质蓄积

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炙甘草来源的sRNA可能通过靶向TNF-α缓解轻度ADRS模型小鼠的肺损伤

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1030-1039页

作者：姜振宇王小娜汤克功陈明锐蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞... 详细信息

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞中,通过ELISA检测脂多糖(LPS)或poly(I:C)刺激的人肺腺癌细胞系A549的炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α;通过RT-qPCR检测LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的mRNA水平;用LPS或poly(I:C)气管滴注构建小鼠轻度ARDS模型,将小鼠分为native组、模型组、NC组和sRNA治疗组,通过ELISA检测小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)和血清中炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的浓度;观察轻度ARDS模型小鼠存活情况,统计分析小鼠的存活率。结果生物信息学分析筛选出50条可能与TNF-αmRNA结合的sRNA;双荧光素酶报告基因系统和人单核细胞白血病细胞系(THP1)炎性细胞模型筛选出1条能靶向TNF-α的TNF-α-sRNA-9,这条sRNA来源于四逆汤中的炙甘草;与NC组相比,TNF-α-sRNA-9降低了LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),降低了mRNA水平(P<0.05);与NC组相比,TNF-α-sRNA-9的治疗降低了轻度ARDS模型小鼠的支气管肺泡灌洗液和血清中的IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),增加了小鼠的生存率。结论TNF-α-sRNA-9可能通过靶向TNF-α缓解轻度ARDS模型小鼠的肺损伤。

关键词：急性呼吸窘迫综合征急性肺损伤小RNA TNF-α 四逆汤

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BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

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生物信息学 2023年第2期21卷 106-113页

作者：高靖静王晓月中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱... 详细信息

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

关键词： CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计编辑效率卷积神经网络

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BEND6过表达对小鼠神经干细胞基因转录表达的影响

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基础医学与临床 2023年第2期43卷 246-251页

作者：周梦杰孙倩倩于洋中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显... 详细信息

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显微镜下观察细胞中红色荧光的表达以确认mScarlet和mScarlet-BEND6蛋白的表达。分别提取两组细胞的总RNA,通过全转录组二代测序并对测序数据进行质控、参考基因组比对、定量分析、差异基因表达分析和富集分析,从而表征BEND6过表达对小鼠NSCs基因转录表达的影响及其在小鼠神经发育中的潜在功能。结果成功获取并贴壁培养小鼠NSCs。全转录组测序分析发现,与对照组相比,过表达BEND6的神经干细胞中有165个差异表达基因,其中有102个基因上调,63个基因下调。富集分析显示这些差异表达基因主要与膜电位改变,突触传递,刺激反应,生长发育等生物学过程的调节有关。结论BEND6过表达能够调控小鼠NSCs中的特定基因的转录水平,可能具有调控特定生物学过程及小鼠生长发育的功能。

关键词： BEN结构域 BEND6蛋白神经干细胞

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利用Hnf4α敲除的小鼠肝脏类器官探究发育模型的应用潜力

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 724-732页

作者：张智玉曹军梁俊波中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO... 详细信息

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO的转分化过程,使用公共测序数据集分析胎肝发育过程中的分化,并从基因表达的变化趋势、生物学功能,以Hnf4α为例的regulon调控关系这三个方面对两种分化过程进行比较。结果ICO转分化过程中基因表达的变化趋势与胎肝发育总体一致;转分化过程中表达上调的差异基因主要富集在与肝实质细胞生物学功能密切相关的代谢相关通路;ICO转分化过程中Hnf4α的下游靶基因与胎肝发育部分相似。结论ICO转分化模型可以部分模拟胎肝发育中的分化过程。

关键词：胆管类器官转录组测序分化肝细胞核因子4α(Hnf4α)

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专业短视频应用于微生物学课程思政教育的探索

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中文科技期刊数据库（全文版）教育科学 2023年第6期 13-16页

作者：杨银管远志北京协和医学院基础学院中国医学科学院基础医学研究所病原生物学系北京100005

探讨合理的微生物学课程思政及效果评价方法。方法临床医学八年制 2019 级学生共 75 人,向学生提供六份传染病防控视频,由学生利用课余时间观看并撰写观后感。结果所有学生都观看了至少 3 个视频并提交了观后感,其中显示印象最深刻... 详细信息

探讨合理的微生物学课程思政及效果评价方法。方法临床医学八年制 2019 级学生共 75 人,向学生提供六份传染病防控视频,由学生利用课余时间观看并撰写观后感。结果所有学生都观看了至少 3 个视频并提交了观后感,其中显示印象最深刻的内容依次为:“医疗卫生及科研工作者的优良品质/严谨科研精神和专业能力等”、 “政府的果断决策/强大的综合国力/民众的积极配合在传染病防控中发挥重要的作用”、 “预防医学/公共卫生的重要性”,占总人数的比例分别为 94.67%、88.00%和 76.00%。结论向学生提供此类视频并由学生自由选择、观看,结合专业知识及传染病防控实践融入思政教育的方法学生接受程度较高,主动性较强,取得了很好的效果,有一定的推广价值。

关键词：课程思政医学微生物学传染病防控视频自主学习

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γ-氨基丁酸促进水疱性口炎病毒感染小鼠巨噬细胞

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 936-940页

作者：赵璐刘洋中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005 中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院免疫学系北京100005

目的探究代谢物γ-氨基丁酸(GABA)对病毒感染RAW264.7细胞系和小鼠原代腹腔巨噬细胞的影响。方法用0、10、30、50和70 mmol/L GABA或PBS处理RAW264.7细胞系10 h,CCK-8法检测细胞活性,用此剂量GABA预处理RAW264.7细胞系,2 h后用表达绿色... 详细信息

目的探究代谢物γ-氨基丁酸(GABA)对病毒感染RAW264.7细胞系和小鼠原代腹腔巨噬细胞的影响。方法用0、10、30、50和70 mmol/L GABA或PBS处理RAW264.7细胞系10 h,CCK-8法检测细胞活性,用此剂量GABA预处理RAW264.7细胞系,2 h后用表达绿色荧光蛋白的重组水疱性口炎病毒(GFP-VSV)或VSV感染8 h,荧光显微镜观察细胞内GFP-VSV的含量;流式细胞术检测细胞内GFP-VSV的水平;RT-qPCR检测VSV RNA及细胞因子Ifnb1和Il-6的mRNA水平。用0、10、30、50和70 mmol/L GABA预处理小鼠原代腹腔巨噬细胞,2 h后用VSV感染8 h,RT-qPCR检测VSV RNA水平。结果10、30、50和70 mmol/L的GABA对RAW264.7细胞系的活性没有影响,且此剂量的GABA能提高RAW264.7细胞系内GFP-VSV的蛋白水平、VSV RNA水平和细胞因子Ifnb1和Il-6的mRNA水平(P<0.05),也能提高小鼠原代腹腔巨噬细胞内VSV RNA水平(P<0.05),且均呈剂量依赖性。结论代谢物GABA能以剂量依赖的方式促进VSV感染RAW264.7细胞系和小鼠原代腹腔巨噬细胞,同时细胞因子Ifnb1和Il-6的mRNA水平也升高。

关键词：病毒感染巨噬细胞 γ-氨基丁酸水疱性口炎病毒

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利用不同方法将小分子NADPH转染进入细胞的比较

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基础医学与临床 2024年第5期44卷 613-618页

作者：李皓玥杜文静李薇中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、细胞生物学系、重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

目的利用非代谢途径直接将外源小分子烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)转染进入细胞内的方法。方法对比3种不同转染试剂(X-tremeGENE TM HP DNA、Lipofectamine TM RNAiMAX和Lipofectamine TM 2000)将NADPH转染到人骨肉瘤细胞系U2OS和... 详细信息

目的利用非代谢途径直接将外源小分子烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH)转染进入细胞内的方法。方法对比3种不同转染试剂(X-tremeGENE TM HP DNA、Lipofectamine TM RNAiMAX和Lipofectamine TM 2000)将NADPH转染到人骨肉瘤细胞系U2OS和小鼠胚胎成纤维细胞系3T3L1中的效果,并通过油红O染色比较它们对脂肪细胞分化的影响。结果用X-tremeGENE HP DNA转染试剂转染NADPH可以有效提高细胞内NADPH水平(P<0.001)。随着NADPH转染浓度(10μmol/L NADPH与10μL转染试剂)的增加,细胞中的NADPH水平呈剂量依赖性增加。此外使用3种转染试剂在3T3L1前脂肪细胞中转染NADPH,只有使用X-tremeGENE HP DNA转染试剂转染NADPH的脂肪细胞分化更明显(P<0.001)。结论X-tremeGENE HP DNA转染试剂能够成功地将外源NADPH转染进入细胞内,并促进3T3L1脂肪细胞的分化和脂质积累。

关键词：烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADPH) 转染细胞培养脂肪细胞分化

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细菌有转录因子吗?——“转录因子”概念的形成和发展浅析

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第6期37卷 691-696页

作者：杨克恭中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院生物化学与分子生物学系北京100005

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型... 详细信息

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型代表是某些国际学术权威主编的生物化学和分子生物学类主流原版教材。然而,新观点认为,细菌的结合DNA的转录激活蛋白和阻遏蛋白就是TFs,其含量和重要性不亚于真核。虽然新观点在国际学术期刊发表的学术论文中早已司空见惯,但迄今国内外许多学者仍然心存疑虑。“转录因子”这一概念像许多分子生物学术语一样,伴随学科发展不断更新,从狭义到广义。初期人们曾以为TFs仅仅是真核基因转录起始所必需的,细菌不需要TFs,当时将细菌排除在其适用范围以外可以理解。40年来丰富的科研成果已经证明,大量的转录激活蛋白和阻遏蛋白结合于启动子以外的顺式调控元件,其中既包括真核生物的增强子、沉默子和绝缘子,也有细菌的多种正、负调控元件,这些转录调节蛋白符合转录因子的所有基本特征,是名副其实的“转录因子”。所以,新观点具有科学性和合理性,应该为学术界广泛接受和采用。将来“转录因子”的概念是否会进一步扩大,纳入HAT等染色质修饰蛋白和ncRNAs,甚至拓展到转录的“延伸因子”和“终止因子”,我们对此应该秉持开放态度。

关键词：转录因子细菌学术之争

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H1N1流感病毒HA蛋白疫苗构建策略的筛选

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基础医学与临床 2022年第12期42卷 1885-1890页

作者：郑宁晨杨姣姣张婷王志荣许雪梅中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物物理及结构生物学系北京100005

目的筛选并确立流感病毒H1N1 A/Nebraska/14/2019血凝素(HA)的最佳蛋白疫苗策略。方法分别构建HA全长、HA胞外区C端不同的突变体及共表达HA/M1的重组杆状病毒,感染昆虫细胞表达80 h后,收取培养上清,Western blot鉴定重组抗原的表达,同... 详细信息

目的筛选并确立流感病毒H1N1 A/Nebraska/14/2019血凝素(HA)的最佳蛋白疫苗策略。方法分别构建HA全长、HA胞外区C端不同的突变体及共表达HA/M1的重组杆状病毒,感染昆虫细胞表达80 h后,收取培养上清,Western blot鉴定重组抗原的表达,同时采用血凝试验间接分析其免疫原性。然后大量表达HA/M1蛋白,Core700纯化后分析蛋白颗粒的理化性质、血凝活性及稳定性。结果2种HA胞外区的C端突变体虽均以三聚体形式表达,但表达上清无血凝活性;HA全长三聚体具有较好的血凝活性,但为膜蛋白,纯化难度大。HA/M1共表达上清具有血凝活性,HA/M1表达上清经Core700纯化,透射电子显微镜分析显示为80 nm~150 nm病毒样颗粒(VLP)。HA-M1-VLP的血凝效价高达26,动态光散射显示HA-M1-VLP在4℃保存3个月性质稳定。结论HA-M1-VLP易于表达纯化、稳定性好,且血凝活性高,可用于流感病毒H1N1蛋白疫苗的研究。

关键词： H1N1 血凝素(HA) 基质蛋白(M1) 病毒样颗粒(VLP)

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