目的 应用Affymetrix全基因组芯片结合荧光定量PCR(quantitative real-timePCR,qPCR)技术,进行致病性DNA拷贝数变异的精细定位研究。方法以一个定位于染色体7q36的中国人遗传性三节拇指多并指综合征伴随Ⅳ型并指家系中的一例患者为研究对象。收集外周血标本,常规提取基因组DNA。应用Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array6.0芯片,将基因组DNA纯化,经过酶切、连接、扩增、标记、杂交、染色和扫描等步骤后得到原始数据,应用Affymetrix Genotyping Console3.0软件进行拷贝数分析。在经芯片分析所确定的重复范围内设计引物,采用qPCR方法进行验证,并进一步缩小断端范周、精确重复区域范围。结果将患者重复区域两断端范围由原来的113kb和33kb分别缩小到5.4kb和1.8kb,致病性DNA重复范围由原来的291~437kb精确至379~387kb。结论应用Affymetrix全基因组芯片联合qPCR技术可以实现对DNA拷贝数突变的精确、可靠的检测。
目的分析经典型苯丙酮尿症家系基因突变,并联合短串联重复序列(short tandem repeats,STR)连锁分析对经典型PKU家系进行产前基因诊断。方法采用分层测序的方法,对44个经典型苯丙酮尿症家系先证者进行外显子测序分析,并在其父母中...
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目的分析经典型苯丙酮尿症家系基因突变,并联合短串联重复序列(short tandem repeats,STR)连锁分析对经典型PKU家系进行产前基因诊断。方法采用分层测序的方法,对44个经典型苯丙酮尿症家系先证者进行外显子测序分析,并在其父母中进行验证。选择PAH基因内部及上下游区域的3个STR位点PAH-STR、PAH-26、PAH-32,采用多重荧光PCR技术分析3个STR位点在PKU家系及正常对照人群中的基因型分布;联合基因测序及STR连锁分析方法对44个家系的47例胎儿进行产前基因诊断。结果在44个经典型PKU家系经分层测序后明确了84个突变等位基因,突变检出率达95.45%(84/88),鉴定了31个突变位点,其中突变频率最高的是R243Q(21.59%),其次是EX6-96A〉G(6.82%)、IVS4-1G〉A(5.86%)、IVS7+2T〉A(5.86%)、V399V(4.55%)、R400K(4.55%)等。3个sTR位点的多态信息量(polymorphism information content,PIC)分别是PAH-STR,PIC=0.71;PAH=26,PIC=0.48;PAH=32,PIC=0.40。47例胎儿均获得了产前诊断,其中11例(23.4%)为受累胎儿,12例(25.5%)未检测到与先证者相同的致病等位基因,24例(51.1%)为杂合性突变携带者。结论PAH基因外显子分层测序联合STR连锁分析可为经典型PKU家系提供高效、准确的产前诊断方法。
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