检索结果-内蒙古大学图书馆

CRISPR质粒和同源重组模板的共转染可降低CRISPR/Cas9系统的基因编辑效率

基础医学与临床 2019年第7期39卷 1048-1054页

作者：林琼张祝琴刘德培中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室

目的探讨CRISPR质粒和同源重组模板的共转染对CRISPR/Cas9系统的基因编辑效率的影响以及可行的解决办法。方法用T7E1内切酶实验和RT-qPCR检测只转染CRISPR质粒组和质粒和模板共转染组细胞内Cas9的切割效率,Cas9 RNA和DNA水平的差异;RT-q... 详细信息

目的探讨CRISPR质粒和同源重组模板的共转染对CRISPR/Cas9系统的基因编辑效率的影响以及可行的解决办法。方法用T7E1内切酶实验和RT-qPCR检测只转染CRISPR质粒组和质粒和模板共转染组细胞内Cas9的切割效率,Cas9 RNA和DNA水平的差异;RT-qPCR检测降低共转染的模板DNA的数量时,细胞内Cas9 DNA和RNA水平的变化;RT-qPCR和T7E1内切酶实验检测先转染CRISPR质粒后转染同源重组模板时,细胞内Cas9 DNA和RNA水平以及切割效率的变化。结果与只转染CRISPR质粒组相比,CRISPR质粒和同源重组模板的共转染显著降低了CRISPR质粒的转染效率(P<0.001)和Cas9的切割效率(P<0.001)。而先转染质粒后转染同源重组模板组和只转染质粒组在CRISPR质粒的转染效率和Cas9的切割效率差别无统计学意义。结论CRISPR质粒和同源重组模板的共转染降低了CRISPR/Cas9系统的基因编辑效率,而先转染质粒后转染同源重组模板可以解决这一问题。

关键词： CRISPR/Cas9系统共转染分开转染同源重组模板

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胱硫醚β合成酶通过ATG5巯基化促进自噬缓解阿尔茨海默病

引用

基础医学与临床 2019年第7期39卷 983-988页

作者：杜亚云刘晓丽朱席琳伍晓盼刘英中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室

目的探究胱硫醚β合成酶(CBS)对阿尔茨海默病的影响及其作用机制。方法用Western blot检测CBS的过表达效果及其对淀粉样蛋白前体蛋白(APP)的影响,检测CBS对自噬标志物LC3的影响;用ELISA检测CBS对细胞上清中Aβ1-42的影响;用亚甲基蓝法检... 详细信息

目的探究胱硫醚β合成酶(CBS)对阿尔茨海默病的影响及其作用机制。方法用Western blot检测CBS的过表达效果及其对淀粉样蛋白前体蛋白(APP)的影响,检测CBS对自噬标志物LC3的影响;用ELISA检测CBS对细胞上清中Aβ1-42的影响;用亚甲基蓝法检测H2S的生成;用生物素转换及Western blot实验验证H2S对自噬相关蛋白5(ATG5)的巯基化作用。用侧脑室注射质粒的方法在小鼠体内过表达CBS;用Y迷宫实验验证CBS对小鼠学习记忆能力的影响。结果CBS降低了细胞上清中Aβ1-42的水平(P<0.05);抑制了APP的表达(P<0.05);CBS促进了H2S的生成(P<0.01),CBS促进了ATG5的巯基化;CBS促进了自噬标志物LC3的表达,抑制了P62的表达,促进了自噬水平;CBS促进阿尔茨海默病模型小鼠的学习记忆能力(P<0.05)。结论CBS通过促进硫化氢生成促进了ATG5第19位半胱氨酸发生巯基化,进而促进自噬,缓解了阿尔茨海默病的病理进程。

关键词：胱硫醚β合成酶自噬相关蛋白5 巯基化细胞自噬阿尔茨海默病

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一种与受精有关的人精子膜蛋白（BS－17）的分离纯化

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生物化学杂志 1994年第2期10卷 236-241页

作者：魏曙光王琳芳缪时英石心泉宗书东医学分子生物学国家重点实验室中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院国家计划生育委员会科学技术研究所

本文用盐分级分离，ＭｏｎｏＱＦＰＬＣ及ＳＤＳ－聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）等方法从人精子ＣＨＡＰＳ抽提液中分离纯化出一种与不育病人血清中抗精子抗体发生特异反应的ＢＳ－１７人精子膜蛋白。该蛋白为一糖蛋白，分子... 详细信息

本文用盐分级分离，ＭｏｎｏＱＦＰＬＣ及ＳＤＳ－聚丙烯酰胺凝胶电泳（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）等方法从人精子ＣＨＡＰＳ抽提液中分离纯化出一种与不育病人血清中抗精子抗体发生特异反应的ＢＳ－１７人精子膜蛋白。该蛋白为一糖蛋白，分子量为１７．５５±２．１５ｋＤ，等电点为５．６５，中性己糖含量为１６．６７％。在人精子上主要分布于顶体区域，不同于已有报导的人精子膜蛋白。在体外实验中抗ＢＳ－１７多克隆血清可以显著影响人精子的获能（ｐ＜０．０２５）和对去透明带仓鼠卵的穿透（ｐ＜０．００５），但不影响人精子运动性及与去透明酯酸带仓鼠卵的结合。小鼠体内被动免疫实验结果证明抗ＢＳ－１７多抗血清具有明显地抑制受精的功能（ｐ＜０．００１）。

关键词：人精子膜蛋白受精提纯精液

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北方汉族人群醛固酮合成酶基因多态性与高血压的关系

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中国医学科学院学报 2007年第3期29卷 329-335页

作者：牛文全王建炳李素洁周文郁赵景波邱长春中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005 哈尔滨医科大学公共卫生学院流行病学教研室哈尔滨150086 黑龙江省电力医院体检科哈尔滨150081

目的探讨北方汉族人群醛固酮合成酶基因(CYP11B2)启动子区C-344T和第三外显子K173R多态性位点与原发性高血压的关系。方法在哈尔滨报社人群中分别选取182例原发性高血压患者和189例正常对照者进行病例-对照研究,采用多聚酶链式反应/限... 详细信息

目的探讨北方汉族人群醛固酮合成酶基因(CYP11B2)启动子区C-344T和第三外显子K173R多态性位点与原发性高血压的关系。方法在哈尔滨报社人群中分别选取182例原发性高血压患者和189例正常对照者进行病例-对照研究,采用多聚酶链式反应/限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)及直接测序技术检测C-344T和K173R的基因型。结果各位点基因型分布在男性和女性组中均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。C-344T位点的基因型和等位基因频率以及K173R的等位基因频率在整个群体和按性别分组后亚群体的分布在高血压组和对照组间差异均没有显著性(P≥0.05)。而K173R位点的基因型频率在整个群体中具有边缘统计学意义(P=0.0500),且在女性组中更为明显(P=0.0038),并以显性方式遗传,这种遗传方式在对混杂因素进行校正后更加明显。同时K173R与女性的收缩压显著相关。结论在北方汉族人群中,CYP11B2 K173R多态性位点与女性高血压的易感相关联。

关键词：原发性高血压醛固酮合成酶基因基因多态性

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MEF2C调控DOK5基因的表达

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基础医学与临床 2009年第4期29卷 342-346页

作者：温见燕阴彬张英姿叶建伟廖文强于长安柯元南中日友好医院全国中西医结合心血管病中心北京100029 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 山东省泰山医学院附属医院山东泰安271000

目的研究MEF2C对DOK5的表达调控机制。方法用RT-PCR法检测小鼠中DOK5组织表达谱,检测P19CL6向心肌细胞分化过程中DOK5和MEF2C的表达。MEF2C与DOK5启动子报告基因共转染P19CL6细胞或将DOK5启动子上的MEF2结合位点突变后,观察报告基因活... 详细信息

目的研究MEF2C对DOK5的表达调控机制。方法用RT-PCR法检测小鼠中DOK5组织表达谱,检测P19CL6向心肌细胞分化过程中DOK5和MEF2C的表达。MEF2C与DOK5启动子报告基因共转染P19CL6细胞或将DOK5启动子上的MEF2结合位点突变后,观察报告基因活性的变化。结果DOK5在小鼠的脑、心脏、骨骼肌等高表达。DOK5和MEF2C在P19CL6向心肌细胞分化过程中mRNA表达水平升高(P<0.05)。过表达MEF2C可以激活DOK5启动子区的报告基因活性,而MEF2结合位点突变则抑制DOK5启动子区报告基因活性。结论MEF2C可以通过作用于DOK5启动子区的MEF2结合位点,调节DOK5的转录活性。

关键词： MEF2C DOK5 启动子基因表达调控

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通过阵列式标签高通量测序高效鉴定点突变单克隆细胞

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基础医学与临床 2020年第7期40卷 903-911页

作者：韩玲杨科薛征吕湘中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的建立阵列式标签标记的高通量测序方法并结合多克隆预筛选实现对点突变单克隆细胞株的高效鉴定。方法通过CRISPR/Cas9介导的同源重组修复(HDR)在K562细胞的rs826415位点引入G到T点突变。侯选细胞按每孔10~20个的密度接种培养多克隆,... 详细信息

目的建立阵列式标签标记的高通量测序方法并结合多克隆预筛选实现对点突变单克隆细胞株的高效鉴定。方法通过CRISPR/Cas9介导的同源重组修复(HDR)在K562细胞的rs826415位点引入G到T点突变。侯选细胞按每孔10~20个的密度接种培养多克隆,以带有标签(barcode)的引物区分各多克隆细胞,PCR扩增含rs826415位点的区段,产物合并进行二代测序。生物信息学分析各多克隆细胞的同源重组率及插入/缺失率。将阳性率最高孔内的细胞进一步单克隆培养并鉴定基因型。结果通过CRISPR/Cas9同源重组法和有限稀释获得96个rs826415位点打靶的多克隆细胞。经阵列式标签高通量测序法分析各孔细胞同源重组且不伴随插入/缺失(HDR without indel)的比率,96个多克隆的平均阳性率为0.21%,最高达4.35%,将该多克隆细胞进一步单克隆培养,从30个单克隆中成功获得rs826415位点由G/G突变为T/G的杂合型细胞株。结论通过阵列式标签高通量测序策略结合多克隆细胞预筛选,实现了定点突变单克隆细胞株的高效鉴定,相比常规方法显著降低了工作量和成本。

关键词： CRISPR/Cas9 同源重组阵列式标签高通量测序克隆筛选

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应用mRNA差异显示技术研究精子发生中阶段特异性基因表达

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基础医学与临床 2000年第3期20卷 38-42页

作者：赵明刘辉贤刘德瑜缪时英王琳芳中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 国家计划生育委员会科研所

为进行精子发生过程中具有阶段特异性表达特征的基因研究，本文应用mRNA差异显示与曲细精管透光分期技术相结合的方法，对大鼠IX～XII期和XIII～Ⅰ期曲细精管的基因表达指纹图谱进行了比较。通过27组不同引物组合的差异PCR反应，共得到5... 详细信息

为进行精子发生过程中具有阶段特异性表达特征的基因研究，本文应用mRNA差异显示与曲细精管透光分期技术相结合的方法，对大鼠IX～XII期和XIII～Ⅰ期曲细精管的基因表达指纹图谱进行了比较。通过27组不同引物组合的差异PCR反应，共得到56个具有阶段特异性表达特征的cDNA片段。通过对它们中的12个进行序列测定和序列同源性分析，其中8个为代表未知基因的新的EST，另有一个与小鼠quaking基因具有高度的同源性，提示这一基因同样存在于大鼠曲轴精管中并呈阶段特异性表达。将所得序列送至GenBank，均获得新的序列编号。

关键词：差异显示精子发生阶段特异性基因 mRNA

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β-654地中海贫血小鼠骨髓红系终末分化的阶段特异性转录组特征

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基础医学与临床 2020年第9期40卷 1182-1189页

作者：史丽芳余东林刘雪会吕湘中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探索β-654地中海贫血小鼠骨髓红系终末分化的阶段特异性转录组特点。方法对β-654地中海贫血小鼠及同窝野生对照小鼠进行基因型鉴定及外周血涂片染色分析,而后对其骨髓细胞做流式细胞分选,收集原始红、早幼红、中幼红和晚幼红细胞... 详细信息

目的探索β-654地中海贫血小鼠骨髓红系终末分化的阶段特异性转录组特点。方法对β-654地中海贫血小鼠及同窝野生对照小鼠进行基因型鉴定及外周血涂片染色分析,而后对其骨髓细胞做流式细胞分选,收集原始红、早幼红、中幼红和晚幼红细胞用于转录组测序;测序数据过滤后进行基因差异表达分析,进一步对差异基因做GO富集分析并通过STRING数据库和Cytoscape软件对其中的上调基因进行蛋白质间相互作用网络和关键基因分析。结果β-654地中海贫血小鼠骨髓红系细胞与同期正常对照间的差异基因随分化进程逐渐增多;GO分析显示地中海贫血早幼红-晚幼红细胞分化过程中分子伴侣介导的蛋白质折叠过程被逐渐激活,早幼红-中幼红时期氧化还原酶活性上调,中幼红-晚幼红时期泛素蛋白连接酶结合增强;蛋白质间相互作用分析发现分子伴侣中的热休克蛋白(Hsp)家族成员位于地中海贫血红系调控网络核心,且随贫血细胞向晚期分化该家族核心网络成员逐渐增多。结论β-654地中海贫血小鼠骨髓红系细胞终末分化具有阶段特异性转录组变化,Hsp家族介导的蛋白质折叠过程随贫血细胞分化逐渐增强,早中幼红时期激活氧化还原反应,而中晚幼红时期以泛素化介导的蛋白降解为主。

关键词：转录组 β-654地中海贫血热休克蛋白蛋白质折叠

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多组学分析发现LAMC2是调节泛癌微环境的关键因子

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基础医学与临床 2022年第4期42卷 545-552页

作者：苏路瑛黄容邹定峰许富李凯卢艳缪时英王琳芳宋伟中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用多种数据库对多黏连细胞外基质蛋白LAMC2进行了系统分析,多组学数据证明LAMC2是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子。方法利用数据库分析了各种肿瘤及正常组织中LAMC2的蛋白质和RNA的表达量。并且比较了不同肿瘤类型间的LAMC... 详细信息

目的利用多种数据库对多黏连细胞外基质蛋白LAMC2进行了系统分析,多组学数据证明LAMC2是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子。方法利用数据库分析了各种肿瘤及正常组织中LAMC2的蛋白质和RNA的表达量。并且比较了不同肿瘤类型间的LAMC2表达量与肿瘤患者生存间的关系,并进行免疫浸润分析;比较了在不同肿瘤类型中LAMC2的表达量与肿瘤微环境免疫浸润的关系。结果通过对LAMC2进行泛癌分析,发现LAMC2的mRNA和蛋白表达在多种肿瘤中表达量高于癌旁组织,并在部分肿瘤中集中表达于恶性肿瘤细胞上。此外,还发现LAMC2的表达不利于泛癌的临床预后,并跟多种肿瘤免疫浸润相关。结论LAMC2是一种重要的致癌基因,可能是有效治疗肿瘤的重要靶点。该结果为后续的分子靶向治疗提供理论依据。

关键词： LAMC2 泛癌分析预后分析

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K562细胞中N-乙酰基转移酶10的RNA结合图谱分析

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 739-744页

作者：李高原王妍然王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-callin... 详细信息

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-calling分析和对peaks进行注释,鉴定NAT10结合位点。并对所结合基因的类型和结合区域进行分析。进一步通过基因功能富集分析,探索其结合的RNA的功能。结果NAT10主要结合于蛋白质编码基因的转录本,并在3′非翻译区域(3′UTR)富集,预测显示其结合的转录本与DNA损伤修复等功能相关。结论NAT10可能通过与DNA损伤修复相关信使RNA(mRNA)的3′UTR区域结合,实现基因表达调控作用。

关键词： N-乙酰基转移酶10 K562细胞紫外交联免疫沉淀测序技术(eCLIP-seq)

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