检索结果-内蒙古大学图书馆

中国医学科学院学报 2007年第3期29卷 293-301页

作者：周国岭宋崴付湘辉辛立唐晓彬冯冬晓刘光刘德培中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的用人珠蛋白转基因鼠模型建立染色质构象捕获的技术体系,探讨人α类珠蛋白基因簇的染色质构象变化与基因表达调控的关系。方法使人α类珠蛋白转基因纯合子公鼠与KM母鼠交配,从怀孕14.5d的母鼠体内取出珠蛋白基因表达组织胎肝和非表... 详细信息

目的用人珠蛋白转基因鼠模型建立染色质构象捕获的技术体系,探讨人α类珠蛋白基因簇的染色质构象变化与基因表达调控的关系。方法使人α类珠蛋白转基因纯合子公鼠与KM母鼠交配,从怀孕14.5d的母鼠体内取出珠蛋白基因表达组织胎肝和非表达组织胎脑细胞,用甲醛交联固定细胞核内的染色质构象,限制性内切酶NcoⅠ消化后用T4DNA连接酶连接,解交联后提取并纯化连接的基因组DNA,在连接位点的两侧设计引物,用半定量PCR分析胎肝和胎脑中人α类珠蛋白基因簇染色质构象模式。结果以含HS40的限制性酶切片段作固定片段时,在胎脑中其他限制性酶切片段与其交联效率随线型距离增加而降低;而在胎肝中,表达的珠蛋白基因α2、α1的酶切片段与其交联效率明显高于胎脑,含有已关闭珠蛋白基因ζ的酶切片段与其交联效率与胎脑相当。以含α2的限制性酶切片段作固定片段时,在胎脑中其他限制性酶切片段与其交联效率随线型距离增加而降低;而在胎肝中,上游调控元件HS40和33与其交联效率明显高于胎脑;HS10和8与其交联效率略低于胎脑。结论在表达组织中,人α类珠蛋白基因簇上游远端调控元件通过形成染色质环与下游表达基因靠近,从而调控α类珠蛋白基因的表达;而在非表达组织中,无此染色质环形成。

关键词：珠蛋白基因簇转基因鼠染色质构象

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基于DenseMedic网络的脑皮层下结构的语义分割

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中国生物医学工程学报 2020年第6期39卷 652-666页

作者：杨斌斌刘霖雯张唯唯中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

脑皮层下结构分割问题是神经科及其他相关疾病计算机辅助诊断和治疗的基础。通过分割和分析核磁共振图像中的脑结构,可以对自闭症谱系障碍、脑卒中、脑肿瘤等疾病进行早期诊断和治疗。为解决精准脑结构分割的问题,基于深度学习基本理论... 详细信息

脑皮层下结构分割问题是神经科及其他相关疾病计算机辅助诊断和治疗的基础。通过分割和分析核磁共振图像中的脑结构,可以对自闭症谱系障碍、脑卒中、脑肿瘤等疾病进行早期诊断和治疗。为解决精准脑结构分割的问题,基于深度学习基本理论,提出一种DenseMedic网络的核磁共振图像脑皮层下结构的分割算法。首先,OreoDown方法通过较早地增大卷积核的步长增大特征感受野的增长速度,并使用不变尺寸的卷积层夹心式地恢复网络深度,使速度的增加带来有效的感受野增加;其次,DenseMedic使用Dense Net的思想实例化OreoDown框架,通过密集连接的特征提取操作来获取多尺度的上下文信息;最后,在各层中使用混合空洞卷积进一步扩大感受野,解决特征感知过于粗糙的问题。采用Dice相似度系数(DSC)、交并比(IoU)、95%Hausdorff表面距离(HSD95)和平均表面距离(ASD) 4个指标,评价神经网络的分割性能。在公开的IBSR数据集的18例图像上进行实验,算法的4个指标分别达到89.2%、80.7%、1.982和0.882;在公开的MBBrainS18数据集的7例图像上的实验显示,算法的4个指标分别达到88.7%、79.8%、1.249和0.570。实验表明,所提出的算法使脑结构的分割结果与真实结构在区域上有更多的重叠,在轮廓上更加相似,可以更好地完成各个脑皮层下结构的分割。在临床应用中,对脑皮层下结构的精准分割将有助于准确测量相关疾病诊断的关键指标,并实现快速的计算机辅助治疗。

关键词：全卷积神经网络阶梯式降采样密集连接混合空洞卷积

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MiR-9在人神经胶质瘤中调节CBX7的表达

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中国医学科学院学报 2008年第3期30卷 268-274页

作者：晁腾飞张瑜颜兴起阴彬龚燕华袁建刚强伯勤彭小忠中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的检测CBX7在人神经胶质瘤中的表达,研究人神经胶质瘤中异常表达的microRNA对CBX7的可能调控作用。方法采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和Western blot检测2例正常脑组织、9例胶质瘤组织和3株胶质瘤细胞系中CBX7mRNA和蛋白水平... 详细信息

目的检测CBX7在人神经胶质瘤中的表达,研究人神经胶质瘤中异常表达的microRNA对CBX7的可能调控作用。方法采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和Western blot检测2例正常脑组织、9例胶质瘤组织和3株胶质瘤细胞系中CBX7mRNA和蛋白水平的表达变化。结合Miranda和改良的机器学习法预测调控CBX7的miRNA。采用real-time PCR检测上述组织和细胞系中miR-9的表达,然后在细胞中过表达或敲低miR-9,结合荧光素酶实验和Western blot检测miR-9对CBX7表达的影响。采用MTT实验和流式细胞术分析miR-9敲低后对T98G细胞生长的影响。结果在胶质瘤组织和细胞系中,CBX7的mRNA水平改变不明显,而蛋白水平却明显下调。生物信息学预测CBX7可能受包括miR-9在内的多个miRNAs调控。与正常组织相比,miR-9在胶质瘤中表达明显增高。在293ET细胞中,过表达miR-9能抑制CBX7-3UTR报告基因活性。在T98G细胞中,敲低miR-9可增加CBX7-3UTR报告基因活性,对内源性CBX7的mRNA水平无明显影响,但使CBX7蛋白表达增加。敲低miR-9后,T98G存活细胞数增加,而且G1期细胞数比对照组明显减少。结论由于受到miR-9转录后水平的抑制,CBX7在人神经胶质瘤中表达下调甚至缺失。

关键词： miR-9 CBX7 神经胶质瘤基因表达

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Dok 6促进神经营养因子3诱导的过表达原肌球蛋白相关激酶C的PC12细胞突起生长

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中国医学科学院学报 2009年第6期31卷 751-755,802页

作者：李玮琦尤元刚阴彬彭小忠中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探讨胞浆接头蛋白Dok6对PC12细胞突起生长的影响。方法将Dok6的不同功能模体片段构建至TrkC/Y516F突变体中形成融合克隆。利用Western blot法验证各个融合克隆在细胞内是否稳定表达。利用瞬时转染的方法将融合克隆导入PC12细胞进行... 详细信息

目的探讨胞浆接头蛋白Dok6对PC12细胞突起生长的影响。方法将Dok6的不同功能模体片段构建至TrkC/Y516F突变体中形成融合克隆。利用Western blot法验证各个融合克隆在细胞内是否稳定表达。利用瞬时转染的方法将融合克隆导入PC12细胞进行过表达,之后用NT-3刺激PC12细胞突起生长,检测不同Dok6片段的效应。结果各个融合克隆均能在细胞内稳定表达。融合了Dok6 PTB结构域+C末端以及单纯C末端的融合克隆均可以挽救由于TrkC受体516位酪氨酸突变导致的PC12细胞突起生长减少,而融合单纯的Dok6 PTB结构域则无此效应。结论Dok6可以促进NT-3诱导的过表达TrkC的PC12细胞突起生长,并且此效应与其C末端密切相关。

关键词： Dok6 PC12细胞神经营养因子3 突起生长融合克隆

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蛋白连接组织生长因子表达腺病毒的构建及其基因功能

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中国医学科学院学报 2011年第6期33卷 649-653,I0014页

作者：宫宁章华兵方福德常永生中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建及鉴定蛋白连接组织生长因子(CTGF)基因过表达腺病毒,初步探究CTGF在糖脂代谢方面的功能。方法克隆CTGF过表达质粒,定向克隆入穿梭载体pAdTrack-CMV,Pme I酶切线性化穿梭质粒转化改造的***5183(含腺病毒载体pAdEasy-1)感受态细... 详细信息

目的构建及鉴定蛋白连接组织生长因子(CTGF)基因过表达腺病毒,初步探究CTGF在糖脂代谢方面的功能。方法克隆CTGF过表达质粒,定向克隆入穿梭载体pAdTrack-CMV,Pme I酶切线性化穿梭质粒转化改造的***5183(含腺病毒载体pAdEasy-1)感受态细菌产生重组腺病毒载体,用Pac I线性化重组质粒,回收转染293A细胞包装病毒颗粒,经过3轮扩增,感染肝原代细胞,观察感染效率及检测基因表达情况。通过对小鼠不同时间段的饥饿处理,提取肝脏RNA做RT-PCR,实时定量PCR检测CTGF基因在不同营养条件下的变化情况。结果成功包装CTGF的腺病毒,感染效率达90%以上。CTGF在不同营养条件下表达情况不同,并且与糖脂代谢重要基因过氧化物酶体增值激活受体γ共激活因子1α表达情况一致。饥饿24h,CTGF上调(3.38±0.51)倍;饥饿48h,CTGF上调(5.26±1.25)倍(P<0.05)。结论初步认定CTGF可能参与糖脂代谢。

关键词：蛋白连接组织生长因子过表达腺病毒饥饿

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去乙酰化酶SIRT1的研究进展

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中国医学科学院学报 2007年第3期29卷 441-447页

作者：陈厚早张祝琴韦玉生刘德培中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

去乙酰化酶Sir2基因家族对细胞的生存、凋亡、衰老等生理活动起着十分重要的调节作用,可能是所有生物共同的寿命控制基因之一。去乙酰化酶(SIRT1)是SIR2的同源物,以许多非组蛋白和组蛋白为底物,与代谢综合征、基因稳定性、肿瘤,神经退... 详细信息

去乙酰化酶Sir2基因家族对细胞的生存、凋亡、衰老等生理活动起着十分重要的调节作用,可能是所有生物共同的寿命控制基因之一。去乙酰化酶(SIRT1)是SIR2的同源物,以许多非组蛋白和组蛋白为底物,与代谢综合征、基因稳定性、肿瘤,神经退行性疾病的发生相关。能量限制可通过增加SIRT1活性来延长啮鼠动物的寿命。因此,SIRT1可作为治疗不同疾病的靶点逐渐被人们所重视。

关键词：去乙酰化酶能量限制衰老

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死亡受体5氨基末端的结构与功能

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中国医学科学院学报 2011年第1期33卷 33-38页

作者：张鹏陈采凤刘士廉郑德先刘彦信中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的研究死亡受体5(DR5)氨基末端的结构与功能。方法利用基因工程技术构建一系列DR5胞外区(DR5-ECD)缺失突变体并获得相应的重组蛋白。利用蛋白免疫印迹及ELISA技术研究重组蛋白与小鼠抗人DR5单克隆抗体AD5-10的结合情况。结果含有完整... 详细信息

目的研究死亡受体5(DR5)氨基末端的结构与功能。方法利用基因工程技术构建一系列DR5胞外区(DR5-ECD)缺失突变体并获得相应的重组蛋白。利用蛋白免疫印迹及ELISA技术研究重组蛋白与小鼠抗人DR5单克隆抗体AD5-10的结合情况。结果含有完整氨基末端结构的DR5-ECD缺失突变体能够与AD5-10结合,而缺失氨基末端的重组蛋白则不能与AD5-10相互作用。结论 DR5氨基末端含有AD5-10激动性抗体的靶点,该靶点可能在发展肿瘤免疫治疗新策略中发挥重要作用。

关键词：死亡受体激动性抗体肿瘤治疗

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肝X受体:糖和脂代谢中的重要调节者

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中国医学科学院学报 2007年第3期29卷 430-435页

作者：刘阳常永生方福德中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

肝X受体(LXRs)是核受体超家族成员,能被氧化的胆固醇衍生物结合并激活,在胆固醇逆向转运中起着非常重要的作用。在肝细胞中,胰岛素能诱导LXRα表达,抑制糖异生关键酶[包括磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEP-CK)、葡萄糖-6-磷酸酶(G-6-Pase)、... 详细信息

肝X受体(LXRs)是核受体超家族成员,能被氧化的胆固醇衍生物结合并激活,在胆固醇逆向转运中起着非常重要的作用。在肝细胞中,胰岛素能诱导LXRα表达,抑制糖异生关键酶[包括磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEP-CK)、葡萄糖-6-磷酸酶(G-6-Pase)、果糖1,6-2磷酸酶(FBP1)],故LXRs可作为糖尿病治疗中重要的药物作用靶点。另外,LXRα还可激活SREBP1c的表达,从而在脂肪酸代谢中也发挥重要作用。本文简要介绍了LXRs在糖代谢和脂代谢中的分子作用机制。

关键词： 2型糖尿病肝X受体脂代谢糖代谢

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胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能

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中国医学科学院学报 2020年第3期42卷 289-296页

作者：张爱东史娟中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物... 详细信息

目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。

关键词：胃癌癌症基因组图谱数据库剪接因子富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10

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胰岛素样生长因子结合蛋白-6的核定位

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中国医学科学院学报 2009年第6期31卷 735-739,801页

作者：韩建军黄秉仁王欣马晓骊陈虹中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的研究胰岛素样生长因子结合蛋白-6(IGFBP-6)在细胞中的定位。方法用重叠PCR法构建IGFBP-6的核定位序列缺失体(pEGFP-C1-BP6ΔNLS)及突变体(pEGFP-C1-BP6-Mut)质粒,与野生型IGFBP-6质粒分别转染PC-3M细胞,激光扫描共聚焦显微镜观察绿... 详细信息

目的研究胰岛素样生长因子结合蛋白-6(IGFBP-6)在细胞中的定位。方法用重叠PCR法构建IGFBP-6的核定位序列缺失体(pEGFP-C1-BP6ΔNLS)及突变体(pEGFP-C1-BP6-Mut)质粒,与野生型IGFBP-6质粒分别转染PC-3M细胞,激光扫描共聚焦显微镜观察绿色荧光融合蛋白在细胞中的分布,并计算这些转染阳性细胞中绿色荧光强度的核质比(Fn/c)。结果激光扫描共聚焦显微镜观察显示,野生型IGFBP-6绿色荧光信号在细胞核内聚集分布,与转染EGFP空载体的对照组相比,Fn/c差异具有显著性(P<0.05)。过表达pEGFP-C1-BP6ΔNLS的细胞中,绿色荧光信号在细胞核内聚集的现象消失,在整个细胞呈均匀分布;过表达pEGFP-C1-BP6-Mut的细胞中,细胞核内绿色荧光信号也有所减弱;两者的Fn/c与转染野生型IGFBP-6的细胞相比差异均具有显著性(P<0.05)。结论IGFBP-6可以定位于细胞核内,它在细胞核内的分布与其核定位序列相关,为进一步研究IGFBP-6不依赖于胰岛素样生长因子的生物学活性提供了新的实验依据。

关键词：胰岛素样生长因子结合蛋白-6 核定位核定位顺序非胰岛素样生长因子依赖的生物学活性

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