检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2024年第5期44卷 619-625页

作者：赵羚延何浏马艳妮余佳中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系北京100005

目的研究具有多重剪接功能的RNA结合蛋白(RBPMS)对携带MLL-AF9融合基因的急性髓系白血病细胞系THP-1功能的影响。方法使用GEO数据库分析造血系统中RBPMS的表达情况;通过慢病毒感染THP-1细胞,RT-qPCR和Western blot检测RBPMS过表达效率;... 详细信息

目的研究具有多重剪接功能的RNA结合蛋白(RBPMS)对携带MLL-AF9融合基因的急性髓系白血病细胞系THP-1功能的影响。方法使用GEO数据库分析造血系统中RBPMS的表达情况;通过慢病毒感染THP-1细胞,RT-qPCR和Western blot检测RBPMS过表达效率;通过高通量测序检测RBPMS过表达后对THP-1细胞转录组的影响。分别用CCK-8法和流式细胞仪检测RBPMS过表达对白血病细胞增殖以及迁移能力的影响。结果RBPMS在携带MLL-AF9融合基因的急性髓系白血病干细胞中异常低表达。RBPMS过表达后THP-1细胞的增殖和迁移能力显著降低(P<0.0001,P<0.05)。结论RBPMS可以抑制携带MLL-AF9融合基因的急性髓系白血病细胞系的细胞增殖与迁移。

关键词： RBPMS MLL-AF9 急性髓系白血病急性髓系白血病细胞系(THP-1)

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基于直接TaqMan-PCR的无创检测脂质代谢相关SNP基因分型技术

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基础医学与临床 2024年第6期44卷 858-865页

作者：孙元宏谢吕范利华郑直中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系北京100005

目的建立一种基于直接TaqMan-PCR的无创多重单核苷酸多态性分型技术用于高通量检测与脂质代谢相关的rs688和rs964184位点,以满足风险人群快速筛查的需求。方法采用提取的DNA对设计的TaqMan探针进行PCR退火延伸温度和扩增程序的优化;将... 详细信息

目的建立一种基于直接TaqMan-PCR的无创多重单核苷酸多态性分型技术用于高通量检测与脂质代谢相关的rs688和rs964184位点,以满足风险人群快速筛查的需求。方法采用提取的DNA对设计的TaqMan探针进行PCR退火延伸温度和扩增程序的优化;将口腔拭子放入样品处理液后进行短暂震荡和离心,取少量上清进行直接qPCR扩增分析;探索探针冻融稳定性和样品保存时间对分型结果的影响。结果本方法仅需对口腔拭子样本简单处理后即可进行qPCR分析,并且可在室温情况下保存4 d。优化后的方法能够较好地区分rs688和rs964184位点的野生纯合子、突变纯合子及杂合子。结论建立了一种快速便捷、高通量、低成本的SNP分型新技术,为大规模筛查携带易感基因的风险人群提供了高效且准确的新方法。

关键词：直接PCR 核酸提取 SNP基因分型高通量

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沙门氏菌感染巨噬细胞的动态转录物组分析

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基础医学与临床 2024年第6期44卷 779-785页

作者：宋博渊吴雪丽李雪媛王莉莎陈阳中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系北京100005

目的本文研究了巨噬细胞RAW 264.7感染鼠伤寒沙门氏菌SL1344后在分子水平上发生的时序变化,旨在全面了解感染期间的动态转录物图谱。方法使用鼠伤寒沙门氏菌SL1344感染巨噬细胞RAW 264.7,分别在0 h、8 h和16 h收集细胞样本进行转录物组... 详细信息

目的本文研究了巨噬细胞RAW 264.7感染鼠伤寒沙门氏菌SL1344后在分子水平上发生的时序变化,旨在全面了解感染期间的动态转录物图谱。方法使用鼠伤寒沙门氏菌SL1344感染巨噬细胞RAW 264.7,分别在0 h、8 h和16 h收集细胞样本进行转录物组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)。通过对转录物组数据进行上下游分析,包括差异基因表达、聚类和功能注释,再结合分子网络研究,来阐明巨噬细胞信号通路的变化。结果感染的巨噬细胞呈现出明显的形态和转录水平变化。差异基因分析确定了显著的上调和下调模式。聚类揭示了六个基因簇,涉及多种信号通路,包括免疫反应、膜转运和脂质代谢等。结论巨噬细胞对沙门氏菌感染表现出动态响应,具有明显的时序基因表达模式。免疫反应、膜转运和脂质代谢通路的协同激活暗示了巨噬细胞对外源感染的多层次细胞适应性,为了解巨噬细胞响应沙门氏菌感染的分子机制提供了重要见解。

关键词：巨噬细胞感染模型免疫反应转录物组时序分析

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白内障相关人γD晶状体蛋白的热诱导变性

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基础医学与临床 2025年第1期45卷 1-6页

作者：周鑫李珍艳李淑媛张文博王晨轩中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物物理及结构生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

目的揭示人γD晶状体蛋白(HGD)与先天性白内障相关突变体蛋白(HGD P23T)的热诱导变性效应,对比野生型与突变体蛋白质在加热过程中结构变化的差异性。方法体外表达纯化HGD与HGD P23T,测定蛋白质内源性荧光强度和静态光散射光强随温度的变... 详细信息

目的揭示人γD晶状体蛋白(HGD)与先天性白内障相关突变体蛋白(HGD P23T)的热诱导变性效应,对比野生型与突变体蛋白质在加热过程中结构变化的差异性。方法体外表达纯化HGD与HGD P23T,测定蛋白质内源性荧光强度和静态光散射光强随温度的变化,揭示HGD与HGD P23T依赖于温度的折叠与聚集结构变化规律。结果温度低于70℃时,HGD与HGD P23T的内源荧光质心波长随温度升高向长波长移动,荧光强度降低,蛋白质构象去折叠。HGD P23T比HGD的构象稳定性差。温度高于70℃时,静态光散射强度随温度显著上升,蛋白质受热聚集。相对于野生型,HGD P23T表现出更强的聚集趋势。结论加热破坏γD晶状体蛋白的折叠构象,诱导去折叠态蛋白质发生聚集。疾病相关P23T突变显著降低了γD晶状体蛋白的构象稳定性。

关键词：晶状体蛋白质热稳定性聚集内源性荧光静态光散射

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COMPASS核心成员Ash2l通过调控细胞周期影响神经祖细胞增殖

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中国生物化学与分子生物学报 2022年第6期38卷 742-748页

作者：马孟杰彭小忠舒鹏程中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学实验动物研究所北京100021

为探究Ash2l(absent,small,or homeotic 2-like,Ash2l)对小鼠大脑皮质神经祖细胞(neural progenitor cells,NPCs)的增殖能力和细胞周期的影响。本研究利用NPCs标志物PAX6和TBR2,检测NPCs数量和分布的改变情况。结果显示,Ash2l敲除导致NPCs数量显著减少(P<0.05),且分布紊乱。对E16.5小鼠进行在体30 min EdU标记实验,检测NPCs增殖能力,Ash2l敲除导致30 min EdU几乎无法进入NPCs(P<0.001)。结果表示,NPCs增殖能力受到严重的影响。用细胞周期M期标志物pH3,检测大脑皮质中处于M期的NPCs分布情况,同时提取了E16.5小鼠大脑皮质蛋白质,检测细胞周期蛋白A的表达量。Ash2l敲除的NPCs的M期细胞核分布紊乱,G_(2)期标志蛋白质细胞周期蛋白A表达量减少。利用EdU和BrdU双标记法,计算NPCs的S期长度。Ash2l敲除后的NPCs的S期长度缩短(P<0.05)。因此,Ash2l调控NPCs细胞周期进程,进而影响NPCs的增殖能力,敲除小鼠大脑皮质发育异常。本研究强调了表观遗传调控对胚胎期神经系统发育的重要作用,并对表型进行了深入探索。

关键词： Ash2l 神经祖细胞细胞周期

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“基因分子生物学实验”选课学生回顾调查和课程建设的思考

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基础医学与临床 2024年第12期44卷 1751-1755页

作者：付俊谷婧丽张祝琴韩为张然徐园园彭小忠中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院基础医学国家级实验教学示范中心北京100005 中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005 中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

目的通过对往年选课学生进行调查,了解同学们对课程的共性需求和对学生科研工作的帮助,为课程的改进和思政建设提供参考。方法以北京协和医学院2018年秋季至2024年春季6个学年24个班级选修“基因分子生物学实验”课程的704名研究生为对... 详细信息

目的通过对往年选课学生进行调查,了解同学们对课程的共性需求和对学生科研工作的帮助,为课程的改进和思政建设提供参考。方法以北京协和医学院2018年秋季至2024年春季6个学年24个班级选修“基因分子生物学实验”课程的704名研究生为对象,进行课前问卷调查和课后回访,收回调查问卷后汇总统计并分析。结果本课程历年选课学生以科研型研究生为主,前期专业背景以临床医学为多,并且在前期学习阶段相对缺乏分子生物学理论知识的系统学习和实验技术的训练。回访调查显示课程中实验操作及实验结果分析,是对学生最有帮助的两个方面;PCR、RNA的提取和检测、Western Blot等内容是对学生科研工作最有用的技术。结论通过问卷调查,能够了解学生的专业背景,掌握学生对选课需求的动态变化,给授课教师很好的参考,以调整授课内容和难易程度,并为课程改革和思政建设提供依据。

关键词：基因分子生物学实验研究生教学课程思政建设

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黄连生物碱改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 923-930页

作者：颜家琦王思齐王峥李隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖... 详细信息

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖异生模型,应用试剂盒检测培养基中葡萄糖含量,RT-qPCR检测糖异生相关基因表达,蛋白印迹检测p-AKT水平。应用棕榈酸与油酸诱导脂质蓄积模型,油红O检测细胞内脂质含量,蛋白印迹检测FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平。结果低剂量(0.5、1、2μg/mL)的黄连总生物碱处理24 h后小鼠原代肝细胞存活率在80%以上。糖异生模型组葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较对照组升高(P<0.05),p-AKT蛋白水平较对照组降低(P<0.05);黄连总生物碱(1、2μg/mL)与小檗碱(2.5、5μmol/L)处理后葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较模型组降低(P<0.05),p-AKT蛋白水平较模型组升高(P<0.05)。脂质蓄积模型组油红O染色较对照组增加(P<0.01),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较对照组升高(P<0.01);黄连总生物碱(1、2μg/mL)、黄连碱(2.5、5μmol/L)与小檗碱(2.5、5μmol/L)组的油红O染色较模型组减少(P<0.05),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较模型组降低(P<0.05)。结论小檗碱通过上调p-AKT水平而降低小鼠原代肝细胞糖异生,黄连碱与小檗碱通过降低FAS、PLIN1、PPARγ的表达而减少小鼠原代肝细胞脂质蓄积。

关键词：黄连生物碱原代肝细胞糖异生脂质蓄积

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炙甘草来源的sRNA可能通过靶向TNF-α缓解轻度ADRS模型小鼠的肺损伤

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1030-1039页

作者：姜振宇王小娜汤克功陈明锐蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞... 详细信息

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞中,通过ELISA检测脂多糖(LPS)或poly(I:C)刺激的人肺腺癌细胞系A549的炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α;通过RT-qPCR检测LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的mRNA水平;用LPS或poly(I:C)气管滴注构建小鼠轻度ARDS模型,将小鼠分为native组、模型组、NC组和sRNA治疗组,通过ELISA检测小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)和血清中炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的浓度;观察轻度ARDS模型小鼠存活情况,统计分析小鼠的存活率。结果生物信息学分析筛选出50条可能与TNF-αmRNA结合的sRNA;双荧光素酶报告基因系统和人单核细胞白血病细胞系(THP1)炎性细胞模型筛选出1条能靶向TNF-α的TNF-α-sRNA-9,这条sRNA来源于四逆汤中的炙甘草;与NC组相比,TNF-α-sRNA-9降低了LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),降低了mRNA水平(P<0.05);与NC组相比,TNF-α-sRNA-9的治疗降低了轻度ARDS模型小鼠的支气管肺泡灌洗液和血清中的IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),增加了小鼠的生存率。结论TNF-α-sRNA-9可能通过靶向TNF-α缓解轻度ARDS模型小鼠的肺损伤。

关键词：急性呼吸窘迫综合征急性肺损伤小RNA TNF-α 四逆汤

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BEND6过表达对小鼠神经干细胞基因转录表达的影响

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基础医学与临床 2023年第2期43卷 246-251页

作者：周梦杰孙倩倩于洋中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显... 详细信息

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显微镜下观察细胞中红色荧光的表达以确认mScarlet和mScarlet-BEND6蛋白的表达。分别提取两组细胞的总RNA,通过全转录组二代测序并对测序数据进行质控、参考基因组比对、定量分析、差异基因表达分析和富集分析,从而表征BEND6过表达对小鼠NSCs基因转录表达的影响及其在小鼠神经发育中的潜在功能。结果成功获取并贴壁培养小鼠NSCs。全转录组测序分析发现,与对照组相比,过表达BEND6的神经干细胞中有165个差异表达基因,其中有102个基因上调,63个基因下调。富集分析显示这些差异表达基因主要与膜电位改变,突触传递,刺激反应,生长发育等生物学过程的调节有关。结论BEND6过表达能够调控小鼠NSCs中的特定基因的转录水平,可能具有调控特定生物学过程及小鼠生长发育的功能。

关键词： BEN结构域 BEND6蛋白神经干细胞

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BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

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生物信息学 2023年第2期21卷 106-113页

作者：高靖静王晓月中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱... 详细信息

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

关键词： CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计编辑效率卷积神经网络

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