检索结果-内蒙古大学图书馆

中华微生物学和免疫学杂志 2024年第5期44卷 390-395页

作者：王星媛李清蓉韩晓晨张续严王哲秦有才储引娣范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系北京100005

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spe... 详细信息

目的以大肠埃希菌桶状蛋白组装复合物的核心组分BamA和BamD作为靶点,从甘草提取物中进行抗菌活性成分的筛选,以应对日益严峻的抗生素耐药问题。方法使用亲和超滤联合高效液相色谱-质谱(high performance liquid chromatography-mass spectrometry,HPLC-MS)技术,从甘草提取物中筛选能够与BamA和BamD相互作用的化合物。用荧光定量PCR检测化合物处理后大肠埃希菌外膜蛋白bamA和bamD基因表达量的变化,并且利用离体重组系统检测化合物对于β桶状蛋白组装(β-barrel assembly machinery,BAM)复合物整合外膜蛋白功能的影响,最后利用SDS在细菌细胞内的积累情况检测化合物处理过后细菌细胞膜完整性变化。结果生物亲和超滤联合HPLC-MS筛选发现18β-甘草次酸可以与BamD发生相互作用,经18β-甘草次酸处理后,大肠埃希菌bamA基因表达水平升高1.5倍,bamD基因表达水平升高2倍,但是,离体重组系统检测未观察到18β-甘草次酸对BAM复合物的插膜功能具有抑制效果,细胞膜完整性检测实验也未发现18β-甘草次酸对于大肠埃希菌细胞膜的破坏。结论以BamA和BamD蛋白作为靶点,建立了使用亲和超滤联合HPLC-MS进行天然产物筛选的方法。筛选得到18β-甘草次酸能够与BamD相互作用并能够影响大肠埃希菌外膜蛋白的表达,故本研究所建立的筛选和实验流程对于以外膜蛋白为靶点的、其他来源的新型抗菌药物的筛选具有良好的借鉴价值,且本研究也提示在筛选过程中,相关靶点的选择对成功筛选到相应的天然产物至关重要。

关键词： 18β-甘草次酸 β桶状蛋白组装复合物离体重组系统

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Omp85家族蛋白中POTRA结构域是外膜蛋白组装起始的关键

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中华微生物学和免疫学杂志 2025年第05期45卷 373-377页

作者：韩晓晨李清蓉王清赵乐怡张涵清秦有才范恩国储引娣中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系，北京　100005

目的通过对Omp85家族具有转运功能的FhaC蛋白以及具有插膜功能的TtOmp85蛋白的POTRA结构域进行替换，探索这两类蛋白质在底物选择与识别中的决定因素。方法体外过表达并纯化得到FhaC、TtOmp85蛋白及替换POTRA结构域后的重组嵌合蛋白，... 详细信息

目的通过对Omp85家族具有转运功能的FhaC蛋白以及具有插膜功能的TtOmp85蛋白的POTRA结构域进行替换，探索这两类蛋白质在底物选择与识别中的决定因素。方法体外过表达并纯化得到FhaC、TtOmp85蛋白及替换POTRA结构域后的重组嵌合蛋白，利用外膜蛋白离体重组系统，探讨不同结构域对底物外膜蛋白FhaB的转运和OmpA插膜效率的影响。结果FhaC的POTRA结构域被TtOmp85的POTRA替换后，失去对FhaB的转运功能；在OmpA插膜过程中，POTRA结构域被替换后，FhaC突变体能获得对OmpA的插膜能力。结论Omp85家族蛋白的POTRA结构域在组成上的差异决定了其对底物类型的选择以及对底物功能的转变。

关键词：外膜蛋白 Omp85超家族 FhaB/FhaC TtOmp85 离体重组系统

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RNA m6A识别蛋白YTHDF2在老年小鼠神经退行过程中的作用

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中华病理学杂志 2024年第12期53卷 1238-1243页

作者：巫乔马春卉张垚李晴佟伟民牛亚梅中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院基础学院病理学系北京100005

目的探讨RNA m6A识别蛋白YTHDF2在老年小鼠神经退行过程中的作用。方法使用表现出明显衰老特征的18月龄正常对照C57BL/6小鼠18只以及同月龄Ythdf2条件性敲除(cKO)小鼠22只,其中5对小鼠用于形态学分析,13只对照小鼠和17只Ythdf2 cKO小鼠... 详细信息

目的探讨RNA m6A识别蛋白YTHDF2在老年小鼠神经退行过程中的作用。方法使用表现出明显衰老特征的18月龄正常对照C57BL/6小鼠18只以及同月龄Ythdf2条件性敲除(cKO)小鼠22只,其中5对小鼠用于形态学分析,13只对照小鼠和17只Ythdf2 cKO小鼠用于行为学实验。首先通过免疫荧光实验检测18月龄C57BL/6正常对照小鼠脑组织中YTHDF2的表达;随后构建神经前体细胞特异性敲除Ythdf2的小鼠模型;通过体重、脑重以及HE染色初步分析老年小鼠大脑的变化;利用免疫组织化学和免疫荧光检测老年正常对照小鼠和Ythdf2 cKO小鼠中不同神经细胞特异性标志物的表达情况;最后通过行为学实验(旷场实验、新物体识别、水迷宫)检测小鼠的运动能力及学习记忆能力。结果免疫荧光染色显示YTHDF2主要在神经元中表达;与正常对照小鼠相比,Ythdf2 cKO小鼠的体重无明显变化,脑重显著下降(P<0.05);免疫染色结果显示,Ythdf2 cKO老年小鼠的海马神经元数量减少、星形胶质细胞数量减少且形态缺陷、小胶质细胞增多和活化(P<0.05);行为学测试显示Ythdf2 cKO老年小鼠的运动能力下降、学习记忆能力受损(P<0.05)。结论老年小鼠脑组织中YTHDF2主要在神经元中表达,Ythdf2缺失会造成小鼠海马神经细胞的数量与结构异常,并损害其运动能力和学习记忆,这提示YTHDF2在老年小鼠的神经退行过程中发挥重要作用。

关键词：甲基化小鼠,基因敲除 YTHDF2 神经退行性病变

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低压低氧刺激后小鼠小脑中RNA m6A甲基化调控因子表达的变化

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中华病理学杂志 2024年第5期53卷 452-457页

作者：肖灵凤马春卉赵顺莉李晴刘春英牛亚梅佟伟民中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院基础学院病理学系北京100005

目的探讨RNA m6A甲基化在低压低氧引起的小脑发育障碍中可能发挥的作用。方法将出生后5 d的C57/BL6小鼠放置于低压低氧饲养舱中连续处理9 d后,首先通过体重、脑重以及HE染色的方式来初步分析小鼠小脑发育情况;其次,利用免疫组织化学和... 详细信息

目的探讨RNA m6A甲基化在低压低氧引起的小脑发育障碍中可能发挥的作用。方法将出生后5 d的C57/BL6小鼠放置于低压低氧饲养舱中连续处理9 d后,首先通过体重、脑重以及HE染色的方式来初步分析小鼠小脑发育情况;其次,利用免疫组织化学和免疫荧光染色法检测小脑中不同类型细胞特异性标志物的表达以解析其细胞结构的紊乱程度;然后利用即时荧光定量聚合酶链反应、Western blot和免疫组织化学染色方法检测小鼠小脑中RNA m6A主要调控因子的表达变化。结果相比于对照组小鼠,低压低氧小鼠体重、脑重以及小脑体积显著减小(P<0.01);不同类型细胞特异性标志物的免疫染色结果显示,NeuN(成熟神经元)表达下降,Calbindin-D28K(浦肯野细胞)和胶质纤维酸性蛋白(星形胶质细胞)的表达下降(P<0.01),且细胞分布紊乱;RNA m6A主要调控因子的表达分析结果显示,甲基转移酶METTL3在低压低氧小鼠小脑中的表达显著下调(P<0.05)。结论低压低氧刺激会造成小鼠小脑发育障碍,成熟神经元、浦肯野细胞和星形胶质细胞结构异常;与常压常氧小鼠相比,低压低氧刺激后小鼠小脑METTL3表达下降,提示其介导的RNA m6A甲基化可能在低压低氧引起的小脑发育障碍过程中发挥重要的作用。

关键词：小脑细胞低氧 RNA甲基化甲基转移酶类

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淮河流域地表水污染与癌症的空间关联

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中国医学科学院学报 2024年第6期46卷 849-861页

作者：赵婧韩伟郭晓波张璐雯薛芳姜晶梅中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005 中国医学科学院、北京协和医学院环境与健康科学中心北京100005

目的揭示淮河流域关键污染物的空间聚集模式,并基于污染分级进一步量化非消化道癌症风险和癌症负担,为淮河流域水污染的深化治理提供靶目标和数据支持。方法选取淮河流域2021年地表水质及2019年肿瘤登记年报的7种癌症发病数据,采用随机... 详细信息

目的揭示淮河流域关键污染物的空间聚集模式,并基于污染分级进一步量化非消化道癌症风险和癌症负担,为淮河流域水污染的深化治理提供靶目标和数据支持。方法选取淮河流域2021年地表水质及2019年肿瘤登记年报的7种癌症发病数据,采用随机森林-SHapley加性解释分析筛选关键污染物,基于空间分析划分污染分级,并计算其癌症风险和人群归因分数。结果筛选出5个关键污染物,分别为总磷、总氮、化学需氧量、5日生化需氧量及砷,并将其联合效应划分为3个污染分级,结果显示与低污染地区相比,高污染地区的5种癌症发病风险显著增加,包括肺癌(RR=1.26,95%CI=1.06~1.50)、乳腺癌(女性)(RR=1.46,95%CI=1.21~1.77)、胰腺癌(RR=1.46,95%CI=1.06~2.01)、脑癌(RR=1.44,95%CI=1.05~1.98)和胆囊癌(RR=1.60,95%CI=1.03~2.50),且人群归因分数几乎均超过5%。结论地表水污染的潜在癌症风险和负担不容忽视,唯有各行业密切合作,通过进一步制定政策法规、加强环境治理和进行公众健康干预,才能从根本上应对这一挑战。

关键词：淮河流域地表水污染空间分布模式污染分级癌症

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基于最小二乘回归的定量指标一致性评价的样本量公式研制

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中国医学科学院学报 2024年第2期46卷 225-231页

作者：陈飞龙于淼徐涛中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性... 详细信息

目的构建并验证基于最小二乘回归法的定量资料一致性评价的样本量计算公式。方法根据最小二乘回归法定量一致性评价的原理,结合统计推断和公式推导,获得基于回归常数和回归系数的样本量计算公式。同时,使用3个实例数据验证公式的准确性,并与Bland-Altman(BA)法样本量计算公式结果进行对比。结果通过公式推导得到回归法定量一致性评价的样本量计算公式,并用实例验证了本公式的准确性。此外,本公式与BA法样本量公式所得结果具有一定差异,在回归法样本量公式计算结果下,回归分析与BA法分析均能得到一致性结论;而在BA法公式结果下,回归分析与BA法分析一致性结论有时不成立。结论本研究首次提出用于回归法定量一致性评价的样本量公式,为该领域研究提供了方法学支持。

关键词：最小二乘回归一致性评价样本量公式定量指标

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突变体p53的翻译后修饰与“功能获得”

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第8期40卷 1043-1056页

作者：吴德轩吴臻王冬来中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学遗传学系北京100005

p53是细胞内最重要的抑癌基因之一,超过50%的人类肿瘤存在以错义突变为主的p53基因变异,导致肿瘤细胞中突变体p53蛋白的产生和积累。除了丧失正常的生物学功能、并通过显性负效应抑制野生型p53的转录活性和肿瘤抑制能力,越来越多的研究... 详细信息

p53是细胞内最重要的抑癌基因之一,超过50%的人类肿瘤存在以错义突变为主的p53基因变异,导致肿瘤细胞中突变体p53蛋白的产生和积累。除了丧失正常的生物学功能、并通过显性负效应抑制野生型p53的转录活性和肿瘤抑制能力,越来越多的研究表明,突变体p53的“功能获得(gain-of-function)”是其促进肿瘤进展和转移的重要途径。翻译后修饰是调节p53分子功能的关键方式,对野生型p53及不同类型突变体p53的调控表现出普遍性和特异性的双重特征,是靶向突变体p53进而逆转肿瘤的新兴潜在靶点。本文以突变体p53的翻译后修饰为切入点,对突变体p53通过“功能获得”参与肿瘤发生发展的过程、翻译后修饰对突变体p53的调控机制,以及靶向突变体p53及其翻译后修饰在肿瘤治疗中的应用做一综述。此外,我们还讨论了突变体p53在肿瘤生物学研究中尚未解决的问题,并对未来的研究方向进行了展望。本综述旨在系统概括翻译后修饰对突变体p53“功能获得”的调控和在肿瘤发生发展中的意义,为开发基于靶向突变体p53翻译后修饰的肿瘤干预策略提供依据。

关键词： p53 突变功能获得翻译后修饰肿瘤

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BE-dot:为单碱基编辑设计sgRNA及预测脱靶图谱的工具

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生物化学与生物物理进展 2023年第2期50卷 397-404页

作者：王泽鲁梁俊波王晓月中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,... 详细信息

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,尽管有较多工具实现了设计sgRNA,但缺少将设计sgRNA与评估单碱基编辑器特异性完整结合起来的工具。方法纳入主流的27种胞嘧啶碱基编辑器(CBEs)和12种腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)对SNV设计编辑方案,并通过调用第三方工具BE-Hive对编辑方案进行效率预测。综合使用多个脱靶预测工具对编辑方案的脱靶图谱进行评估。最后结合BEs类型和脱靶位点,分析得到所有可能的脱靶编辑产物,再调用ANNOVAR这一变异注释工具进行脱靶产物的功能分析。结果本文提出了一个综合性工具BE-dot,它可以实现对目标编辑的SNV从设计sgRNA到预测脱靶图谱的完整过程,并对脱靶产物进行功能注释。利用密码子的简并性,BE-dot除了提供DNA水平上的精确校正方案,还可以在蛋白质水平进行同义校正。在对单碱基编辑系统做脱靶图谱的预测时,BE-dot综合了Cas-OFFinder、CALITAS、CFD、u CRISPR、BEdeepoff等多个工具,可以更全面地评估单碱基编辑系统的特异性,为用户选择BEs和sgRNA提供参考。此外,BE-dot可以自动分析得到脱靶位点处所有可能的编辑产物,并转换为avinput格式供ANNOVAR进行功能注释,避免了以往手工注释的繁琐。结论 BE-dot能为单碱基编辑技术应用于纠正或引入SNV设计编辑方案,并且能够从编辑效率、脱靶图谱、脱靶带来的功能影响等方面对编辑方案进行全面的评估。

关键词：单碱基编辑器单向导RNA设计脱靶图谱预测

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微RNA在大脑新皮层层次形成中的调控作用

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生物化学与生物物理进展 2024年第10期51卷 2392-2404页

作者：舒鹏程窦欣怡中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制全国重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微... 详细信息

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微RNA(microRNAs,miRNAs)为对象,结合笔者实验室工作,总结近年来所发现的miRNAs在大脑皮层层次形成过程中的研究进展,特别是在神经干细胞时序性命运决定、投射神经元多样性的形成、神经元放射状迁移,以及分裂后神经元进一步命运特化等方面的进展,为大脑皮层的发育机制研究提供新的思路。

关键词：大脑新皮层投射神经元层次形成微RNA Dicer

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中国北方典型地区人群活动模式特色数据集

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Chinese Medical Sciences Journal 2024年第1期39卷 69-73,I0007页

作者：杨意森刘盛宇梅亚园周全赵梅朵许群吴思竹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院环境与健康研究中心北京100005 中国医学科学院北京协和医学院医学信息研究所医学数据共享研究室北京100020

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市... 详细信息

本文介绍了《典型地区活动模式特色数据集》(Typical Regional Activity Patterns,TRAP),此数据集依托于“大气重污染成因与治理攻关项目”。为了探索大气污染与体力活动的交互效应,我们在空气污染物浓度高于周边地区的典型区域(济南市和保定市)收集了9,221名不同职业和生活方式居民连续3天的活动模式数据。TRAP数据集包括人口学指标(人口学、职业信息、个人习惯和居住条件)和体力活动模式数据(活动地点和活动强度)信息。此数据集提供了体力活动模式的暴露测量数据,数据使用者可以根据自己的特定目的将其与各种终点指标匹配。此数据集可为探究中国北方居民活动模式属性提供证据,为跨学科研究人员制定健康教育及健康促进策略和措施提供证据。

关键词：活动模式典型地区行为监测大气污染中国

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