检索结果-内蒙古大学图书馆

临床检验杂志 2023年第5期41卷 380-384页

作者：陈飞龙徐涛中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的构建并验证基于最小二乘回归法的样本量计算公式用于评估定量方法的一致性,并用Bland-Altman法样本量公式比较其差异性。方法利用最小二乘回归法和统计推断的基本原理,推导出基于该方法的样本量公式。另选取1个实例验证本公式的准确... 详细信息

目的构建并验证基于最小二乘回归法的样本量计算公式用于评估定量方法的一致性,并用Bland-Altman法样本量公式比较其差异性。方法利用最小二乘回归法和统计推断的基本原理,推导出基于该方法的样本量公式。另选取1个实例验证本公式的准确性,并将本公式计算结果与Bland-Altman法样本量进行比较。结果通过公式推导得到基于最小二乘回归的定量指标一致性评价的样本量计算公式:n_(1)=[(Z_(1-α/2)+Z_(1-β/2))·σ_(ε)/(b_(0)+Δ_(0))·S_(x)]^(2)·(S_(x)^(2)+x^(2))+1,n_(2)=[(Z_(1-α/2)+Z_(1-β/2))·σ_(ε)/(|b_(1)-1|+Δ_(1))·S_(x)]^(2)+1。根据小样本预试验得到参数,本公式计算所得样本量与Bland-Altman法样本量公式并不完全相同,但在后续验证试验中,在满足样本量条件下两方法均得到一致性结论,进一步验证了推导公式的正确性。结论本研究构建的公式补充了国内外研究的空白,为定量数据一致性评估中使用最小二乘回归法提供了方法学支持。

关键词：最小二乘回归一致性评价样本量公式定量指标

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一次读懂医学统计:混杂与效应修饰

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中华放射肿瘤学杂志 2025年第1期34卷 103-103页

作者：王擎何慧婧中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

在科研活动,如研究设计、数据分析及文献审阅中,混杂(confounding)与效应修饰(effect modification)是两个关键的流行病学概念。理解这两个概念对于正确解释研究结果至关重要。目前仍有大量研究论文中对这两者进行了错误的使用或混淆。... 详细信息

在科研活动,如研究设计、数据分析及文献审阅中,混杂(confounding)与效应修饰(effect modification)是两个关键的流行病学概念。理解这两个概念对于正确解释研究结果至关重要。目前仍有大量研究论文中对这两者进行了错误的使用或混淆。本文通过明确的解释和实例分析,帮助读者清楚地区分和理解这两个重要的流行病学概念。

关键词：医学统计科研活动流行病学数据分析混杂读懂实例分析

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文献案例汇报和讨论在专业型硕士生临床流行病学教学中的应用

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基础医学与临床 2023年第9期43卷 1481-1485页

作者：韩慧君廖巍王丽中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、流行病与卫生统计学系北京100005

目的为了增强临床医学专业型硕士生的科研能力,在临床流行病学教学中尝试文献案例汇报与讨论的新教学模式并对其教学效果进行评价。方法选取北京协和医学院2019~2021年各学年选修临床流行病学课程的临床医学专业型硕士生(128名)为研究... 详细信息

目的为了增强临床医学专业型硕士生的科研能力,在临床流行病学教学中尝试文献案例汇报与讨论的新教学模式并对其教学效果进行评价。方法选取北京协和医学院2019~2021年各学年选修临床流行病学课程的临床医学专业型硕士生(128名)为研究对象。2019年全部采用专题讲授式教学,2020年和2021年针对“队列研究”专题增设了文献案例汇报和讨论课。2021年选课学生就新教学模式提供了问卷反馈。结果2020年学生期末考试全部题目的题均得分率高于2019年(中位值分别为84.7%vs 75.4%,P<0.001);两学年学生的队列研究题目的题均得分率差异无统计学意义。2020年学生的队列研究案例讨论课得分率与期末考试队列研究题目的题均得分率、全部题目的题均得分率均呈正相关(r=0.40,P<0.01;r=0.31,P<0.05)。2021年学生中,80%自评达到了案例讨论课的知识学习目标,90%认为文献案例汇报与讨论式教学有助于提升临床研究设计能力、文献阅读能力、学术汇报交流能力及团队协作能力,全部学生对案例讨论课表示满意。结论在临床流行病学教学中开展文献案例汇报和讨论式教学,有助于学生更好地掌握临床研究方法学并提升综合科研能力,值得推广。

关键词：流行病学教学方法临床医学专业学位硕士研究生案例教学科研能力

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黄连生物碱改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 923-930页

作者：颜家琦王思齐王峥李隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖... 详细信息

目的筛选能改善小鼠原代肝细胞糖异生与脂质蓄积的黄连生物碱单体并探讨其作用机制。方法分离小鼠原代肝细胞,使用不同剂量黄连总生物碱或单体成分处理,CCK-8法检测细胞存活率。使用丙酮酸钠、乳酸钠与胰高血糖素诱导小鼠原代肝细胞糖异生模型,应用试剂盒检测培养基中葡萄糖含量,RT-qPCR检测糖异生相关基因表达,蛋白印迹检测p-AKT水平。应用棕榈酸与油酸诱导脂质蓄积模型,油红O检测细胞内脂质含量,蛋白印迹检测FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平。结果低剂量(0.5、1、2μg/mL)的黄连总生物碱处理24 h后小鼠原代肝细胞存活率在80%以上。糖异生模型组葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较对照组升高(P<0.05),p-AKT蛋白水平较对照组降低(P<0.05);黄连总生物碱(1、2μg/mL)与小檗碱(2.5、5μmol/L)处理后葡萄糖含量与G6PC、PCX的mRNA水平较模型组降低(P<0.05),p-AKT蛋白水平较模型组升高(P<0.05)。脂质蓄积模型组油红O染色较对照组增加(P<0.01),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较对照组升高(P<0.01);黄连总生物碱(1、2μg/mL)、黄连碱(2.5、5μmol/L)与小檗碱(2.5、5μmol/L)组的油红O染色较模型组减少(P<0.05),FAS、PLIN1、PPARγ蛋白水平较模型组降低(P<0.05)。结论小檗碱通过上调p-AKT水平而降低小鼠原代肝细胞糖异生,黄连碱与小檗碱通过降低FAS、PLIN1、PPARγ的表达而减少小鼠原代肝细胞脂质蓄积。

关键词：黄连生物碱原代肝细胞糖异生脂质蓄积

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炙甘草来源的sRNA可能通过靶向TNF-α缓解轻度ADRS模型小鼠的肺损伤

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1030-1039页

作者：姜振宇王小娜汤克功陈明锐蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞... 详细信息

目的探索靶向TNF-α的小RNA(sRNA)在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的影响和作用机制。方法以TNF-α为靶点,通过生物信息学方法从四逆汤水煎液sRNA数据库中筛选sRNAs;用双荧光素酶报告基因系统验证sRNAs靶向TNF-α的效果;将sRNA转染进细胞中,通过ELISA检测脂多糖(LPS)或poly(I:C)刺激的人肺腺癌细胞系A549的炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α;通过RT-qPCR检测LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的mRNA水平;用LPS或poly(I:C)气管滴注构建小鼠轻度ARDS模型,将小鼠分为native组、模型组、NC组和sRNA治疗组,通过ELISA检测小鼠支气管肺泡灌洗液(BALF)和血清中炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α的浓度;观察轻度ARDS模型小鼠存活情况,统计分析小鼠的存活率。结果生物信息学分析筛选出50条可能与TNF-αmRNA结合的sRNA;双荧光素酶报告基因系统和人单核细胞白血病细胞系(THP1)炎性细胞模型筛选出1条能靶向TNF-α的TNF-α-sRNA-9,这条sRNA来源于四逆汤中的炙甘草;与NC组相比,TNF-α-sRNA-9降低了LPS或poly(I:C)刺激的A549细胞炎性因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),降低了mRNA水平(P<0.05);与NC组相比,TNF-α-sRNA-9的治疗降低了轻度ARDS模型小鼠的支气管肺泡灌洗液和血清中的IL-1β、IL-6和TNF-α水平(P<0.05),增加了小鼠的生存率。结论TNF-α-sRNA-9可能通过靶向TNF-α缓解轻度ARDS模型小鼠的肺损伤。

关键词：急性呼吸窘迫综合征急性肺损伤小RNA TNF-α 四逆汤

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BEguider:一个单碱基编辑器sgRNA设计与编辑效率预测工具

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生物信息学 2023年第2期21卷 106-113页

作者：高靖静王晓月中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱... 详细信息

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

关键词： CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计编辑效率卷积神经网络

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利用Hnf4α敲除的小鼠肝脏类器官探究发育模型的应用潜力

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 724-732页

作者：张智玉曹军梁俊波中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO... 详细信息

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO的转分化过程,使用公共测序数据集分析胎肝发育过程中的分化,并从基因表达的变化趋势、生物学功能,以Hnf4α为例的regulon调控关系这三个方面对两种分化过程进行比较。结果ICO转分化过程中基因表达的变化趋势与胎肝发育总体一致;转分化过程中表达上调的差异基因主要富集在与肝实质细胞生物学功能密切相关的代谢相关通路;ICO转分化过程中Hnf4α的下游靶基因与胎肝发育部分相似。结论ICO转分化模型可以部分模拟胎肝发育中的分化过程。

关键词：胆管类器官转录组测序分化肝细胞核因子4α(Hnf4α)

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BEND6过表达对小鼠神经干细胞基因转录表达的影响

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基础医学与临床 2023年第2期43卷 246-251页

作者：周梦杰孙倩倩于洋中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显... 详细信息

目的探究在小鼠神经干细胞(NSCs)中过表达BEND6对其基因转录表达的影响,分析BEND6在小鼠神经发育过程中潜在的生物学功能。方法在贴壁培养的小鼠NSCs中分别瞬时转染pCMV-mScarlet(对照组)和pCMV-mScarlet-BEND6(实验组)质粒,24 h后在显微镜下观察细胞中红色荧光的表达以确认mScarlet和mScarlet-BEND6蛋白的表达。分别提取两组细胞的总RNA,通过全转录组二代测序并对测序数据进行质控、参考基因组比对、定量分析、差异基因表达分析和富集分析,从而表征BEND6过表达对小鼠NSCs基因转录表达的影响及其在小鼠神经发育中的潜在功能。结果成功获取并贴壁培养小鼠NSCs。全转录组测序分析发现,与对照组相比,过表达BEND6的神经干细胞中有165个差异表达基因,其中有102个基因上调,63个基因下调。富集分析显示这些差异表达基因主要与膜电位改变,突触传递,刺激反应,生长发育等生物学过程的调节有关。结论BEND6过表达能够调控小鼠NSCs中的特定基因的转录水平,可能具有调控特定生物学过程及小鼠生长发育的功能。

关键词： BEN结构域 BEND6蛋白神经干细胞

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一次读懂医学统计:置信区间,医学研究的不确定性度量尺

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中华放射肿瘤学杂志 2025年第3期34卷 310-310页

作者：韩伟何慧婧中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰... 详细信息

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰是“量化”随机误差带来的不确定性的工具,它提供了一个估计值的可能范围,帮助我们理解研究结果的可靠性。

关键词：置信区间医学统计不确定性度量帮助理解随机误差可信区间可靠程度估计值

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通过盆底测试仪压力气囊评估盆底肌力的有效性研究

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生殖医学杂志 2023年第6期32卷 866-874页

作者：付琳茹郭涛孙智晶张晨昱王秀琪徐涛中国医学科学院、北京协和医学院、北京协和医院妇产科国家妇产疾病临床医学研究中心北京100730 中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

目的探讨应用盆底测试仪压力气囊测试最大阴道收缩压(MVCP)与手测肌力检查评估盆底肌力的相关性和一致性。方法前瞻性选取于2018年6月至2019年7月在北京协和医院体检、因盆底功能障碍性疾病(PFD)就诊及产后1年内随访的女性,分别为非PFD... 详细信息

目的探讨应用盆底测试仪压力气囊测试最大阴道收缩压(MVCP)与手测肌力检查评估盆底肌力的相关性和一致性。方法前瞻性选取于2018年6月至2019年7月在北京协和医院体检、因盆底功能障碍性疾病(PFD)就诊及产后1年内随访的女性,分别为非PFD组、PFD组及产后组。由同一名医生对受试者进行手测肌力检查,包括改良牛津肌力分级(MOS)和肛提肌检测分级(LAT);再依据随机数字表对受试者进行随机互盲分组,由两名盆底治疗师作为检查者,以交叉顺序使用盆底测试仪的压力气囊进行MVCP评估,每名检查者对同一受试者进行两次评估。采用Spearman秩相关系数(r)进行相关性评价,采用组内相关系数(ICC)、Bland-Altman分析进行一致性评价。结果非PFD组163例、PFD组154例和产后组151例受试者完成所有评估。在全部受试者中,盆底测试仪记录的MVCP与MOS和LAT之间相关性强(r=0.779~0.814,P<0.001),MVCP结果在同一检查者内存在高度一致性[分别为ICC=0.815,95%CI(0.782,0.843)和ICC=0.818,95%CI(0.785,0.846)],在不同检查者间也存在高度一致性[ICC=0.719,95%CI(0.663,0.765)]。MVCP的Bland-Altman分析显示,其95%一致性界限区间较窄,且落在95%一致性界限外的点比例在0.025~0.071之间,属可接受范围。在非PFD组、PFD组及产后组的亚组分析中,MVCP与MOS和LAT也存在强相关性(r=0.749~0.867,P<0.001),检查者内和检查者间一致性均较好。结论盆底测试仪通过压力气囊测试的MVCP与医生手测MOS和LAT相关性强,MVCP在同一检查者和不同检查者间均存在高度一致性。本研究结果表明盆底测试仪压力气囊在评估盆底肌力方面有效性好,具有较好的应用前景。

关键词：最大阴道收缩压盆底肌力评估改良牛津肌力分级肛提肌检测分级

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