检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2023年第2期50卷 397-404页

作者：王泽鲁梁俊波王晓月中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,... 详细信息

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,尽管有较多工具实现了设计sgRNA,但缺少将设计sgRNA与评估单碱基编辑器特异性完整结合起来的工具。方法纳入主流的27种胞嘧啶碱基编辑器(CBEs)和12种腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)对SNV设计编辑方案,并通过调用第三方工具BE-Hive对编辑方案进行效率预测。综合使用多个脱靶预测工具对编辑方案的脱靶图谱进行评估。最后结合BEs类型和脱靶位点,分析得到所有可能的脱靶编辑产物,再调用ANNOVAR这一变异注释工具进行脱靶产物的功能分析。结果本文提出了一个综合性工具BE-dot,它可以实现对目标编辑的SNV从设计sgRNA到预测脱靶图谱的完整过程,并对脱靶产物进行功能注释。利用密码子的简并性,BE-dot除了提供DNA水平上的精确校正方案,还可以在蛋白质水平进行同义校正。在对单碱基编辑系统做脱靶图谱的预测时,BE-dot综合了Cas-OFFinder、CALITAS、CFD、u CRISPR、BEdeepoff等多个工具,可以更全面地评估单碱基编辑系统的特异性,为用户选择BEs和sgRNA提供参考。此外,BE-dot可以自动分析得到脱靶位点处所有可能的编辑产物,并转换为avinput格式供ANNOVAR进行功能注释,避免了以往手工注释的繁琐。结论 BE-dot能为单碱基编辑技术应用于纠正或引入SNV设计编辑方案,并且能够从编辑效率、脱靶图谱、脱靶带来的功能影响等方面对编辑方案进行全面的评估。

关键词：单碱基编辑器单向导RNA设计脱靶图谱预测

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微RNA在大脑新皮层层次形成中的调控作用

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生物化学与生物物理进展 2024年第10期51卷 2392-2404页

作者：舒鹏程窦欣怡中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制全国重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微... 详细信息

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微RNA(microRNAs,miRNAs)为对象,结合笔者实验室工作,总结近年来所发现的miRNAs在大脑皮层层次形成过程中的研究进展,特别是在神经干细胞时序性命运决定、投射神经元多样性的形成、神经元放射状迁移,以及分裂后神经元进一步命运特化等方面的进展,为大脑皮层的发育机制研究提供新的思路。

关键词：大脑新皮层投射神经元层次形成微RNA Dicer

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分子生物学中心法则存在两个版本

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第4期40卷 520-525页

作者：杨克恭中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

分子生物学中心法则阐述生物体内的遗传信息流动方向,是重要的分子生物学经典理论之一。中心法则存在两个版本。1957年克里克首次提出中心法则,1958年发表,1970年修改。克里克将遗传信息传递方式分为三组:(1)3种普通传递,在细胞中正常发... 详细信息

分子生物学中心法则阐述生物体内的遗传信息流动方向,是重要的分子生物学经典理论之一。中心法则存在两个版本。1957年克里克首次提出中心法则,1958年发表,1970年修改。克里克将遗传信息传递方式分为三组:(1)3种普通传递,在细胞中正常发生,包括DNA→DNA、DNA→RNA和RNA→蛋白质;(2)3种特殊传递,指某些病毒中的RNA→RNA和RNA→DNA,以及体外DNA→蛋白质;(3)3种未知传递,即尚未发现或可能不存在的信息传递,包括蛋白质→蛋白质、蛋白质→DNA和蛋白质→RNA。1965年沃森以蛋白质生物合成途径作为中心法则,将遗传信息传递过程分成两步——转录和翻译,通常简化为DNA→RNA→蛋白质,之后又补充了“RNA复制”和“逆转录”。沃森中心法则的局限性受到质疑。

关键词：分子生物学中心法则两个版本质疑

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翻译后修饰调控神经退行性疾病相关蛋白质聚集体的构象多态性研究

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中国科学:化学 2025年第4期55卷 785-807页

作者：王若楠简中意于兰兰王晨轩中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物物理及结构生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京1000

淀粉样蛋白质聚集体的构象多态性在神经退行性疾病的发病机制及靶向药物研发中具有重要意义.构象多态性是淀粉样蛋白聚集体的基本结构特征且受多种因素调控.翻译后修饰作为关键的调控因子,通过调节淀粉样蛋白的聚集动力学与聚集体结构,... 详细信息

淀粉样蛋白质聚集体的构象多态性在神经退行性疾病的发病机制及靶向药物研发中具有重要意义.构象多态性是淀粉样蛋白聚集体的基本结构特征且受多种因素调控.翻译后修饰作为关键的调控因子,通过调节淀粉样蛋白的聚集动力学与聚集体结构,赋予聚集体丰富的构象多态性.本文回顾了近年来为解析淀粉样蛋白聚集体构象多态性发展的高分辨率结构解析新方法,介绍了淀粉样蛋白聚集体构象多态性的结构特征与调控机制研究取得的新进展.本文总结了淀粉样蛋白翻译后修饰的异质化效应及其在神经退行性疾病病理机制中发挥的关键作用,阐明翻译后修饰对淀粉样聚集体构象多态性重要的调控机制,并分析了现阶段该研究领域的局限性与挑战.

关键词：淀粉样蛋白聚集异质化效应构象多态性结构解析

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RNA m6A去甲基化酶ALKBH5基因敲除对老年小鼠小脑形态和功能的影响

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中华病理学杂志 2023年第6期52卷 606-611页

作者：费祎马春卉李晴宋伟佟伟民牛亚梅中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院基础学院病理学系北京100005 中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院基础学院、医学分子生物学国家重点实验室、生物化学与分子生物学系北京100005

目的观察RNA m6A去甲基化酶ALKBH5基因敲除之后对老年小鼠小脑形态和功能的影响,探究ALKBH5在小脑退行性病变中的作用。方法免疫印迹实验检测不同年龄C57BL/6野生型小鼠(包括2月龄、6月龄、12月龄、18月龄)小脑中ALKBH5的蛋白水平。通... 详细信息

目的观察RNA m6A去甲基化酶ALKBH5基因敲除之后对老年小鼠小脑形态和功能的影响,探究ALKBH5在小脑退行性病变中的作用。方法免疫印迹实验检测不同年龄C57BL/6野生型小鼠(包括2月龄、6月龄、12月龄、18月龄)小脑中ALKBH5的蛋白水平。通过免疫组织化学实验检测中年(12月龄)及老年(18月龄)野生型小鼠和ALKBH5基因敲除(ALKBH5^(-/-))小鼠中NeuN、Calbindin-D28K、MAP2、胶质纤维酸性蛋白等蛋白的表达情况。平衡木实验和步态实验检测小鼠平衡能力以及运动协调能力。结果ALKBH5蛋白在小脑中的表达水平随着小鼠生理性衰老的进行而逐渐升高。在中年小鼠中,野生型和ALKBH5^(-/-)小鼠的体重、脑重以及小脑的形态大小没有明显差别,同时颗粒神经元、浦肯野细胞及神经元树突的形态和数量均未见明显改变。在老年小鼠中,相较于野生型小鼠,ALKBH5^(-/-)小鼠的体重、全脑重和小脑重分别下降15%、10%和21%(P<0.05)。ALKBH5在浦肯野细胞中的表达高于其他类型的神经细胞,与之对应在老年ALKBH5^(-/-)小鼠中浦肯野神经元的数量下降40%,树突的长度和密度也明显减少(P<0.01)。老年ALKBH5^(-/-)小鼠通过平衡木相较于同龄的野生型小鼠所用的时间增加70%,且出现步态不稳的情况(P<0.01)。结论RNA m6A去甲基化酶ALKBH5缺失会造成老年小鼠小脑萎缩、浦肯野神经元缺失与受损,进而损害其运动协调和平衡能力。上述结果提示RNA m6A甲基化失衡会导致小脑的神经退行性病变。

关键词：小脑浦肯野细胞 RNA m6A甲基化 ALKBH5

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SARS-CoV-2刺突蛋白在急性感染期人体标本心外膜及血管外膜组织中的分布

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病毒学报 2025年第1期41卷 33-38页

作者：赵建平李甜甜孙健茹陈震王乃利李文卿曹萌萌马超李宏义北京医院、国家老年医学中心、中国医学科学院老年医学研究院、北京协和医学院北京100730 北京医院、国家老年医学研究中心、中国医学科学院老年医学研究院北京100730 中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院北京100005 北京协和医学院、中国医学科学院病原生物学研究所北京100730

新型冠状病毒感染(Coronavirus disease 2019,COVID-19)急性感染导致心血管系统损伤的病理生理学机制尚不明确,揭示严重急性呼吸综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronary virus 2,SARS-CoV-2)病毒蛋白在人体心血管组织中的分布特征将有助于认识和理解心脏损伤的病理机制。本研究纳入COVID-19急性感染期死亡患者8例,其中6例男性,2例女性,平均年龄81.4岁(66~98)。通过病理尸检获取心脏组织,分别采用HE染色观察心血管组织病理变化,免疫组织化学染色观察SARS-CoV-2刺突蛋白(Spike S1、S2亚基)和核衣蛋白(Nucleocapsid,N蛋白)在心脏组织中的分布。在所有8例标本的心脏组织中发现,在心外膜脂肪细胞、心外膜浸润细胞、心血管内皮细胞以及心肌细胞中可见S1、S2和N蛋白的表达,在血管周围脂肪细胞中可见S2亚基和N蛋白的表达。但是,在心外膜、血管外膜等组织中广泛分布着S1亚基。本研究发现COVID-19急性感染期心血管组织细胞中存在S1、S2、N等蛋白的表达,在心外膜和血管外膜中存在S1蛋白的表达,这种外膜中广泛分布的S1导致心血管系统损伤的致病机制尚不清楚,值得进一步研究。

关键词：新冠冠状病毒感染刺突蛋白心血管系统血管外膜人体标本

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反式自主转运蛋白紧密黏附素Intimin离体重组系统的建立

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中华微生物学和免疫学杂志 2023年第3期43卷 191-195页

作者：韦良婉王哲王星媛储引娣范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建反式自主转运蛋白的离体重组系统,以用于深入研究反式自主转运蛋白的跨膜转运机制。方法以大肠埃希菌紧密黏附素Intimin为例,进行离体重组系统的构建。获得Intimin的过表达菌株后,将其制备成原生质球,诱导Intimin表达。纯化重... 详细信息

目的构建反式自主转运蛋白的离体重组系统,以用于深入研究反式自主转运蛋白的跨膜转运机制。方法以大肠埃希菌紧密黏附素Intimin为例,进行离体重组系统的构建。获得Intimin的过表达菌株后,将其制备成原生质球,诱导Intimin表达。纯化重组表达的桶状蛋白组装复合物,将其制备成蛋白脂质体。反应体系中加入蛋白酶K处理后,观察转运是否成功。结果原生质球诱导表达未折叠的Intimin后,向体系中加入桶状蛋白组装复合物制备的蛋白脂质体,反应结束后加入蛋白酶K处理。与不加蛋白脂质体的对照组相比,能观察到Intimin不被蛋白酶K消化,表明Intimin被成功转运至膜上。结论反式自主转运蛋白Intimin的跨膜转运需要桶状蛋白组装复合物的参与。本研究成功建立反式自主转运蛋白的离体重组系统,从而有助于深入研究反式自主转运蛋白的跨膜转运机制。

关键词：反式自主转运蛋白 BAM蛋白复合物跨膜转运

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胰腺癌类器官模型的构建及其对化疗药物的敏感性试验

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临床肝胆病杂志 2024年第9期40卷 1853-1858页

作者：王靖宇黄容卢艳陈子然张晓杰任虎张楠赵冬兵宋伟张星光内蒙古医科大学公共卫生学院呼和浩特010110 中国医学科学院基础医学研究所(北京协和医学院基础学院)生物化学与分子生物学系北京100005 中国医学科学院肿瘤医院胰胃外科北京100124

目的建立及鉴定患者来源的类器官模型,并利用该模型进行化疗药物敏感性检测。方法利用已确诊胰腺癌的2例女性患者的手术标本获取肿瘤组织消化后获取胰腺癌细胞,利用基质胶接种于培养皿中进行三维培养;制备石蜡切片并进行苏木精-伊红(HE... 详细信息

目的建立及鉴定患者来源的类器官模型,并利用该模型进行化疗药物敏感性检测。方法利用已确诊胰腺癌的2例女性患者的手术标本获取肿瘤组织消化后获取胰腺癌细胞,利用基质胶接种于培养皿中进行三维培养;制备石蜡切片并进行苏木精-伊红(HE)染色和免疫组化染色,通过与亲本肿瘤组织对比,检测其能否保留体内肿瘤的组织病理学特征;利用不同浓度的7种化疗药物处理胰腺癌类器官,使用Cell Titer-Glo®3D试剂测定细胞活力,分析药敏结果。结果成功建立了2例患者来源的胰腺癌类器官,HE染色和免疫组化染色结果显示胰腺癌类器官与其来源的患者肿瘤在组织病理学特征上一致;2例胰腺癌类器官均对吉西他滨单药、奥沙利铂与SN38+氟尿嘧啶联用更为敏感,患者1较患者2敏感性更高,来自不同患者的类器官对药物反应存在个体差异。结论本研究成功构建的胰腺癌类器官模型能够反映亲本胰腺肿瘤的组织学分型,并能够进行体外化疗药物敏感性试验,有望为患者临床用药提供参考。

关键词：胰腺肿瘤类器官药物疗法联合敏感性试验

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口服草药来源的小RNA(XKC-sRNA-h3)可治疗血管紧张素Ⅱ诱导的小鼠高血压

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中国科学：生命科学 2024年第5期54卷 925-935页

作者：汤克功王小娜赵煜李晓北姜振宇梅颂陈明锐马一鸣杜芯仪乔翔宇孙娜刘佳齐蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

高血压是心血管疾病发病和死亡的重要危险因素之一,也是全球公共卫生关注的焦点.目前,寡核苷酸药物已被证明可用于多种疾病治疗,是未来极有前景的药物研发方向.本研究展示了一条草药来源的小RNA(small RNA, sRNA)——XKC-sRNA-h3(B55710... 详细信息

高血压是心血管疾病发病和死亡的重要危险因素之一,也是全球公共卫生关注的焦点.目前,寡核苷酸药物已被证明可用于多种疾病治疗,是未来极有前景的药物研发方向.本研究展示了一条草药来源的小RNA(small RNA, sRNA)——XKC-sRNA-h3(B55710460, F221.I000082.B11),通过靶向血管紧张素转换酶(angiotensin-converting enzyme, ACE)基因而在高血压小鼠模型中有显著的降压效果.相比降压药卡托普利,口服鞘氨醇(d18:1)-XKCsRNA-h3本草体可以更有效地缓解血管紧张素Ⅱ(angiotensin Ⅱ, Ang Ⅱ)诱导的小鼠高血压性心脏损伤和肾脏损伤.这些结果表明, XKC-sRNA-h3有望成为一种新型可口服治疗高血压的ACEI类寡核苷酸药物.

关键词：高血压寡核苷酸药物口服给药

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外泌体miRNA在棘球蚴病诊断中的应用潜力研究

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2025年

作者：孟薇艾佳佳白瑛白志芳王振生王增蕾中国医学科学院协和医学院病原生物学研究所病原生物学国家重点实验室西藏自治区疾病预防控制中心解放军第五医学中学肝病医学部解放军第五医学中学急诊医学科中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学研究所微生物与寄生虫学系

目的棘球蚴病是由棘球属绦虫的幼虫寄生在人类或动物体内而引起的一种人畜共患寄生虫病，目前尚缺乏有效的分子病原学诊断方法。本研究旨在通过对多房棘球蚴病患者术前和术后外泌体miRNA的差异表达分析，及通过对多房和细粒棘球病患者... 详细信息

目的棘球蚴病是由棘球属绦虫的幼虫寄生在人类或动物体内而引起的一种人畜共患寄生虫病，目前尚缺乏有效的分子病原学诊断方法。本研究旨在通过对多房棘球蚴病患者术前和术后外泌体miRNA的差异表达分析，及通过对多房和细粒棘球病患者间的外泌体miRNA差异表达分析，评价其在棘球蚴病诊断中的应用价值。方法本研究通过排阻和超滤的方法对棘球蚴病患者术前和术后血清中的外泌体进行分离以及RNA进行测序，并利用miRDeep2对miRNA进行比对和表达量分析，进一步使用edgeR软件对患者术前和术后的外泌体miRNA进行差异表达分析。随后设计分子探针，利用qRT-PCR分别对表达丰度较高的棘球蚴来源的miRNA在泡型棘球蚴病诊断价值和人来源的差异miRNA在棘球蚴病鉴别诊断中的应用价值进行了评价。结果在泡型棘球蚴病术前血清样本的外泌体中共发现了83个棘球蚴来源的miRNA，其中有64个为已知，19个为新鉴定序列。多数miRNA在血清中的表达量较低，其中emu-let-7-5p的表达量相对较高。随后利用48例B超检查有典型病灶的阳性血清样本和39例阴性血清样本对初步验证结果较好的3个miRNA (emu-miR-71-5p和emu-miR-10-5p和emu-let-7-5p)进行进一步验证，结果显示由于阳性样本中的棘球蚴来源miRNA表达量较少，在血清中的拷贝数较低，难以作为理想的诊断标志物。我们又对血清样本中人来源的外泌体miRNA进行了研究，最终发现8个差异表达miRNA，根据表达丰度选取了5个进行评价，结果发现其中3个miRNA (has-miR-183-5p,has-miR-222-3p和has-miR-196a-5p)在囊型棘球蚴病阳性血清中的表达量显著高于阴性样本，显示出一定的诊断价值。结论本研究结果表明，棘球蚴来源的外泌体miRNA因在血清中痕量表达，作为棘球蚴病的诊断标记物仍存在局限性；人来源的3个外泌体miRNA在囊型棘球蚴病诊断中具有一定的研究价值。

关键词：外泌体 miRNA 棘球蚴病差异表达诊断标志物 qRT-PCR

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