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基于数据非依赖性采集定量蛋白质组学分析的原发性干燥综合征潜在唾液生物标志物研究

Chinese Medical Sciences Journal 2024年第1期39卷 19-28,I0003页

作者：田艺超郭春岚李珍尤欣刘晓燕苏金梅赵斯佳穆月孙伟李倩中国医学科学院北京协和医院口腔科北京100730 中国医学科学院北京协和医院风湿病与临床免疫学系北京100730 北京协和医学院基础医学院中国医学科学院基础医学研究所仪器核心设施蛋白质组学中心北京100730

目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自... 详细信息

目的唾液腺是原发性干燥综合征(pSS)的主要靶器官,因此唾液被认为是腺体病理生理学和疾病状态的镜子。本研究旨在说明pSS患者的唾液蛋白质组学特征,并鉴定可能辅助诊断的潜在生物标志物。方法发现集包含49个样本[24个来自pSS,25个来自年龄和性别匹配的健康对照(HCs)],验证集包括25个样本(12个来自pSS,13个来自HCs)。36例pSS患者和38例健康对照者以2:1的比例集中随机分配至Discovery组或验证组。在2D LC-HRMS/MS平台上使用数据非依赖性采集(DIA)策略分析来自pSS患者和健康对照组的未刺激性全唾液样本,以揭示差异蛋白。根据基因本体(GO)分析和国际药学文摘(IPA)分析的蛋白质注释,使用DIA分析验证了关键蛋白质。随机森林用于建立SS的预测模型。结果共发现1,963个蛋白,其中136个蛋白在pSS患者中表现出差异性。生物信息学研究表明这些蛋白质主要与免疫功能、新陈代谢和炎症有关。一组19个蛋白质生物标志物通过基于P值和随机森林的排序顺序进行鉴定,并验证为具有特殊曲线下面积(AUC)值(发现集:0.817;验证集:0.882)的潜在生物标志物,可用于鉴别pSS患者和健康对照人群。结论新发现的候选蛋白组合可能有助于pSS的诊断。唾液蛋白质组学分析是一种很有前途的无创方法,可用于对pSS患者进行预后评估以及早期和精确治疗。DIA具备最佳的时间效率和数据可靠性,可望成为未来唾液蛋白质组研究的合适选择。

关键词：原发性干燥综合征唾液蛋白质组学分析质谱诊断

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自适应性FDR控制程序原理及组学数据应用

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中国卫生统计 2023年第1期40卷 68-73页

作者：王子兴薛芳姜晶梅中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院统计学教研室 100005

目的高维组学数据分析常伴随多重检验问题,不当处理可造成检验效能低下或阳性发现错误率(FDR)升高。FDR已发展为一类新的控制标准,衍生出一系列理论和方法。方法本研究首先对一类自适应性FDR控制方法原理及条件进行介绍,其基于Benjamini... 详细信息

目的高维组学数据分析常伴随多重检验问题,不当处理可造成检验效能低下或阳性发现错误率(FDR)升高。FDR已发展为一类新的控制标准,衍生出一系列理论和方法。方法本研究首先对一类自适应性FDR控制方法原理及条件进行介绍,其基于Benjamini-Hochberg程序,由数据自适应性地估计真实原假设数(m 0)进而对FDR实现控制;具体方法包括迭代式、分位数(中位数、定值)、多阶段、阈值函数调整、m 0外插等。进一步,将上述方法用于肺癌患者CT图像特征和COVID-19患者血清蛋白表达两个实例分析。结果相对两项分析中的控制前结果,各自适应性FDR控制方法均降低了阳性发现数,并相比Bonferroni校正结果很大程度保留了阳性比例。然而蛋白表达实例提示,该类程序无法从根本上解决结果不稳定性问题。通过数据拆分验证,适当降低拟控制水平并以各方法的结果进行综合评估,可使筛选结果稳定性得到一定程度提升。结论由于自适应性FDR控制程序基于样本估计m 0且需满足特定结构假设,高维小样本组学数据的结构复杂性可对其分析效果产生影响,故建议进行方法间的联合应用和综合评价。在阳性发现比例较大时,经典的线性递增程序不失为一种简易、稳健且有效的FDR控制方法。

关键词：阳性发现错误率多重检验组学数据自适应性控制程序

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西达本胺对急性T淋巴细胞白血病CD8^(+)T细胞的调控作用研究

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中国实验血液学杂志 2023年第1期31卷 71-75页

作者：颜妙名李钊璇陈翀张薇周道斌中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院血液内科北京100730 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院免疫学系北京100005

目的:探讨西达本胺对急性T淋巴细胞白血病CD8+T细胞的调控作用。方法:通过荧光定量PCR检测西达本胺处理的Jurkat细胞、淋巴细胞、与西达本胺处理的Jurkat细胞共培养的淋巴细胞的CXCL9、CXCL3 m RNA表达水平。通过流式细胞术检测西达本... 详细信息

目的:探讨西达本胺对急性T淋巴细胞白血病CD8+T细胞的调控作用。方法:通过荧光定量PCR检测西达本胺处理的Jurkat细胞、淋巴细胞、与西达本胺处理的Jurkat细胞共培养的淋巴细胞的CXCL9、CXCL3 m RNA表达水平。通过流式细胞术检测西达本胺处理的淋巴细胞、与西达本胺处理的Jurkat细胞共培养的淋巴细胞中CD8+T细胞的比例。结果:西达本胺上调Jurkat细胞系CXCL9的m RNA表达,上调水平呈剂量依赖(r=0.950),西达本胺5μmol/L组的CXCL9 m RNA表达是无处理组的164倍。西达本胺上调淋巴细胞CXCL9的m RNA表达,上调水平明显低于同浓度西达本胺处理的Jurkat细胞系。与西达本胺处理的Jurkat细胞共培养,可以上调淋巴细胞中CD8+T细胞的比例。结论:急性T淋巴细胞白血病中,西达本胺可能通过上调肿瘤细胞CXCL9的表达,增加肿瘤微环境中CXCL9的浓度,导致CD8+T细胞数量的增加。

关键词：西达本胺急性T淋巴细胞白血病淋巴细胞

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基于残差网络的肺癌肿瘤突变负荷多分类预测模型

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生物医学工程学杂志 2023年第5期40卷 867-875页

作者：孟祥福俞纯林杨啸林杨子毅刘邓辽宁工程技术大学电子与信息工程学院辽宁葫芦岛125000 中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100005

经医学研究发现,肿瘤突变负荷(TMB)与非小细胞肺癌(NSCLC)免疫治疗的疗效呈正相关,并且TMB值对靶向治疗和化疗的疗效也有一定的预测作用。然而,计算TMB值需要借助全外显子组测序(WES)技术,成本较高。对此,本文利用临床常用的数字病理组... 详细信息

经医学研究发现,肿瘤突变负荷(TMB)与非小细胞肺癌(NSCLC)免疫治疗的疗效呈正相关,并且TMB值对靶向治疗和化疗的疗效也有一定的预测作用。然而,计算TMB值需要借助全外显子组测序(WES)技术,成本较高。对此,本文利用临床常用的数字病理组织切片图像,研究TMB与切片图像之间的关联关系,并据此预测患者的TMB水平。本文提出了一种基于残差坐标注意力(RCA)结构并融合多尺度注意力引导(MSAG)模块的深度学习模型(RCA-MSAG)。该模型以50层残差网络(ResNet-50)为基准模型,并将坐标注意力(CA)融入到瓶颈(bottleneck)模块,用来捕获方向感知和位置敏感信息,从而使模型能够更准确定位和识别感兴趣的位置。然后,通过在网络内添加MSAG模块,使模型可以提取肺癌病理组织切片的深层特征以及通道之间的交互信息。本文实验数据集采用癌症基因组图谱(TCGA)公开数据集,数据集由200张肺腺癌病理组织切片组成,其中高TMB值的数据80张,中TMB值的数据77张,低TMB值的数据43张。实验结果表明,所提模型的准确率、精确率、召回率和F1分数分别为96.2%、96.4%、96.2%和96.3%,并且上述指标均优于当前主流深度学习模型。本文所提模型或可促进临床辅助诊断,对TMB预测具有一定的理论指导意义。

关键词：非小细胞肺癌肿瘤突变负荷残差网络多尺度注意力

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FcγRs在心血管相关疾病中的研究进展

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生理科学进展 2025年

作者：张莹戈张雅茸王婧山西医科大学基础医学院生理学系中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院

Fcγ受体（Fragment crystallizable γ receptors， FcγRs）是免疫球蛋白G（immunoglobulin G， IgG）的受体，大部分表达于免疫细胞的表面，通过与IgG的Fc段结合形成免疫复合物发挥相关的生物学功能。FcγRs分为激活型和抑制型两类... 详细信息

Fcγ受体（Fragment crystallizable γ receptors， FcγRs）是免疫球蛋白G（immunoglobulin G， IgG）的受体，大部分表达于免疫细胞的表面，通过与IgG的Fc段结合形成免疫复合物发挥相关的生物学功能。FcγRs分为激活型和抑制型两类，在不同的细胞中发挥相似或相反的功能。在心血管疾病研究领域，越来越多的证据表明，免疫细胞及固有细胞中表达的FcγRs通过激活细胞内信号传导通路，进而调控多种细胞因子的分泌，参与心肌梗死、动脉粥样硬化、高血压等心血管疾病的发生发展。本文对FcγRs的分类、功能及其在心血管疾病中的研究进展进行综述，以期为心血管疾病的防治提供新的思路和方法。

关键词： Fcγ受体心血管疾病免疫球蛋白

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老年人肌肉减少症与心血管代谢疾病研究进展

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中华流行病学杂志 2024年第6期45卷 879-885页

作者：陆治名单广良中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005 重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

肌肉减少症和心血管代谢疾病已成为影响老年人健康和生活质量的重要公共卫生问题。预防肌肉减少症发生对心血管代谢疾病的防治具有重要意义。本文就老年人肌肉减少症诊断标准、肌肉减少症与心血管代谢疾病的关系及可能机制进行综述,为... 详细信息

肌肉减少症和心血管代谢疾病已成为影响老年人健康和生活质量的重要公共卫生问题。预防肌肉减少症发生对心血管代谢疾病的防治具有重要意义。本文就老年人肌肉减少症诊断标准、肌肉减少症与心血管代谢疾病的关系及可能机制进行综述,为肌肉减少症合并心血管代谢疾病的防控提供支持。

关键词：肌肉减少症老年人心血管代谢疾病

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虚拟现实技术在疼痛治疗领域的研究进展

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协和医学杂志 2024年第2期15卷 272-278页

作者：吴辰张丽马超刘红菊刘栩铭张珂浦王腾悌首都医科大学附属北京友谊医院麻醉科北京100050 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院人体解剖与组织胚胎学系北京100005 北京协和医学院麻醉-疼痛联合实验室北京100730 中国医学科学院北京协和医院麻醉科北京100730

疼痛问题不仅影响个人的身心健康,更对社会造成巨大负担。传统的疼痛治疗措施种类繁多,但各具有其局限性。目前,数字疗法正蓬勃发展,其中虚拟现实技术得到了广泛应用,尤其在疼痛治疗领域展现出较大潜力。虚拟现实技术借助头戴式设备等... 详细信息

疼痛问题不仅影响个人的身心健康,更对社会造成巨大负担。传统的疼痛治疗措施种类繁多,但各具有其局限性。目前,数字疗法正蓬勃发展,其中虚拟现实技术得到了广泛应用,尤其在疼痛治疗领域展现出较大潜力。虚拟现实技术借助头戴式设备等辅助工具,为使用者构建一个视觉、听觉、嗅觉等多感官参与的三维虚拟世界,从而让使用者产生一种身临其境的感觉。本文围绕虚拟现实技术在疼痛治疗领域的应用及其作用机制进行阐述,以期提高临床医护人员的认识,为疼痛治疗提供新选择。

关键词：疼痛慢性疼痛虚拟现实技术数字疗法

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膳食模式与癌症病因学的研究进展

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中华预防医学杂志 2024年第3期58卷 370-380页

作者：骆家辉骆晨雨张愉涵陆斌李娜周月阳宋锴吴东代敏陈宏达国家癌症中心、国家肿瘤临床医学研究中心、中国医学科学院、北京协和医学院肿瘤医院流行病学研究室北京100021 中国医学科学院、北京协和医学院北京协和医院临床医学研究所转化医学国家重大科技基础设施预防与早期干预平台北京100730 中国医学科学院、北京协和医学院北京协和医院消化内科北京100730

近年来,我国癌症发病率逐年上升,推进癌症的一级预防是遏制该趋势的有效措施。膳食被视为多种癌症共同且可改变的影响因素,而膳食模式考虑了食物和营养素间的相互作用,在癌症预防方面更具实际指导意义。本文概述了膳食模式提取方法,综... 详细信息

近年来,我国癌症发病率逐年上升,推进癌症的一级预防是遏制该趋势的有效措施。膳食被视为多种癌症共同且可改变的影响因素,而膳食模式考虑了食物和营养素间的相互作用,在癌症预防方面更具实际指导意义。本文概述了膳食模式提取方法,综述近年来膳食模式与消化系统、呼吸系统、生殖系统和泌尿系统癌症关联的研究结论并阐述可能的作用机制,以期为后续研究提供参考依据。

关键词：膳食癌症影响因素

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肥胖及相关代谢指标与膝骨关节炎的关联：基于中国中老年人群的横断面研究

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协和医学杂志 2025年

作者：黄长发樊浩魏泽郝静刘理金刘苏郑志发刘菲赵丽娜吴志宏中国医学科学院北京协和医学院中国医学科学院北京协和医院骨科中国医学科学院北京协和医院临床医学研究所转化医学国家重大科技基础设施干细胞平台中国医学科学院北京协和医院疑难重症及罕见病全国重点实验室

目的基于中国健康与养老追踪调查（China Health and Retirement Longitudinal Study, CHARLS）数据，分析肥胖及相关代谢指标与中老年人群（≥45岁）膝骨关节炎（knee osteoarthritis, KOA）发病风险的关系。方法提取CHARLS数据库中2... 详细信息

目的基于中国健康与养老追踪调查（China Health and Retirement Longitudinal Study, CHARLS）数据，分析肥胖及相关代谢指标与中老年人群（≥45岁）膝骨关节炎（knee osteoarthritis, KOA）发病风险的关系。方法提取CHARLS数据库中2011—2012年和2015—2016年2个调查周期的数据，收集肥胖指标[体质量指数（body mass index,BMI）、腰围（waist circumference, WC）、腰高比（waist-to-height ratio, WHtR）、内脏脂肪指数（visceral adiposity index,VAI）、体型指数（a body shape index, ABSI）、体圆指数（body roundness index, BRI）、脂质积累指数（lipid accumulation product, LAP）、圆锥指数（conicity index, CI）、中国内脏脂肪指数（Chinese visceral adiposity index,CVAI）]和代谢指标[甘油三酯-葡萄糖指数（triglyceride glucose index, TyG）、 TyG-BMI、 TyG-WC、 TyG-WHtR]以及协变量（包括一般人口学特征、生活方式、健康状况）资料，采用多因素Logistic回归分析构建3种模型，根据性别亚组分析关联异质性，构建受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线并计算曲线下面积（area under the curve, AUC）评估各项指标对KOA的诊断效能。结果共纳入受试者9527名，KOA患病率为9.59%(914/9527)。线性回归校正混杂因素后发现，BMI (OR=1.02, 95%CI:1.00～1.04,P=0.048)、 BRI (OR=1.06, 95%CI:1.01～1.13,P=0.030)、 LAP (OR=1.03, 95%CI:1.00～1.05,P=0.020)、 TyG-BMI (OR=1.02, 95%CI:1.00～1.05,P=0.020)和TyG-WHtR (OR=1.13, 95%CI:1.02～1.25,P=0.020)与KOA存在显著正相关。亚组分析显示，在女性受试者中，BMI (OR=1.03, 95%CI:1.01～1.06,P=0.020)、 WHtR (OR=1.18, 95%CI:1.02～1.36,P=0.020)、BRI (OR=1.08, 95%CI:1.01～1.16,P=0.020)、 LAP (OR=1.03, 95%CI:1.01～1.06,P=0.020)、 CVAI (OR=1.04, 95%CI:1.01～1.07,P=0.009)、 TyG-BMI (OR=1.03, 95%CI:1.01～1.06,P=0.006)、 TyG-WC (OR=1.10,95%CI:1.01～1.19,P=0.020)、 TyG-WHtR (OR=1.18, 95%CI:1.04～1.34,P=0.010)与KOA的发生均呈显著正相关；而在男性受试者中，所有指标与KOA均不存在显著关联（P均>0.05）。检验性别与肥胖及代谢指标的交互作用发现，WC (P=0.010)、 CVAI (P=0.002)和TyG-WC (P=0.020)与KOA之间的关联在男女之间存在显著差异。ROC诊断效能评估显示，各项指标的诊断效能均有限（AUC:BRI为0.547、 TyG-WHtR为0.544、其余均≤0.530）。结论BMI、 BRI、 LAP、 TyG-BMI、 TyG-WHtR可作为中老年女性人群KOA风险评估的辅助指标，但其独立筛查价值有限，需结合临床评估和其他风险因素综合判断。

关键词：膝骨关节炎肥胖代谢性别差异中国人群

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乙酰胆碱通过调节IL-1β/IL-1RA平衡改善炎症微环境的机制探讨

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Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences 2023年第4期32卷 260-267页

作者：马宁纪超中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院药理学系北京100005 中国人民解放军总医院第七医学中心儿科研究所北京100700 中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院基础医学国家级实验教学示范中心(北京协和医学院)北京100005

本研究旨在探讨乙酰胆碱的抗炎机制,为阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)炎性病理机制的验证和治疗药物的筛选提供进一步依据。研究首先建立Aβ25−35诱导小胶质细胞系BV-2细胞炎性损伤的体外模型,观察氯化乙酰胆碱(ACh)抑制炎... 详细信息

本研究旨在探讨乙酰胆碱的抗炎机制,为阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)炎性病理机制的验证和治疗药物的筛选提供进一步依据。研究首先建立Aβ25−35诱导小胶质细胞系BV-2细胞炎性损伤的体外模型,观察氯化乙酰胆碱(ACh)抑制炎症反应的作用。于有或无α7 nAChR的阻断剂(α-银环蛇毒)存在的情况下,采用ELISA方法评价ACh作用后IL-1β和IL-1RA的表达及二者比率,并分别利用Western blot和EMSA方法测定MAPK(JNK,p38和ERK)及NF-κB通路相关分子的表达及磷酸化水平。结果显示,ACh能够显著降低IL-1β/IL-1RA比率,对抗Aβ25−35诱导的IL-1系统炎症活性变化,维持IL-1亚家族平衡。预先给予α7 nAChR阻断剂能够阻断ACh对IL-1β和IL-1RA蛋白表达的抑制作用。同时,α7 nAChR阻断剂能够阻断ACh对下游ERK1/2 MAPK蛋白的磷酸化水平和NF-κB的活化的调节作用。总之,乙酰胆碱能够抑制Aβ诱导的BV-2细胞中IL-1亚家族的炎症活性、维持该亚家族的平衡稳定,该作用由α7 nAChR介导,有ERK1/2 MAPK和NF-κB通路的参与。该研究为发现探索AD发病的关键机制提供依据,同时也为寻找AD治疗的新靶点提供参考。

关键词：乙酰胆碱 IL-1β IL-1受体拮抗剂 β-淀粉样蛋白阿尔茨海默病

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