检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2024年第9期44卷 1201-1201页

作者：刘玉琴中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病理学系细胞资源中心北京100005

体外培养的哺乳动物和人的组织、器官作为生物、医药研究的模型,经历了100余年的探索及进步,历久弥新。经过最初40年的外植物三维(explant,3D)培养阶段,到中间50~60年的细胞系(2D)建立,迎来了当下的2个阶段的结合——类器官培养(获取游... 详细信息

体外培养的哺乳动物和人的组织、器官作为生物、医药研究的模型,经历了100余年的探索及进步,历久弥新。经过最初40年的外植物三维(explant,3D)培养阶段,到中间50~60年的细胞系(2D)建立,迎来了当下的2个阶段的结合——类器官培养(获取游离单细胞后再进行3D培养)时代。类器官模型第一个热潮在20世纪70年代,目前又迎来了空前高涨的第二个热潮。类器官是由具有增殖能力的细胞在特定的3D体外微环境中自组织发育而来,能够高度模拟体内细胞行为、组织结构和器官功能,与其他体外模型相比具有更高的异质性和更好的可编辑性。2013年类器官技术被《Science》杂志评为世界年度十大技术之一。2021年,类器官被列为我国“十四五”国家重点研发计划重点专项,“肿瘤类器官诊治平台的质量控制标准中国专家共识”的提出也使类器官技术的应用更为规范。特别是类器官培养技术与微流控结合、芯片技术结合而发展的类器官芯片更令人耳目一新,可以设想:一块芯片上模拟一个人全身的各器官(person-on-chip)或者是一群人的某一个类器官(population-on-chip)构建的类器官芯片,在个性化研究或者是群体研究中的应用,非常值得期待。

关键词：类器官体外模型群体研究国家重点研发计划器官培养质量控制标准微流控芯片技术

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维持人胚胎干细胞多能性顺式作用元件的筛选

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基础医学与临床 2021年第5期41卷 636-640页

作者：孙梦瑶刘思琪周凡琦马艳妮余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的在人胚胎干细胞(hESCs)中建立一种可行的CRISPR文库筛选方法,筛选参与维持hESCs多能性的顺式作用元件。方法将诱导型Cas9蛋白表达元件插入hESC基因组中,构建诱导型Cas9稳定表达株(iCas9-hESC)。通过分析已发表的hESCs中的染色质互... 详细信息

目的在人胚胎干细胞(hESCs)中建立一种可行的CRISPR文库筛选方法,筛选参与维持hESCs多能性的顺式作用元件。方法将诱导型Cas9蛋白表达元件插入hESC基因组中,构建诱导型Cas9稳定表达株(iCas9-hESC)。通过分析已发表的hESCs中的染色质互作信息,确定可能参与多能性基因调控的顺式作用元件,并以此来构建双gRNA CRISPR敲除文库。使用CIRSPR文库在低感染复数情况下感染iCas9-hESC,诱导Cas9蛋白表达,对细胞进行基因编辑。以OCT4的表达水平作为衡量多能性的标准,对基因编辑后的细胞进行OCT4的流式抗体染色与分析,确定顺式元件敲除后是否影响到hESC的多能性。结果成功构建iCas9-hESC,且该细胞仍保持多能性状态。构建顺式元件的CRISPR敲除文库,成功感染目的细胞。对文库感染后的细胞进行OCT4表达水平的流式分析,发现基因编辑后的细胞确实存在多能性下降的部分群体。结论建立了在hESC中通过CRISPR文库筛选参与维持多能性顺式作用元件的可行性方案。

关键词：人胚胎干细胞多能性顺式元件 CRISPR文库

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本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究

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中国生物医学工程学报 2019年第3期38卷 324-331页

作者：张璐璐杨晟史涪仁潘虹洁王志刚杨啸林中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR中选取60对通用数据元素... 详细信息

利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR中选取60对通用数据元素,涉及人口学、生活方式、既往病史和实验室测量等方面。依据ISO/IEC 111179标准抽提数据元素的必要组分,利用NCIT的本体支持,就每对关联数据元素的相似度进行评价。依据数据元素内部各组分的语义相似度,利用支持向量机,对数据元素间的可兼容性做出预测,其准确度超过80%。研究结果显示,目前在caDSR数据库中,对于元数据的定义存在较大的异质性,这些异质性在数据元素的概念域尤其集中。虽然如此,通过机器学习的方法,还是能够依据现有的数据元素的定义实现数据可兼容性的自动判断。研究所建立的方法,对于优化数据元素构建流程、丰富数据标准化工具具有一定的应用价值。

关键词：元数据异质性通用数据元素本体支持向量机

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利用CRISPR/PITCH系统构建表达CSDE1-EGFP的B16细胞株

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基础医学与临床 2021年第3期41卷 318-324页

作者：刘孟雨周雅博黄波吕家迪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院免疫学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的用新型CRISPR/PITCH系统构建表达CSDE1-EGFP的小鼠黑色素瘤B16细胞株,分选出低表达CSDE1与高表达CSDE1的B16细胞株,并进行功能探讨。方法用微同源介导的末端连接(MMEJ)方法将增强型绿色荧光蛋白(EGFP)编码序列插入到CSDE1基因最后... 详细信息

目的用新型CRISPR/PITCH系统构建表达CSDE1-EGFP的小鼠黑色素瘤B16细胞株,分选出低表达CSDE1与高表达CSDE1的B16细胞株,并进行功能探讨。方法用微同源介导的末端连接(MMEJ)方法将增强型绿色荧光蛋白(EGFP)编码序列插入到CSDE1基因最后一个外显子上;用流式细胞测量术、PCR、免疫荧光及活细胞成像来检测CSDE1-EGFP是否插入成功,检验EGFP的荧光强弱与CSDE1的表达高低是否一致;用Transwell小室法、小鼠荷瘤模型实验观察低表达CSDE1与高表达CSDE1的B16细胞株之间的功能差异。结果分选出低表达CSDE1与高表达CSDE1的B16细胞株,检测出EGFP表达强弱与CSDE1表达高低一致。观察到CSDE1蛋白表达量不同的B16细胞株在功能上有所差异。结论为研究CSDE1在其他肿瘤细胞内的动态定位以及因表达量不同而产生的功能差异,新型CRISPR/PITCH系统提供了快速有效的直观方法。

关键词： CRISPR/PITCH系统 CSDE1 微同源末端连接(MMEJ) 增强型绿色荧光蛋白(EGFP)

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呼吸病学标准医学术语在电子病历中的使用情况调研

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中国科技术语 2021年第4期23卷 53-59页

作者：商涛程瑶陈禄明邓立宗蒋太交全国科学技术名词审定委员会北京100717 苏州系统医学研究所江苏苏州215123 中国医学科学院系统医学研究院北京100005 中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100005 广州实验室广东广州510005

调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一... 详细信息

调研全国科学技术名词审定委员会发布的呼吸病学名词在电子病历中的使用情况。通过观察疾病、体征或症状类标准医学术语及其关联的同义词在呼吸疾病电子病历中的分布,发现标准医学术语在使用频次上高于非标准医学术语,但整体而言,同一医学概念在不同来源的病历中表达多样,标准化程度不高。此外,《呼吸病学名词》收录的标准医学术语及其同义词对电子病历中所使用的医学术语覆盖度偏低,需要扩充和完善。

关键词：标准医学术语电子病历术语覆盖度术语标准化术语挖掘

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正常人短时心率变异性指标在长时序列中的分布特性及其年龄的影响

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中国生物医学工程学报 2019年第3期38卷 291-297页

作者：潘越王志刚张正国彭屹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

无创的心率变异性(HRV)检测所反映的自主神经状态可受生理、病理和心理等因素影响。提出研究短时HRV分析指标在长时序列中的分布特性,并探讨在正常人中随年龄可能发生的变化。将THEW中Normal子数据库中年龄大于18岁的Holter数据(n=177)... 详细信息

无创的心率变异性(HRV)检测所反映的自主神经状态可受生理、病理和心理等因素影响。提出研究短时HRV分析指标在长时序列中的分布特性,并探讨在正常人中随年龄可能发生的变化。将THEW中Normal子数据库中年龄大于18岁的Holter数据(n=177)分为5个年龄组(18≤y≤25,n=35;2555,n=23)。利用5 min的滑动窗口、2.5 min的步长,计算每个滑动窗的RR间期均值(MRRI)、LF/HF和短时分形尺度指数(α1),然后基于长时序列,分别计算MRRI和LF/HF,以及MRRI和α1这两种配对的Spearman相关系数,并在各组内统计相关性良好人数的百分占比。然后,以具有正常作息时间和数据长度为筛选标准,从177名正常人中筛选出93名250.05)),但在其他时段这些参数则可能存在显著差异。随着可穿戴技术的发展,长时心率序列(RR间期序列)的可获得性大幅度提高,该研究结果对于拓展长时序列的HRV分析方法可提供新的思路。

关键词：心率变异性(HRV) 自主神经系统动态心电图年龄

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基于术前人B-淋巴细胞趋化因子1检测的肝细胞癌患者肝切除术后复发预测模型的构建及分析

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临床肝胆病杂志 2021年第4期37卷 823-828页

作者：李明蔚高见翟相威钱相君文夏杰姚明解段昭君赵二江张玲鲁凤民郑州大学公共卫生学院流行病学教研室郑州450001 上海交通大学医学院附属仁济医院上海市肿瘤研究所癌基因及相关基因国家重点实验室上海200032 北京大学基础医学院病原生物学系暨感染病中心北京100191 北京大学基础医学院人体解剖学与组织胚胎学系北京100191 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院免疫学系北京100005 郑州大学附属肿瘤医院病案室郑州450008 郑州大学附属肿瘤医院肝胆胰外科郑州450008

目的探究与肝细胞癌患者肝切除术后复发相关的血清学指标,构建复发预后模型以评估患者是否适合采用姑息性肝切除手术。方法共纳入了2009年2月—2013年7月于郑州大学附属肿瘤医院接受肝切除术并进行随访的肝细胞癌患者111例。收集患者的... 详细信息

目的探究与肝细胞癌患者肝切除术后复发相关的血清学指标,构建复发预后模型以评估患者是否适合采用姑息性肝切除手术。方法共纳入了2009年2月—2013年7月于郑州大学附属肿瘤医院接受肝切除术并进行随访的肝细胞癌患者111例。收集患者的基本资料,根据患者在随访期间内是否复发分为复发组和未复发组。正态分布的计量资料两组间比较采用t检验;非正态分布的计量资料两组间比较采用Wilcoxon秩和检验。计数资料组间比较采用χ^(2)检验。Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较差异。单因素与多因素分析采用Cox回归分析,采用受试者工作特征曲线(ROC曲线)判断预测效能。结果Kaplan-Meier生存曲线显示AFP、ALP、GGT、FIB低值组及人B-淋巴细胞趋化因子1(CXCL13)高值组患者的中位复发时间更长(P值均<0.05)。AFP[HR(95%CI)=1.69(1.03~2.79),P=0.039]、GGT[HR(95%CI)=1.89(1.14~3.14),P=0.014]和CXCL13[HR(95%CI)=0.54(0.33~0.89),P=0.015]为与肝切除术后复发相关的独立因素。基于其构成的预后指数:PI=0.526×AFP+0.637×GGT-0.616×CXCL13,预测姑息性切除术后0~3个月内复发的ROC曲线下面积(AUC)为0.87,灵敏度为93.75%,特异度为63.64%,但对0~6个月(AUC=0.68)及更长时间的预测效能明显下降,对姑息性切除的复发预测效能显著高于根治性切除。结论基于CXCL13、AFP和GGT构建的预后模型可用于评估患者采用姑息性肝切除术后的早期复发风险,有助于临床医生依据患者获益情况作出诊疗决策。

关键词：癌,肝细胞肝切除术复发预测模型,统计学

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四倍体滋养层干细胞的分离培养与鉴定

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基础医学与临床 2021年第7期41卷 975-981页

作者：王海豫肖翼黄粤中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学遗传学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的建立可在体外培养的小鼠四倍体滋养层干细胞(TTSCs)系,为研究胎盘发育提供新的细胞模型。方法用电融合的方法获得四倍体胚胎并进行体外培养,挑取克隆并传代后获得细胞系。通过中期染色体计数检测染色体数目;RT-qPCR、Western blot... 详细信息

目的建立可在体外培养的小鼠四倍体滋养层干细胞(TTSCs)系,为研究胎盘发育提供新的细胞模型。方法用电融合的方法获得四倍体胚胎并进行体外培养,挑取克隆并传代后获得细胞系。通过中期染色体计数检测染色体数目;RT-qPCR、Western blot、免疫荧光检测标志基因表达;显微注射检测细胞的体内发育潜能。结果建立了可以传代培养并且可在体内发育的TTSCs。分化条件下,TTSCs分化基因的表达量与二倍体滋养层干细胞(TSCs)存在差异(P<0.001)。结论可传代的TTSCs系可以在体外建立,但其维持自我更新及分化的机制与二倍体TSCs有所不同。

关键词：四倍体滋养层干细胞胚胎发育胎盘发育分化

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肺芽类器官中ID2的表达促进肺血管形成

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基础医学与临床 2021年第5期41卷 623-629页

作者：刘洪宪杨隽中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005 浙江大学医学院基础医学院生理学系浙江杭州310058

目的研究在肺早期发育中,肺芽中DNA结合抑制因子-2(ID2)对肺血管形成的作用。方法利用CRISPR/Cas9系统对人胚胎干细胞(hESCs)进行基因编辑,构建ID2敲除载体,将正常hESCs和ID2敲除株定向分化为内皮细胞(ECs)和肺芽类器官(LBOs);应用荧光... 详细信息

目的研究在肺早期发育中,肺芽中DNA结合抑制因子-2(ID2)对肺血管形成的作用。方法利用CRISPR/Cas9系统对人胚胎干细胞(hESCs)进行基因编辑,构建ID2敲除载体,将正常hESCs和ID2敲除株定向分化为内皮细胞(ECs)和肺芽类器官(LBOs);应用荧光定量PCR检测分化过程中ID2、CD31和NKX2.1等基因表达,流式细胞测量术分析分化效率;蛋白质免疫印迹检测ID2、CD31和PAX9等蛋白表达水平。通过ECs与LBOs的3D共培养,比较不同来源的LBOs对ECs成管功能的影响。结果ID2在hESCs向ECs分化过程中能够促进细胞进入中胚层阶段;而ID2缺失则导致大量成管功能缺陷ECs的形成;ID2可促进hESCs向LBOs分化;LBOs能够促进肺血管内皮细胞的成管功能,而敲除ID2使这一促进作用减弱。结论在肺发育早期,ID2的表达影响ECs和LBOs的分化效率和功能,肺芽中的ID2的缺失会导致其周围的肺血管生成减少。

关键词： DNA结合抑制因子-2(ID2) 肺芽类器官(LBOs) 内皮细胞(ECs)

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基于正电子发射断层显像和转录组学对痰菌阴性肺结核病变组织的活动性生物标志物筛选和初步验证

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中华结核和呼吸杂志 2022年第6期45卷 567-572页

作者：吴立伟王琳温子禄马辉欧勤芳吴春高欣石磊李洪伟夏凡宋曙朱召芹刘海鹰陈心春张舒林黄家颖宋言峥上海市公共卫生临床中心胸外科上海201052 上海市公共卫生临床中心科学研究部上海201052 无锡市第五人民医院呼吸科无锡214007 长春市传染病医院结核科长春130123 上海全景医学影像诊断中心上海200233 解放军海军第九O五医院肺病科上海200050 上海市公共卫生临床中心病理科上海201052 上海市公共卫生临床中心检验科上海201052 中国医学科学院北京协和医学院病原生物学研究所北京100006 深圳大学医学部基础医学院深圳518060 上海交通大学医学院基础医学院上海200025

目的基于正电子发射断层显像(PET-CT)和转录组学对痰菌阴性肺结核病变组织的活动性生物标志物筛选并进行初步临床验证。方法回顾性收集2017年1月1日至2019年12月31日在上海市公共卫生临床中心胸外科手术治疗的9例痰菌阴性肺结核患者作... 详细信息

目的基于正电子发射断层显像(PET-CT)和转录组学对痰菌阴性肺结核病变组织的活动性生物标志物筛选并进行初步临床验证。方法回顾性收集2017年1月1日至2019年12月31日在上海市公共卫生临床中心胸外科手术治疗的9例痰菌阴性肺结核患者作为发现组,其中男4例,女5例,年龄20~57岁,平均36岁,术前均行PET-CT扫描,术后将切除的标本按照术前PET-CT表现分为氟代脱氧葡萄糖(FDG)代谢增高区域[标准摄取值(SUV)max>3]和FDG代谢基本正常区域(SUVmax≤3)。样本处理后先对不同区域组织进行总RNA的提取,然后行全基因转录组测序。对两组数据进行生物信息学分析,发现两个区域全基因转录组数据差异的表达谱,并筛选出候选生物标志物。回顾性收集2019年1月1日至2021年1月1日上海市公共卫生临床中心收治的80例痰菌阴性肺结核患者作为验证组,其中男37例,女43例,年龄20~62岁,平均39岁,分为SUV增高组(40例)和CT影像无病灶组(40例),采用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定患者外周血浆中候选生物标志物的蛋白水平。利用受试者工作特征(ROC)曲线对生物标志物进行效果评估。使用studentt检验来判断两组之间蛋白水平差异是否具有统计学意义。结果生物信息学分析发现,C1QB、CCL19、CCL5和HLA-DMB的表达水平与痰菌阴性肺结核病变组织的代谢活性相关。通过验证组进一步筛选验证,证实SUV增高组患者外周血浆中C1QB蛋白水平高于CT影像无病灶组,差异有统计学意义[(3.55±0.34)mg/L比(2.75±0.21)mg/L,t=4.12,P<0.001]。ROC曲线显示,C1QB蛋白水平的曲线下面积为0.731,具有潜在的临床价值。结论C1QB蛋白水平可用于评估痰菌阴性肺结核患者病变的活动性,是一种潜在的生物标志物。

关键词：结核,肺正电子发射断层显像术生物学标记转录组学

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