检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物医学工程学报 2013年第1期32卷 93-98页

作者：朱逸杨啸林彭屹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

体表心电图作为无创和连续的监测手段,在心脏安全评测方面具有重要而不可替代的位置。心电图中的间期时间序列包含着重要信息,其中以反映心动周期的RR间期序列,以及以QT间期为代表的反映心室复极化时程的间期序列,在临床上最为基础,相... 详细信息

体表心电图作为无创和连续的监测手段,在心脏安全评测方面具有重要而不可替代的位置。心电图中的间期时间序列包含着重要信息,其中以反映心动周期的RR间期序列,以及以QT间期为代表的反映心室复极化时程的间期序列,在临床上最为基础,相关的研究具有更为重要的意义。文中从应用基础研究的角度,就QT间期对于RR间期变化的响应,以及心率变异性(HRV)和QT间期变异性(QTV)关联性分析,分别介绍了其分析方法和研究进展,并且展望了可能的应用前景。

关键词： QT间期 RR间期适应性心脏自主神经

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一种基于Gene Ontology注释信息的基因选择算法

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中国生物医学工程学报 2009年第5期28卷 696-700,706页

作者：马宁张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

基因选择算法是辅助生物学分析最重要的方法之一,但这类统计学算法受样本量相对基因数目过少的困扰。提出一种结合Gene Ontology(GO)注释信息的基因选择算法,用GO注释接近基因的方差的加权平均进行修正,增强小样本量下对总体的估计,进... 详细信息

基因选择算法是辅助生物学分析最重要的方法之一,但这类统计学算法受样本量相对基因数目过少的困扰。提出一种结合Gene Ontology(GO)注释信息的基因选择算法,用GO注释接近基因的方差的加权平均进行修正,增强小样本量下对总体的估计,进而寻找差异表达基因。将该算法与其他5种常见算法对比,以选择出的基因为特征构建分类器,以分类器的可靠性作为衡量算法的标准。3组芯片实验的结果表明,该算法在小样本情况下具有一定优势。亦有Pubmed文献证明,该算法可以鉴别出其他算法未曾发现的致病基因。该方法所建立起来的框架,是把生物学注释信息引入算法改进的一种有效尝试。

关键词：基因芯片基因选择 t检验置换检验 GO

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炎性细胞和主动脉固有细胞在主动脉夹层中的研究现状

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中华心血管病杂志 2023年第1期51卷 92-98页

作者：冯小航樊天斐侯杨峰郭文钧高冉王婧中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院北京100730

主动脉夹层是指主动脉内膜撕裂,血液经内膜撕裂口进入主动脉壁造成正常主动脉壁分离,形成真假腔的一种凶险的心血管疾病。常见于中老年人群,尽管发病率低,但发病突然,且病死率极高。主动脉夹层的诱因错综复杂,发病机制尚未完全明确,主... 详细信息

主动脉夹层是指主动脉内膜撕裂,血液经内膜撕裂口进入主动脉壁造成正常主动脉壁分离,形成真假腔的一种凶险的心血管疾病。常见于中老年人群,尽管发病率低,但发病突然,且病死率极高。主动脉夹层的诱因错综复杂,发病机制尚未完全明确,主要与主动脉壁结构异常、血管壁炎症反应和血流动力学有关。该文重点整理了炎性细胞和主动脉固有细胞在主动脉夹层发生发展过程中的作用,为该疾病的治疗提供新思路。

关键词：主动脉疾病主动脉夹层血管内皮细胞血管平滑肌细胞炎性细胞

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恶性疟原虫多表位疫苗***-1在大肠杆菌中的表达和纯化

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中国生物医学工程学报 2012年第2期31卷 285-290页

作者：何学虎蔺亚晖王恒中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

在大肠杆菌中表达和纯化恶性疟原虫随机重组多表位蛋白疫苗***-1,将目的蛋白纯度最高化,回收率最大化。从工程菌BL21(DE3)-***-1/pDS-eX提取重组质粒进行测序验证,用IPTG诱导表达,分别采用Ni亲和纯化,阴离子交换层析和凝胶过滤层析等不... 详细信息

在大肠杆菌中表达和纯化恶性疟原虫随机重组多表位蛋白疫苗***-1,将目的蛋白纯度最高化,回收率最大化。从工程菌BL21(DE3)-***-1/pDS-eX提取重组质粒进行测序验证,用IPTG诱导表达,分别采用Ni亲和纯化,阴离子交换层析和凝胶过滤层析等不同组合方式的5种纯化方案进行纯化,根据最终纯度和回收率选择最佳纯化方案。Ni-NTA Agarose特异性好,一步纯化后***-1纯度可达79.98%,后续的两步阴离子交换和分子筛纯化能显著提高***-1的纯度,最终纯度可超过99%,回收率大于15%。试验确立了恶性疟原虫多表位蛋白疫苗***-1在大肠杆菌中的表达和纯化方案,为下游放大生产和进一步研究***-1的效果奠定了基础。

关键词：恶性疟原虫蛋白疫苗大肠杆菌表达纯化

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一种新的长时心电信号模拟方法

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中国生物医学工程学报 2009年第3期28卷 362-366,371页

作者：刘斌张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

心电信号发生器在心电信号相关教学培训和心电医疗设备检测中有着广泛的应用。现有的心电信号发生器通常通过存储于设备内的实测心电信号或者用数学函数波形拟合发生心电信号波形,在逼真度和灵活度上各有缺陷。本研究试图研究一种能综... 详细信息

心电信号发生器在心电信号相关教学培训和心电医疗设备检测中有着广泛的应用。现有的心电信号发生器通常通过存储于设备内的实测心电信号或者用数学函数波形拟合发生心电信号波形,在逼真度和灵活度上各有缺陷。本研究试图研究一种能综合现有心电信号模拟方法优点的新的模拟方法,使心电信号发生器生成质量更高,更丰富的信号,拓展它的应用范围。通过将单周期心电信号模板库与RR间期模拟信号结合,本研究实现了种类丰富,逼真度高,可自由调节心率特性的心电信号的模拟。这种方法同时还具有运算量小和节省存储空间的特点。

关键词：心电信号模拟 RR间期

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阴离子化高分子包覆非病毒载体提高有血清环境下RNA干扰效率的研究

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中国生物医学工程学报 2016年第4期35卷 445-452页

作者：王晶谢丽菲孟洁刘健许海燕中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

大多数阳离子化高分子载体在血清环境中会大量吸附血清蛋白而导致转染效率低下,因而难以应用于临床。设计合成羧基化葡聚糖(Dex-COOH)和羧基化葡聚糖修饰富勒烯(C60-Dex-COOH)两种阴离子化高分子,并将其包覆在精胺化普鲁兰(Ps)与siRNA... 详细信息

大多数阳离子化高分子载体在血清环境中会大量吸附血清蛋白而导致转染效率低下,因而难以应用于临床。设计合成羧基化葡聚糖(Dex-COOH)和羧基化葡聚糖修饰富勒烯(C60-Dex-COOH)两种阴离子化高分子,并将其包覆在精胺化普鲁兰(Ps)与siRNA形成的复合物(PS/siRNA)外层,以减少复合物对血清蛋白的吸附。采用DLS/ELS检测阴离子包覆前后复合物的颗粒粒径及Zeta电位;用QCM-D验证阴离子包覆层的形成,并评价包覆层对牛血清白蛋白(BSA)吸附的影响;同时应用cck-8试剂、流式细胞术,检测包覆前后及不同包覆比例下复合物的细胞毒性、进入细胞的情况及对Hela-EGFP细胞的干扰效率。结果表明,Dex-COOH与C60-Dex-COOH能够在PS/siRNA外部形成稳定的负电性包覆层,有效阻止BSA的吸附,并在无血清的条件下显著降低复合物的细胞毒性;在有血清的环境中,表面包覆了阴离子化高分子的复合物可以不受血清蛋白的影响而被细胞大量摄取。对包覆了C60-Dex-COOH的PS/siRNA复合物转染组施加光照,可促使复合物从溶酶体中逃逸,将血清条件下PS/siRNA的干扰效率提高20%。该策略可有效提高阳离子化高分子载体介导的RNA干扰效率。

关键词：阳离子化高分子 siRNA载体阴离子包覆层蛋白吸附 RNA干扰

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本体支持的生物医学领域元数据异质性与可兼容性研究

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中国生物医学工程学报 2019年第3期38卷 324-331页

作者：张璐璐杨晟史涪仁潘虹洁王志刚杨啸林中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR中选取60对通用数据元素... 详细信息

利用本体支持数据元素的表示,是提升元数据机器可理解性的重要手段。采用生物医学通用数据元素数据库caDSR中的数据,评价相关的数据元素之间的语义异质性,并利用机器学习对元数据可兼容性进行判别。首先,从caDSR中选取60对通用数据元素,涉及人口学、生活方式、既往病史和实验室测量等方面。依据ISO/IEC 111179标准抽提数据元素的必要组分,利用NCIT的本体支持,就每对关联数据元素的相似度进行评价。依据数据元素内部各组分的语义相似度,利用支持向量机,对数据元素间的可兼容性做出预测,其准确度超过80%。研究结果显示,目前在caDSR数据库中,对于元数据的定义存在较大的异质性,这些异质性在数据元素的概念域尤其集中。虽然如此,通过机器学习的方法,还是能够依据现有的数据元素的定义实现数据可兼容性的自动判断。研究所建立的方法,对于优化数据元素构建流程、丰富数据标准化工具具有一定的应用价值。

关键词：元数据异质性通用数据元素本体支持向量机

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短时非线性方法用于心率变异性分析

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中国生物医学工程学报 2015年第2期34卷 229-236页

作者：刘红夺儿朱逸湛萍王志刚彭屹中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

非线性分析为揭示心率变异性(HRV)的生理和病理变化提供了新的视角,不仅可反映更多关于心脏自主神经对于心率动力学调节的信息,而且与传统的时域和频域分析形成互补。特别是短时非线性分析契合了心率动力学的非线性和非平稳特征。文中... 详细信息

非线性分析为揭示心率变异性(HRV)的生理和病理变化提供了新的视角,不仅可反映更多关于心脏自主神经对于心率动力学调节的信息,而且与传统的时域和频域分析形成互补。特别是短时非线性分析契合了心率动力学的非线性和非平稳特征。文中就符号动力学、去趋势波动分析中的短时分形尺度指数α1,与复杂度相关的近似熵和样本熵,以及定量递归分析等方法,分别介绍了它们在短时RR间期序列分析中的应用。同时从短时非线性分析与长时序列结合,以及基于多分析域指标的判别分析这两方面,说明了短时非线性方法在HRV分析中的应用拓展。最后,就这些方法应用于临床需要解决的问题进行了阐述。

关键词：心率变异性非线性分析短时序列心脏自主神经

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MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台

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中国生物医学工程学报 2017年第5期36卷 557-564页

作者：郭靖文杨晟史涪仁邵晨张璐璐王恒杨啸林中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应... 详细信息

在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://***)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。

关键词：生物医学本体 MedPortal 数据库本体映射本体注释

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蛋白质相互作用的文本挖掘研究进展

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中国生物医学工程学报 2008年第5期27卷 764-772,782页

作者：张智张正国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的... 详细信息

生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质调控,因此研究蛋白质间的相互作用成为理解生命活动的基础。使用文本挖掘方法研究蛋白质相互作用可以充分利用现有的大量文献揭示出与蛋白质相关的潜在知识,构造蛋白质相互作用网络。着重从相关的语料集和工具、所涉及的技术和方法等方面,对蛋白质相互作用的文本挖掘进行综述,并对研究前景进行展望。

关键词：文本挖掘关系抽取蛋白质相互作用模式识别

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