检索结果-内蒙古大学图书馆

生物信息学 2023年第2期21卷 106-113页

作者：高靖静王晓月中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱... 详细信息

单碱基编辑器是实用且高效的基因编辑工具,其编辑效率与单向导RNA(single guide RNA,sgRNA)序列的设计密切相关。目前单碱基编辑器sgRNA序列的设计缺少特定的法则,主要依靠经验和大量尝试完成。本研究基于卷积神经网络,开发了一个单碱基编辑器sgRNA序列设计工具BEguider。BEguider利用TensorFlow 2深度学习框架建立编辑效率预测模型,能够在人基因组范围内针对NGG PAM序列依赖的单碱基编辑器ABE7.10-NGG和BE4-NGG批量设计sgRNA序列,预测编辑效率。此外,通过整合Cas-OFFinder,BEguider能够提供对sgRNA脱靶情况的评估。利用BEguider设计sgRNA序列,有助于研究人员提高实验效率,节约实验成本。

关键词： CRISPR/Cas9 单碱基编辑器 sgRNA设计编辑效率卷积神经网络

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利用Hnf4α敲除的小鼠肝脏类器官探究发育模型的应用潜力

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 724-732页

作者：张智玉曹军梁俊波中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO... 详细信息

目的探讨胆管类器官(ICO)分化模型用作肝脏发育模型的应用潜力。方法结合CRISPR/Cas9基因编辑技术和ICO分化模型,使用分别在扩增培养基、分化培养基及敲除肝细胞核因子4α(Hnf4α)后在分化培养基培养的类器官的全转录组测序数据分析ICO的转分化过程,使用公共测序数据集分析胎肝发育过程中的分化,并从基因表达的变化趋势、生物学功能,以Hnf4α为例的regulon调控关系这三个方面对两种分化过程进行比较。结果ICO转分化过程中基因表达的变化趋势与胎肝发育总体一致;转分化过程中表达上调的差异基因主要富集在与肝实质细胞生物学功能密切相关的代谢相关通路;ICO转分化过程中Hnf4α的下游靶基因与胎肝发育部分相似。结论ICO转分化模型可以部分模拟胎肝发育中的分化过程。

关键词：胆管类器官转录组测序分化肝细胞核因子4α(Hnf4α)

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一次读懂医学统计:置信区间,医学研究的不确定性度量尺

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中华放射肿瘤学杂志 2025年第3期34卷 310-310页

作者：韩伟何慧婧中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100005

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰... 详细信息

一、置信区间帮助理解结果的可靠程度科学研究的本质是探索我们尚不了解的自然现象、规律和原理(总体),但我们只能获取一部分资料(样本)。用样本推断总体存在风险,医学研究中尤为明显。可信区间或置信区间(confidence interval,CI)恰恰是“量化”随机误差带来的不确定性的工具,它提供了一个估计值的可能范围,帮助我们理解研究结果的可靠性。

关键词：置信区间医学统计不确定性度量帮助理解随机误差可信区间可靠程度估计值

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基因治疗中的核酸药物及非病毒递送载体的研究进展

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基础医学与临床 2022年第1期42卷 41-50页

作者：刘健中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

基因治疗是针对基因异常相关疾病的终极治疗技术,各种具有不同机制的核酸药物的出现为基因治疗带来了更多的可能性。但是,由于存在体内稳定性差、难以高效进入靶细胞等问题,核酸药物需要载体的帮助而进入目标细胞并到达特定的胞内位置,... 详细信息

基因治疗是针对基因异常相关疾病的终极治疗技术,各种具有不同机制的核酸药物的出现为基因治疗带来了更多的可能性。但是,由于存在体内稳定性差、难以高效进入靶细胞等问题,核酸药物需要载体的帮助而进入目标细胞并到达特定的胞内位置,因此,开发安全高效的核酸递送系统是基因治疗的基石。与病毒载体相比,非病毒载体具有更高的安全性,但转染效率较低。随着纳米技术的发展,非病毒载体的效率得到了显著的提升,进入临床研究的数量逐渐增多。本文简要介绍基因治疗中的核酸药物及其递送载体,对非病毒核酸药物递送技术的瓶颈及进展做综合评述。

关键词：基因治疗核酸药物非病毒载体药物递送系统

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Nutlin-3a通过抑制CIDEC的表达调控小鼠脂肪功能

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基础医学与临床 2024年第2期44卷 154-158页

作者：陈恩惠杨佳卉赵微解相宏郭艳芳刘晓军闫莉中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病理生理学系北京100005 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005 山西医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室山西太原030001

目的探讨小鼠双微体同源基因2(MDM2)抑制剂Nutlin-3a对小鼠脂肪脂代谢功能的影响。方法建立C57BL/6J小鼠高脂饮食诱导肥胖(DIO)模型,随机分为对照组:腹腔注射DMSO,实验组:腹腔注射顺式咪唑啉类似物3a(Nutlin-3a)。实验期间进行葡萄糖耐... 详细信息

目的探讨小鼠双微体同源基因2(MDM2)抑制剂Nutlin-3a对小鼠脂肪脂代谢功能的影响。方法建立C57BL/6J小鼠高脂饮食诱导肥胖(DIO)模型,随机分为对照组:腹腔注射DMSO,实验组:腹腔注射顺式咪唑啉类似物3a(Nutlin-3a)。实验期间进行葡萄糖耐量(GTT)以及胰岛素耐量(ITT)实验。实验结束后,分离小鼠附睾脂肪组织(eWAT)、皮下脂肪组织(iWAT)与棕色脂肪组织(BAT),对白色脂肪组织进行苏木精-伊红(HE)染色,观察脂肪细胞形态变化;RT-qPCR和Western blot检测eWAT中脂代谢相关基因表达。结果与对照组相比,给予小鼠Nutlin-3a处理,增加DIO小鼠的体质量(P<0.001);对葡萄糖耐量和胰岛素敏感性没有影响;脂肪细胞体积减小;下调白色脂肪中脂滴结合蛋白诱导细胞凋亡DFF45样效应因子C(CIDEC)的表达。结论Nutlin-3a通过下调白色脂肪组织中CIDEC的表达抑制脂滴的形成。

关键词： Nutlin-3a 脂肪代谢脂肪组织诱导细胞凋亡DFF45样效应因子C(CIDEC)

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K562细胞中N-乙酰基转移酶10的RNA结合图谱分析

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 739-744页

作者：李高原王妍然王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-callin... 详细信息

目的对N-乙酰基转移酶10(NAT10)在人慢性髓原白血病细胞系K562中的RNA结合图谱进行描绘。方法利用紫外交联免疫沉淀技术(eCLIP)捕获NAT10在K562细胞中结合的转录本集合,对其进行高通量测序,并对数据进行生物信息学分析。通过peak-calling分析和对peaks进行注释,鉴定NAT10结合位点。并对所结合基因的类型和结合区域进行分析。进一步通过基因功能富集分析,探索其结合的RNA的功能。结果NAT10主要结合于蛋白质编码基因的转录本,并在3′非翻译区域(3′UTR)富集,预测显示其结合的转录本与DNA损伤修复等功能相关。结论NAT10可能通过与DNA损伤修复相关信使RNA(mRNA)的3′UTR区域结合,实现基因表达调控作用。

关键词： N-乙酰基转移酶10 K562细胞紫外交联免疫沉淀测序技术(eCLIP-seq)

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社区人群失眠合并睡眠呼吸障碍的患病率及疾病特征

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中华健康管理学杂志 2023年第8期17卷 584-590页

作者：劳妙婵单广良郑睦锐裴果许燕霞王拢拢谭浇莹陆镔欧琼南方医科大学附属广东省人民医院(广东省医学科学院) 广东省老年医学研究所呼吸与危重症医学科睡眠中心广州510080 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院流行病与卫生统计学系北京100730 广州市疾病预防控制中心广州510440

目的分析社区人群失眠合并睡眠呼吸障碍(SDB)的患病率及疾病特征。方法本研究为横断面研究。于2021年4—5月,在汕头和梅州整群抽取社区常住居民,完成居民一般信息采集、睡眠相关健康调查和睡眠监测。失眠严重程度指数(ISI)≥8定义为失... 详细信息

目的分析社区人群失眠合并睡眠呼吸障碍(SDB)的患病率及疾病特征。方法本研究为横断面研究。于2021年4—5月,在汕头和梅州整群抽取社区常住居民,完成居民一般信息采集、睡眠相关健康调查和睡眠监测。失眠严重程度指数(ISI)≥8定义为失眠。睡眠监测采用Ⅳ型可穿戴式智能监测设备。同时符合失眠和SDB诊断,定义为失眠合并SDB。通过SPSS25软件,分析单纯失眠、单纯SDB和失眠合并SDB的患病率及特征;通过logistic回归分析睡眠障碍与睡不解乏、糖代谢异常、高脂血症、心血管疾病的关系。结果共完成3730例城乡居民调查,中位年龄55.0(46.0,63.0)岁,单纯失眠、单纯SDB、失眠合并SDB的患病率分别为26.0%、20.2%、10.4%。经年龄、性别、体重指数、吸烟、饮酒、糖代谢异常、高脂血症校正后,单纯失眠睡不解乏发生率是无失眠无SDB者的2.900倍(P<0.001),失眠合并SDB睡不解乏发生率为3.777倍(P<0.001);单纯失眠、单纯SDB、失眠合并SDB患者高脂血症风险均增加(OR=1.553、1.415、1.868,均P<0.05);单纯SDB心血管疾病风险增加40.8%(P=0.001),失眠合并SDB心血管风险增加42.1%(P=0.007)。分层分析结果显示,年轻(<60岁)、体重指数正常(<25 kg/m^(2))的女性失眠合并SDB患者心血管疾病风险增高。体重指数正常的女性单纯失眠或失眠合并SDB患者的高脂血症风险升高。结论社区居民有高的失眠合并SDB患病率;失眠合并SDB患者睡不解乏症状明显,与高脂血症、心血管疾病风险增高相关。

关键词：失眠睡眠呼吸障碍社区人群患病率疾病特征

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基于自转运蛋白Ag43的HPV16L1蛋白的细菌表面展示

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第3期42卷 178-184页

作者：蔡锟王哲黄丕英韦良婉王星媛许雪梅储引娣朱沛沛范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国人民解放军总医院第二医学中心神经内科二病区国家老年疾病临床医学研究中心北京100036

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/... 详细信息

目的:通过构建含有不同大小乘客结构域的Ag43表面展示载体,观察其将外源蛋白HPV16L1展示在细菌细胞表面的效率。方法:(1)利用基因工程手段将不同长度的Ag43基因序列连接到pET22b载体,获得4种Ag43表面展示载体:Ag43/138、Ag43/551、Ag43/552、Ag43/700;(2)克隆HPV16L1编码基因序列,利用基因工程手段将其分别连接到上述4种Ag43表面展示载体,获得4种重组蛋白表达载体;(3)HPV16L1-Ag43融合蛋白表达及SDS-PAGE分析;(4)利用胰蛋白酶消化验证HPV16L1蛋白在大肠埃希菌的表面展示。结果:琼脂糖凝胶电泳结果显示PCR扩增获得的Ag43和HPV16L1条带与预期大小一致,表面展示载体和重组蛋白表达载体的基因序列均通过基因测序验证无误。经IPTG诱导后,构建的4种Ag43表面展示载体均能表达HPV16L1蛋白。胰蛋白酶消化后,4种重组蛋白条带均减弱,且Ag43/700-HPV16L1条带减弱最明显。结论:成功构建了基于自转运蛋白Ag43的细菌表面展示载体,HPV16L1蛋白可通过构建的4种Ag43表面展示载体表达并展示在大肠埃希菌表面,且仅保留α-螺旋和β-桶状结构域部分的Ag43表达载体即Ag43/700的表面展示效果最优。

关键词：自转运蛋白细菌表面展示 HPV16L1 Ag43

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MedDRA在中国药品监测应用实施的现状分析及建议

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中国药物警戒 2024年第7期21卷 746-751页

作者：朱彦李庆娜朱兰谢江安姚克宇黄光瑞杨啸林关健中国中医科学院中医药信息研究所北京100700 中国中医科学院西苑医院临床药理研究所北京100091 国家药品监督管理局药品评价中心国家药品监督管理局药物警戒研究与评价重点实验室北京100076 重庆邮电大学生命健康信息科学与工程学院重庆400065 北京中医药大学生命科学学院北京102488 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005 中国医学科学院北京协和医院国家人口健康科学数据中心(临床医学)北京100730

目的介绍《监管活动医学词典》(MedDRA)在我国药品监管应用实施中的问题和挑战,以期为更好地实施MedDRA提供参考和建议。方法阐述MedDRA的基本情况,系统分析探讨产品本身的特点、管理机制、用户培训和用户社区建设等方面的问题与挑战,... 详细信息

目的介绍《监管活动医学词典》(MedDRA)在我国药品监管应用实施中的问题和挑战,以期为更好地实施MedDRA提供参考和建议。方法阐述MedDRA的基本情况,系统分析探讨产品本身的特点、管理机制、用户培训和用户社区建设等方面的问题与挑战,并从完善管理机制、扩展中文版结构、构建编码共享案例库、持续审查和改进MedDRA中文版、补充和完善定义、扩展中医部分内容等方面针对性地提出建议。结果与结论在各方努力下,MedDRA的引入、推广和落地实施已经取得了很好的开局。由于MedDRA产品本身的特点、现有机制等因素,带来了若干问题和挑战,需要各方力量协调一致,共同努力改善和克服相关问题和挑战,更快更好地实现与国际接轨和互认升级,推动中国创新药高质量发展。

关键词：监管活动医学词典术语集药品上市后监测

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Rad21基因位点的遗传修饰抑制骨骼肌干细胞分化

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中国细胞生物学学报 2023年第7期45卷 1058-1065页

作者：刘勤瑶高庆张潜英汪瑞婷张勇朱大海中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005 生物岛实验室广州再生医学与健康广东省实验室广州510005

细胞谱系分化受到遗传、表观遗传、三维基因组结构的复杂调控。在真核细胞三维基因组结构中,黏连蛋白(cohesin)复合物介导染色质成环和拓扑相关结构域的形成。为了探讨Cohesin复合物介导的染色质高级结构是否调控成体干细胞分化及其相... 详细信息

细胞谱系分化受到遗传、表观遗传、三维基因组结构的复杂调控。在真核细胞三维基因组结构中,黏连蛋白(cohesin)复合物介导染色质成环和拓扑相关结构域的形成。为了探讨Cohesin复合物介导的染色质高级结构是否调控成体干细胞分化及其相关基因表达,该研究选择了Cohesin复合物的一个亚基RAD21,制备了可诱导型RAD21蛋白降解的基因敲入小鼠模型(auxininducible degron,AID)。当auxin存在时,泛素连接酶Os TIR1降解含有AID标签的RAD21蛋白。小鼠制备策略是:在Rad21基因3′端引入了Loxp-Stop-Loxp-AID-EGFP-P2A-Os TIR1元件(Rad21^(Aid/+)),与骨骼肌成体干细胞特异的Cre工具鼠(Pax7-Cre)配繁,通过auxin诱导,在骨骼肌成体干细胞中特异降解RAD21蛋白,从而探究RAD21蛋白缺失对骨骼肌成体干细胞分化及相关基因表达的影响。该研究取得意外的结果:Rad21基因敲入的纯合子小鼠(Rad21Aid/Aid,Hom)比野生型小鼠(WT)出生率显著降低;出生的Hom小鼠较WT小鼠的体型小且体质量轻;出生的Hom小鼠骨骼肌重量降低,骨骼肌纤维直径减小;Western blot定量分析表明,在没有配繁Pax7-Cre,也没有auxin诱导的条件下,与WT相比,Hom小鼠的骨骼肌干细胞中RAD21蛋白水平显著降低。以上研究结果表明:Rad21基因位点的遗传修饰导致RAD21蛋白表达水平显著降低。进一步分离骨骼肌干细胞诱导分化,与WT相比,Hom小鼠的骨骼肌干细胞分化能力显著减弱,这表明Rad21蛋白表达异常显著抑制骨骼肌干细胞分化。总之,该研究发现Rad21基因位点修饰导致其表达异常,进而影响小鼠发育和骨骼肌干细胞分化。

关键词：黏连蛋白 Rad21 可诱导型蛋白降解子骨骼肌干细胞细胞分化

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