检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2023年第4期43卷 554-559页

作者：卢琰周雅博陈洁中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、免疫学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用类器官培养构建体外快速诱导的小鼠肝脏衰老模型。方法通过两步灌注法获取小鼠肝细胞并对其进行类器官培养。通过形态学、qPCR和免疫荧光对类器官进行初步鉴定,通过检测其对LDL的摄取能力判断肝脏类器官的功能。用油酸(OA)处理... 详细信息

目的利用类器官培养构建体外快速诱导的小鼠肝脏衰老模型。方法通过两步灌注法获取小鼠肝细胞并对其进行类器官培养。通过形态学、qPCR和免疫荧光对类器官进行初步鉴定,通过检测其对LDL的摄取能力判断肝脏类器官的功能。用油酸(OA)处理肝脏类器官,检测其生长情况、衰老相关分泌表型、LDL的摄取能力和肝细胞活性氧(ROS)水平,分析肝脏衰老模型构建是否成功。进一步使用N-乙酰半胱氨酸(NAC)处理肝细胞,检测以上表型和功能的变化,利用此模型探究ROS对衰老的影响。结果两步灌注法获取到大量有活性的原代小鼠肝细胞,通过在基质胶中3D培养可获得具有自我复制能力的肝脏类器官,qPCR显示其表达肝脏标志基因,免疫荧光结果显示其高表达白蛋白(ALB),并且肝脏类器官具有对LDL正常的摄取功能。用油酸处理后,肝脏类器官生长减慢,衰老相关分泌表型基因表达上调(P<0.001),对LDL的摄取能力降低(P<0.001),ROS明显上升(P<0.001)。以上表型在使用NAC处理后均得以缓解(P<0.01或P<0.001)。结论油酸处理可在体外成功构建小鼠肝脏的衰老模型,加入NAC后可清除ROS,减缓衰老的发生。

关键词：原代肝细胞类器官油酸活性氧衰老

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CLOCK氧化还原修饰介导内源性H_(2)O_(2)对小鼠细胞呼吸的调节作用

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基础医学与临床 2023年第5期43卷 745-750页

作者：常薇薇李勋凯张祝琴陈厚早刘德培中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究生物钟核心转录因子昼夜节律运动输出周期蛋白(CLOCK)介导内源性过氧化氢(H_(2)O_(2))对细胞呼吸的调节作用和机制。方法利用Seahorse细胞能量代谢分析仪检测Clock^(C195S)小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和成体成纤维细胞(MAFs)细胞... 详细信息

目的探究生物钟核心转录因子昼夜节律运动输出周期蛋白(CLOCK)介导内源性过氧化氢(H_(2)O_(2))对细胞呼吸的调节作用和机制。方法利用Seahorse细胞能量代谢分析仪检测Clock^(C195S)小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和成体成纤维细胞(MAFs)细胞氧耗能力和糖酵解能力;通过q-PCR检测细胞呼吸关键代谢酶基因表达水平;MEFs进行抗氧化剂Trolox处理后,用Amplex■ Red试剂盒检测内源性H_(2)O_(2)的含量,并通过生物素碘乙酰胺(BIAM)探针标记检测CLOCK蛋白氧化还原修饰的改变,进一步检测处理后的细胞氧耗能力和细胞呼吸关键代谢酶基因表达水平。结果Clock^(C195S)细胞氧耗能力和糖酵解能力下降,烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)合成关键酶烟酰胺单核苷酸腺苷转移酶(NMNAT2)表达降低(P<0.05),NAD含量下降;Trolox处理导致细胞内源性H_(2)O_(2)含量降低,Clock wt MEFs氧耗能力降低而Clock^(C195S) MEFs变化无统计学意义。结论CLOCK蛋白可以通过195位点半胱氨酸氧化还原修饰介导内源性H_(2)O_(2)对细胞呼吸的调节作用。

关键词：细胞呼吸烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)合成 CLOCK氧化还原修饰

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敲除基因Pabpc6对雄性小鼠精子发生的影响

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基础医学与临床 2023年第4期43卷 560-567页

作者：汤洁琳柳俊邹定峰缪时英宋伟李凯中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究小鼠细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-6(PABPC6)在雄性小鼠精子发生中的作用。方法利用CRISPR/Cas9靶向敲除C57BL/6J小鼠基因Pabpc6,通过PCR鉴定Pabpc6的敲除情况。通过交配繁殖得到Pabpc6^(+/+)、Pabpc6^(+/-)、Pabpc6^(-/-)3种不同... 详细信息

目的探究小鼠细胞质多聚腺苷酸结合蛋白-6(PABPC6)在雄性小鼠精子发生中的作用。方法利用CRISPR/Cas9靶向敲除C57BL/6J小鼠基因Pabpc6,通过PCR鉴定Pabpc6的敲除情况。通过交配繁殖得到Pabpc6^(+/+)、Pabpc6^(+/-)、Pabpc6^(-/-)3种不同基因型的小鼠,进行睾丸称重、形态学观察和精子计数。RT-qPCR和Western blot检测不同组织中Pabpc6在mRNA和蛋白的表达水平;通过免疫荧光和苏木精-伊红染色观察该基因的定位以及睾丸曲细精管内部形态学变化。结果成功鉴定出敲除Pabpc6的小鼠;Pabpc6在睾丸组织中高表达(P<0.001)。免疫荧光显示该基因主要表达于精母细胞和早期精子阶段,基因敲除小鼠与野生型小鼠相比在睾丸外形、精子形态、精子数量和曲细精管内部形态上没有明显差异。结论Pabpc6在小鼠睾丸组织中高表达,敲除该基因后对雄性小鼠的精子发生无明显影响,说明该基因所编码的蛋白对于小鼠精子发生过程可能是非必需的。

关键词：精子发生 PABPC6 雄性生殖

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烯醇化酶1通过影响mRNA定位调节人胚胎干细胞自我更新能力

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 867-874页

作者：赫佳音杨嘉宾陈仲扬马艳妮余佳中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究烯醇化酶1(ENO1)的表达对维持人胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响,并揭示其机制。方法预测与ENO1结合的RNA和蛋白质,并进行GO富集分析。在hESCs中通过shRNA抑制ENO1内源表达,集落形成实验及碱性磷酸酶染色(AP)检测hESCs的... 详细信息

目的探究烯醇化酶1(ENO1)的表达对维持人胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响,并揭示其机制。方法预测与ENO1结合的RNA和蛋白质,并进行GO富集分析。在hESCs中通过shRNA抑制ENO1内源表达,集落形成实验及碱性磷酸酶染色(AP)检测hESCs的集落形成能力,荧光定量PCR检测hESCs的多能性及分化标志基因的表达变化,RNA荧光原位杂交技术检测带有polyA尾的RNA的定位变化。结果抑制ENO1的内源表达后,hESCs的集落形成能力得到了显著抑制(P<0.05),同时分化标志基因表达水平升高(P<0.001),带polyA尾的RNA的定位由分散在细胞质中变为集中在核内(P<0.001)。结论ENO1通过影响mRNA在细胞内的定位调控hESCs自我更新能力。

关键词：人胚胎干细胞烯醇化酶1 RNA结合蛋白多能性 mRNA定位

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通过定向内胚层的高效分化提高多能干细胞体外生成肝细胞样细胞的效率

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基础医学与临床 2023年第7期43卷 1045-1052页

作者：闫煜聪杨淑春贾玉艳黄粤中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院医学遗传学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的优化多能干细胞(PSCs)体外定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的方法,提高得到HLCs的效率。方法根据体内肝细胞发育的规律,优化多能干细胞逐级诱导分化成HLCs过程中使用的细胞因子,制定出更高效率的肝细胞定向分化体系,并在人胚胎干细胞(... 详细信息

目的优化多能干细胞(PSCs)体外定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的方法,提高得到HLCs的效率。方法根据体内肝细胞发育的规律,优化多能干细胞逐级诱导分化成HLCs过程中使用的细胞因子,制定出更高效率的肝细胞定向分化体系,并在人胚胎干细胞(hESCs)系H9上进行分化实验。通过对分化不同阶段的细胞进行形态学观察、标志基因表达水平的RT-qPCR检测以及流式细胞术测量分析,综合评估得到HLCs的效率。结果在hESCs向定向内胚层(DE)分化阶段的培养基中同时添加细胞因子激活素A、骨形态发生蛋白4(BMP4)和成纤维细胞因子2(FGF2),能显著提高该阶段标志基因的表达量,荧光示踪和流式分选也表明最终得到的HLCs的比例明显增加。结论DE的高效分化能提高PSCs向HLCs的分化效率。

关键词：分化多能干细胞定向内胚层肝细胞样细胞

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组胺刺激棕色和米色脂肪产热

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生理学报 2021年第5期73卷 821-827页

作者：冯月瑶张玉洁常永生天津医科大学基础医学院生理与病理生理学系中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院医学分子生物学国家重点实验室

3-肾上腺素受体激动剂能够刺激棕色脂肪适应性产热,并能促进白色脂肪米色化。然而到目前为止,有哪些代谢产物参与介导β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪产热作用尚不清楚。本研究通过给予8周龄C57/BL6J雄性小鼠腹腔注射β3-肾上腺素受体... 详细信息

3-肾上腺素受体激动剂能够刺激棕色脂肪适应性产热,并能促进白色脂肪米色化。然而到目前为止,有哪些代谢产物参与介导β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪产热作用尚不清楚。本研究通过给予8周龄C57/BL6J雄性小鼠腹腔注射β3-肾上腺素受体激动剂CL316,243,分离提取小鼠脂肪组织进行RNA-Seq检测,结果显示组胺合成限速酶组氨酸脱羧酶(histidine decarboxylase, HDC)在脂肪中被CL316,243强烈诱导,因此推测HDC的代谢产物组胺可能参与了脂肪组织的产热过程。通过给予正常饮食与高脂饮食C57BL/6J小鼠静脉注射组胺,以明确组胺促进脂肪产热的生理作用和机制。结果显示,组胺可刺激正常饮食小鼠棕色脂肪和皮下白色脂肪中产热基因的表达,包括过氧化物酶体增殖物激活受体γ-辅活化因子-1α(peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator-1α, PGC-1α)和解耦联蛋白1 (uncoupling protein 1, UCP1)。HE染色表明,组胺处理降低了脂肪细胞中脂滴的大小。此外,组胺还可以促进高脂饮食诱导的肥胖小鼠脂肪产热,改善糖耐量和脂肪肝表型。最后,我们通过脂肪原代前体细胞实验验证了组胺促进产热是细胞的自主特性。本研究结果表明,组胺可能参与介导了β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪的产热。

关键词：组胺产热肥胖 UCP1 PGC-1α

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转录因子Ikzf1促进小鼠胎肝来源红系细胞终末分化

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 916-922页

作者：王佳鑫余东林杨希刘雪会吕湘中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病理生理学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的通过分析单细胞转录组数据,挖掘红系终末分化过程中潜在的转录因子Ikzf1,并探究其在终末红系分化中的功能。方法利用SCENIC方法对人和小鼠红系细胞的单细胞转录组数据进行转录因子预测,从bulk转录组数据获取所预测因子Ikzf1在红系... 详细信息

目的通过分析单细胞转录组数据,挖掘红系终末分化过程中潜在的转录因子Ikzf1,并探究其在终末红系分化中的功能。方法利用SCENIC方法对人和小鼠红系细胞的单细胞转录组数据进行转录因子预测,从bulk转录组数据获取所预测因子Ikzf1在红系终末分化过程中的表达情况并在小鼠胎肝红系分化体系中进行RT-qPCR验证。在小鼠胎肝来源的红系细胞中利用短发夹RNA(shRNA)干扰技术敲低Ikzf1,流式分选GFP阳性的成功转染细胞,RT-qPCR验证其敲低效率,流式细胞术分析Ikzf1敲低后对红系分化和脱核的影响。结果SCENIC预测Ikzf1是人与小鼠红系终末分化共同的转录因子,转录组及RT-qPCR分析显示其在终末分化较早期的原红和早幼红细胞阶段表达量较高。将小鼠胎肝来源红系细胞中Ikzf1基因的表达成功敲低,流式细胞术检测发现Ikzf1敲低导致红细胞分化阻滞在早幼红细胞时期,细胞脱核率显著降低(P<0.05)。结论转录因子Ikzf1在红系终末分化早期高表达并参与促进红系终末分化和脱核。

关键词： Ikzf1 红系终末分化红系脱核

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BioMGE——一个用于采集和分析生物医用材料和多组学数据的数据库

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工程科学学报 2024年第2期46卷 279-289页

作者：龚海燕张晓彤张司臣李铭鸿赵赫王婧宇王秀梅陈阳北京科技大学计算机与通信工程学院北京市高精尖中心北京100083 北京科技大学新材料技术研究院北京100083 北京科技大学顺德创新学院佛山528399 北京中医药大学东直门医院骨科三科北京100700 北京中医药大学中医学院北京100029 清华大学材料科学与工程学院新型陶瓷及其精细加工国家重点实验室先进材料教育部重点实验室北京100084 中国医学科学院基础医学研究所生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科... 详细信息

随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科交叉联合分析的基石.本文介绍了BioMGE,一个基于灵活的自定义平台NMDMS(国家材料数据管理与服务平台)实现的数据库建设案例,用于收集生物医用材料和多组学测序数据.NMDMS的动态容器框架允许用户定义个性化的数据提交模式,存储来自生物医用材料和多组学研究领域的数据.自2019年以来,BioMGE已收集了1547100个生物医用材料和多组学数据集.BioMGE提供了数据导出接口,方便用户直接导出数据以进行数据分析.以组学数据可视化为例,提供BioMGE-viewer模块以实现对生物染色质结构数据从一维到三维的数据可视化.该数据库可为其他跨领域研究的数据共享提供了新的思路和平台.

关键词：生物医用材料多组学动态容器数据库异构数据存储可视化

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梅毒螺旋体外膜蛋白研究进展

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微生物学报 2021年第3期61卷 539-554页

作者：王哲储引娣张艳娟李军范恩国中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病原学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院皮肤科北京100730

梅毒是由梅毒螺旋体(Treponema pallidum)亚种苍白螺旋菌引起的性传播感染性疾病,主要通过母婴感染或性接触的方式传播。梅毒螺旋体的外膜蛋白在梅毒螺旋体的传播和宿主的黏附等方面起重要作用,因此,鉴定可以作为抗生素作用靶点的梅毒... 详细信息

梅毒是由梅毒螺旋体(Treponema pallidum)亚种苍白螺旋菌引起的性传播感染性疾病,主要通过母婴感染或性接触的方式传播。梅毒螺旋体的外膜蛋白在梅毒螺旋体的传播和宿主的黏附等方面起重要作用,因此,鉴定可以作为抗生素作用靶点的梅毒螺旋体外膜蛋白一直是梅毒疫苗开发的研究重点。本文重点阐述了梅毒螺旋体外膜蛋白的结构功能等特性,并将目前针对细菌外膜蛋白为靶点的药物的研究进展进行总结,以期为针对梅毒螺旋体的外膜蛋白为靶点的相关药物的研发提供一些新思路。

关键词：梅毒螺旋体外膜蛋白抗生素药物靶点

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自然衰老小鼠肝脏与血清的非靶向代谢组学特征

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中国医学科学院学报 2021年第4期43卷 536-544页

作者：柳江枫杨晔宏武乐杨俊涛中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005 南开大学统计与数据科学学院天津300071

目的检测自然衰老小鼠肝脏与血清的代谢组学改变情况。方法取10只2月龄小鼠与10只18月龄小鼠,分离生理条件下的肝脏和血清做样本制备,采用液相色谱-串联质谱技术做代谢物鉴定与定量,对过滤后的高质量数据做整体分析、差异筛选和差异代... 详细信息

目的检测自然衰老小鼠肝脏与血清的代谢组学改变情况。方法取10只2月龄小鼠与10只18月龄小鼠,分离生理条件下的肝脏和血清做样本制备,采用液相色谱-串联质谱技术做代谢物鉴定与定量,对过滤后的高质量数据做整体分析、差异筛选和差异代谢物功能分析。结果质谱负离子和正离子模式在小鼠肝脏分别鉴定到242和399个代谢物,在小鼠血清分别鉴定到265和230个代谢物,年轻与年老小鼠代谢组的整体区分较小。衰老肝脏鉴定的上调代谢物涉及核黄素代谢、糖代谢和花生四烯酸代谢等通路,下调代谢物涉及嘧啶代谢、嘌呤代谢、甘油磷脂代谢、谷胱甘肽代谢和烟酰胺代谢。血清中伴随衰老改变的代谢物与多种核酸代谢相关途径相关,如嘧啶代谢、嘌呤代谢、一碳单位池、氨糖及核糖代谢等途径。结论衰老小鼠肝脏及血清可能存在核酸代谢通路紊乱,本研究为衰老相关机制研究及干预途径选择提供了数据支持。

关键词：衰老小鼠肝脏血清非靶向代谢组学

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