检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2025年第5期 561-567页

作者：蒋正阳孙梦瑶何浏余佳马艳妮中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系

目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况；通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力，qPCR及流式... 详细信息

目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况；通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力，qPCR及流式细胞测量术分析检测hESCs的多能性及分化标志基因表达情况，高通量测序检测敲除假基因对细胞转录组的影响。结果敲除假基因AC106872.1后，hESCs的集落形成能力得到抑制(P<0.05),多能性标志基因表达水平显著降低(P<0.000 1),分化标志基因表达水平显著上升(P<0.000 1)。结论假基因AC106872.1通过调控多能性基因的表达，参与人类胚胎干细胞自我更新能力的维持。

关键词：假基因人类胚胎干细胞多能性

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基于人工智能的心血管疾病预测模型研究现状

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蚌埠医科大学学报 2025年第1期50卷 6-13页

作者：彭石娟王小满高琴陈厚早蚌埠医科大学卫生管理学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学基础医学院生理学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233030 中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究国家重点实验室北京100005

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,... 详细信息

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,传统的风险模型通常无法捕捉危险因素之间的非线性关系。人工智能(AI)技术,特别是监督式机器学习和深度学习,为CVD预测提供了新视角和工具。近几年,基于电子病历、多模态影像等临床数据和衰老大数据可以准确地预测CVD的发病和死亡风险,因此,本文将从传统评分、基于AI的临床数据和衰老大数据的CVD预测模型研究现状分别进行阐述,为促进AI结合CVD提供思路。

关键词：心血管疾病人工智能预测模型衰老生物学年龄

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大蒜素通过HBV启动子SP2抑制HBV复制

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基础医学与临床 2025年第4期45卷 465-470页

作者：卢莉莉朱席琳伍晓盼刘英中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究大蒜素(allicin)对乙型肝炎病毒(HBV)复制的影响并初步阐明其调控分子机制。方法不同浓度的大蒜素处理HepG2.2.15细胞,采用ELISA检测HBsAg和HBeAg的表达水平,CCK-8实验评估大蒜素对细胞活力的影响,从中筛选出适宜的药物浓度;以... 详细信息

目的探究大蒜素(allicin)对乙型肝炎病毒(HBV)复制的影响并初步阐明其调控分子机制。方法不同浓度的大蒜素处理HepG2.2.15细胞,采用ELISA检测HBsAg和HBeAg的表达水平,CCK-8实验评估大蒜素对细胞活力的影响,从中筛选出适宜的药物浓度;以该浓度的大蒜素处理HepG2-NTCP细胞,48 h后通过RT-qPCR检测HBV相关标志物的表达;通过双荧光素酶报告基因实验,分析4种HBV启动子(EnhⅠ/Xp,SP1,SP2和CP)的活性,并评估大蒜素对这些启动子活性的影响;使用工具Gene-regulation预测可能与启动子结合的转录因子,过表达转录因子后处理细胞以检测大蒜素对启动子活性的影响。最后,通过ChIP实验验证转录因子与HBV启动子的结合情况,以及大蒜素处理是否改变这种结合。结果大蒜素呈浓度依赖性显著降低HBsAg表达水平,同时对HBeAg表达有轻微抑制作用(P<0.001);40μmol/L的大蒜素表现出最佳的抗病毒效果,且对细胞活力无显著影响;此外,40μmol/L的大蒜素还能显著抑制HBV的DNA复制和转录水平(P<0.05);大蒜素显著抑制了HBV启动子SP2的活性(P<0.001);进一步研究发现,转录因子SP1能够与HBV启动子SP2的DNA序列结合,经大蒜素处理后,该结合显著受到抑制(P<0.001)。结论大蒜素通过抑制转录因子SP1与HBV启动子SP2的结合,降低HBV的转录水平,进而抑制病毒的复制。

关键词：大蒜素乙型肝炎病毒抗病毒转录调控 HBV启动子SP2

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BE-dot:为单碱基编辑设计sgRNA及预测脱靶图谱的工具

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生物化学与生物物理进展 2023年第2期50卷 397-404页

作者：王泽鲁梁俊波王晓月中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,... 详细信息

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,尽管有较多工具实现了设计sgRNA,但缺少将设计sgRNA与评估单碱基编辑器特异性完整结合起来的工具。方法纳入主流的27种胞嘧啶碱基编辑器(CBEs)和12种腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)对SNV设计编辑方案,并通过调用第三方工具BE-Hive对编辑方案进行效率预测。综合使用多个脱靶预测工具对编辑方案的脱靶图谱进行评估。最后结合BEs类型和脱靶位点,分析得到所有可能的脱靶编辑产物,再调用ANNOVAR这一变异注释工具进行脱靶产物的功能分析。结果本文提出了一个综合性工具BE-dot,它可以实现对目标编辑的SNV从设计sgRNA到预测脱靶图谱的完整过程,并对脱靶产物进行功能注释。利用密码子的简并性,BE-dot除了提供DNA水平上的精确校正方案,还可以在蛋白质水平进行同义校正。在对单碱基编辑系统做脱靶图谱的预测时,BE-dot综合了Cas-OFFinder、CALITAS、CFD、u CRISPR、BEdeepoff等多个工具,可以更全面地评估单碱基编辑系统的特异性,为用户选择BEs和sgRNA提供参考。此外,BE-dot可以自动分析得到脱靶位点处所有可能的编辑产物,并转换为avinput格式供ANNOVAR进行功能注释,避免了以往手工注释的繁琐。结论 BE-dot能为单碱基编辑技术应用于纠正或引入SNV设计编辑方案,并且能够从编辑效率、脱靶图谱、脱靶带来的功能影响等方面对编辑方案进行全面的评估。

关键词：单碱基编辑器单向导RNA设计脱靶图谱预测

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吉妥辛对吉非替尼耐药性非小细胞肺癌的抑制作用

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基础医学与临床 2013年第5期33卷 609-613页

作者：薛毅博郑直中国医学科学院基础医学研究所生物化学与分子生物学系北京100005

目的在细胞和动物水平评价强心苷药物吉妥辛对耐药性非小细胞肺癌的抑制作用,并对其抑癌的分子机制进行初步探索。方法吉妥辛和吉非替尼处理H1975细胞后,用MTS法检测细胞的存活率,流式细胞分析法检测细胞的凋亡率;吉妥辛处理移植瘤裸鼠... 详细信息

目的在细胞和动物水平评价强心苷药物吉妥辛对耐药性非小细胞肺癌的抑制作用,并对其抑癌的分子机制进行初步探索。方法吉妥辛和吉非替尼处理H1975细胞后,用MTS法检测细胞的存活率,流式细胞分析法检测细胞的凋亡率;吉妥辛处理移植瘤裸鼠,测量并计算移植瘤体积;吉妥辛处理H1975细胞后,用Western blot检测Erk1/2的磷酸化水平。结果吉妥辛比吉非替尼更有效地抑制H1975的生长(P<0.05),促进其凋亡(P<0.05),且能显著抑制裸鼠移植瘤的生长(P<0.05)。吉妥辛能计量和时间依赖地抑制Erk1/2的磷酸化(P<0.05)。结论吉妥辛可作为治疗耐药性非小细胞肺癌的潜在替代药物。

关键词：吉妥辛 H1975 小鼠移植瘤模型 Erk1/2信号通路

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基于金属增强荧光的高通量碱基突变的筛查

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基础医学与临床 2014年第6期34卷 797-801页

作者：徐瑶郑直中国医学科学院基础医学研究所生物化学与分子生物学系北京100005

目的开发简单特异的金属增强荧光方法以区分含突变位点和完全互补配对的核酸序列。方法靶标能通过toehold调节的链置换反应将固定在96孔板表面的发卡结构核酸打开，再加入5’端修饰了羧基荧光素的信号探针，该探针能与另一段打开的捕捉... 详细信息

目的开发简单特异的金属增强荧光方法以区分含突变位点和完全互补配对的核酸序列。方法靶标能通过toehold调节的链置换反应将固定在96孔板表面的发卡结构核酸打开，再加入5’端修饰了羧基荧光素的信号探针，该探针能与另一段打开的捕捉探针杂交，通过检测荧光信号实现对靶标的分析。结果相对于一般方法，金属增强荧光（MEF）能明显区分互补配对靶标和含突变靶标，并具有显著的信号放大作用（对于100nmol／L的靶标，信号放大-13倍），能检测出0．1nmol／L级别的靶标（普通方法5nmol／L）。结论为核酸突变检测提供了一种简便高通量的初筛手段。

关键词：链置换反应金属增强荧光碱基突变筛查

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微RNA在大脑新皮层层次形成中的调控作用

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生物化学与生物物理进展 2024年第10期51卷 2392-2404页

作者：舒鹏程窦欣怡中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制全国重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微... 详细信息

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微RNA(microRNAs,miRNAs)为对象,结合笔者实验室工作,总结近年来所发现的miRNAs在大脑皮层层次形成过程中的研究进展,特别是在神经干细胞时序性命运决定、投射神经元多样性的形成、神经元放射状迁移,以及分裂后神经元进一步命运特化等方面的进展,为大脑皮层的发育机制研究提供新的思路。

关键词：大脑新皮层投射神经元层次形成微RNA Dicer

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细菌有转录因子吗?——“转录因子”概念的形成和发展浅析

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第6期37卷 691-696页

作者：杨克恭中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院生物化学与分子生物学系北京100005

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型... 详细信息

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型代表是某些国际学术权威主编的生物化学和分子生物学类主流原版教材。然而,新观点认为,细菌的结合DNA的转录激活蛋白和阻遏蛋白就是TFs,其含量和重要性不亚于真核。虽然新观点在国际学术期刊发表的学术论文中早已司空见惯,但迄今国内外许多学者仍然心存疑虑。“转录因子”这一概念像许多分子生物学术语一样,伴随学科发展不断更新,从狭义到广义。初期人们曾以为TFs仅仅是真核基因转录起始所必需的,细菌不需要TFs,当时将细菌排除在其适用范围以外可以理解。40年来丰富的科研成果已经证明,大量的转录激活蛋白和阻遏蛋白结合于启动子以外的顺式调控元件,其中既包括真核生物的增强子、沉默子和绝缘子,也有细菌的多种正、负调控元件,这些转录调节蛋白符合转录因子的所有基本特征,是名副其实的“转录因子”。所以,新观点具有科学性和合理性,应该为学术界广泛接受和采用。将来“转录因子”的概念是否会进一步扩大,纳入HAT等染色质修饰蛋白和ncRNAs,甚至拓展到转录的“延伸因子”和“终止因子”,我们对此应该秉持开放态度。

关键词：转录因子细菌学术之争

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基于微小RNA架构的新型随机短发夹RNA文库构建

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中国医学科学院学报 2017年第4期39卷 518-524页

作者：郭倩朱宁卜萌萌郭思超闫雪静陈倩陈梅红中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建高效发夹状随机短发夹RNA(shRNA)文库。方法构建由polⅡ启动子(CMV)驱动的增强绿色荧光蛋白(EGFP)下游连接shRNA的表达载体,转染细胞后收取蛋白,用Western blot和荧光素酶报告基因系统检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制... 详细信息

目的构建高效发夹状随机短发夹RNA(shRNA)文库。方法构建由polⅡ启动子(CMV)驱动的增强绿色荧光蛋白(EGFP)下游连接shRNA的表达载体,转染细胞后收取蛋白,用Western blot和荧光素酶报告基因系统检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制效率。在由CMV启动的EGFP下游连接shRNA的表达载体基础上,构建EGFP下游连接基于微小RNA(miRNA)架构的shRNA表达载体,转染细胞后收取RNA,用实时定量荧光PCR法检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制效果。基于EGFP下游连接基于miRNA架构的shRNA表达载体实时定量荧光PCR的检测结果,构建基于miRNA架构的大容量随机shRNA文库。结果由polⅡ启动子(CMV)驱动发夹状shRNA转录时,shRNA要位于一个大的转录本之后才能被有效转录。基于miRNA架构环境可提高shRNA的干扰效率。构建了一个容量为1.8×10~7的基于miRNA架构的大容量随机shRNA文库。结论构建了一个大容量的新型随机shRNA文库。

关键词：微小RNA 短发夹RNA 随机文库

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载脂蛋白E ε4和ε2等位基因与胎儿宫内发育的关系

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中华神经科杂志 2008年第12期41卷 835-839页

作者：郭峰张振馨许群张俊武赵华路中国医学科学院北京协和医院神经科临床流行病室 100730 中国医学科学院基础医学研究所生物化学及分子生物学系

目的研究载脂蛋白E（ApoE）ε4和ε2等位基因与胎儿宫内发育的关系。方法以聚合酶链反应．限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）方法检测1418名北京协和医院出生人群的ApoE基因型，计算等位基因频率，收集其出生时的相关指标。通过单... 详细信息

目的研究载脂蛋白E（ApoE）ε4和ε2等位基因与胎儿宫内发育的关系。方法以聚合酶链反应．限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）方法检测1418名北京协和医院出生人群的ApoE基因型，计算等位基因频率，收集其出生时的相关指标。通过单因素分析和多因素Logistic回归分析比较ApoE ε4和ε2等位基因与新生儿发育状态的关系。结果本研究人群中ApoE ε2、ε3和ε4等位基因频率分别为8．11％、83．39％和8．50％。单因素分析结果表明，携带82等位基因者的出生体质量指数（ponderal index，PI）构成差异有统计学意义（χ^2=4．87，P=0．027），其头围、胎盘质量和孕周构成差异没有统计学意义。多因素分析结果表明，调整了性别、年龄、出生头围、胎盘质量、孕周、产次和产妇年龄等因素，携带ApoE ε2等位基因与小PI呈负相关（χ^2=5．077，P=0．024）。没有发现携带ApoE ε4等位基因与新生儿发育状态存在关联性。结论ApoE ε2等位基因对PT有保护作用，没有发现ApoE ε4等位基因与胎儿宫内发育有关。

关键词：阿尔茨海默病胎儿发育载脂蛋白E类等位基因人体质量指数

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