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药学学报 2023年第4期58卷 938-945页

作者：李靖荣李凌宇赵晨旭尚海张涛邹忠梅宛蕾贵州医科大学基础医学院贵州贵阳550025 中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所北京100193

乳腺癌已成为女性发病率最高的恶性肿瘤,严重危害女性的健康。从传统药物中筛选出高效低毒的先导化合物是开发乳腺癌治疗药物的有效途径之一。毛大丁草内酯J是本课题组前期从民族药毛大丁草中分离得到的一种新型香豆素类化合物,具有显... 详细信息

乳腺癌已成为女性发病率最高的恶性肿瘤,严重危害女性的健康。从传统药物中筛选出高效低毒的先导化合物是开发乳腺癌治疗药物的有效途径之一。毛大丁草内酯J是本课题组前期从民族药毛大丁草中分离得到的一种新型香豆素类化合物,具有显著的抗肿瘤活性,但关于毛大丁草内酯J对乳腺癌细胞周期和凋亡的影响及作用机制尚不明确。本研究利用CCK-8法、克隆形成实验、PI染色法探讨毛大丁草内酯J对乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231细胞增殖及周期的影响。通过DAPI、Annexin V/TO-PRO-3、Rhod-2 AM、TMRM、DCFDA染色法及蛋白免疫印迹法考察毛大丁草内酯J对MCF-7和MDA-MB-231细胞凋亡及线粒体功能的影响。结果表明,毛大丁草内酯J通过调控P21/CDC25C/CDK-1/cyclin B1通路,将细胞周期阻滞于G2/M期,显著抑制MCF-7和MDA-MB-231细胞增殖。此外,毛大丁草内酯J能诱导MCF-7和MDA-MB-231细胞发生线粒体钙超载,线粒体膜电位降低,活性氧生成增加,引发细胞凋亡,其作用机制与激活线粒体凋亡通路有关。综上,毛大丁草内酯J可通过调控P21/CDC25C/CDK-1/cyclin B1通路及激活线粒体凋亡通路诱导乳腺癌细胞周期阻滞及凋亡,为乳腺癌新药研发提供新的候选化合物。

关键词：乳腺癌毛大丁草毛大丁草内酯J 增殖凋亡

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基于机器学习分析的浸润性乳腺癌蛋白质编码基因的标志物鉴定

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中国医学科学院学报 2024年第2期46卷 147-153页

作者：武乐闵开元柳江枫梁万丰杨晔宏胡刚杨俊涛南开大学统计与数据科学学院天津300071 中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数... 详细信息

目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数据库下载浸润性乳腺癌的表达数据,采用DESeq2程序包、t检验及Cox单因素分析,对人类浸润性乳腺癌样本中与生存预后相关的差异蛋白质编码基因进行筛选。基于RF、XGBoost、LightGBM、CatBoost等机器学习模型的构建与比较,挖掘浸润性乳腺癌预后相关的蛋白质编码基因标志物,并使用基因表达综合数据库的乳腺癌表达数据作为外部测试进行验证。结果共获得151个与生存预后相关的差异蛋白质编码基因,其中由C3orf80、UGP2和SPC253个基因构建的机器学习模型效果较好。结论筛选出3个(UGP2、C3orf80、SPC25)与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物,为诊断和治疗浸润性乳腺癌提供了新的方向。

关键词：浸润性乳腺癌生物标志物蛋白质编码基因 UGP2 C3orf80 SPC25

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HDAC抑制剂西达本胺对外周T细胞淋巴瘤PD-L1表达的影响

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中国实验血液学杂志 2022年第6期30卷 1741-1745页

作者：颜妙名李钊璇陈翀张薇周道斌中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院血液内科北京100730 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院免疫学系北京100005

目的:探讨西达本胺对外周T细胞淋巴瘤PD-1/PD-L1免疫逃逸信号通路调控机制的作用。方法:使用不同浓度梯度的西达本胺处理Jurkat细胞系,通过荧光定量PCR与流式细胞术检测西达本胺处理后Jurkat细胞系PD-L1和JAK/STAT通路基因mRNA表达及细... 详细信息

目的:探讨西达本胺对外周T细胞淋巴瘤PD-1/PD-L1免疫逃逸信号通路调控机制的作用。方法:使用不同浓度梯度的西达本胺处理Jurkat细胞系,通过荧光定量PCR与流式细胞术检测西达本胺处理后Jurkat细胞系PD-L1和JAK/STAT通路基因mRNA表达及细胞表面PD-L1蛋白表达的变化。结果:西达本胺上调Jurkat细胞系PD-L1的mRNA表达,上调水平呈剂量依赖(r=0.989),5.0μmol/L组PD-L1的mRNA表达是无处理组的15.4倍。Jurkat细胞系PD-L1细胞比例不足0.5%。西达本胺上调Jurkat细胞表面PD-L1蛋白表达。西达本胺上调TAT3 Jurkat细胞系JAK2、STAT1、S的mRNA表达,高浓度组(5.0μmol/L组)上调水平明显。同时JAK/STAT通路上游负调控基因SOCS1、SOCS3的mRNA表达上调。结论:外周T细胞淋巴瘤中,西达本胺可能通过上调STAT1上调细胞表面PDL1,并诱导T细胞趋化因子,提高PD-1单抗的反应率及T细胞毒性作用。

关键词：西达本胺 JAK/STAT通路 PD-1/PD-L1

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基于Web of Science数据库的肿瘤麻醉学文献的发展趋势和热点分析

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中华老年医学杂志 2024年第12期43卷 1630-1639页

作者：张子航杨宁林威黄莹莹左明章北京医院手术麻醉科、国家老年医学中心、中国医学科学院老年医学研究院北京100730 中国医学科学院、北京协和医学院北京100730 北京大学基础医学院北京100191 北京医院肿瘤科、国家老年医学中心、中国医学科学院老年医学研究院北京100730

目的运用文献计量学方法,探讨肿瘤麻醉学的研究现状、研究热点和发展趋势。方法以"Propofol""Opioid""*flurane""Nitrous oxide""General Anesthesia""Local Anesthesia"&... 详细信息

目的运用文献计量学方法,探讨肿瘤麻醉学的研究现状、研究热点和发展趋势。方法以"Propofol""Opioid""*flurane""Nitrous oxide""General Anesthesia""Local Anesthesia""Epidural Anesthesia""Nerve Block""Anesthesia""Pain relieve""Tumor"等为主题词,检索Web of Science核心合集(WoSCC)肿瘤麻醉学建库至2023-08-18相关文献,采用VOSviewer、Scimago Graphica和R-bibliometrix等分析该研究领域发文趋势、国家合作产出、关键词分析及科学类别,通过CiteSpace进行文献共被引分析、引文突现、双图叠加。结果最终共纳入12832篇论著与综述,年发文量逐年上升。美国(29.7%,3814篇)发文量居首位、中国(20.5%,2635篇)次之,且中美之间合作最为密切。学科分类角度上,目前研究更集中在"生物学与医学"和"心理学和社会科学"两大领域。共被引分析提示目前最突出聚类为"乳腺癌"。通过引文突增、高被引文献分析展现了肿瘤麻醉学由早期缓解癌痛到现今麻醉对肿瘤手术及预后影响的知识发展脉络,高频关键词前三位依次为"患者"(1620次)、"效果"(1314次)、"疼痛"(729次),说明研究聚焦于癌痛治疗和肿瘤治疗效果的评估。结论目前肿瘤麻醉学的研究数量增长迅速,美国处于领先地位,中国研究产出位居第二。该领域呈现出明显的跨学科发展趋势,它已经从生物学和医学逐渐延伸到心理学和社会科学。探索缓解癌痛的麻醉药物以及麻醉对肿瘤疗效的影响是当前肿瘤麻醉学的主要研究热点。

关键词：麻醉镇痛肿瘤文献计量学可视化分析 CiteSpace

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司坦唑醇和达那唑治疗非重型再生障碍性贫血的疗效及其对CD4^(+)CD25^(+)Foxp3^(+)调节性T细胞的影响

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中华血液学杂志 2022年第2期43卷 157-160页

作者：李红敏龙章彪王涛韩冰中国医学科学院、北京协和医学院北京协和医院血液科北京100730 中国医学科学院、北京协和医学院基础医学研究所北京100730

再生障碍性贫血(AA)是一种骨髓造血衰竭性疾病,可分为重型AA(SAA)和非重型AA(NSAA)[1,2]。NSAA患者目前尚无一致认可的治疗方案。由于部分NSAA患者可进展为SAA或发生克隆演变,目前国内外学者多提倡给予早期干预[3]。达那唑是人工合成的... 详细信息

再生障碍性贫血(AA)是一种骨髓造血衰竭性疾病,可分为重型AA(SAA)和非重型AA(NSAA)[1,2]。NSAA患者目前尚无一致认可的治疗方案。由于部分NSAA患者可进展为SAA或发生克隆演变,目前国内外学者多提倡给予早期干预[3]。达那唑是人工合成的雄激素类药物,文献报道其单药或联合环孢素A(CsA)治疗AA均有一定疗效,可能具有免疫调节作用[4,5,6,7,8]。

关键词：司坦唑醇达那唑调节性T细胞雄激素类 CD25 人工合成免疫调节作用文献报道

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MethyScan:一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具

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生物化学与生物物理进展 2021年第6期48卷 677-687页

作者：曹英豪中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院北京100730

DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,M... 详细信息

DNA甲基化是重要的表观遗传现象,对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明,基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上,实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR(methylation specific PCR,MSP)通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板各自特异性结合和扩增,实现基因甲基化状态的区分,是切实可行、简单便捷的临床诊断实验技术.但是,不同于常规PCR,MSP主要存在如何强化引物-甲基化/非甲基化模板特异性结合、降低引物序列Tm值差异、去除假阳性扩增及提高敏感性等四大难点.尽管大多数MSP引物设计软件对上述难题都提出了各自解决办法,但在引物设计影响因素考虑、设计与评估并行处理及特异性扩增预测等方面仍然存在较大缺陷.为此,本研究通过对MethPrimer、MSPPrimer、MethBlast、BiSearch等现有MSP引物设计软件原理的深入探究,以及对Bowtie、SAMtools和BEDTools等工具的有效综合整合,基于图形库Matplotlib和第三方Python功能库BioPython与Primer3-py实现了具有系列优点的甲基化特异性PCR引物设计与评估可视化工具MethyScan.它具有引物设计、基因组索引、引物评估等三大完整功能模块,不仅可快速进行MSP引物设计,实现巢式(Nested)引物适配,还可基于4种基因组碱基转换模板分析引物结合信息,图形化展示非特异性扩增与目的片段差异,从而综合评估引物特异性-非特异性扩增.同时,对食管癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中6个潜在生物标志物TFPI-2、NDRG4、CDKN2A、CD44、CASP8和SDHD的甲基化引物设计对比结果表明,MethyScan不仅可获得更多CpG位点的检测引物,而且所获得MSP引物位置与其他软件结果相同或相近,且引物间Tm值差值更小.总之,作为首个图形化展示特异性-非特异性扩增差异MSP引物设计工具,MethyScan可有效提高甲基化引物设计准确性,为临床DNA甲基化检测项目开展、检测试验实施及诊断试剂盒研发提供有力支撑.MethyScan工具下载地址:https://***/bioinfo-ibms-pumc/MethyScan.

关键词：引物设计 DNA甲基化引物评估 MSP引物

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免疫球蛋白G糖基化修饰的质谱分析方法及其应用

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质谱学报 2021年第5期42卷 878-896,I0009页

作者：赖治臻周巾煜李智立中国医学科学院基础医学研究所/北京协和医学院基础学院北京100005

IgG是一种参与体液免疫的关键糖蛋白,其通过识别特定抗原发挥清除毒素、激活相应受体和补体、调节机体免疫等功能。IgG糖基化修饰主要为N-糖基化修饰,其恒定区的Asn297上含有1个保守的N-糖基化修饰位点,IgG糖基化修饰状态与其理化性质... 详细信息

IgG是一种参与体液免疫的关键糖蛋白,其通过识别特定抗原发挥清除毒素、激活相应受体和补体、调节机体免疫等功能。IgG糖基化修饰主要为N-糖基化修饰,其恒定区的Asn297上含有1个保守的N-糖基化修饰位点,IgG糖基化修饰状态与其理化性质和生物学功能密切相关。深入研究糖基化修饰对认知免疫分子机制,以及在疾病早期诊断、预后评价和抗体药物研发方面具有重要意义。本文主要在糖链、糖肽和完整蛋白方面综述IgG Fc N-糖基化修饰的质谱分析方法及其应用。

关键词：质谱分析免疫球蛋白G 糖基化修饰

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寨卡病毒EDⅢmRNA疫苗的设计与免疫保护效果评价

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科学通报 2024年第33期69卷 4917-4927页

作者：田颖武媚李凯周超张蓉蓉周航宇叶青秦成峰黄升海李晓峰安徽医科大学基础医学院合肥230000 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室北京100071 中国医学科学院北京协和医学院系统医学研究所北京100005

寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)是虫媒黄病毒属的重要成员,因其在2015年的南美寨卡疫情中导致大量新生儿小头症而备受关注,目前尚无获批上市的寨卡病毒疫苗.与传统疫苗相比,mRNA疫苗在安全性、有效性和产能方面优势明显,代表未来全新的疫苗... 详细信息

寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)是虫媒黄病毒属的重要成员,因其在2015年的南美寨卡疫情中导致大量新生儿小头症而备受关注,目前尚无获批上市的寨卡病毒疫苗.与传统疫苗相比,mRNA疫苗在安全性、有效性和产能方面优势明显,代表未来全新的疫苗形式.本研究选取寨卡病毒FSS13025株包膜蛋白E的Ⅲ区(EDⅢ)作为免疫原,设计构建包含EDⅢ编码序列、非编码区和poly(A)尾的重组质粒,通过体外转录和加帽反应获得EDⅢ-mRNA转录体,其转染至HEK293TN细胞后能表达特异的目的抗原并能分泌至胞外.进一步利用微流控技术将EDⅢ-mRNA转录体制备成脂质纳米颗粒(lipid nanoparticle,LNP),以间隔3周加强一次的免疫方案分别将5和20μg的EDⅢ-mRNA经肌肉注射至BALB/c小鼠.酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)和空斑减少中和试验(plaque reduction neutralization test,PRNT)的结果显示,该分子可刺激小鼠产生剂量依赖性的高水平的E蛋白特异IgG抗体与寨卡病毒中和抗体,并产生Th1细胞偏向的分泌型IFN-γ、TNF-α和IL-2细胞因子.攻毒保护试验结果显示,免疫组小鼠的病毒血症和主要脏器中的病毒RNA载量相较于磷酸盐缓冲液(phosphate-buffered saline,PBS)对照组小鼠均明显降低,其中孕鼠大脑及胎鼠大脑未检测到病毒核酸,体现出良好的免疫保护和垂直传播阻断效果.本研究设计的编码寨卡病毒E蛋白Ⅲ区的mRNA-LNP疫苗可为寨卡病毒疫苗提供新的候选.

关键词：寨卡病毒 mRNA疫苗 E蛋白Ⅲ区免疫原性免疫保护

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不同脑小血管病影像学总负荷评分认知正常中老年人脑灰质体积的差异

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中国医学影像技术 2023年第1期39卷 12-16页

作者：张晓倩刘思睿范晓媛侯波有慧朱以诚马超左真涛冯逢中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院放射科北京100730 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院神经内科北京100730 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院人体解剖与组胚学系北京100730 中国科学院生物物理研究所脑与认知科学国家重点实验室北京100101 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院疑难重症及罕见病国家重点实验室北京100730

目的观察不同脑小血管病(CSVD)影像学总负荷评分(简称总负荷评分)的认知功能正常中老年人脑灰质体积(GMV)的差异。方法回顾性分析214名认知功能正常[经受教育年限校正的蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分≥26分]且年龄>55岁中老年志愿... 详细信息

目的观察不同脑小血管病(CSVD)影像学总负荷评分(简称总负荷评分)的认知功能正常中老年人脑灰质体积(GMV)的差异。方法回顾性分析214名认知功能正常[经受教育年限校正的蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分≥26分]且年龄>55岁中老年志愿者头部MRI所示CSVD总负荷评分相关标志物,进行总负荷评分,将0~2分判定为轻中度负荷组,3~4分为重度负荷组,比较组间脑区GMV的差异。结果214名志愿者CSVD总负荷评分结果为0分64名,1分77名,2分34名,3分24名,4分15名;轻中度负荷组175名,重度负荷组39名。相比轻中度负荷组,CSVD重度负荷组双侧梭状回、右侧颞上回、左侧额下回及左侧顶叶下外侧GMV缩小,双侧纹状体(尾状核、壳核及苍白球)GMV增大(Padj均<0.05)。结论认知功能正常的中老年人中,相比CSVD轻中度负荷者,重度负荷者部分脑区皮层GMV缩小,而双侧纹状体GMV增大。

关键词：脑血管疾病灰质认知影像学总负荷评分

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发酵类中药的特点、微生物组成及真菌毒素污染概况

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中国中药杂志 2025年第1期50卷 48-57页

作者：张会茹郭梦月吕建欣朱婉暄王闯康馨心骆骄阳杨美华中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室北京100193

发酵类中药具有悠久的药用历史,包括淡豆豉、胆南星、半夏曲、红曲、建曲等。发酵技术在最早的中药专著《神农本草经》中便有记载,微生物是发酵过程中必不可少的关键组成部分。然而,由发酵过程不规范导致的发酵类中药中产毒真菌和真菌... 详细信息

发酵类中药具有悠久的药用历史,包括淡豆豉、胆南星、半夏曲、红曲、建曲等。发酵技术在最早的中药专著《神农本草经》中便有记载,微生物是发酵过程中必不可少的关键组成部分。然而,由发酵过程不规范导致的发酵类中药中产毒真菌和真菌毒素污染问题严重影响药材质量,对消费者生命健康安全造成威胁。该文对发酵类中药的特点、微生物组成及真菌毒素污染概况进行系统阐述,为其质量安全控制提供理论依据。

关键词：发酵类中药发酵技术微生物真菌毒素质量控制

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