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Identification of CDK6 and RHOU in Serum Exosome as Biomarkers for the Invasiveness of Non-functioning Pituitary Adenoma

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Chinese Medical Sciences Journal 2019年第3期34卷 168-176页

作者：于姗王小爽曹开灿包新杰余佳中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室RNA与造血调控重点实验室生物化学与分子生物学系南方医科大学南方医院胸外科中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院神经外科

Objective To explore circulating biomarkers for screening the invasiveness of non-functioning pituitary adenomas(NF-PAs).Methods The exosomal RNAs were extracted from serum of patients with invasive NF-PA(INF-PA)or noninvasive NF-PA(NNF-PA).Droplet digital PCR was adapted to detect the mRNA expression of candidate genes related to tumor progression or invasion,such as cyclin dependent kinase 6(CDK6),ras homolog family member U(RHOU),and spire type actin nucleation factor 2(SPIRE2).Student’s t-test was used to analyze the statistical difference in the mRNA expression of candidate genes between the two *** operating characteristic(ROC)curve was used to establish a model for predicting the invasiveness of *** accuracy,sensitivity,specificity and precision of the model were then obtained to evaluate the diagnostic *** CDK6(0.2600±0.0912 vs.0.1789±0.0628,t=3.431,P=0.0013)and RHOU mRNA expressions(0.2696±0.1118 vs.0.1788±0.0857,t=2.946,P=0.0052)were upregulated in INF-PAs patients’serum exosomes as compared to *** CDK6,the area under the ROC curve(AUC)was 0.772(95%CI:0.600-0.943,P=0.005),the accuracy,sensitivity,specificity and precision were 77.27%,83.33%,75.00%and 55.56%to predict the invasiveness of *** RHOU,the AUC was 0.757(95%CI:0.599-0.915,P=0.007),the accuracy,sensitivity,specificity and precision were 72.73%,83.33%,68.75%and 50.00%.In addition,the mRNA levels of CDK6 and RHOU in serum exosomes were significantly positively correlated(r=0.935,P<0.001).After combination of the cut-off scores of the two genes,the accuracy,sensitivity,specificity and precision were 81.82%,83.33%,81.25%and 62.50%.Conclusions CDK6 and RHOU mRNA in serum exosomes can be used as markers for predicting invasiveness of *** of the two genes performs better in distinguishing INF-PAs from *** results indicate CDK6 and RHOU play important roles in the invasiveness of NF-PAs,and the established diagnostic method is valua

关键词： pituitary adenoma invasiveness exosome droplet digital PCR biomarkers RHOU CDK6

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2个黑棘皮病家系的遗传学分析

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广西医科大学学报 2019年第5期36卷 815-818页

作者：余雪张学马东来王蓉蓉刘佳玮霞尔巴提·哈布烈提广西医科大学第一附属医院中国医学科学院地中海贫血防治研究重点实验室南宁530021 中国医学科学院基础医学研究所-北京协和医学院基础学院麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院北京协和医院北京100005

目的:对2个黑棘皮病(AN)家系的致病基因进行鉴定。方法:收集先证者及家庭成员的临床资料,采集外周血提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序,筛选出可疑致病位点后,用聚合酶链式反应和Sanger测序在家系成员和200名健康志愿者中进行... 详细信息

目的:对2个黑棘皮病(AN)家系的致病基因进行鉴定。方法:收集先证者及家庭成员的临床资料,采集外周血提取基因组DNA,对先证者进行全外显子组测序,筛选出可疑致病位点后,用聚合酶链式反应和Sanger测序在家系成员和200名健康志愿者中进行验证。结果:在2个家系的患者均检测到FGFR3基因c.1955A>C错义突变,该突变导致其编码的第652位氨基酸由赖氨酸变成苏氨酸(p.K652T),在家系中的正常成员和200名健康志愿者中均未检测到相同突变。该突变在ExAC等公共数据库中未见报道。结论:FGFR3基因c.1955A>C错义突变可能是这2个家系AN的病因。

关键词：黑棘皮病 FGFR3 基因突变

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两种台式高通量测序平台应用于癫痫患者基因突变检测的对比研究

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国际遗传学杂志 2018年第1期41卷 1-6页

作者：司锘王蓉蓉张俐俐李小玲汪涵卢超霞柳青张学中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心中国医科大学细胞生物学系中国医学科学院北京协和医院神经科

目的应用Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM两种台式高通量测序平台,使用同样的序列捕获系统,结合两个平合各自配备的标准化试剂及软硬件设备,对癫痫患者进行突变检测,对比两个平台在使用成本、操作难易度、突变检测效果等方面的表现,从... 详细信息

目的应用Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM两种台式高通量测序平台,使用同样的序列捕获系统,结合两个平合各自配备的标准化试剂及软硬件设备,对癫痫患者进行突变检测,对比两个平台在使用成本、操作难易度、突变检测效果等方面的表现,从而针对癫痫多基因诊断panel优化检测流程、指导测序平台选择。方法获取患者知情同意后采集30名癫痫患者外周血,提取基因组DNA。其中8名患者DNA采用Ion Xpress;Plus gDNA Fragment Library Preparation,另22名患者基因组DNA采用Dlumina TruSeq DNA LT sample prep kit进行文库制备,之后使用NimbleGen定制序列捕获系统对428个目的基因的编码区进行富集。构建完成的文库分别采用Ion Torrent PGM和Illumina MiSeq测序平台测序。Ion Torrent PGM平台产出数据用Ion Torrent Suite3. 2软件进行序列比对及SNPs和Indels提取,Illumina MiSeq平台产出数据用BWA-MEM和Samtools软件进行序列比对和变异提取。结果 Illumina MiSeq平台测序每次运行最多可完成12个样品的测序,总数据量超过5Gb,平均测序深度达137×,靶区域覆盖度为96.4%,平均每个样本提取2056±9. 042个变异,从样本制备到数据产出周期约6天。Ion Torrent PGM平台一张318 v2芯片可得到1. 4 Gb数据量,8个样本平均测序深度达70×,靶区域覆盖度为96. 1%,平均每个样本提取3028±678. 9个变异,从样品制备到数据产出周期约6天。PGM平台使用成本低于MiSeq,而MiSeq平台操作易用性及测序质量优于PGM平台。结论靶序列捕获结合下一代测序技术可以实现对癫痫致病基因的批量快速检测,两种台式高通量测序仪均可满足检测需求,Ion Torrent PGM平台应用灵活、成本经济。Iliumina MiSeq平台单次运行产出数据大,数据准确性高,适用于大批量样品检测。

关键词：台式高通量测序平台 MiSeq测序仪 PGM测序仪

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人载脂蛋白AV原核表达载体的构建与纯化研究

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心肺血管病杂志 2013年第4期32卷 499-502页

作者：李国平隋靖喆毕楠满永王抒陈保生黎健卫生部北京医院卫生部-北京老年医学研究所卫生部老年医学重点实验室 100730 中国医学科学院基础医学研究所-中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室

目的:构建人载脂蛋白AV(apolipoprotein AV,apoAV)的原核载体并表达纯化该蛋白。方法:从人肝癌细胞系HepG2中提取总RNA,以反转录的cDNA第一链为模板,经聚合酶链式反应(PCR)扩增得到含有编码apoAV完整成熟肽段的PCR片段。PCR产物和原核... 详细信息

目的:构建人载脂蛋白AV(apolipoprotein AV,apoAV)的原核载体并表达纯化该蛋白。方法:从人肝癌细胞系HepG2中提取总RNA,以反转录的cDNA第一链为模板,经聚合酶链式反应(PCR)扩增得到含有编码apoAV完整成熟肽段的PCR片段。PCR产物和原核表达载体pET30b经核酸内切酶双切后连接,连接产物经转化至大肠杆菌感受态细胞Top10,挑选克隆测序。重组质粒pET30b-apoAV转化大肠杆菌BL21(DE3),经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达,并优化诱导表达条件,重组的apoAV经镍离子螯合树脂纯化获得。结果:经测序证实人apoAV目的基因成功克隆入pET30b原核表达载体中,经过IPTG诱导有约40KD的特异性蛋白表达,与预期大小一致。该蛋白在IPTG诱导下的最佳表达时间为5h,最佳浓度在31.3μmol/L。纯化的apoAV纯度在95%以上,产率约为15 mg/L。结论:成功构建人apoAV的原核表达载体,实现了高效表达和纯化,为进一步研究其结构与功能奠定了基础。

关键词：载脂蛋白AV 原核表达蛋白纯化

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长期温和的能量限制改善C57BL/6小鼠高脂喂养后的脂代谢紊乱

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中国心血管杂志 2012年第2期17卷 124-127页

作者：李国平唐蔚青李红霞满永黎健陈保生卫生部北京医院卫生部北京老年医学研究所卫生部老年医学重点实验室 100730 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室

目的探讨温和的能量限制对小鼠脂代谢的影响。方法给予3周龄C57BL/6小鼠高脂饮食12周后,按随机数字表法分组,对照组不限制饮食,实验组小鼠喂食对照组小鼠摄食量的85%,喂养12周后,收集小鼠血浆并冻存肝脏。抽提肝脏脂质并用酶法检测脂质... 详细信息

目的探讨温和的能量限制对小鼠脂代谢的影响。方法给予3周龄C57BL/6小鼠高脂饮食12周后,按随机数字表法分组,对照组不限制饮食,实验组小鼠喂食对照组小鼠摄食量的85%,喂养12周后,收集小鼠血浆并冻存肝脏。抽提肝脏脂质并用酶法检测脂质含量,油红O染色观察肝脏的脂质沉积;用实时定量聚合酶链反应法检测肝脏脂肪代谢相关基因的表达;并测定LDL、TG分泌速率和小鼠原代肝细胞脂肪酸氧化速率。结果实验组小鼠与对照组小鼠相比,在限食12周后:(1)体质量:(32.8±1.3)g比(38.9±3.5)g(P=0.007);(2)血浆TG水平:(0.26±0.01)mmol/L比(0.41±0.02)mmol/L(P=0.02),肝脏内TG含量:(435.7±26.3)μg/mg蛋白质比(812.4±38.2)μg/mg蛋白质(P=0.001);(3)实时定量聚合酶链反应结果显示,肝脏内长链脂肪酸和胆固醇合成相关基因mRNA表达水平无变化,但脂肪酸氧化基因mRNA表达水平显著增加(P=0.03)。肝脏原代细胞内脂肪酸的氧化速度增加了53.1%±7.2%(P=0.01),血浆游离脂肪酸水平:(0.41±0.04)mmol/L比(0.62±0.02)mmol/L(P=0.04);(4)肝脏中胆固醇:(85.2±9.8)μg/mg蛋白质比(169.3±13.5)μg/mg蛋白质(P=0.001),但血浆TC水平无显著改变。结论长期温和的能量限制可以有效缓解高脂饮食引起的小鼠肝脏的脂肪变性,这与肝脏中游离脂肪酸的氧化速度升高及摄取量降低密切相关;同时降低了小鼠血浆TG的水平,但没有改变血浆TC水平。

关键词：能量限制脂代谢脂肪酸氧化速率

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甲型H1N1流感病毒感染可导致白介素-17显著上升

甲型H1N1流感病毒感染可导致白介素-17显著上升

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第九届中青年呼吸学者论坛

作者：邹镇郭峰李太生王辰王仲曹斌蒋澄宇中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院感染科首都医科大学北京朝阳医院北京市呼吸病研究所中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院急诊科

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树鼩载脂蛋白AV系列突变体的细胞内定位分析

树鼩载脂蛋白AV系列突变体的细胞内定位分析

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第11届全国脂质与脂蛋白学术会议

作者：李国平王艳满永王抒黎健陈保生卫生部北京医院、卫生部北京老年医学研究所、卫生部老年医学重点实验室中国医学科学院基础医学研究所、中国协和医科大学基础医学院、医学分子生物学国家重点实验室

目的研究不易感动脉粥样硬化动物-树鼩载脂蛋白AV基因不同结构域对细胞内定位的影响。方法前期我们实验室利用快速扩增cDNA末端技术成功获得了该基因的cDNA全长,该基因有两个转录本,分别为1948 bp和1937 bp,在GenBank中的注册号分别为HQ... 详细信息

目的研究不易感动脉粥样硬化动物-树鼩载脂蛋白AV基因不同结构域对细胞内定位的影响。方法前期我们实验室利用快速扩增cDNA末端技术成功获得了该基因的cDNA全长,该基因有两个转录本,分别为1948 bp和1937 bp,在GenBank中的注册号分别为HQ913636.1和HQ913637.1。我们对该基因cDNA全长在人、小鼠、大鼠中做了比较,并对其推演的编码氨基酸序列进行了蛋白质的一级和二级结构分析;据此,利用常规的内切酶技术和PCR定点突变技术,构建一系列

关键词：细胞内定位细胞质内突变体

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我国汉族Vogt—Koyanagi—Harada综合征患者人类白细胞抗原DQBI基因多态性研究

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中华眼底病杂志 2010年第5期26卷 418-422页

作者：闵寒毅刘英牛妮芳张美芬朱席琳赵家良中国医学科学院北京协和医院眼科 100710 中国协和医科大学冒家分子生物学重点实验室基础医学研究所

目的探讨人类白细胞抗原（HLA）DQB1启动子和编码子在Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）综合征发病中的作用.方法 88例汉族VKH综合征患者和88名正常对照者纳入本研究.VKH综合征患者中,男性41例,女性47例,发病年龄15～67岁,平均年龄（36±... 详细信息

目的探讨人类白细胞抗原（HLA）DQB1启动子和编码子在Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）综合征发病中的作用.方法 88例汉族VKH综合征患者和88名正常对照者纳入本研究.VKH综合征患者中,男性41例,女性47例,发病年龄15～67岁,平均年龄（36±11）岁.正常对照者中,男性42例,女性46例,年龄24～68岁,平均年龄（41±19）岁.采用聚合酶链式反应-序列特异性引物（PCR-SSP）方法进行HLA-DQB1等位基因分型,聚合酶链式反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）-克隆-测序法检测HLA-DQB1基因启动子区（HLA-QBP）等位基因.应用x2检验或Fisher精确概率法进行统计分析.结果 VKH综合征患者中HLA-DQB1＊0401（0.318比0.045,x2=44.00,P=0.000,OR=9.8）和DQB1＊0303（0.068比0.006,x2=9.67,P=0.002,OR=12.81）频率明显高于正常对照者,差异有统计学意义.而HLA-DQB1＊0601（0.017比0.096,x2=10.39,P=0.001,OR=0.16）和HLA-DQB1＊0302（0.063比0.193,x2=13.48,P=0.000,OR=0.28）在VKH综合征患者中出现的频率显著低于正常对照者,差异有统计学意义.VKH综合征患者HLA-DQB1基因启动子区-189C/A的C等位基因频率显著高于正常对照者（0.324比0.074,x2=45.92,P=0.000）,而-227G/A等位基因频率低于正常对照者（0.011比0.108,x2=15.63,P=0.000）.VKH综合征患者中易感等位基因的组合（-189C和HLA-DQB1＊0401）频率明显高于正常对照者,正常对照者中抗性等位基因的组合（-227G和HLA-DQB1＊0601）频率显著高于VKH综合征患者.结论 VKH综合征发病可能与HLA-DQB1启动子和编码区相互作用有关.

关键词：葡萄膜脑膜脑炎综合征/病因学 HLA抗原/生理学聚合酶链反应

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利用基因敲除小鼠研究MRG在皮肤肿瘤发生发展中的功能

利用基因敲除小鼠研究MRG在皮肤肿瘤发生发展中的功能

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中国遗传学会模式生物与人类健康研讨会

作者：金香兰程禾贾春实张勇高翔陈杰朱大海医学分子生物学国家重点实验室中国医学科学院基础医学研究所北京协和医科大学基础学院中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院病理科南京大学模式动物研究所

前期相关工作表明,MRG(Myostatin Related Gene)作为TGF-β超家族Myostatin的下游靶基因,在Myostatin处理的鸡原代成肌细胞中表达上调;Myostatin是成肌细胞增殖和分化的负调控因子,而MRG的功能目前知之甚少,在细胞中过表达MRG可以抑制... 详细信息

前期相关工作表明,MRG(Myostatin Related Gene)作为TGF-β超家族Myostatin的下游靶基因,在Myostatin处理的鸡原代成肌细胞中表达上调;Myostatin是成肌细胞增殖和分化的负调控因子,而MRG的功能目前知之甚少,在细胞中过表达MRG可以抑制肌细胞和几种其它非肌细胞包括癌细胞的增殖过

关键词：肿瘤发生发展 MRG 基因敲除小鼠

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面神经损伤后热休克蛋白27在面运动核团的表达变化

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首都医科大学学报 2009年第6期30卷 766-769页

作者：李万鑫高志强徐淼北京协和医院耳鼻咽喉头颈外科中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所国家分子生物学实验室

目的研究切断面神经后热休克蛋白27(heat shock protein 27,HSP27)在面运动核团内表达的变化情况;探讨面神经损伤后面神经功能恢复的分子机制。方法用随机数字表法将30只Wistar大鼠分为3组:实验组、手术对照组、空白对照组,每组10只;在... 详细信息

目的研究切断面神经后热休克蛋白27(heat shock protein 27,HSP27)在面运动核团内表达的变化情况;探讨面神经损伤后面神经功能恢复的分子机制。方法用随机数字表法将30只Wistar大鼠分为3组:实验组、手术对照组、空白对照组,每组10只;在切断右侧面神经术前和术后的第1、2、3、4天,获取不同组内2只大鼠右侧的面运动核团,从核团组织中提取包含热休克蛋白27在内的上清液,用Western blotting方法测定上述不同实验组的组织上清液内热休克蛋白27的表达。结果切断面神经术后第1天实验组,大鼠面运动核团内热休克蛋白27表达比切断前有明显提高,术后第2天表达达到高峰,术后第3天表达开始下降,术后第4天表达较术后第3天继续下降,但仍高于术前;手术对照组和空白对照组HSP27的表达无明显变化。结论切断面神经后,面运动核团内热休克蛋白27表达上调,术后第2天表达达到高峰,之后递减到术后第4天,但表达始终高于术前。

关键词：热休克蛋白面运动核团面运动神经元面神经损伤表达比成年大鼠对照组手术后实验组切断

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