检索结果-内蒙古大学图书馆

微生物学报 2024年第5期64卷 1654-1667页

作者：姚娜王涛陈燕曹晓璐中国林业科学研究院林业研究所国家林业和草原局林木培育重点实验室林木遗传育种国家重点实验室北京100091 国家植物园(北园)植物迁地保护国家林业和草原局重点实验室北京100093

【目的】通过分析树兰原球茎内生细菌群落组成、多样性特征和促生功能,探究树兰种子萌发相关的核心细菌类群及生物学功能。【方法】以树兰原球茎(树兰种子在树皮基质上共生萌发、在树叶基质上共生萌发、在MS1培养基上非共生萌发)和共生... 详细信息

【目的】通过分析树兰原球茎内生细菌群落组成、多样性特征和促生功能,探究树兰种子萌发相关的核心细菌类群及生物学功能。【方法】以树兰原球茎(树兰种子在树皮基质上共生萌发、在树叶基质上共生萌发、在MS1培养基上非共生萌发)和共生萌发基质(松树皮、腐熟树叶)共5个样本为研究材料,采用高通量测序技术分析不同萌发条件下原球茎内生细菌的16Sr RNA基因多样性,比较分析细菌群落多样性和物种组成特征,通过传统的内生细菌分离方法获得共生萌发原球茎内生细菌菌株,并进行促生潜力评价。【结果】从5个研究样本中共获得2735个可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),属于41门453科876属,其中变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势门。主坐标分析(principal coordinates analysis,PCo A)结果表明,树兰原球茎与萌发基质细菌群落结构存在差异,非共生萌发原球茎与在树皮基质上共生萌发原球茎内生细菌群落结构最为接近。功能预测表明,在树叶基质上共生萌发的原球茎内生细菌固氮功能显著高于其他萌发条件。通过分离培养,共获得内生细菌19株,分属12属16种,其中鞭毛膨胀芽孢杆菌(Tumebacillus flagellatus)、Bradyrhizobium cenepequi和人参腐殖土魏茨曼氏菌(Weizmannia ginsengihumi)为共生萌发原球茎共有种;韩国假单胞菌(Pseudomonas koreensis)和***兼具有溶磷、产吲哚乙酸(indole-3-acetic acid,IAA)和铁载体的潜在能力。【结论】在不同环境中萌发的树兰原球茎均有丰富的内生细菌群落定殖;从共生萌发原球茎中分离的内生细菌具有固氮、溶磷、产IAA和铁载体等促生功能。本研究为兰科植物种子萌发相关微生物资源挖掘及兰科植物与微生物互作研究提供科学依据。

关键词：兰科种子共生萌发植物促生细菌

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毛白杨次生维管系统再生过程的基因表达

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林业科学 2021年第9期57卷 52-65页

作者：唐芳赵树堂王丽娟宋学勤卢孟柱中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业和草原局林木培育重点实验室北京 100091 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京 210037 中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业和草原局林木培育重点实验室北京 100091 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京 210037 浙江农林大学林业与生物技术学院省部共建亚热带森林培育国家重点实验室杭州 311300

[目的] 次生维管系统再生能够在树干维管系统丧失后通过去分化、再分化或转分化等组织修复手段实现维管组织的再生.为了鉴定和研究次生维管系统发育相关的重要基因和调控元件,本文利用毛白杨次生维管再生系统,分析了不同再生时期的基因... 详细信息

[目的] 次生维管系统再生能够在树干维管系统丧失后通过去分化、再分化或转分化等组织修复手段实现维管组织的再生.为了鉴定和研究次生维管系统发育相关的重要基因和调控元件,本文利用毛白杨次生维管再生系统,分析了不同再生时期的基因表达模式,为进一步揭示木材形成的基因调控机制奠定基础.[方法] 将 4年生毛白杨无性系在形成层活动旺盛期进行环剥取样.对剥皮后的树皮内侧和树干表面的样本,以及再生第 7、10、14、18和21天5个不同时期获取的再生材料进行高通量转录组分析,并利用基因共表达分析( WGCNA)方法,得到与不同再生时期密切相关的模块,并对这些特异表达的基因进行表达网络和生物学功能分析.[结果] 将第0天(剥皮当天)树皮内侧样本与树干表面样本、再生第 7 天样本与树干表面样本,以及相邻再生时期的样本进行表达差异分析.对得到的14 202个差异基因进行 WGCNA分析,构建基因共表达网络,获得与维管再生过程相关的10个共表达模块.其中,Grey60模块的基因在再生第 7 天样本和树皮内侧样本中特异表达,主要涉及 DNA 复制、有丝分裂、细胞分裂和微管运动等功能;该模块还含有大量与表观遗传调控、细胞周期相关的基因,它们在再生第7天的高表达可能激活了脱分化木质部细胞的增殖和组织类型的改变,使其获得再分化能力.此外,Pink 模块的基因在第0天成熟维管组织样本中的表达量极低,但在再生过程中表达呈上升趋势,到第 21天达到最高值;这些基因主要参与细胞分裂、细胞壁修饰、韧皮部发育、碳水化合物代谢、 DNA 的转录调控等相关的生物学途径.Pink模块中与韧皮部分化相关的标记基因,比如 APL、NAC45/86、DOF、BSPA、PP2 和 SUS 的表达被重新激活,与调节形成层细胞增殖和分化的 CLE41/44和 CLV1一样,表达量都是从再生第 10 天开始逐渐增加.到次生维管系统再生后期的第18天和第21天,形成层已经完成了结构重构并能进行细胞的分裂、分化,此时木质部标记基因和次生壁调控因子有较高的表达.[结论] 毛白杨次生维管系统再生早期,脱分化的木质部细胞通过表观遗传和细胞周期调控重新获得细胞分生能力;之后,韧皮部的细胞分化程序被启动,再生形成层开始细胞增殖和分化;到再生后期,通过相关基因调控,形成层再分化木质部和韧皮部.通过对次生维管组织再生过程中基因的表达分析和调控模块的鉴定,进一步验证了次生维管再生的遗传调控基础,也可为揭示植物维管组织再生的调控机制奠定基础.

关键词：杨树次生维管系统再生基因表达 WGCNA

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铁皮石斛phytocyanin基因家族全基因组分析

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林业科学研究 2018年第2期31卷 98-106页

作者：宋争李潞滨梁立雄王涛林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林术培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091

[目的]探讨Phytocyanins(PCs)在铁皮石斛发育过程和逆境胁迫环境下的潜在功能。[方法]利用拟南芥和水稻phytocyanin基因家族蛋白序列(At PCs和Os PCs),采用本地化软件BLASTP对铁皮石斛全基因组数据库进行搜索,并采用SMART和pfam数据库... 详细信息

[目的]探讨Phytocyanins(PCs)在铁皮石斛发育过程和逆境胁迫环境下的潜在功能。[方法]利用拟南芥和水稻phytocyanin基因家族蛋白序列(At PCs和Os PCs),采用本地化软件BLASTP对铁皮石斛全基因组数据库进行搜索,并采用SMART和pfam数据库验证质体蓝素样结构域,获得铁皮石斛phytocyanin基因家族编码序列(Do PCs);利用Signal P4.1、Big-PI Plant Predictor、Net NGlyc1.0 Server等在线软件对Do PC家族序列的结构特点进行分析;利用软件Clustal W和MEGA对Do PC基因进行氨基酸序列的比对和系统进化分析;利用转录组数据绘制heatmap图对Do PCs基因在与美孢胶膜菌共生萌发的种子中的表达情况进行分析。[结果]显示:铁皮石斛全基因组中共预测到包含PCLD结构域的38个Do PCs,可分属4个亚家族,2个Cys残基在Do PCs家族中高度保守;19条Do PCs蛋白序列含有4个完整的保守铜结合配体(His、Cys、His、Gln/Met),有32条Do PCs骨架中含有N-端信号肽,22条Do PCs含有糖基磷脂酰肌醇锚定位点,有27条Do PCs含N-糖基化位点;16个Do PCs基因在与美孢胶膜菌共生萌发的种子中检测到表达,其中,Do UCL2,4和Do ENODL14基因表达量最高,7个基因在共生萌发的种子中明显上调表达,只有Do ENODL6基因明显下调表达。[结论]在全基因组范围内分析铁皮石斛Do PC家族蛋白结构特点,可以为探究兰科植物与微生物共生的相互作用及进一步研究兰科菌根形成的分子机制提供数据基础。

关键词：铁皮石斛 phytocyanin基因家族全基因组分析共生萌发种子

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滇楸无性系早期木材性状变异与评价

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林业科学研究 2019年第4期32卷 79-87页

作者：肖遥姚淑均杨桂娟张明刚欧阳芳群王军辉麻文俊中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业和草原局林木培育重点实验室国家林木种质资源平台北京100091 贵州省林业科学研究院贵州贵阳550000

[目的]为解析滇楸无性系材性遗传变异规律,提高滇楸材性的遗传改良效率。[方法]以生长于贵州的20个滇楸无性系为试验材料,测定了其树高、胸径、木材基本密度、胞壁率、双壁厚、胞腔直径和纤维长度等生长和材性指标;通过最大似然法估计... 详细信息

[目的]为解析滇楸无性系材性遗传变异规律,提高滇楸材性的遗传改良效率。[方法]以生长于贵州的20个滇楸无性系为试验材料,测定了其树高、胸径、木材基本密度、胞壁率、双壁厚、胞腔直径和纤维长度等生长和材性指标;通过最大似然法估计了性状的遗传参数,分析了性状间的遗传相关和表型相关;以聚类和隶属函数法相结合的方法评价了无性系材性优良程度。[结果]结果表明:滇楸无性系间具有显著的材性差异;各性状的表型变异系数为6.21%-21.29%;木材基本密度、胞壁率和双壁厚受较强的遗传控制,重复力分别达0.88、0.87和0.73;遗传和表型相关分析结果发现,基本密度与管孔率、胞壁率和双壁厚均呈显著或极显著正相关,遗传相关系数分别为0.542、0.908和0.747。木材密度与胞腔直径各项性状的遗传相关均呈负相关。木材密度与其余材性性状的遗传相关系数绝对值均大于表型相关系数绝对值,材性性状的相关主要取决于遗传因素。回归分析进一步表明,木材基本密度与胞壁率和双壁厚有明显的正向线性关系,而与弦向胞腔直径和弦向中央直径有明显的负线性关系。[结论]滇楸无性系间材性差异显著,存在较大的变异程度;聚类分析和隶属函数法综合评价得出,滇楸无性系可分为:A高木材密度型,B短纤维型;C低木材密度型,D长纤维型,四大类型。

关键词：滇楸材性遗传变异相关评价

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欧美杨PdMODD基因克隆与表达特性分析

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南京林业大学学报（自然科学版） 2021年第2期45卷 43-50页

作者：张腾倩张伟溪丁昌俊张静胡赞民苏晓华林木遗传育种国家重点实验室国家林业和草原局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091 中国科学院遗传与发育生物学研究所北京100101

【目的】研究杨树重要胁迫响应新基因,为揭示杨树抗逆分子机制、培育优良抗逆杨树新品种提供理论依据。【方法】基于水稻MODD氨基酸序列,通过BLAST在美洲黑杨基因组中筛选得到3条基因(Podel.08G114100、Podel.10G158900和Podel.17G09850... 详细信息

【目的】研究杨树重要胁迫响应新基因,为揭示杨树抗逆分子机制、培育优良抗逆杨树新品种提供理论依据。【方法】基于水稻MODD氨基酸序列,通过BLAST在美洲黑杨基因组中筛选得到3条基因(Podel.08G114100、Podel.10G158900和Podel.17G098500),并以其序列为参考,以‘渤丰3号’杨cDNA为模板克隆得到3条基因(PdMODD1、PdMODD2和PdMODD3)。利用生物信息学分析PdMODD蛋白的结构特征及与其同源蛋白的亲缘关系。通过基因枪轰击法分析PdMODD基因亚细胞定位。采用实时荧光定量(qRT-PCR)技术,分析PdMODD基因组织特异性和不同胁迫条件下的的表达模式。【结果】PdMODD1~3基因的开放阅读框(ORF)全长分别为1 065、1 065和1 074 bp,编码354、354和357个氨基酸,均为不稳定的亲水性蛋白。PdMODD基因均为NINJA家族成员,含有3个保守结构域,其中一个为转录抑制基序EAR。系统进化树分析显示,PdMODD1蛋白与毛果杨PtAFP2亲缘性较高并与拟南芥AtAFP1和木薯MeAFP2位于同一个分支;PdMODD2蛋白与麻疯树JcAFP2亲缘关系最近,并与拟南芥AtAFP2聚成一个分支;PdMODD3与毛果杨PtAFP3-1亲缘关系最近,与栓皮槠QsAFP3、拟南芥AtAFP4属于同一分支。亚细胞定位结果表明PdMODD基因均定位于细胞核。组织特异性分析显示,PdMODD1~3在根、茎、叶中均能表达,且在叶中表达量最高,根中表达量最低。胁迫响应表达模式结果显示,NaCl和聚乙二醇(PEG)胁迫处理下,PdMODD1~3在根、茎、叶组织中主要为显著上调表达。【结论】PdMODD1~3均为NINJA家族成员,含有保守的转录抑制基序EAR,具有组织特异性,在叶中高表达,且能被NaCl和PEG胁迫显著诱导表达,推测PdMODD1、PdMODD2和PdMODD3可能会在‘渤丰3号’杨对盐和干旱胁迫响应中发挥重要的调节作用。

关键词： ‘渤丰3号’杨 PdMODD 生物信息学分析表达模式分析

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PagAPY1基因调控银腺杨耐旱性的作用机制研究

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南京林业大学学报（自然科学版） 2023年第6期47卷 105-112页

作者：王质璞李卓蓉罗志斌邓澍荣林木遗传育种全国重点实验室国家林业和草原局森林培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091

【目的】Apyrase是水解细胞内/外核苷磷酸的关键酶,在调控植物生长发育和逆境响应中起重要作用。本研究鉴定银腺杨(Populus alba×***)中PagAPY1的分子功能,揭示其促进耐旱性的作用机制。【方法】利用生物信息学方法鉴定银腺杨PagA... 详细信息

【目的】Apyrase是水解细胞内/外核苷磷酸的关键酶,在调控植物生长发育和逆境响应中起重要作用。本研究鉴定银腺杨(Populus alba×***)中PagAPY1的分子功能,揭示其促进耐旱性的作用机制。【方法】利用生物信息学方法鉴定银腺杨PagAPY1基因,构建PagAPY1-YFP融合蛋白,观察PagAPY1的亚细胞定位,利用农杆菌介导的转基因技术获得过表达PagAPY1转基因银腺杨,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测野生型和转基因杨树中PagAPY1及其他抗逆基因表达,分析干旱胁迫下野生型和转基因杨树生长表型、根系发育和叶片保水性能等生理指标。【结果】PagAPY1具有Apyrase保守结构域,定位于高尔基体中,参与水解NTP/NDP。PagAPY1表达受干旱胁迫诱导。在干旱胁迫下,PagAPY1过表达杨树的存活率、根系生物量和不定根生长等相比野生型显著提高;同时,过表达杨树的气孔开度相比野生型降低。与野生型相比,过表达株系对ABA诱导的气孔关闭更为敏感。此外,过表达株系中活性氧信号和抗氧化酶相关基因在干旱胁迫下显著上调表达。【结论】干旱胁迫下,PagAPY1通过维持蛋白糖基化和胞外ATP(eATP)稳态平衡,促进生长素极性运输,提高根系生长,促进气孔闭合,减少叶片水分散失,同时激活活性氧信号,增加抗氧化酶系统活性,从而提高了杨树抗旱性。

关键词：银腺杨 Apyrase酶耐旱性基因功能 APY基因

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基于Logistic与Gompertz非线性模型的野牛草克隆生长模拟与分析

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中国农业科学 2011年第11期44卷 2252-2259页

作者：钱永强孙振元韩蕾巨关升中国林业科学研究院林业研究所/国家林业局林木培育重点实验室/林木遗传育种国家重点实验室

【目的】揭示野牛草克隆生长规律,建立理想的克隆生长模型,为进一步开发克隆植物的利用价值、选育优良品种提供参考。【方法】运用Logistic和Gompertz两种非线性生长模型,分别对同质及异质环境下各同质小生境内野牛草克隆分株增殖数据... 详细信息

【目的】揭示野牛草克隆生长规律,建立理想的克隆生长模型,为进一步开发克隆植物的利用价值、选育优良品种提供参考。【方法】运用Logistic和Gompertz两种非线性生长模型,分别对同质及异质环境下各同质小生境内野牛草克隆分株增殖数据进行曲线拟合和分析。【结果】两种模型均能模拟野牛草的生长曲线,但Logistic生长模型拟合优度更高,与实测值也更接近;进一步分析Logistic模型拟合参数发现,不同生境下野牛草克隆片段的分株增殖拐点时期集中在12.95—14.00周,但拐点分株增殖量存在显著差异;与同质环境相比,资源的异质性分布有利于野牛草克隆分株增殖。【结论】野牛草克隆生长符合Logistics模型,环境的异质性与分株增殖速率密切相关,而与分株增殖的拐点时间无显著相关;认为异质生境下相连克隆片段及分株间的生理整合,可有效提高资源的利用效率。

关键词：野牛草克隆生长生理整合非线性模型

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压榨和精炼核桃油挥发性成分的比较及其电子鼻判别

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中国油脂 2017年第2期42卷 130-134,140页

作者：周晔樊玮张俊佩裴东中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室北京100091 中国林业科学研究院林木遗传育种国家重点实验室北京100091

利用气相色谱-质谱联用(GC-MS)结合电子鼻技术,从挥发性成分和整体气味两方面对冷榨、热榨和精炼核桃油进行了差异分析。结果表明:冷榨、热榨和精炼核桃油共有的挥发性成分中醛酮类占较大比例,相对含量分别为18.83%、21.86%和50.13%,其... 详细信息

利用气相色谱-质谱联用(GC-MS)结合电子鼻技术,从挥发性成分和整体气味两方面对冷榨、热榨和精炼核桃油进行了差异分析。结果表明:冷榨、热榨和精炼核桃油共有的挥发性成分中醛酮类占较大比例,相对含量分别为18.83%、21.86%和50.13%,其中又以己醛的相对含量最高;冷榨油的特异性挥发成分是酯类和萜类化合物,可能是核桃仁/油原始风味的基础物质;热榨油中吡嗪类等杂环类化合物相对含量最高,达42.95%;同时糠醛的生成表明Maillard反应的存在及戊糖组分对热榨油风味的重要影响;精炼油中挥发性成分以脂肪酸氧化产物醛酮类物质为主,核桃仁/油原始风味成分和Maillard风味成分在精炼后损失严重;基于挥发性成分的主成分分析和电子鼻检测结果一致,均能对3种核桃油进行有效区分。因此,可利用GC-MS结合电子鼻,从特征挥发性成分和整体气味两个方面对核桃油进行工艺控制和品质评价。

关键词：核桃油挥发性成分风味电子鼻

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基于硝态氮或铵态氮条件下杨树根尖miRNAs特征分析

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林业科学研究 2021年第4期34卷 1-12页

作者：阚东旭逯岩吴江婷陈昕石文广周婧林木遗传育种国家重点实验室国家林业和草原局森林培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091 林木遗传育种国家重点实验室东北林业大学黑龙江哈尔滨150040

目的通过小RNAs高通量测序技术,在硝态氮或铵态氮处理下,对杨树根尖差异表达miRNAs及其靶基因调控机制进行了研究,分析和描述了杨树根尖生长和形态特征的规律,为进一步筛选和鉴定硝态氮或铵态氮吸收利用效率高的林木新品种提供依据。方... 详细信息

目的通过小RNAs高通量测序技术,在硝态氮或铵态氮处理下,对杨树根尖差异表达miRNAs及其靶基因调控机制进行了研究,分析和描述了杨树根尖生长和形态特征的规律,为进一步筛选和鉴定硝态氮或铵态氮吸收利用效率高的林木新品种提供依据。方法以灰杨水培苗根尖为研究对象,应用高通量测序技术进行小RNA文库构建,获得miRNAs表达谱,鉴定差异表达miRNAs,同时利用降解组测序技术鉴定miRNAs靶基因,并对差异表达靶基因进行功能注释以及代谢通路富集等分析。最后通过联合分析,阐明不同氮形态处理下,灰杨根尖miRNA-靶基因调控网络。结果从2种不同氮形态处理杨树根尖miRNAs文库中鉴定出523个已知miRNAs和42个新miRNAs,其中,有96个miRNAs显著差异表达。与硝态氮处理相比,铵态氮处理下有44个miRNAs上调表达,52个下调表达,其中,vvi-MIR399d-p3_1ss13GA上调倍数最大,新的miRNA PC-5p-35885_222下调最显著。对miRNAs靶基因进行KEGG通路富集分析表明,部分显著差异表达靶基因参与杨树根尖氮响应,从而影响杨树根尖生长发育和形态特征。利用RT-qPCR对7组随机挑选的miRNA-靶基因进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠。结论miRNAs及其靶基因在不同氮形态处理后对杨树根尖氮响应起着重要的调控作用,从而使硝态氮处理下的灰杨根长比铵态氮处理的几乎长1倍。

关键词：硝态氮 /铵态氮 /miRNA /mRNA /杨树 /根

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基于SSR分子标记的核桃种质资源分子身份证构建

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植物资源与环境学报 2023年第2期32卷 1-9页

作者：马庆国宋晓波贺君星周晔黄勇张俊佩裴东林木遗传育种全国重点实验室国家林业和草原局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091 福建省林业科学研究院福建福州350012

采用13对SSR引物对54份核桃(Juglans spp.)样本的基因组DNA进行了扩增,对这些引物对应位点的遗传多样性进行了分析;在此基础上,剔除扩增条带缺失超过5%的引物,将剩余引物按照区分率从高到低排序并组合,筛选出能够完全区分供试核桃样本... 详细信息

采用13对SSR引物对54份核桃(Juglans spp.)样本的基因组DNA进行了扩增,对这些引物对应位点的遗传多样性进行了分析;在此基础上,剔除扩增条带缺失超过5%的引物,将剩余引物按照区分率从高到低排序并组合,筛选出能够完全区分供试核桃样本的引物组合;根据筛选出的引物组合中每对引物的扩增结果构建供试核桃样本的分子指纹图谱,并结合各核桃样本的基本信息、选育历史等,利用二维码技术生成每个核桃样本的分子身份证。结果表明:本研究共检测到107个等位基因,供试引物对应位点的观测等位基因数为3~16,均值8.2;有效等位基因数为2.2~7.9,均值4.2;观测杂合度为0.10~0.57,均值0.42;期望杂合度为0.55~0.88,均值0.72;Shannon s信息指数为0.86~2.36,均值1.60;Nei s基因多样性指数为0.54~0.87,均值0.72;多态信息含量为0.44~0.86,均值0.68。总体来看,引物WGA04和WGA79对应位点的遗传多样性指数较高。剔除引物WGA331、WGA332和WGA376后,其余引物的区分率为5.56%~24.07%。2对引物组合中,WGA04-WGA70的区分率最高(72.22%),以其为基础组成3对引物组合,其中WGA04-WGA70-WGA79、WGA04-WGA70-WGA202、WGA04-WGA70-WGA89和WGA04-WGA70-WGA01的区分率为100.00%。利用WGA04-WGA70-WGA79构建的分子身份证包含各核桃样本的基础信息和简介。研究结果显示:基于SSR分子标记构建的分子身份证可快速、准确鉴定供试核桃种质资源,并可用于核桃种质资源知识产权保护。

关键词：核桃种质资源 SSR分子标记遗传多样性分子身份证

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