检索结果-内蒙古大学图书馆

林业科学研究 2018年第1期31卷 94-104页

作者：苏晓华刘琦宁坤刘成功林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091

功能基因网络既能够衡量基因之间的功能关联关系,也可以预测基因间的直接相互作用,可为未知功能基因的功能注释提供重要信息,本文简要介绍功能基因网络的概念、功能基因关联挖掘的计算方法和实验方法、功能基因网络的分析方法以及在植... 详细信息

功能基因网络既能够衡量基因之间的功能关联关系,也可以预测基因间的直接相互作用,可为未知功能基因的功能注释提供重要信息,本文简要介绍功能基因网络的概念、功能基因关联挖掘的计算方法和实验方法、功能基因网络的分析方法以及在植物和林木中的应用研究进展。随着林木生物信息学大数据的不断增长,功能基因网络将得到更深入的应用。

关键词：功能基因网络共表达系统发生谱林木杨树

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乌兰布和沙漠东北部不同起源的5种沙生灌木的光合及生长特性

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林业科学研究 2008年第3期21卷 357-361页

作者：李清河赵英铭刘建锋赵秀莲江泽平中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室北京100091 中国林业科学研究院沙漠林业实验中心内蒙古磴口015200

在乌兰布和沙漠地区,研究了中沙冬青、梭梭、白刺、霸王、柠条等5种沙生灌木的生理生长指标的差异性,结果表明:这些灌木树种的净光合速率、气孔导度、蒸腾速率、水分利用效率等气体交换特征和株高、地径、冠幅等生长指标在不同起源之间... 详细信息

在乌兰布和沙漠地区,研究了中沙冬青、梭梭、白刺、霸王、柠条等5种沙生灌木的生理生长指标的差异性,结果表明:这些灌木树种的净光合速率、气孔导度、蒸腾速率、水分利用效率等气体交换特征和株高、地径、冠幅等生长指标在不同起源之间均具有显著差异,且人工起源植株的气体交换特征均比天然起源植株的大,而生长指标则均比天然起源植株的小;天然林和人工林中不同树种的水分利用效率的差异均不显著,但不同树种的净光合速率、气孔导度、胞间CO2浓度、蒸腾速率等气体交换特征和株高、地径、冠幅等生长指标差异却很显著。在测定光响应曲线和CO2响应曲线基础上求算出的最大光合速率、表观量子效率、光补偿点、光饱和点、暗呼吸速率、CO2补偿点和羧化效率等光合响应曲线参数在不同树种以及不同起源之间的变化也很大,并据此提出不同树种的人工林栽培及天然林保护措施。

关键词：乌兰布和沙漠沙生灌木起源光合特性

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欧洲黑杨PnEXPA1基因多态性与稳定碳同位素比率的关联分析

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林业科学研究 2014年第3期27卷 349-355页

作者：张伟溪褚延广黄秦军张冰玉丁昌俊苏晓华林木遗传育种国家重点实验室中国林业科学研究院林业研究所、国家林业局林木培育重点实验室北京100091

对欧洲黑杨α-expansin基因PnEXPA1的SNP多态性与水分利用效率相关性状稳定碳同位素比率(δ13C)进行了关联分析。利用SNaPshot技术对PnEXPA1基因内11个SNP位点进行了基因型分型,发现各SNP位点优势基因型均为纯合,且其频率高于杂合基因... 详细信息

对欧洲黑杨α-expansin基因PnEXPA1的SNP多态性与水分利用效率相关性状稳定碳同位素比率(δ13C)进行了关联分析。利用SNaPshot技术对PnEXPA1基因内11个SNP位点进行了基因型分型,发现各SNP位点优势基因型均为纯合,且其频率高于杂合基因型。关联分析显示:SNP8和SNP12在采用单因素方差分析(ANOVA)和一般线性模型(GLM)2种方法时均与δ13C值显著关联。SNP8为exon 1内的无义突变,可解释6.620%的表型变异;而SNP12位于intron 1中,遗传贡献率为6.613%;这2个SNP位点与SNP9、SNP13共同位于一个高连锁不平衡(LD)的单倍型块中。SNP8与SNP12的TT基因型无性系均具有较高的δ13C值,为优势基因型。

关键词：欧洲黑杨伸展蛋白基因单核苷酸多态性稳定碳同位素比率关联分析

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基于CE-AFLP的5个美洲黑杨新品种指纹图谱分析

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林业科学研究 2013年第3期26卷 281-286页

作者：贾会霞胡建军卢孟柱林木遗传育种国家重点实验室中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室北京100091

以5个美洲黑杨新品种(丹红杨、南杨、中林2025杨、中红杨和全红杨)为实验材料,利用CE-AFLP(毛细管电泳-AFLP)技术,采用EcoR I+3/Mse I+3和Pst I+2/Mse I+3引物组合构建指纹图谱,并进行遗传多样性分析。结果表明:从36对引物组合中筛选出1... 详细信息

以5个美洲黑杨新品种(丹红杨、南杨、中林2025杨、中红杨和全红杨)为实验材料,利用CE-AFLP(毛细管电泳-AFLP)技术,采用EcoR I+3/Mse I+3和Pst I+2/Mse I+3引物组合构建指纹图谱,并进行遗传多样性分析。结果表明:从36对引物组合中筛选出12对扩增条带数目多、稳定且清晰的引物进行扩增,共获得条带数877条,多态性条带数315条,平均多态率为35.92%。采用UPGMA法进行聚类分析,相似系数为0.74～1.00;丹红杨与南杨之间的差异较大;在相似系数0.98时,中林2025杨与中红杨和全红杨分为两类,11条稳定特异的条带可以作为鉴别它们的依据;全红杨和中红杨之间未监测到稳定清晰的特异条带,初步认为2个品种在基因组水平上没有明显差异。

关键词： CE-AFLP 美洲黑杨遗传多样性指纹图谱

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基于异速参数概率分布的立木地上生物量估算

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林业科学 2014年第6期50卷 34-41页

作者：黄兴召陈东升孙晓梅张守攻中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室北京100091

对收集的80篇文献中304个地上部分生物量(M)和胸径(D)的异速生物量模型lnM=a+blnD数据集研究发现:模型参数a和b符合二元正态分布;参数a和b之间、参数b和纬度间呈负相关,并依此相关关系应用联立方程组建立参数a和b随纬度变化的通用模型... 详细信息

对收集的80篇文献中304个地上部分生物量(M)和胸径(D)的异速生物量模型lnM=a+blnD数据集研究发现:模型参数a和b符合二元正态分布;参数a和b之间、参数b和纬度间呈负相关,并依此相关关系应用联立方程组建立参数a和b随纬度变化的通用模型。以实测的北亚热带高山区日本落叶松地上部分生物量数据对新建的通用模型、最小二乘法和贝叶斯方法拟合生物量的适用性进行研究,结果表明:虽然通用模型的拟合精度最低(R2为0.892),但可以根据植物生长的纬度实现无实测样地情况下的生物量估算。在拟合样本≥50时,最小二乘法和贝叶斯方法的拟合效果无显著差异;当拟合样本<50时,贝叶斯方法的拟合效果优于最小二乘法。因此在建模样本<50时,建议使用贝叶斯方法估测立木地上部分生物量。

关键词：异速生物量模型参数概率分布贝叶斯方法

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杨树Na^+/H^+反向运输蛋白基因(PtNHX_1、PtNHX_6)的克隆和检测

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林业科学 2006年第11期42卷 29-36页

作者：张德强赵树堂卢孟柱田林中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室北京100091

Na+/H+反向运输蛋白基因(NHX)是在细菌、植物和动物体内普遍存在的一类膜蛋白基因家族。迄今已在模式植物拟南芥中分离出AtNHX1、AtNHX2、AtNHX3、AtNHX4、AtNHX5和AtNHX6共6个成员,并发现部分成员对盐胁迫有不同程度的响应。以AtNHX1和... 详细信息

Na+/H+反向运输蛋白基因(NHX)是在细菌、植物和动物体内普遍存在的一类膜蛋白基因家族。迄今已在模式植物拟南芥中分离出AtNHX1、AtNHX2、AtNHX3、AtNHX4、AtNHX5和AtNHX6共6个成员,并发现部分成员对盐胁迫有不同程度的响应。以AtNHX1和AtNHX6的cDNA核苷酸序列为信息探针,基于可利用的杨树EST数据库和毛果杨全基因组测序结果,通过电子杂交辅助的克隆技术,从毛白杨形成层cDNA中分离得到长度分别为1635bp和1709bp的2个cDNA,其分别含有编码544个和526个氨基酸残基的完整开放阅读框。由它们所推导的蛋白质序列与拟南芥、水稻、小麦和玉米的NHX1和NHX6基因的蛋白质序列高度同源,同源性分别为79%、76%、69%和74%以及82%、82%、27%和26%,故将其命名为PtNHX1和PtNHX6(GenBank注册号分别为AY660749和AY832912)。Southern杂交分析表明,PtNHX1和PtNHX6均为低拷贝基因(或有一些高度同源的基因),在杨树基因组中以1～4个拷贝形式存在。组织特异性RT-PCR结果显示,PtNHX1和PtNHX6基因在杨树根、茎和叶片中均有表达,但其表达模式稍有不同:PtNHX1在根部、形成层、未成熟木质部、成熟叶和嫩叶中均高度表达,在韧皮部和成熟木质部中有少量表达,而PtNHX6在根部、成熟叶和嫩叶中表达丰度较高,在韧皮部、形成层、未成熟木质部表达丰度较低,在成熟木质部中表达丰度极低。NaCl诱导的杨树叶片差异表达RT-PCR检测结果初步表明,PtNHX1和PtNHX6基因均受盐诱导表达,当溶液中NaCl浓度在100～400mmol.L-1内,随着盐浓度的提高,PtNHX1和PtNHX6基因的表达丰度逐渐增强,但超过400mmol.L-1后,其表达丰度均有所降低,这与所测定的叶片ABA含量匹配。

关键词：杨树 Na^+/H^+反向运输蛋白反转录PCR 盐诱导的差异表达

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牡丹PsMADS5基因的克隆、表达及载体构建

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核农学报 2011年第5期25卷 939-944页

作者：任磊王雁周琳彭镇华中国林业科学研究院林业研究所/国家林业局林木培育重点实验室北京100091

以牡丹品种赵粉(Paeonia suffruticosa *** Fen)为试材,采用RT-PCR和RACE法从花瓣中获得了1个牡丹SEPALLATA基因cDNA,命名为PsMADS5,GenBank登录号为HQ449569。其cDNA全长1222bp,包含190bp的5'非编码区、302bp的3'非编码区和1个长度为732bp编码243个氨基酸的开放阅读框。序列比对和系统进化分析表明,PsMADS5与葡萄的亲缘关系最近,相似性达83%以上,属于MADS家族SEP亚家族。相对荧光定量PCR分析表明,PsMADS5在花瓣中的表达量最高,其次是心皮,再次是萼片,在雄蕊中表达量最低。成功构建正义和反义表达载体,为牡丹花型改良和品种创新提供基础。

关键词：牡丹基因克隆表达载体构建

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基于侧柏液流的测定对Granier原始公式系数进行校正

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生态学报 2013年第6期33卷 1944-1951页

作者：刘庆新孟平张劲松高峻孙守家任迎丰中国林业科学研究院北京100091 中国林业科学研究院林业研究所北京100091 国家林业局林木培育重点实验室北京100091 济源市国有大沟河林场济源454650

为研究Granier原始公式计算单株树木蒸腾耗水量的准确性,以侧柏作为研究对象,采用热消散方法测定在15、30、50、70和90 cm水柱高度形成不同压力梯度下的树干液流通量密度,并以称重法作为对照,利用回归分析方法拟合称重法测定的液流通量... 详细信息

为研究Granier原始公式计算单株树木蒸腾耗水量的准确性,以侧柏作为研究对象,采用热消散方法测定在15、30、50、70和90 cm水柱高度形成不同压力梯度下的树干液流通量密度,并以称重法作为对照,利用回归分析方法拟合称重法测定的液流通量密度与热消散法测定的树干液流温差系数(K值),进而建立校正公式。结果表明:基于侧柏校正的Granier公式为Fd=0.0115K0.5581(R2=0.8319)。与称重法测定的液流通量密度相比,校正的Granier公式计算的结果略高(6.70±0.02)%,而Granier原始公式计算的则低估(78.53±0.04)%。由此可知,采用校正的Granier公式计算侧柏的液流通量密度具有较高的精度。

关键词： Granier原始公式液流热消散法侧柏

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皂荚南方天然群体种实表型多样性

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植物生态学报 2013年第1期37卷 61-69页

作者：李伟林富荣郑勇奇李斌中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木局林木培育重点实验室北京100091

以系统揭示表型变异程度和变异规律为目的,对皂荚(Gleditsia sinensis)南方分布区的10个天然群体的11个种实性状进行了比较分析。采用方差分析、多重比较、相关分析等多种分析方法,对群体间和群体内的表型多样性以及与地理、环境因子的... 详细信息

以系统揭示表型变异程度和变异规律为目的,对皂荚(Gleditsia sinensis)南方分布区的10个天然群体的11个种实性状进行了比较分析。采用方差分析、多重比较、相关分析等多种分析方法,对群体间和群体内的表型多样性以及与地理、环境因子的相关性进行了讨论。方差分析结果表明;皂荚果实、种子等性状在群体间和群体内存在丰富的变异,11个性状在群体间、群体内均达显著差异;荚果性状在群体间和群体内的变异均大于种子性状,11个性状的平均表型分化系数为20.42%,群体内的变异(32.28%)大于群体间的变异(7.19%),群体内的变异是皂荚的主要变异来源;皂荚各性状平均变异系数为11.20%,变异幅度为4.55%–18.38%。群体间荚果的变异(14.75%)高于群体间种子变异(6.95%),表明种子变异稳定性高。荚果和种子各性状之间多呈极显著或显著正相关,表现为荚果越大,则种子越大,种子的千粒重也越大;荚果表现为同地理经度的南北变异,种子则表现为同地理纬度的东西变异。研究结果为进一步开展皂荚遗传育种、保护生物学研究和皂荚种质资源利用奠定了基础。

关键词：皂荚天然群体表型多样性果实性状种子特性

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美洲黑杨表型核心种质库构建

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林业科学研究 2021年第2期34卷 1-11页

作者：陈存丁昌俊黄秦军李政宏张静刘宁李波苏晓华林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091

[目的]分析美洲黑杨不同类群的表型和生理特点,对比不同取样策略构建的表型核心种质库的有效性和代表性,科学有效地保存和管理种质资源的表型多样性,为美洲黑杨种质资源的深入挖掘和利用提供科学依据,同时为其他物种表型核心种质库的构... 详细信息

[目的]分析美洲黑杨不同类群的表型和生理特点,对比不同取样策略构建的表型核心种质库的有效性和代表性,科学有效地保存和管理种质资源的表型多样性,为美洲黑杨种质资源的深入挖掘和利用提供科学依据,同时为其他物种表型核心种质库的构建提供参考。[方法]基于前期表型生理性状群体结构的分析结果对美洲黑杨种质资源进行分组,通过多重比较分析不同类群的21个表型和生理性状的特点。计算无性系间的欧氏距离,利用组间联接法对每个类群的个体进行聚类,分别采用随机取样、偏离度取样、位点优先取样和性状频率取样策略对无性系进行筛选,构建表型核心种质库,对比分析选择最佳的取样策略。在表型核心种质库的基础上通过添加种质使表型保留比例(RPR)达到100.00%构建表型优化核心种质库,通过比较核心种质库与原始种质库的均值、方差、极差、变异系数和RPR对其代表性和有效性进行评价。[结果]美洲黑杨Was种源个体的高生长量、叶片数和叶片养分含量较高;Iow和Que种源无性系的根系生长发达;Mis、Lou和Ten种源无性系的茎生长量、叶片形态和单叶生长量突出。通过性状频率取样策略构建的表型核心种质库用最少的种质代表了原始种质库的多样性信息,核心种质库的有效性优于随机取样、偏离度取样和位点优先取样策略构建的种质库,最终构建了包括27个种质的表型核心种质库,取样比例为10.47%,均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD),极差符合率(CR)、变异系数变化率(VR)和RPR分别为0.00%、80.95%、100.00%、148.94%和90.85%。在核心种质库的基础上添加5个补充种质构建表型优化核心种质库,使RPR达到100.00%,其MD、VD、CR和VR分别为0.00%、71.43%、100.00%和142.19%。通过PCoA分析表明:表型核心种质库和优化核心种质库均具有良好的代表性。[结论]不同类群的美洲黑杨种质资源的根、茎、叶生长性状存在明显差异。通过性状频率取样策略构建的美洲黑杨表型核心种质库和优化核心种质库可以在保留原始种质多样性的基础上,较大限度的降低种质库的规模和冗余度,提高种质库表型变异水平,为有效保存、管理和利用美洲黑杨种质资源提供科学依据。

关键词：美洲黑杨表型核心种质库取样策略

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