检索结果-内蒙古大学图书馆

基于油楠(Sindora glabra)转录组测序的SSR分子标记的开发

分子植物育种 2020年第7期18卷 2280-2289页

作者：何畅杨锦昌余纽刘振湘覃国铭陈朝黎中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林草局重点实验室广州510520

油楠(Sindora glabra)作为极具开发潜力的能源植物,在分子水平上的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用Trinity软件对油楠转录组数据进行组装,共得到总长为48307806 bp的283998条Unigenes。利用MISA软件寻找到97443个含有SSR的重复基... 详细信息

油楠(Sindora glabra)作为极具开发潜力的能源植物,在分子水平上的研究仅局限于ISSR分子标记。本研究利用Trinity软件对油楠转录组数据进行组装,共得到总长为48307806 bp的283998条Unigenes。利用MISA软件寻找到97443个含有SSR的重复基元。SSR位点中主要重复序列为单核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的67.68%和22.56%,其次是三核苷酸,占8.54%。利用Primer 3.0设计引物,并从中随机选择200对引物进行PCR扩增,其中有13对扩增出清晰条带,多态性高,重复性好。油楠SSR分子标记的开发对于研究其遗传多样性、重要性状基因定位及分子标记辅助选择育种等起到重要的推动作用。

关键词：油楠(Sindora glabra) 转录组 SSR 分子标记

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基于SSR标记的油橄榄主要栽培品种子代父本分析

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林业科学研究 2020年第3期33卷 22-30页

作者：邵文豪王兆山张建国中国林业科学研究院林业研究所国家林业和草原局林木培育重点实验室林木遗传育种国家重点实验室北京100091 中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江杭州311400

[目的]对我国甘肃武都油橄榄品种园主要栽培品种子代进行父本分析,鉴定真实父本,探讨品种亲和性,为品种园授粉品种的选择提供科学依据。[方法]以武都油橄榄品种园114份种质为候选父本,基于14对SSR荧光标记,利用Cervus 3.0软件检测亲本... 详细信息

[目的]对我国甘肃武都油橄榄品种园主要栽培品种子代进行父本分析,鉴定真实父本,探讨品种亲和性,为品种园授粉品种的选择提供科学依据。[方法]以武都油橄榄品种园114份种质为候选父本,基于14对SSR荧光标记,利用Cervus 3.0软件检测亲本分析相关参数,对‘城固32’、‘豆果’、‘贺吉布兰克’和‘皮瓜尔’4个主要栽培品种子代进行真实父本鉴定。[结果]14个SSR位点多态性高,累积排除概率随位点数增加而增大。对于单亲已知类非父排除概率(NE-2P),14个位点的累积排除概率高达0.999。通过比较子代、母本和候选父本的基因型,计算出每个候选父本的似然对数比,即LOD值,对油橄榄4个品种部分子代真实父本进行鉴定,其中‘城固32’和‘皮瓜尔’子代的主要父本为‘豆果’,‘豆果’和‘贺吉布兰克’子代的主要父本为‘小苹果’。[结论]所选高多态性和高累积排除概率的SSR位点适用于对油橄榄品种子代进行父本分析,为4个品种部分子代鉴定出真实父本,其中仅‘城固32’具有一定的自交亲和性,这为品种建园时授粉品种的选择和配置提供重要依据。

关键词：油橄榄栽培品种子代父本分析 SSR标记

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2个小蘑菇属中国新记录种

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热带作物学报 2022年第4期43卷 703-709页

作者：刘伟陈言柳张林平梁俊峰丽水市白云山生态林场浙江丽水323000 中国林业科学研究院热带林业研究所广东广州510520 鄱阳湖流域森林生态系统保护与修复国家林业与草业局重点实验室/江西省菌物资源保护与利用重点实验室/江西农业大学江西南昌330045

对采自广东省的2份小磨菇属Micropsalliota标本进行鉴定,采用形态鉴定和ITS序列比对相结合的方法,最终将这2份标本鉴定为二瓣小蘑菇(***,Desjardin,Soytong&***)和亚白小蘑菇(Micropsalliota subalba Heinem.&Little Flower),... 详细信息

对采自广东省的2份小磨菇属Micropsalliota标本进行鉴定,采用形态鉴定和ITS序列比对相结合的方法,最终将这2份标本鉴定为二瓣小蘑菇(***,Desjardin,Soytong&***)和亚白小蘑菇(Micropsalliota subalba Heinem.&Little Flower),前者的模式产地在泰国,后者在印度,二者在我国均为首次发现。二瓣小蘑菇主要的识别特征为子实体小型,菌盖成熟后纯白色;菌褶离生,不等长,密,幼时白色,成熟后褐色,菌环白色;担孢子椭圆形至杏仁形,光滑;褶缘囊状体17.6~32.0μm×4.6~7.4μm,顶部有时分裂成两瓣,簇生,光滑,薄壁,侧生囊状体缺失;菌盖皮层由平伏的菌丝组成。亚白小蘑菇的主要识别特征为子实体小型,菌盖表面被辐射状纤毛;菌褶离生,不等长,具小菌褶,密;菌环上位,白色;担孢子椭圆形,光滑,薄壁;褶缘囊状体25.6~56.5μm×7.1~12.6μm,成簇,棒状至槌形,无色,光滑,侧生囊状体缺失,菌盖皮层由平伏的菌丝组成。本研究提供了二者详细的形态描述、显微线条图及与它们相关的系统发育树,并分析其与相近种在形态上的区别。本研究结果增加了该属在我国分布的种类和地理区域。

关键词：小蘑菇属分类学分子系统学新纪录

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利用叶绿体全基因组的单核苷酸多态位点对鹅掌楸和北美鹅掌楸的分子鉴定

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农业科学 2022年第11期12卷 1098-1108页

作者：刘儒潘文婷李斌靳晓白李锐丽索志立中国林业科学研究院亚热带林业实验中心江西新余中国林业科学研究院林业研究所北京中国林业科学研究院林木遗传和育种国家重点实验室北京国家植物园北京中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室北京

鉴定植物是人类认识自然的重要内容之一。由于工作量巨大,经历了漫长而艰辛的研究历程。标本馆和植物园为植物鉴定研究提供了重要支撑。基于形态分类的植物志的出版是植物鉴定研究进展过程中的里程碑式的工作。新的研究阶段需要从全球... 详细信息

鉴定植物是人类认识自然的重要内容之一。由于工作量巨大,经历了漫长而艰辛的研究历程。标本馆和植物园为植物鉴定研究提供了重要支撑。基于形态分类的植物志的出版是植物鉴定研究进展过程中的里程碑式的工作。新的研究阶段需要从全球视角开展植物鉴定研究。植物的种间、属间甚至科间存在或多或少的形态相似性,用于植物分类的有价值的形态性状数量少。形态特征和基于DNA短片段的标记提供的信息量有限,学界期待分辨率高的植物种鉴定技术。高通量测序技术使植物叶绿体全基因组序列的获得成为可能。我们首次利用叶绿体基因组的499个单核苷酸多态位点,研制北美鹅掌楸和鹅掌楸的分子鉴定检索表。分析结果显示,在鹅掌楸属内的物种形成过程中,叶绿体全基因组内有75个基因和64个基因间隔区发生了种级水平的遗传分化。本研究利用了叶绿体全基因组序列提供的丰富的单核苷酸多态位点信息,可为鹅掌楸属植物资源的深入研究、保护和利用提供技术基础。

关键词：鹅掌楸属叶绿体基因组单核苷酸多态位点植物鉴定

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基于SSR分子标记的闽楠(Phoebe bournei)核心种质的构建

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分子植物育种 2020年第8期18卷 2641-2648页

作者：黄雨芹尹光天杨锦昌余纽邹文涛李荣生中国林业科学研究院热带林业研究所国家林业和草原局重点实验室广州510520

为更好地发掘和利用现有闽楠种质资源,本研究利用7个SSR位点对江西和福建16个闽楠群体的237份材料进行基因型分析,采用逐步聚类(随机取样策略,位点优先取样策略)和模拟退火算法(等位基因数目最大化策略,遗传距离最大化策略)4种取样方法... 详细信息

为更好地发掘和利用现有闽楠种质资源,本研究利用7个SSR位点对江西和福建16个闽楠群体的237份材料进行基因型分析,采用逐步聚类(随机取样策略,位点优先取样策略)和模拟退火算法(等位基因数目最大化策略,遗传距离最大化策略)4种取样方法构建闽楠核心种质,并将各遗传多样性指标进行分析。结果表明:7个SSR位点共检测到50个等位基因,平均为7.143,平均有效等位基因为2.115,Shannon信息指数为0.778,观测杂合度为0.302,期望杂合度为0.442。基于逐步聚类方法构建的核心种质相较于基于模拟退火算法构建的核心种质各遗传参数指标都相对较高。对其进行t检验后,选择以基于逐步聚类位点优先取样策略在25%的取样比例下选取的种质为核心种质,其等位基因数、平均有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon多样性指数的保留率分别为初始种质的98%、104.92%、90.09%、97.94%。筛选出的59份核心种质材料能够较好地代表闽楠种质资源的遗传多样性,为闽楠的种质资源保存提供科学依据。

关键词：闽楠(Phoebe bournei) SSR 遗传多样性核心种质

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赤皮青冈不同家系苗期生长和叶片性状遗传变异

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西部林业科学 2022年第5期51卷 75-80页

作者：周燕黄盛怡杨孟晴王斌王秀花张东北吴小林周志春浙江省建德市林业总场浙江杭州311400 中国林业科学研究院亚热带林业研究所浙江省林木育种技术研究重点实验室国家林业局马尾松工程技术研究中心浙江杭州311400 浙江省庆元县实验林场浙江庆元323800

探究赤皮青冈不同家系的苗期生长和叶片性状遗传变异规律,为生产上选用苗期速生且遗传品质优良的家系提供参考。以浙江省庆元县实验林场2019年培育的52个赤皮青冈不同家系一年生容器苗为材料,调查其苗高、地径、叶片数、最大叶片长和最... 详细信息

探究赤皮青冈不同家系的苗期生长和叶片性状遗传变异规律,为生产上选用苗期速生且遗传品质优良的家系提供参考。以浙江省庆元县实验林场2019年培育的52个赤皮青冈不同家系一年生容器苗为材料,调查其苗高、地径、叶片数、最大叶片长和最大叶片宽等生长性状,研究其遗传变异规律及各指标之间的相关性,并进行聚类分析。结果显示:(1)赤皮青冈不同家系间苗期生长和叶片性状呈极显著差异,各性状表型变异系数为17.68%~42.14%,遗传变异系数为4.17%~18.13%,其中苗高和叶片数变异较大;不同家系的生长和叶片性状的家系遗传力为0.71~0.90,单株遗传力为0.22~0.74,总体受较强遗传控制。赤皮青冈各性状的家系遗传力均大于单株遗传力,苗期以家系选择更有效。(2)苗高和地径之间以及苗高、地径和叶片性状间存在显著的表型和遗传正相关,生长快的家系叶片数量多、叶片长和宽较大。(3)聚类分析可将52个赤皮青冈的家系分为3类,其中8个苗期速生性较强家系,41个苗期速生性较中等家系,3个苗期生长较慢家系。研究表明,赤皮青冈苗期不同家系存在较大的遗传变异,并且生长和叶片性状受遗传效应影响较大,来自湖南城步(HNCB)的家系苗期表现相对较优。

关键词：赤皮青冈苗期生长性状叶片性状遗传变异

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香椿查尔酮异构酶基因的克隆及在幼苗中的表达分析

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分子植物育种 2021年第14期19卷 4649-4656页

作者：隋娟娟屈长青杨京霞舒生董新月姜景民刘军阜阳师范大学抗衰老中草药安徽省工程技术研究中心阜阳236037 中国林业科学研究院亚热带林业研究所国家林业和草原局亚热带林木培育重点实验室杭州311400

查尔酮异构酶是调控植物花青素生成的关键酶,本研究利用PCR扩增技术从香椿叶片中克隆得到香椿查尔酮异构酶基因TsCHI。序列分析发现TsCHI基因开放阅读框全长717 bp,共编码238个氨基酸,属于亲水性、酸性蛋白。系统进化分析表明TsCHI蛋白... 详细信息

查尔酮异构酶是调控植物花青素生成的关键酶,本研究利用PCR扩增技术从香椿叶片中克隆得到香椿查尔酮异构酶基因TsCHI。序列分析发现TsCHI基因开放阅读框全长717 bp,共编码238个氨基酸,属于亲水性、酸性蛋白。系统进化分析表明TsCHI蛋白属于TypeⅠ型CHI蛋白,与无患子目的槭树(Acer×freemanii)、橄榄(Canarium album)、龙眼(Dimocarpus longan)、柑橘(Citrus sinensis)的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果表明,TsCHI在香椿幼苗茎中的表达量显著高于根与叶中的表达量,叶比根中的表达量高,但差异不显著;38℃高温胁迫、200 g/L PEG-6000溶液干旱胁迫、200 mmol/L NaCl溶液盐胁迫条件下,TsCHI基因的表达量均高于对照,且随着处理时间的延长,表达呈上升趋势。研究结果为香椿幼苗的开发利用和通过基因工程手段提高幼苗中黄酮类物质的含量提供了理论参考。

关键词：香椿(Toona sinensis) 查尔酮异构酶花青素表达分析

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伐桩高度对猴耳环人工药材林萌芽更新的影响

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福建林业科技 2024年第2期51卷 61-65页

作者：闫晶晶王雪鑫李梅金文云陈祖旭范春节黄世能中国地质调查局西安矿产资源调查中心陕西西安710100 北京海开控股(集团)股份有限公司北京100094 中国林业科学研究院热带林业研究所、国家林业和草原局重点实验室广东广州510520 广州草木蕃环境科技有限公司广东广州510520

为探究不同伐桩高度对猴耳环人工林萌芽更新与生物量积累的影响,于2016年惠州市惠阳区良井镇前锋村,以480 d的猴耳环人工纯林为研究对象,分别采用30、60、90、120 cm的伐桩高度进行采伐,以去枝留顶和去枝截顶2种方式为对照,分析不同伐... 详细信息

为探究不同伐桩高度对猴耳环人工林萌芽更新与生物量积累的影响,于2016年惠州市惠阳区良井镇前锋村,以480 d的猴耳环人工纯林为研究对象,分别采用30、60、90、120 cm的伐桩高度进行采伐,以去枝留顶和去枝截顶2种方式为对照,分析不同伐桩高度对伐桩萌芽率、存活率、萌条数、萌条生长和生物量等的影响。结果表明:伐桩高度120 cm的萌芽点数和萌条数量最多,伐桩高度90 cm的萌条长度和萌条生物量最大,与对照相比,伐桩高度对萌芽率和存活率没有显著影响,但对萌芽点数、萌条数、萌条基径、长度和生物量影响显著;伐桩的萌条数、基径、长度和生物量均随伐桩高度的增加呈现先增加后减少的趋势。总体而言,4种伐桩高度中,90、120 cm的伐桩在萌条数量、基径、长度和生物量方面萌芽更新效果最好。伐桩高度90~120 cm是猴耳环人工药材林适宜的采伐高度,可获得较大的萌芽林生物量。

关键词：猴耳环伐桩高度萌芽更新生物量

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基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析

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中南林业科技大学学报 2020年第10期40卷 101-108页

作者：贾翠蓉朱显亮王莉周长品翁启杰甘四明李发根中国林业科学研究院热带林业研究所广东广州510520 中国林业科学研究院热带林业研究国家林业和草原局重点实验室广东广州510520 南京林业大学林学院江苏南京210037

【目的】利用ddGBS技术获得桉树树种间高质量SNP标记,为桉树系统分类提供新思路。【方法】通过对14个桉树树种(每个树种各两份样品)进行ddGBS建库测序分析,发掘SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然... 详细信息

【目的】利用ddGBS技术获得桉树树种间高质量SNP标记,为桉树系统分类提供新思路。【方法】通过对14个桉树树种(每个树种各两份样品)进行ddGBS建库测序分析,发掘SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然法(ML)构建系统进化树。【结果】测序共获得30.49 Gb的数据,平均每个样品的数据量为1.09 Gb;平均Q30为98%,表明测序质量好;平均GC含量(44.0%)与巨桉参考基因组接近;样品与巨桉参考基因组比对匹配率在45.0%~88.9%之间,平均为77.8%。按照数据无缺失、平均测序深度≥4 x、最小杂合比为0.05的条件筛选SNP,最终获得42 222个高质量SNP位点,其中14个桉树树种的特有SNP位点数为428~2 107不等。利用SnpEff软件进行位点注释分析后发现约有12 237个SNPs位于外显子区域。基于最终获得的42 222个高质量SNP位点构建系统进化树,14个桉树树种聚类结果与Hill和Johnson的桉属双蒴盖亚属及伞房属的分类结果一致。【结论】采用ddGBS技术高效发掘高质量SNP位点,可广泛应用于桉树SNP开发。利用开发的高质量SNP位点构建的系统进化树为桉树的进化研究提供了理论支持。通过ddGBS技术进行SNP标记开发及分型将对桉树关联遗传学研究和重要性状QTL定位具有重要意义。

关键词：桉树 ddGBS SNP 进化分析

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基于SSR标记的大花序桉全同胞子代鉴定

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中南林业科技大学学报 2021年第10期41卷 148-155页

作者：吕佳斌翁启杰李发根李梅李昌荣陈健波陈剑成甘四明中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业局重点实验室广东广州510520 南京林业大学江苏南京210037 广西壮族自治区林业科学研究院广西优良用材林资源培育重点实验室广西南宁530002 广西壮族自治区林业科学研究院中南速生材繁育国家林业局重点实验室广西南宁530002 玉林市林业科学研究所广西容县537501

【目的】利用SSR标记鉴定大花序桉1株母本自由授粉的共计2184株子代的父本,为基于全同胞子代群体的遗传分析、图谱构建和数量性状定位等研究提供基础材料。【方法】以母本所在的种源/家系试验林的其他所有706株大花序桉作为候选父本,利... 详细信息

【目的】利用SSR标记鉴定大花序桉1株母本自由授粉的共计2184株子代的父本,为基于全同胞子代群体的遗传分析、图谱构建和数量性状定位等研究提供基础材料。【方法】以母本所在的种源/家系试验林的其他所有706株大花序桉作为候选父本,利用前期优化的12个可多重检测的SSR标记,对包含母本在内的所有样品进行毛细管电泳分型检测。基于最大似然法估算真实父本的概率进行父本鉴定,检测父本花粉的传播距离,计算全同胞群体中12个标记的分离比例(χ^(2)),估算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性信息量(PIC)等多样性参数及其与苗高生长的相关。【结果】所有标记可有效扩增和分型检测。1697株(77.7%)子代鉴定了明确的父本,子代130株以上的主要父本有6个、单个父本的子代数量为138~395个;花粉散布的距离较远,可达160 m,但有效花粉的散布距离主要在100 m以内。对子代数量10株以上的7个全同胞家系,12个标记均存在不同程度的偏离期望的孟德尔分离比例;H_(o)和H_(e)等多样性参数较低,其与苗高和苗高变异系数的相关均不显著,本实验未发现有自交现象。【结论】本研究对大花序桉1株母本的自由授粉子代进行了父本鉴定,为后续基于全同胞家系的遗传测定、遗传图谱构建和数量性状位点定位等研究提供了物质材料。

关键词：大花序桉 SSR标记全同胞家系父本鉴定

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