南海海域与苏禄海都位于西太平洋,隔着巴拉望岛东部经巴士海峡通苏禄海,由于更新世冰期低海平面,短尾大眼鲷在两个海域的洄游可能受阻,为判别南海与苏禄海短尾大眼鲷的种群归属,利用线粒体控制区D-loop基因片段标记探讨南海区域6个位点和苏禄海域的短尾大眼鲷种群遗传结构多态性。采用PCR技术对265尾短尾大眼鲷mt DNA D-loop区部分序列进行扩增和测序,对所得730bp的核甘酸片段序列进行遗传变异和系统进化分析,一共发现到107个突变位点,定义190种单倍型。分子方差分析和遗传分化指数显示,南海海域各点的短尾大眼鲷和苏禄海群体存在显著的遗传分化。单倍型网络结构图和群体系统发育树结构进一步印证上述假说。
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