检索结果-内蒙古大学图书馆

2017年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区的序列分析

海洋渔业 2019年第3期41卷 329-337页

作者：刘晓娉孙新颖刘庆慧万晓媛黄倢青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所山东青岛266071 上海海洋大学上海201306 济南大学前沿交叉科学研究院山东济南250022

白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94... 详细信息

白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段;ORF23/24只出现11945bp的缺失片段;ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性;ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性;ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。

关键词： WSSV ORF14/15 ORF23/24 ORF75 ORF94 ORF125 序列分析

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一例日本囊对虾暴发性死亡的病原分析

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水产学报 2018年第3期42卷 431-441页

作者：韩琳王秀华杨冰万晓媛武和英张庆利黄倢上海海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室

为了阐明山东省潍坊市一对虾养殖场发生日本囊对虾暴发性死亡的原因,采用分子生物学检测方法,对发病对虾进行了白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)、桃拉综合征病毒(Taura syndrome virus,TSV)、黄头病毒(yellow head viru... 详细信息

为了阐明山东省潍坊市一对虾养殖场发生日本囊对虾暴发性死亡的原因,采用分子生物学检测方法,对发病对虾进行了白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)、桃拉综合征病毒(Taura syndrome virus,TSV)、黄头病毒(yellow head virus,YHV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)、传染性肌肉坏死病毒(infectious myonecrosis virus,IMNV)、偷死野田村病毒(covert mortality nodavirus,CMNV)及急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)7种病原的检测,且对发病对虾进行了常规组织病理学观察。同时采用16S r DNA细菌鉴定方法及浸泡回接感染实验对分离自发病对虾体内的可疑病原菌进行了分子鉴定及毒力测试。结果显示,发病对虾样品核酸检测呈现WSSV强阳性,IHHNV和CMNV为弱阳性,其他4种病原为阴性。组织病理学观察发现,在对虾的胃、鳃等上皮组织中存在WSSV包涵体,头部肌肉纤维出现离散。对分离编号为2901、2902、2903的3株优势可疑病原菌鉴定结果显示,3株菌分别与印度格里蒙菌、交替单胞菌及溶藻弧菌相似,相似度分别为99%、99%及100%。攻毒结果显示,3株可疑病原菌的LC50分别为9.8×107、1.1×108与2.3×108 CFU/m L,各细菌毒力均较弱,非导致对虾出现暴发性死亡的病原。研究表明,导致本次日本囊对虾暴发性死亡的病因与混合感染病原WSSV、IHHNV、CMNV有关,其中WSSV感染是造成日本囊对虾暴发性死亡的主因,研究结果可为解析当前养殖日本囊对虾疾病暴发及其成因提供参考。

关键词：日本囊对虾暴发性死亡病毒细菌病因分析

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基于长片段PCR扩增的牡蛎疱疹病毒基因组高通量测序

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水产学报 2018年第2期42卷 216-225页

作者：史杰白昌明李晨蔡生力王崇明上海海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室

为获取2001年低温冻存栉孔扇贝感染牡蛎疱疹病毒(Os HV-1)变异株(ZK2001)基因组序列,并分析ZK2001与其他Os HV-1变异株的序列差异和系统发育关系,利用基于长片段PCR的基因组DNA的扩增和富集技术,获取2001年栉孔扇贝感染Os HV-1变异株的... 详细信息

为获取2001年低温冻存栉孔扇贝感染牡蛎疱疹病毒(Os HV-1)变异株(ZK2001)基因组序列,并分析ZK2001与其他Os HV-1变异株的序列差异和系统发育关系,利用基于长片段PCR的基因组DNA的扩增和富集技术,获取2001年栉孔扇贝感染Os HV-1变异株的基因组DNA;再使用Illumina Hiseq 2500 PE250高通量测序平台对其测序。最后分析ZK2001与Os HV-1其他变异株基因组的序列差异和系统发育关系。测序数据组装后获得8个Scaffold。基因组变异分析结果显示,ZK2001与参考基因组相比存在328个SNP位点,SNP和序列插入/缺失变异是导致Os HV-1基因组序列变异的主要变异类型。系统发育分析结果显示,ZK2001变异株与分离自我国的Os HV-1变异株亲缘关系最近,与分离自欧洲的Os HV-1μvar及其相关变异株的亲缘关系最远,说明中国和欧洲分布Os HV-1间存在因地理隔离导致的遗传分化。研究表明,基于长片段PCR的DNA富集技术,可以有效地扩增和富集冷冻样本中Os HV-1基因组DNA,并应用于高通量测序。Os HV-1不同变异株基因组序列数据的获取和积累,将为其基因组尺度的基因变异、株系演化和系统发育关系等研究提供重要基础。

关键词：栉孔扇贝高通量测序长片段PCR 牡蛎疱疹病毒

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凡纳滨对虾感染致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(Vp_(AHPND))的定量分析

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渔业科学进展 2018年第4期39卷 93-100页

作者：陈蒙蒙董宣邱亮万晓媛谢国驷黄倢青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业农村部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

对虾急性肝胰腺坏死病(Acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)是由致AHPND副溶血弧菌(AHPND-causing Vibrio parahaemolyticus,VpAHPND)携带的pVA1-like质粒所表达的PirA^(Vp)和PirB^(Vp)毒力蛋白对对虾肝胰腺的急性毒性所致。本研究用2.19×10~5 CFU/ml VpAHPND分离株20130629002S01对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)进行浸泡感染,于感染后2~9 d采集对虾的肝胰腺、鳃、肠道、肌肉组织,采用实时荧光定量PCR方法,检测各组织中的pir AVp拷贝数。结果显示,感染后凡纳滨对虾各组织均能检测到pirA^(Vp),其中,肝胰腺在感染后第4天达到峰值,为8.71×10~4 copies/mg,而鳃、肌肉、肠道分别在第3、4、5天达到峰值,分别为9.08×10~3、2.59×10~4、5.76×10~4 copies/mg。早期感染鳃组织中先出现Vp_(AHPND)的富集,在高死亡发生期,Vp_(AHPND)数量在肝胰腺和肠道出现高峰,在死亡数量逐渐下降的后期,各组织的Vp_(AHPND)均快速下降,肠道、肝胰腺和肌肉中的Vp_(AHPND)水平趋于接近。对虾肝胰腺组织病理切片显示,同一时间有临床症状的病虾和濒死对虾相比,濒死对虾表现出更严重的AHPND病理特征,且二者的组织病理特征均随着感染时间的延长变得更为严重,但检测到的Vp_(AHPND)数量呈下降趋势。研究表明,在Vp_(AHPND)感染过程中,组织中的pirA^(Vp)基因数量不能代表对虾的发病程度,发病程度及组织病理严重的AHPND样品中Vp_(AHPND)的数量不一定处于高水平状态。

关键词：致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌浸浴感染凡纳滨对虾 qPCR 时间进程

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凡纳滨对虾感染虾肝肠胞虫的群体及组织间差异性分析

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渔业科学进展 2018年第4期39卷 83-92页

作者：程东远邱亮宋增磊万晓媛董宣谢国驷黄倢青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业农村部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

对来自河北黄骅(HH)、山东平度(PD)、江苏吴江(WJ)和山东日照(RZ)的4个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体进行了对虾生长参数测量,用Taq Man q PCR检测了凡纳滨对虾各群体的肝胰腺组织中和RZ群体多种组织中的虾肝肠胞虫数量(Amount ... 详细信息

对来自河北黄骅(HH)、山东平度(PD)、江苏吴江(WJ)和山东日照(RZ)的4个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体进行了对虾生长参数测量,用Taq Man q PCR检测了凡纳滨对虾各群体的肝胰腺组织中和RZ群体多种组织中的虾肝肠胞虫数量(Amount of Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)。结果显示,在主要生长相关参数中,RZ群体最优,该群体EHP载量也最低。不同群体的样本数EHP对数直方图的模式存在差异,HH和PD群体的EHP对数呈双峰分布,而WJ和RZ群体的EHP对数呈单峰分布,代表EHP在不同群体中可能存在不同的传播模式。EHP对数呈单峰分布的群体或从多峰分布的群体中分离出的高EHP对数子群体的对虾体长或体重与EHP对数呈显著的负相关。RZ群体中,各个体不同组织中EHP从高到低的顺序依次是肝胰腺>中肠>血淋巴>鳃>肌肉。肝胰腺、中肠和鳃3个组织中EHP对数相互间的相关性为99.9%的极显著水平(P<0.001);除了中肠与血淋巴和肝胰腺与血淋巴以外,其余组织间EHP对数的相关性也达到极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)水平。用DIG标记的EHP探针对肝胰腺、肌肉、鳃、肠道组织的原位杂交显示,肝胰腺是主要的EHP感染组织,其他组织中杂交信号较弱,但各组织中有少数细胞的EHP易感。

关键词：凡纳滨对虾虾肝肠胞虫生长参数原位杂交

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凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)病原分离鉴定及其致病性分析

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渔业科学进展 2018年第3期39卷 103-111页

作者：贾丹史成银黄倢张庆利万晓媛许华刘冉阳王海波郭程程谢国驷农业部海水养殖病害防治重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室青岛266071 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室青岛266071

本研究从患急性肝胰腺坏死病(Acute hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肝胰腺中分离到一株优势菌,编号为20160303005-1,通过16S rRNA和分子伴侣蛋白groEL基因序列分析,并结合生理生化特征,将该细菌鉴定为副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus),其血清型为O1:KUT(K untypeable)。基因分析结果显示,该菌株携带可引起对虾AHPND的相关毒力蛋白基因pirA^(VP)和pirB^(VP),但不携带副溶血弧菌临床菌株毒力基因:耐热直接溶血毒素(Thenmostable direct hemolysin,tdh)和相对耐热直接溶血毒素(TDH-related hemolysin,trh)基因。菌株对凡纳滨对虾具有较强的致病性,浸泡感染的半数致死剂量(LD_(50))为7.96×10~3 CFU/ml。对虾急性感染后,6 h肝胰腺颜色变浅,肠胃变空;9 h肝胰腺呈浅白色,萎缩变小。9 h死亡数过半,24 h全部死亡。组织病理学分析显示,感染后对虾肝胰腺小管崩塌,上皮细胞严重脱落,呈现出典型的AHPND病理症状。药敏实验结果显示,该菌对庆大霉素、环丙沙星和头孢他啶等16种药物敏感,对阿莫西林、替卡西林和头孢噻吩等5种药物表现为耐药。上述研究可为该病原的流行病学及药物防控研究提供基本数据。

关键词：凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌细菌鉴定

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2015年中国典型对虾养殖区WSSV流行株高变异区序列的分析比较

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渔业科学进展 2018年第2期39卷 128-137页

作者：秦梦雪孙新颖万晓媛刘庆慧黄倢青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 上海海洋大学水产与生命学院上海201306

为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年4~10月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、O... 详细信息

为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年4~10月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit,RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大片段的缺失,ORF75的45 bp的RU数目分别为1、2和3,102 bp的RU数目均为1,而ORF94的RU数目分别为4、5、10和12不等,ORF125的RU数目为3、5和6。结果表明,WSSV在部分开放型阅读框上表现出明显的变异差异,而在某些开放型阅读框上的缺失情况则有显著的稳定性。

关键词： WSSV ORF 缺失变异

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虾肝肠胞虫(EHP)孢子的纯化和计数

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河北渔业 2019年第1期 16-20页

作者：赵若恒高雯邱亮李晨谢国驷黄倢大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023 中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程实验室农业与农村部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室山东青岛266071 上海海洋大学上海201306

采用差速离心和密度梯度离心,从感染虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)对虾的肝胰腺中,尝试纯化出孢子,并应用透射电镜、荧光桃红染色和血球计数板计数的方法对纯化出的孢子进行了观察和计数。结果表明,从1g的EHP载量为(4.7&... 详细信息

采用差速离心和密度梯度离心,从感染虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)对虾的肝胰腺中,尝试纯化出孢子,并应用透射电镜、荧光桃红染色和血球计数板计数的方法对纯化出的孢子进行了观察和计数。结果表明,从1g的EHP载量为(4.7±2.2)×104 copies/ng DNA的肝胰腺组织中经差速离心和密度梯度离心方法分离到EHP的孢子,电镜观察孢子为大小在0.7～1.2μm的椭圆形,纯化孢子悬液用血球计数板计数显示孢子浓度为5.30×103个/μL,蔗糖密度梯度中的纯化孢子区带含有的孢子总数约1.06×106个。

关键词：虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP) 纯化计数

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杂色鲍感染鲍疱疹病毒(HaHV-1)后血细胞内参基因筛选

杂色鲍感染鲍疱疹病毒(HaHV-1)后血细胞内参基因筛选

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会换届大会暨第十九次学术讨论会

作者：张淑敏白昌明辛鲁生王崇明中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室大连海洋大学水产与生命学院

近十几年来,随着鲍养殖业的迅猛发展,病害问题也凸显出来,鲍疱疹病毒(Haliotid herpesvirus 1,HaHV-1)对杂色鲍的危害巨大,这严重制约了鲍养殖业的可持续发展,给鲍产业造成无法预估的经济损失。为研究杂色鲍在感染HaHV-1后相关免疫基因... 详细信息

近十几年来,随着鲍养殖业的迅猛发展,病害问题也凸显出来,鲍疱疹病毒(Haliotid herpesvirus 1,HaHV-1)对杂色鲍的危害巨大,这严重制约了鲍养殖业的可持续发展,给鲍产业造成无法预估的经济损失。为研究杂色鲍在感染HaHV-1后相关免疫基因的相对表达量的时序变化,需利用qRT-PCR技术及相关软件进行分析,其中选择合适的内参基因显得尤为重要。为筛选出杂色鲍感染HaHV-1后不同时间点(0h、12h、24h、36h、48h及60h)血细胞中的最适内参基因,实验中采用GeNorm、NormFinder和BestKeeper这三种内参基因稳定性评价软件对EIF5A、ODCAZ1、YB1、RPL3、EF1、18S和COXI这7个候选内参基因表达的稳定性进行评估。实验结果表明:在这7个候选内参基因中,YB1及18S的稳定性最高,可以作为后期qRT-PCR的内参基因。

关键词：杂色鲍 HaHV-1 内参基因筛选稳定性评价

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凡纳滨对虾网格重链蛋白与WSSV结构蛋白在体外的相互作用

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渔业科学进展 2018年第2期39卷 138-145页

作者：王中一刘庆慧黄倢青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室农业部海水养殖病害防治重点实验室青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛266071 水产科学国家级实验教学示范中心上海海洋大学水产与生命学院上海201306

根据凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)网格重链蛋白(CHC)的2个功能结构域Clathtin Propel Repeat(Lv CHC1)和Clathrin Heavy Chain Repeat Homology(Lv CHC2),分别设计2对特异性引物,扩增目的片段,并克隆至p BAD/gⅢA载体上,以*** Top10为宿主菌,在阿拉伯糖的诱导下获得Lv CHC1和Lv CHC2重组蛋白。以Co^(2+)亲和层析方法,获得纯化的Lv CHC1和Lv CHC2蛋白,并经质谱分析验证。采用Far-Western方法分析Lv CHC1和Lv CHC2蛋白与白斑综合征病毒(WSSV)结构蛋白VP26、VP28N和VP37的作用,结果显示,Lv CHC1和Lv CHC2与VP28N没有结合作用,但都能与VP26和VP37结合,其中与VP26的结合作用较强。表明网格蛋白介导的内吞途径在WSSV侵染过程中起到了一定的作用。本研究可为深入研究WSSV入侵机制提供依据。

关键词：凡纳滨对虾网格重链蛋白 WSSV 体外作用

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