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中国作物学会2013年学术年会

作者：陈玉宇张宏伟陈俊宇朱玉君黄得润应杰政樊叶杨庄杰云中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室

本研究针对前期qFGW1.2初定位结果,应用SSR标记检测,从籼籼交组合珍汕97～3/密阳46衍生的215个单株组成的BCF分离群体中,筛选到杂合区间分別为RM11621-RM297和RM212-RM265的2个单株,分别自交构建了2套BCF近等基因系,每套近等基因系分别... 详细信息

本研究针对前期qFGW1.2初定位结果,应用SSR标记检测,从籼籼交组合珍汕97～3/密阳46衍生的215个单株组成的BCF分离群体中,筛选到杂合区间分別为RM11621-RM297和RM212-RM265的2个单株,分别自交构建了2套BCF近等基因系,每套近等基因系分别包含珍汕97纯合型株系30个和密阳46纯合型株系30个,分别称之为C1和C2。2012年夏于水稻生长季节在中国水稻研究所富阳试验基地种植2套近等基因系,完全随机区组设计,2个重复,每个株系每个重复8个单株,株行距20 cm×23 cm,正常田间管理。记载各单株的抽穗期,成熟后每株系取中间的5株混收,考察千粒重、粒长、粒宽和单株产量,运用SAS软件的一般线性模型对表型差异进行双因素方差分析。结果表明,C1的2种不同基因型材料在千粒重、粒长、粒宽、单株产量和抽穗期这5个性状上呈现出显著的差异,且增效的等位基因均来源于密阳46。C2的2种不同基因型材料在粒长、粒宽和抽穗期这3个性状上呈现出显著的差异,粒宽和抽穗期增效的等位基因均来源于珍汕97,而粒长增效的等位基因来自密阳46。因此将qTGW1.2进一步界定在RM212-RM265及其两侧交换区间的区域内,其对千粒重、粒长、粒宽、单株产量和抽穗期的加性效应分别为0.4g、0.035 mm、0.035 mm、0.85 g和0.7 d,贡献率分别为44.37%、20.78%、46.54%、12.5%和24.83%。在此基础上,进一步筛选出了5个在目标区间内分离片段缩小且呈阶梯状排列的单株,衍生了5套BCF分离群体,分别称之为CZ1、CZ2、CZ3、CZ4和CZ5,各群体均含300个单株。2012年冬于水稻生长季节在中国水稻研究所陵水试验基地种植5套分离,株行距20cm×23cm,正常田间管理。记载各单株的抽穗期,成熟后单株收种,考察千粒重。应用WinQTLCart 2.5进行QTL检测,以LOD=2.0为阈值。检测结果显示,每套群体均检测到千粒重QTL,LOD值最小的为2.21,最大的为11.66,加性效应为0.13 g-0.38g,来自密阳46的等位基因提高千粒重;经比较各个群体的分离区间,将qTGW1.2分解为2个,其中,qTGW1.2a位于RM11730和RM11762之间934 kb的区域内,其在CZ1、CZ2和CZ3中被检测到,加性效应分别为0.27g、0.15 g和0.38 g,显性效应分别为-0.02 g、-0.08 g和-0.05 g,贡献率分别为10.60%、3.50%和13.40%;该QTL呈加性作用。qTGW1.2b位于RM11800和RM11885之间2.3 Mb的区域内,其在CZ4和CZ5中被检测到,加性效应分别为0.25 g和0.13 g,显性效应分别为0.31 g和0.13 g,贡献率分别为16.60%和7.54%;该QTL呈正向超显性。相反地,每套群体均没有检测到对抽穗期的显著作用。综上所述,将qTGW1.2分解出2个微效千粒重QTL qTGW1.2a和qTGW1.2b,且都对水稻抽穗期无显著的影响,对水稻分子设计育种有重要的参考价值。我们已构建了分离区间进一步缩小的群体,以开展这2个千粒重QTL精细定位。

关键词：水稻近等基因系数量性状座位(QTL) 千粒重抽穗期

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应用三套籼稻重组自交系群体分析水稻粒形QTLs

应用三套籼稻重组自交系群体分析水稻粒形QTLs

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中国作物学会2013年学术年会

作者：朱玉君应杰政樊叶杨黄得润庄杰云中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室

粒长(grain length,GL)、粒宽(grain width,GW)和长宽比(length-width ratio,LWR)是衡量稻米外观品质的重要指标,也是影响水稻产量的重要因素之一。弄清粒形性状的遗传基础对有效改良稻米外观品质具有重要意义。本研究所用群体为3套籼... 详细信息

粒长(grain length,GL)、粒宽(grain width,GW)和长宽比(length-width ratio,LWR)是衡量稻米外观品质的重要指标,也是影响水稻产量的重要因素之一。弄清粒形性状的遗传基础对有效改良稻米外观品质具有重要意义。本研究所用群体为3套籼籼交重组自交系(RIL)群体,分别为协青早B/密阳46(XM)、珍汕97B/密阳46(ZM)和特青/IRBB品系(TI),其中,TI群体抽穗期变异很小,而另2套群体抽穗期变异较大。各群体在浙江省富阳市中国水稻研究所试验基地于水稻生产正季分别种植两年,测定粒长、粒宽和长宽比,应用前期构建的遗传连锁图谱(XM遗传图谱含240个分子标记,覆盖基因组2080.4cM、ZM图谱含256个分子标记,覆盖1814.7cM、TI图谱含127个分子标记,覆盖基因组1197.7 cM),采用QTLNetwork 2.0进行QTL分析,共检测到47个QTLs。在XM群体中共检测到8个QTLs,其中,4个控制粒长,2个控制粒宽,2个控制长宽比:在ZM群体中共检测到19个QTLs,其中,8个控制粒长,4个控制粒宽,7个控制长宽比;在TI群体中共检测到20个QTLs,其中,6个控制粒长,7个控制粒宽,7个控制长宽比。这些QTLs没有1个同时在3个群体中检测到,但有10个在2个群体中同时检测到,其中,TI和XM中同时检测到的有3个,均位于已克隆的粒重基因所处区间;TI和ZM中同时检测到的有3个,包括位于已克隆粒重基因区间2个和无粒重基因克隆区间1个:XM和ZM中同时检测到的有4个,均不处于已克隆粒重基因区间。所有检测到的QTLs位于12条染色体的26个区间中,其中7个区间在同1个群体对2个以上性状呈显著作用。在TI群体中,第3染色体的RM15139-RM15303区间和第5染色体的RM18038-RM18189区间同时控制3个性状,第2染色体的RM71-RM327区间同时控制粒长和长宽比;在ZM群体中,第3染色体的RM218-RM232区间和RZ403-RM168区间分别同时控制粒长、长宽比和粒宽、长宽比;在XM群体中,第5染色体的CDO82-RG182区间同时控制粒宽和长宽比。比较3套RILs的定位结果,发现贡献率最大4个的QTLs均已被克隆,包括GS3和GS5基因。不过,还是有一些效应较小的QTL能在2个以上的群体中检测到,包括位于第6染色体RM204-RM197区间、控制粒长的qGL6,以及位于第10染色体RM3773-RM3123区间、控制粒宽的qGW10.2,它们是我们下一步研究的重要目标。

关键词：水稻重组自交系粒长粒宽长宽比

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水稻抽穗期基因RFT1和Ghd7功能标记的开发

水稻抽穗期基因RFT1和Ghd7功能标记的开发

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中国作物学会2013年学术年会

作者：樊叶杨朱玉君应杰政庄杰云中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室

RFT1和Ghd7是水稻在长日照条件下控制抽穗期的关键基因,其功能标记的开发将有助于2个基因在水稻分子育种中的应用。我们首先对RFT1的珍汕97(ZS)和密阳46(MY)等位基因进行了测序。序列比较表明,和MY等位基因相比,ZS等位基因在第1外显子上... 详细信息

RFT1和Ghd7是水稻在长日照条件下控制抽穗期的关键基因,其功能标记的开发将有助于2个基因在水稻分子育种中的应用。我们首先对RFT1的珍汕97(ZS)和密阳46(MY)等位基因进行了测序。序列比较表明,和MY等位基因相比,ZS等位基因在第1外显子上有17个单核苷酸多态(SNP)和1个22bp的插入,在第4外显子上有9个SNP,最终预测蛋白序列存在6个氨基酸置换。根据22 bp的插入/缺失变异,我们设计和发展了1个序标位标记,ZS和MY的PCR扩增产物大小分别为274 bp和252 bp,可轻易地在2%琼脂糖凝胶上分辨开来。同时,根据第1外显子上导致第31位氨基酸变异(A-V)的1个SNP(C-T)以及第4外显子上导致第146位氨基酸变异(K-R)的1个SNP(A-G),分别发展了1个衍生的dCAPS标记和CAPS标记。前者可以特异识别ZS等位基因,即ZS等位基因的PCR产物可以被Hha I酶切为135 bp和20 bp,而MY等位基因产物不能被酶切;后者可以特异识别MY等位基因,即MY等位基因的PCR产物可以被BciT130 I酶切为574 bp和174 bp,而ZS等位基因的扩增产物仍为748 bp。根据已报道的4个Ghd7蛋白的序列差异,我们从NBCI数据库中下载了Ghd7的合江19,明恢63和日本晴等位基因(分别代表Ghd7-0a、Ghd7-1和Ghd7-2)的基因序列,并进行比对。根据Ghd7-0a等位基因上1个引起翻译提前终止的SNP(G-T),设计和开发了1个CAPS标记,可以特异识别Ghd7-0a等位基因,其PCR产物可以被Spe1酶切为379 and 58 bp。根据第122位氨基酸上的变异(G-E),发展了1个CAPS标记,Ghd7-0a和Ghd7-2等位基因的182 bp产物均可被BsrB I特异酶切为158 bp和24 bp。根据第233位氨基酸上的变异(A-P),发展了1个dCAPS标记,能够特异识别Ghd7-1等位基因,其PCR产物可被HindIII酶切为160 bp和25 bp。此外,Ghd7-0等位基因由于完全缺失,故所有引物对均不能扩增出产物,而3个PCR产物都不能被酶切的,则可归类为Ghd7-3等位基因。因此,应用这一套3个标记组合,可以有效地鉴别各个Ghd7等位基因。为验证和应用上述功能标记,我们选用了80份籼型水稻品种,包括43和23份三系杂交稻父、母本,2和4份两系杂交稻父、母本以及8份常规籼稻,进行基因型检测。结果显示,在RFT1座位上,3个标记的检测结果完全一致,其中63份材料(包括95.6%的杂交稻父本)携带MY等位基因:在Ghd7座位上,没有材料携带Ghd7-0a等位基因;30份材料(包括77.8%的杂交稻母本)携带无功能型的Ghd7-0等位基因,仅2份材料携带不完全功能型的Ghd7-2等位基因,而其它48份材料则携带完全功能型的Ghd7-1和Ghd7-3等位基因。

关键词：水稻 RFT1 Ghd7 功能标记

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水稻花时性状的QTL定位

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核农学报 2013年第5期27卷 562-567页

作者：万国冯跃张凤娇徐群王一平袁筱萍余汉勇彭锁堂中国水稻研究所/国家水稻改良中心/国家水稻生物学重点实验室浙江杭州310006 山西农业大学农学院山西太谷030801 枣强县农业局河北衡水053100 东平县新湖镇人民政府农业服务中心山东泰安271507

选用早花时粳稻品种WAB368-B-2-H2-HB和晚花时粳稻品种六千辛杂交获得的F2群体284个单株作为作图群体,采用复合区间作图方法,利用117个具有多态性的SSR标记对水稻花时性状进行数量性状基因座(QTL)检测。研究结果表明,F2花时性状呈连续... 详细信息

选用早花时粳稻品种WAB368-B-2-H2-HB和晚花时粳稻品种六千辛杂交获得的F2群体284个单株作为作图群体,采用复合区间作图方法,利用117个具有多态性的SSR标记对水稻花时性状进行数量性状基因座(QTL)检测。研究结果表明,F2花时性状呈连续的正态分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到4个影响花时的QTL,分别位于第1、1、10和12染色体上,增效等位基因均来自早花时亲本WAB368-B-2-H2-HB。其中位于第12染色体RM511-RM519区间的qFT-12可解释11.3%的表型变异,该位点值得进一步研究和利用。

关键词：水稻花时数量性状基因座

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水稻产量相关性状QTL定位

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中国水稻科学 2013年第4期27卷 344-352页

作者：赵建国蒋开锋杨莉杨乾华万先齐曹应江游书梅罗婧张涛郑家奎重庆大学生物工程学院重庆400044 四川省农业科学院水稻高粱研究所/农业部西南水稻生物学与遗传育种重点实验室/国家水稻改良中心泸州分中心四川泸州646100

以来自泸恢99×日本晴F8代重组自交系的188个家系及双亲为研究材料,用在亲本间有多态性的207个DNA标记对群体进行基因型分析,构建了全长为2397cM,标记间平均距离为12.29cM,覆盖水稻基因组12条染色体的连锁图。于2011年正季分别在德... 详细信息

以来自泸恢99×日本晴F8代重组自交系的188个家系及双亲为研究材料,用在亲本间有多态性的207个DNA标记对群体进行基因型分析,构建了全长为2397cM,标记间平均距离为12.29cM,覆盖水稻基因组12条染色体的连锁图。于2011年正季分别在德阳和泸州两地种植于四川农业科学院水稻高粱研究所实验农场,考查了单株有效穗数、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、单株产量、穗长和株高7个性状。用基于混合线性模型的QTL Network 2.0软件进行QTL定位、上位性分析及其与环境的互作分析。7个性状共检测到22个加性主效应QTL,位于除第6、11、12染色体外的9条染色体上,除每穗颖花数、每穗实粒数、结实率未检测到上位性效应外,其他5个性状共检测到7对上位性互作;另外只发现两个QTL与环境发生明显互作。所有加性×加性上位性互作的效应及贡献率均较小,未发现上位性互作效应与环境的显著互作。

关键词：遗传图谱水稻产量因子上位性效应 QTL与环境互作

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我国水稻“两迁”害虫越冬情况调查

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应用昆虫学报 2013年第1期50卷 253-260页

作者：罗举刘宇龚一飞程遐年傅强胡高中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室杭州310006 全国农业技术推广服务中心北京100125 南京农业大学植物保护学院南京210095

为了解在全球气候变暖的背景下,我国水稻褐飞虱Nilaparvata lugens(Stl)、白背飞虱Sogatella furcifera(Horváth)及稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis Guenée 3种迁飞性害虫越冬情况的新动态,于2008、2010、2011年1月底和... 详细信息

为了解在全球气候变暖的背景下,我国水稻褐飞虱Nilaparvata lugens(Stl)、白背飞虱Sogatella furcifera(Horváth)及稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis Guenée 3种迁飞性害虫越冬情况的新动态,于2008、2010、2011年1月底和2月底至3月初,全国农业技术推广服务中心测报处组织南方十余省基层植保部门参照稻飞虱和稻纵卷叶螟调查规范(GB/T 15794-1995和GB/T 15793-1995)调查了这3种迁飞性害虫的越冬情况。结果初步表明这3种迁飞性害虫的越冬北界与已报道的北界相比均没有明显的北移。通过这3年1月份温度距平与1978—1981年1月份温度距平的比较,除2010年属暖冬年份外,另2年均为冷冬年份,故这3年的越冬数据不能反映全球气象变暖对迁飞性昆虫的真实影响。

关键词：褐飞虱白背飞虱稻纵卷叶螟越冬全球变暖

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水稻再生力与产量性状的QTL分析

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西南农业学报 2013年第6期26卷 2179-2184页

作者：杨莉蒋开锋张涛赵建国郭小蛟杨乾华万先齐游书梅曹应江罗婧郑家奎四川省农业科学院水稻高粱研究所/国家水稻改良中心泸州分中心/农业部西南水稻生物学与遗传育种重点实验室重庆大学生物工程学院重庆400044

以‘日本晴’与‘泸恢99’及其构建的RIL群体的188个家系为研究对象，构建了含207个分子标记的遗传连锁图谱，对同一地点两年再生力及6个产量相关性状进行了基因定位。7个性状共检测到20个QTL，分布于除4,6、10、11号染色体外的8条染色... 详细信息

以‘日本晴’与‘泸恢99’及其构建的RIL群体的188个家系为研究对象，构建了含207个分子标记的遗传连锁图谱，对同一地点两年再生力及6个产量相关性状进行了基因定位。7个性状共检测到20个QTL，分布于除4,6、10、11号染色体外的8条染色体上，单个QTL的贡献率为0．01％-13．85％，单个性状QTL个数为1到6个。其中再生力QTL 3个，位于第7、8染色体上，贡献率3．4％-5．39％。7个性状共检测到4对加性上位性互作效应，但均不显著。单株产量、每穗颖花数、每穗实粒数检测到了较明显的环境互作效应。再生力与单株有效穗存在显著的负相关。

关键词：水稻产量因子再生力上位性效应 QTL与环境互作

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利用高密度SNP遗传图定位水稻蒸煮食味品质相关QTL

利用高密度SNP遗传图定位水稻蒸煮食味品质相关QTL

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生态文明建设中的植物学：现在与未来——中国植物学会第十五届会员代表大会暨八十周年学术年会

作者：李媛媛江静张斌彭友林董国军钱前高振宇郭龙彪中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室

水稻是世界近一半人口的主食。随着人们生活水平的提高,稻米品质改良也日益受到关注。其中,蒸煮食味品质是稻米品质中极为重要的一项,它包括直链淀粉含量(AC)、糊化温度(GT)和胶稠度(GC)三个理化指标。本研究利用籼稻品种杨稻6号与广亲... 详细信息

水稻是世界近一半人口的主食。随着人们生活水平的提高,稻米品质改良也日益受到关注。其中,蒸煮食味品质是稻米品质中极为重要的一项,它包括直链淀粉含量(AC)、糊化温度(GT)和胶稠度(GC)三个理化指标。本研究利用籼稻品种杨稻6号与广亲和不育系培矮64s构建的123个重组自交系群体(Recombinationinbredlines,RILs)和相应的高密度遗传连锁图(2755个SNPs,SingleNucleotidePolymorphism,SNP),定位了控制稻米蒸煮食味品质性状的QTL。t-测验表明,AC、GT和GC三个理化指标在两个亲本中均存在显著差异,在重组自交系中表现超亲分离,近似于正态分布,且同一性状在2010年和2011年两年的相关系数均达到显著水平。两年共检测到8个QTL位点,分布在水稻第2、3、4、5、6、10和12号染色体上,贡献率在2.4%-41.8%之间。其中2个主效QTL位点qAC-6与qGT-6两年均被检测到;qAC-6和qGT-6分别与已报道的Waxy基因和ALK基因紧密连锁,从而进一步证实了Waxy基因和ALK基因在蒸煮食味品质方面的重要作用。由于稻米品质属于多基因控制的数量性状,易受环境影响,而传统改良方法收效甚微,本研究为分子标记辅助改良稻米品质提供了参考。

关键词：水稻重组自交系蒸煮食味品质 QTL定位 SNP标记

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稻米中7种矿质营养元素含量QTL分析

稻米中7种矿质营养元素含量QTL分析

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中国作物学会2013年学术年会

作者：胡标林黄得润樊叶杨朱玉君王琳琳马欢庄杰云中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室江西省农业科学院水稻研究所

矿质元素不仅在水稻生长发育过程起着重要作用,而且通过食物链途径最终影响人类和动物健康。因此,探究稻米中矿质营养元素的形成机制和遗传机理对水稻矿质营养元素生物强化育种研究和缓解人们矿质营养元素失衡具有重要意义。本研究以20... 详细信息

矿质元素不仅在水稻生长发育过程起着重要作用,而且通过食物链途径最终影响人类和动物健康。因此,探究稻米中矿质营养元素的形成机制和遗传机理对水稻矿质营养元素生物强化育种研究和缓解人们矿质营养元素失衡具有重要意义。本研究以202个协青早B//协青早B/东乡野生稻回交重组自交系（BIL）BCF株系为材料,2010年夏季和冬季分别于种植于浙江富阳和海南陵水2地。采用电感藕合等离子体原子发射光谱（ICP-AES）法,分别测定海南环境下糙米和杭州环境下糙米及精米中钙（Ca）、镁（Mg）、铁（Fe）、锌（Zn）、锰（Mn）、铜（Cu）和硒（Se）等7种矿质营养元素含量。应用含149个DNA标记、覆盖水稻基因组1306.4 cM的遗传图谱,采用WinQTLCart 2.5的复合区间作图法（CIM）进行稻米矿质营养元素含量QTL分析。结果表明,糙米和精米中Ca、Mg、Fe、Zn、Mn、Cu和Se等矿质营养元素含量在2个环境下均呈现为近似正态分布;除海南环境下糙米中Mg、Mn与Se,浙江环境下糙米和精米中Fe、Mg、Mn与Se相关不显著外,其余元素间均达显著或极显著相关。共检测到海南环境下控制糙米中和浙江环境下控制糙米及精米中Ca、Mg、Fe、Zn、Mn、Cu和Se等矿质营养元素含量的35个QTLs,分别位于第1、2、3、4、6、7、9、10和12染色体上。其中,在海南环境下,糙米中Ca、Mg、Fe、Zn、Mn和Cu元素含量QTL分别为1、3、3、3、1和1个,表型解释率介于6.2-57.8%之间,qMg3、qFe3、qFe6、qZn3、qZn10和qCu3的增效等位基因来自东乡野生稻,其余QTL的增效等位基因来自协青早B;在浙江环境下,糙米中Ca、Mg、Fe、Zn、un、Cu和Se元素含量QTL分别为4、1、1、2、4、2和2个,表型解释率范围为5.5-37.0%,qCa1、qfa7、qZn1、qZn7和qMn2的增效等位基因来自协青早B,其余QTL的增效等位基因则来自东乡野生稻;精米中Mg、Fe、zn、Cu和Se等元素含量QTL分别为4、1、2、2和1个,对表型解释率介于5.3-51.5%之间,qMg1和qMg2的增效等位基因来自协青早B,其余QTL的增效等位基因则来自东乡野生稻。控制Zn元素qZn10在海南环境糙米中和浙江环境精米中均被检测到;而控制Se元素含量qSe7在浙江环境下糙米和精米中均被检测到。目前,通过发展近等基因系群体对稳定检测到的QTLs进行进一步研究,将有利于深入理解水稻矿质营养元素遗传机理,为矿质营养元素含量QTL的精细定位和标记辅助选择育种奠定基础。

关键词：东乡野生稻稻米矿质营养元素 QTL分析

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利用高密度SNP遗传图定位水稻蒸煮食昧品质相关QTL

利用高密度SNP遗传图定位水稻蒸煮食昧品质相关QTL

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中国植物学会八十周年年会

作者：李媛媛江静张斌彭友林董国军钱前高振宇郭龙彪中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室杭州 310006

水稻是世界近一半人口的主食.随着人们生活水平的提高,稻米品质改良也日益受到关注.其中,蒸煮食味品质是稻米品质中极为重要的一项,它包括直链淀粉含量(AC)、糊化温度(GT)和胶稠度(GC)三个理化指标.本研究利用籼稻品种杨稻6号与广亲和... 详细信息

水稻是世界近一半人口的主食.随着人们生活水平的提高,稻米品质改良也日益受到关注.其中,蒸煮食味品质是稻米品质中极为重要的一项,它包括直链淀粉含量(AC)、糊化温度(GT)和胶稠度(GC)三个理化指标.本研究利用籼稻品种杨稻6号与广亲和不育系培矮64s构建的123个重组自交系群体(Recombination inbred lines,RILs)和相应的高密度遗传连锁图(2755个SNPs,Single Nucleotide Polymorphism,SNP),定位了控制稻米蒸煮食味品质性状的QTL.

关键词：水稻重组自交系蒸煮食味品质 QTL定位 SNP标记

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