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中国海洋大学学报(自然科学版) 2025年第4期55卷 162-172页

作者：张晓倩钱慧娟孙琪然管晓伟殷吉强王欣然王冬梅中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003

组蛋白去乙酰化酶(HDAC)通过催化组蛋白上赖氨酸残基的去乙酰化影响基因转录活性,在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)中参与调控损伤诱导下单孢子的形成。我们在条斑紫菜中鉴定到一个编码HDAC的基因PyHDAC1。为探究PyHDAC1在损伤诱导单孢子... 详细信息

组蛋白去乙酰化酶(HDAC)通过催化组蛋白上赖氨酸残基的去乙酰化影响基因转录活性,在条斑紫菜(Pyropia yezoensis)中参与调控损伤诱导下单孢子的形成。我们在条斑紫菜中鉴定到一个编码HDAC的基因PyHDAC1。为探究PyHDAC1在损伤诱导单孢子的形成中的生物学功能,本研究通过生物信息学的方法对PyHDAC1的结构、启动子顺式作用元件、系统发育及损伤诱导后的转录表达水平进行了分析;同时利用酵母双杂交技术筛选了PyHDAC1的互作蛋白并分析互作蛋白在损伤后的转录表达谱。研究显示,PyHDAC1含有保守的HDAC结构域,在红藻类群中具有高度保守性,其启动子上含有多种抗逆相关的顺式作用元件,且在损伤后的转录表达量呈上调趋势;此外,共筛选并验证得到10个PyHDAC1的互作蛋白。本文对PyHDAC1进行了鉴定、转录表达分析及互作蛋白筛选,为进一步探究其在损伤诱导单孢子形成中的调控机制提供重要信息。

关键词：条斑紫菜组蛋白去乙酰化酶 PyHDAC1 互作蛋白酵母双杂损伤胁迫

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卵形鲳鲹幼鱼期肌肉生长发育规律探究

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中国海洋大学学报(自然科学版) 2025年第3期55卷 125-132页

作者：孙丽莹刘晓彤孙敏敏王娜齐洁贺艳中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003 中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室海南三亚572024

鱼类肌肉生长的调控机制因种类而异,大型鱼类可通过肌纤维的增生和肥大实现肌肉的无限生长模式。卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)作为快速生长的大型经济鱼类,其肌肉生长的研究尚显不足。为了探究其肌肉生长发育规律,本研究运用石蜡切片... 详细信息

鱼类肌肉生长的调控机制因种类而异,大型鱼类可通过肌纤维的增生和肥大实现肌肉的无限生长模式。卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)作为快速生长的大型经济鱼类,其肌肉生长的研究尚显不足。为了探究其肌肉生长发育规律,本研究运用石蜡切片和HE染色的方法,对其幼鱼时期的肌肉进行组织学观察,并详细统计了其肌纤维的性状,包括肌纤维数目、直径和面积。卵形鲳鲹幼鱼在25~28℃条件下,受精后20~50 d内的研究结果显示:体长由(0.78±0.17)cm显著增加到(2.98±0.25)cm(P<0.0001);体宽由(0.26±0.05)cm增加到(1.04±0.08)cm(P<0.0001);体质量由0.015 g增加到(0.53±0.10)g(P<0.0001);特别是在受精后30~40 d,经历了一个快速生长期。对卵形鲳鲹幼鱼各时期肌纤维统计结果显示,肌纤维数量和直径的显著增加以及面积的扩大,这表明肥大生长是卵形鲳鲹幼鱼肌肉增长的主要方式,但同时也伴随着肌纤维的增生。值得注意的是,在同一时期内,卵形鲳鲹快速生长组的肌纤维数目和肌纤维总面积都要显著大于慢速生长组,这表明肌纤维增生和肥大的发生共同决定了同一时期幼鱼肌肉生长的差异。本研究结果不仅加深了我们对大型经济鱼类肌肉生长机制的理解,而且为提高大型经济鱼类的肌肉产量提供了潜在的应用价值和理论依据。

关键词：卵形鲳鲹幼鱼肌肉生长肌纤维增生肌纤维肥大

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南美白对虾多密度高通量液相分型技术芯片设计与评估

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2025年第1期55卷 175-184页

作者：刘名扬刘平平曾启繁徐振媛杨志辉王师胡景杰包振民中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室海南三亚572000 中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003

针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记... 详细信息

针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记开发,并设计了12k、46k和92k三种密度规格的高通量液相分型技术芯片。对三款芯片性能进行评估的结果显示,三款芯片分别覆盖了11618、20055和20056个基因,基因覆盖度分别为43.50%、75.08%和75.09%;位于基因区位点分别为11618、35071和65138,占芯片总位点93.15%、76.24%和70.80%。次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)分别为0.27±0.11、0.34±0.12和0.27±0.12。三款芯片的位点在染色体上均匀分布,其中51.11%、76.63%和93.87%的位点平均间距范围为1~50 kB,均覆盖了MAPK、mTOR、Wnt和NOD-like受体等多个参与生长免疫功能的信号通路。本研究为南美白对虾HD-Marker体系建立提供了基础,从而为全基因组选择育种、种质资源评估、数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(Genome-wide association study,GAWS)提供技术支持。

关键词：南美白对虾高通量液相分型技术靶向分型基因组选择单核苷酸多态性

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驼背鲈幼鱼脑、肝、肌肉组织适应不同盐度的转录组分析

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中国海洋大学学报(自然科学版) 2025年第3期55卷 169-183页

作者：李啸圻孙慧邦刘宇翔刘金相张全启中国海洋大学三亚海洋研究院热带海洋生物种质资源开发和种业工程实验室海南三亚572024 中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003

为探究在不同盐度条件下长期养殖对驼背鲈(Cromileptes altivelis)幼鱼基因表达的影响,本研究将体质量1.1~1.7 g的驼背鲈幼鱼分别养殖于盐度为32的自然海水和盐度为18的低盐度海水中,分别在养殖第50和60天时选取不同盐度组驼背鲈幼鱼的... 详细信息

为探究在不同盐度条件下长期养殖对驼背鲈(Cromileptes altivelis)幼鱼基因表达的影响,本研究将体质量1.1~1.7 g的驼背鲈幼鱼分别养殖于盐度为32的自然海水和盐度为18的低盐度海水中,分别在养殖第50和60天时选取不同盐度组驼背鲈幼鱼的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组分析,以筛选差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)。研究结果表明:脑组织中的差异基因显著多于肝脏和肌肉组织;脑组织中差异基因主要参与细胞分裂、营养物质代谢以及细胞周期等生物学过程;肝脏组织中差异基因主要参与糖类物质代谢、氨基酸代谢以及酶复合体形成等过程;肌肉组织中的差异基因则主要与细胞生长发育和分裂有关,并与生长相关的信号通路如丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、钙离子信号通路、Wnt信号通路以及胰岛素信号通路等密切相关。本研究还采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qRT-PCR)对3个组织中分别随机选取的3个DEG进行表达量验证。结果显示,这些基因的表达趋势与转录组测序的结果一致,从而证明测序数据可信。本研究的结果为今后继续开展驼背鲈养殖育种工作和盐度适应的分子机制提供了参考。

关键词：驼背鲈盐度转录组分析 GO富集分析 KEGG富集分析实时荧光定量PCR

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基于卷积神经网络的仿刺参(Apostichopus japonicus)疣足全基因组选择初步研究

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海洋通报 2025年第2期44卷 186-195页

作者：林涛倪萍包晓凯李宇泽韩泠姝丁君王扬帆中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室山东青岛266003 大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023

仿刺参(Apostichopus japonicus)是山东省和辽宁省的支柱水产种类之一。全基因组选择(Genomic Seletion,GS)分子育种以高效率、高准确率等优势,将农业生物育种推向了新的发展阶段。目前,传统家系育种仍是刺参良种选育的主要手段,发展适... 详细信息

仿刺参(Apostichopus japonicus)是山东省和辽宁省的支柱水产种类之一。全基因组选择(Genomic Seletion,GS)分子育种以高效率、高准确率等优势,将农业生物育种推向了新的发展阶段。目前,传统家系育种仍是刺参良种选育的主要手段,发展适用于刺参的全基因组选择技术是刺参良种选育的未来重点发展方向,具有重要研究价值。卷积深层神经网络(Convolutional Neural Network,CNN)已经应用在基因互作效应的估计中,解决全基因组选择主流GBLUP方法无法估计基因互作的非加性效应的问题。本研究以仿刺参的重要经济性状疣足为表型,使用52271个SNP基因型,探究了GBLUP和CNN育种值估计的差异。结果表明,在仿刺参疣足数量的遗传力为0.611的情况下,相比于GBLUP方法的预测准确率(0.56363),CNN方法的预测准确率(0.83485)更高,表明基于CNN学习SNP之间潜在的基因互作信息,提高了育种值估计的准确率。本研究首次将CNN用于仿刺参疣足性状的全基因组选择中,研究结果为仿刺参生长性状的分子育种提供了理论支撑。

关键词：仿刺参全基因组选择卷积神经网络疣足数量

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利用内窥镜快速鉴别扇贝亲本性别和性腺成熟度

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水产学报 2025年

作者：孔祥福梁浩颖黄山桓包振民胡晓丽中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室中国海洋大学三亚海洋研究院热带海洋生物种质资源开发与种业工程实验室

扇贝是我国重要的大宗养殖贝类，多数种为雌雄异体。在人工苗种繁育中，需将雌雄亲本分开促熟，并定期观察性腺发育进程，从而准确把握苗种生产时机。目前扇贝性别鉴定和性腺观察只能通过外物刺激软体组织或阴干的方法使扇贝双壳张开后... 详细信息

扇贝是我国重要的大宗养殖贝类，多数种为雌雄异体。在人工苗种繁育中，需将雌雄亲本分开促熟，并定期观察性腺发育进程，从而准确把握苗种生产时机。目前扇贝性别鉴定和性腺观察只能通过外物刺激软体组织或阴干的方法使扇贝双壳张开后完成。但上述方法用时较长，且为离水操作，容易造成亲贝流产，使苗种生产失控。本研究首次利用内窥镜技术，经由两壳间足丝孔通过内窥探头对扇贝性腺进行图像拍摄，根据拍摄的性腺图像颜色进行性别鉴定和性腺成熟度判定。结果显示，内窥镜可在扇贝闭壳状态下，不触及软体部位，清晰显示性腺颜色和性别，用时分别为外物刺激及阴干方法的1/2和1/4，并可对扇贝性腺成熟度进行分析。同时，内窥镜也能够清晰地对海水中的扇贝性腺进行拍摄和成像，实现扇贝性腺发育状态的水中原位观察。研究表明，利用内窥技术可以在扇贝闭壳状态下实现准确、快速的性腺观察和性别鉴定，将有效提高扇贝苗种繁育效率。

关键词：扇贝性别鉴定性腺发育观察内窥镜技术

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杀鱼假交替单胞菌P3胞外产物抗紫菜腐霉机制及其对紫菜赤腐病防治效果评价

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微生物学通报 2025年第5期 2276-2290页

作者：吴蕾李杰莫照兰翁佩文茅云翔唐磊中国海洋大学三亚海洋研究院海南省热带水产种质重点实验室中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传育种教育部重点实验室中国水产科学院黄海水产研究所海南热带海洋学院崖州湾创新研究院

【背景】赤腐病是由紫菜腐霉(Pythium chondricola/porphyrae)引起的紫菜栽培期最主要病害，而现有的防治方法效果有限。【目的】提取杀鱼假交替单胞菌(Pseudoalteromonas piscicida) P3的抗菌成分，探究其抑制紫菜腐霉的机制及对赤腐... 详细信息

【背景】赤腐病是由紫菜腐霉(Pythium chondricola/porphyrae)引起的紫菜栽培期最主要病害，而现有的防治方法效果有限。【目的】提取杀鱼假交替单胞菌(Pseudoalteromonas piscicida) P3的抗菌成分，探究其抑制紫菜腐霉的机制及对赤腐病的防治效果。【方法】有机溶剂萃取法从无菌上清液(cell-free supernatant, CFS)中提取抗菌物质，纸片扩散法及含毒介质法评价提取物对紫菜腐霉抑制效果；在紫菜腐霉侵染前、后添加提取物评价其防治效果；转录水平分析处理后的紫菜腐霉基因表达差异。【结果】拮抗菌P3乙酸乙酯提取物抑制紫菜腐霉效果最佳，处理后紫菜腐霉菌丝表现为生长量下降、细胞壁弯曲变薄、细胞基质流失、出现藏卵器等；在紫菜腐霉侵染前、后分别添加终浓度为15 mg/L的提取物，病斑抑制率分别为96.64%和85.06%；转录组分析显示紫菜腐霉在细胞质、膜、磷脂酰肌醇等通路基因下调。【结论】菌株P3的胞外产物对紫菜腐霉有显著抑制效果，并且有效防治紫菜赤腐病，为赤腐病的新型防治技术和药物开发提供了支持。

关键词：紫菜赤腐病紫菜腐霉拮抗菌杀鱼假交替单胞菌生物防治

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二氧化硅纳米材料SSN-2的递送能力与安全性评价

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中国海洋药物 2025年第1期44卷 71-77页

作者：魏波薛洁张金王力王鑫中国海洋大学海洋药物教育部重点实验室医药学院山东青岛266003 青岛海洋科技中心海洋创新药物筛选与评价平台海洋药物与生物制品功能实验室山东青岛266237 中国海洋大学方宗熙海洋生物进化与发育研究中心海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室海洋生命学院山东青岛266003

目的对新型药物和基因递送载体SSN-2在海洋药物领域的应用和安全性进行评价。方法通过细胞转染、荧光拍照、MTT法和溶血实验评估SSN-2的递送效果与安全性。结果SSN-2可以吸附和递送外源小干扰RNA(siRNA)至哺乳动物细胞、原代细胞和萨氏... 详细信息

目的对新型药物和基因递送载体SSN-2在海洋药物领域的应用和安全性进行评价。方法通过细胞转染、荧光拍照、MTT法和溶血实验评估SSN-2的递送效果与安全性。结果SSN-2可以吸附和递送外源小干扰RNA(siRNA)至哺乳动物细胞、原代细胞和萨氏海鞘成体卵细胞,是一种优秀的药物和基因递送工具。SSN-2无明显的细胞毒性和生理溶血性。结论SSN-2是一个安全有效的遗传工具,为海洋生物和海洋药物研究提供了新工具。

关键词：二氧化硅纳米材料递送siRNA 遗传工具安全性

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熟度利用内窥镜快速鉴别扇贝亲本性别和性腺成

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水产学报 2025年第5期 60-67页

【目的】扇贝是我国重要的大宗养殖贝类，在人工苗种繁育中，需将雌雄亲本分开促熟，并定期观察性腺发育进程，从而准确把握苗种生产时机。目前扇贝性别鉴定和性腺观察只能通过外物刺激软体组织或阴干的方法使扇贝双壳张开后完成。为开... 详细信息

【目的】扇贝是我国重要的大宗养殖贝类，在人工苗种繁育中，需将雌雄亲本分开促熟，并定期观察性腺发育进程，从而准确把握苗种生产时机。目前扇贝性别鉴定和性腺观察只能通过外物刺激软体组织或阴干的方法使扇贝双壳张开后完成。为开发扇贝亲本性别和性腺成熟度的快速、刺激小的鉴别方法，提高苗种繁育的可控性和效率。【方法】本研究首次利用内窥镜技术，经由两壳间足丝孔通过内窥探头对扇贝性腺进行图像拍摄，根据拍摄的性腺图像颜色进行性别鉴定和性腺成熟度判定。【结果】内窥镜可在扇贝闭壳状态下，不触及软体部位，清晰显示性腺颜色和性别，用时分别为外物刺激及阴干方法的1/2和1/4，并可对扇贝性腺成熟度进行分析。同时，内窥镜也能够清晰地对海水中的扇贝性腺进行拍摄和成像，实现扇贝性腺发育状态的水中原位观察。【结论】内窥技术为亲本性别和性腺成熟度鉴别提供了新思路，将有效提高扇贝苗种繁育效率。

关键词：扇贝性别鉴定性腺发育观察内窥镜技术

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SCP3作为栉孔扇贝初级精母细胞标记分子的研究

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水产学报 2017年第7期41卷 1096-1104页

作者：马晓世杨丹丹季爱昌梁少帅马晓茹张志峰中国海洋大学海洋生物遗传学与育种教育部重点实验室

为检验SCP3在无脊椎动物中是否可以标记特定的生殖细胞,实验利用RACE技术克隆了栉孔扇贝SCP3(Cf-SCP3)的全长cDNA序列,结果显示,其长度为1 033 bp,开放阅读框为726 bp,编码241个氨基酸。推导的氨基酸序列中包含SCP3保守的Cor1结构域和... 详细信息

为检验SCP3在无脊椎动物中是否可以标记特定的生殖细胞,实验利用RACE技术克隆了栉孔扇贝SCP3(Cf-SCP3)的全长cDNA序列,结果显示,其长度为1 033 bp,开放阅读框为726 bp,编码241个氨基酸。推导的氨基酸序列中包含SCP3保守的Cor1结构域和卷曲螺旋结构域。制备了Cf-SCP3地高辛标记的RNA探针和Cf-SCP3重组蛋白的多克隆抗体,采用原位杂交和免疫组织化学技术检测其细胞学定位,结果显示Cf-SCP3转录本和Cf-SCP3蛋白均特异性地定位在栉孔扇贝的初级精母细胞和未受精卵中,在精巢的其他类型细胞和卵巢中均未见表达信号。研究表明,Cf-SCP3蛋白可能与脊椎动物的SCP3蛋白一样,作为联会复合体的组成成分参与栉孔扇贝的配子发生,同时可以作为一个栉孔扇贝初级精母细胞的分子标记应用到体外诱导生殖细胞分化的研究。

关键词：栉孔扇贝 SCP3 初级精母细胞未受精卵减数分裂

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