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2016—2017年宁夏手足口病的病原构成及流行的EV-A71和CV-A16基因特征分析

中华实验和临床病毒学杂志 2019年第1期33卷 10-15页

作者：李婕马江涛刘俐张勇冀天娇许文波严冬梅武桂珍国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所中国疾病预防控制中心北京102206 宁夏疾病预防控制中心病毒科银川750004 北京市海淀区疾病预防控制中心 100089

目的了解引起2016—2017年宁夏自治区(宁夏)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成,分析主要病原体肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征。方法分析2016—2017年宁夏HFMD的核酸检测结果,确定HFMD的病原构成;对2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的肠道病毒毒株利用RT-PCR方法扩增VP1编码区并进行基因序列测定,BLAST分析确定毒株的血清型别,同时选取EV-A71和CV-A16分离株分别构建系统进化树。结果核酸检测结果显示,2016和2017年宁夏HFMD中阳性检出率最高的病原体分别为其他肠道病毒(enterovirus,EV)(397,43.72%)和EV-A71(918,56.18%),且不同月份检测出的优势病原体有差异。2017和2016年相比HFMD的病原构成由其他EV和CV-A16为主转变成EV-A71和其他EV为主。2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的EV-A71均属于C4基因亚型的C4a进化分支,CV-A16均属于B1基因亚型的B1b进化分支。结论宁夏HFMD的病原构成中,2017年EV-A71、CV-A16和其他EV的构成与2016年相比发生了动态变化,持续开展宁夏HFMD的病原构成中EV-A71的动态变化,对指导EV-A71疫苗的使用策略、集中优势医疗资源加强救治重症病例,降低重症HFMD的病死率具有重要意义。

关键词：手足口病病原构成公共卫生分子流行病学

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2015~2018年柯萨奇病毒A组6型在黑龙江省的持续流行

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病毒学报 2020年第2期36卷 201-206页

作者：张曼陈淑红张勇宋洋许军孙巍杨明韩振志肖金波路环环许文波刘志军杨倩潍坊医学院潍坊261053 黑龙江省疾病预防控制中心哈尔滨150001 国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一类常见的儿童传染病,自2009年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)已经成为引起HFMD流行持续循环的重要病原之一,是其他肠道病毒(Enterovirus,EV)中的优势病原,而黑龙江省CV-A6相关研究报道尚欠缺。本研究为了解2015~2018年黑龙江省HFMD流行概况和病原学组成,并分析该地区CV-A6的基因特征,收集2015~2018年黑龙江省HFMD疫情资料进行流行病学分析,并采集HFMD病例临床标本进行EV核酸检测。对分离出的EV毒株进行CV-A6的特异性荧光定量PCR法检测,对所有CV-A6阳性毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定,并与GenBank上下载的CV-A6分型代表株构建系统进化树,以了解CV-A6的基因特征。流行病学结果显示,2015~2018年黑龙江省HFMD疫情平稳且2017年有所下降,无死亡病例。黑龙江省每年7月~8月为HFMD流行高峰,患病人群平均年龄为(4.39±3.74)岁,男女患病比例为1.44∶1。全省13个地市均收集到标本,哈尔滨市标本数最多,占36.77%。2015~2018年在黑龙江省共分离到69株CV-A6,与CV-A6原型株的核苷酸相似性为81.8%~83.9%,氨基酸相似性为94.0%~96.3%,均属D3基因亚型的D3a进化分支。尽管肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和CV-A16为主要病原,但D3基因亚型的CV-A6也已成为引起黑龙江省HFMD流行的稳定型别之一,且有加强的趋势,因此应加强CV-A6疫情的监控和分析,为该地区HFMD防控及疫苗研制提供基础数据。

关键词：柯萨奇病毒A组6型(CV-A6) D3基因亚型手足口病(HFMD)

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应用宿主应答分析与VSITA宏基因组测序技术在疑似脑炎患者脑脊液中检出病原体

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第3期33卷 231-235页

作者：张益李洋杨梦婕张红马学军国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京 102206 湖南省疾病预防控制中心长沙 410005

目的对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测.方法同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,... 详细信息

目的对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测.方法同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,然后进行宏基因组二代测序,同时分析宿主转录组.最后结合定量PCR验证所检测到的病原.此外,比较两种样本制备方法的富集效率.结果通过高通量测序结合宏基因组分析的方法在3份脑脊液样本中检出巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)核酸序列,定量PCR验证为弱阳性(Ct值分别为30.23、32.83、34.8);转录组分析后的差异基因集进行功能富集后结果提示宿主CMV感染通路(Human cytomegalovirus infection)上调(P=0.213).病毒靶向扩增建库的测序结果优于随机方法(P=0.096).结论差异分析结果显示宿主对于CMV感染通路的表达有所提升,进一步证明了该疑似脑炎患者脑脊液中存在CMV感染.

关键词：脑炎病毒靶向富集技术宏基因组测序宿主应答巨细胞病毒

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2017—2018年中国流感样病例暴发疫情分析

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中华预防医学杂志 2019年第10期53卷 982-986页

作者：刘丽军杨静祝菲汪立杰郭倩唐静房琼琼王大燕陈涛中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家流感中心世界卫生组织全球流感参比和研究合作中心卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的分析我国2017—2018年流感样病例暴发疫情的流行病学特征。方法数据来源于中国流感监测信息系统和突发公共卫生事件管理信息系统中中国各级疾病预防控制中心报告的2017年4月3日至2018年4月1日流感样病例暴发疫情的数据(不含中国香... 详细信息

目的分析我国2017—2018年流感样病例暴发疫情的流行病学特征。方法数据来源于中国流感监测信息系统和突发公共卫生事件管理信息系统中中国各级疾病预防控制中心报告的2017年4月3日至2018年4月1日流感样病例暴发疫情的数据(不含中国香港、澳门和台湾数据),对实验室确诊为流感的暴发疫情进行描述性流行病学分析。结果2017—2018年共报告流感样病例暴发疫情2398起(指病例数≥10例的暴发疫情),累计报告病例87084例,其中,流感暴发疫情2323起,病例数为85531例。南、北方流感暴发疫情均主要集中于2017年11月至2018年1月,最高峰均出现在2017年12月。南方报告流感样病例暴发共1850起(77.15%),北方为548起(22.85%)。暴发疫情发生的主要场所是中小学及幼托机构,共报告2210起(92.16%)。流感暴发规模以10~29例的小规模聚集性病例为主,共1606起(66.97%)。实验室检测结果显示,整个年度流感暴发疫情以B型流感为主,占62.76%(1505起)。结论中国2017—2018年流感暴发疫情主要集中于秋冬季,南方是流感样病例暴发疫情报告的高发地区;中小学和幼托机构是暴发疫情的高发场所,引起暴发疫情的主要病原是B型流感。

关键词：流感,人疾病暴发流行疾病特征

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2008～2017年安徽省手足口病重症病例流行病学及病原学分析

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病毒学报 2019年第3期35卷 461-466页

作者：杨倩史永林葛盈露马婉婉陈国平吴家兵张勇张燕严冬梅冀天娇张曼许文波中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 安徽省疾病预防控制中心合肥230601 潍坊医学院潍坊261053

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)为自限性疾病,但部分病例会发展成重症,甚至死亡。目前部分省份已经针对HFMD重症病例展开研究。本研究基于2008～2017年安徽省HFMD重症病例的监测数据、人口数据和地理资料,采用描述性流行... 详细信息

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)为自限性疾病,但部分病例会发展成重症,甚至死亡。目前部分省份已经针对HFMD重症病例展开研究。本研究基于2008～2017年安徽省HFMD重症病例的监测数据、人口数据和地理资料,采用描述性流行病学方法对安徽省HFMD重症病例的流行病学及病原学构成进行系统分析。结果显示:2008～2017年,安徽省累计报告HFMD重症病例共4 738例,在全国排名第11位,其中死亡病例147例,在全国排名第9位。2008～2017年,安徽省各个地市均有HFMD重症病例报道,尤其以皖北地区为重点高发地区。流行病学分析提示,夏季为发病主高峰,秋冬季为次高峰,2008～2017年安徽省HFMD重症病例最主要的发病人群为5岁以下散居儿童,且男性多于女性。肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)仍是引起HFMD重症病例的绝对优势病原体,占全部重症病例的84.09%。本研究提示安徽省HFMD重症病例发病分布呈现明显季节性和地区差异以及特定人群高发。今后应继续加强安徽省HFMD重症病例流行病学与实验室监测,在高发季节,针对HFMD重症病例高发人群,采取积极有效干预措施,以降低重症病死率。

关键词：手足口病(HFMD) 重症病例流行病学病原学

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3型腺病毒免提取核酸重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法的建立及应用

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第6期33卷 653-657页

作者：王瑞欢张益向星宇湛志飞李鑫娜申辛欣朱贞张瑞卿白雪丁段青霞凡国豪张红马学军湖南省疾病预防控制中心长沙410005 南华大学公共卫生学院衡阳421001 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的建立3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)免提取核酸的重组酶介导的等温扩增(recmbinase acid amplification,RAA)实时荧光检测方法。方法根据HAdV-3基因保守序列分别设计1对引物和1条探针,通过对免提核酸的条件摸索和优化,建立... 详细信息

目的建立3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)免提取核酸的重组酶介导的等温扩增(recmbinase acid amplification,RAA)实时荧光检测方法。方法根据HAdV-3基因保守序列分别设计1对引物和1条探针,通过对免提核酸的条件摸索和优化,建立1种免提取核酸,重组酶介导的等温扩增实时荧光检测方法;通过对培养的毒株进行系列稀释,免提取核酸分析该方法的灵敏度;通过检测其他呼吸道病毒的原始样本,评价该方法的特异性;并检测HAdV-3临床样本,与传统的提核酸实时荧光定量PCR方法进行比较。结果本研究建立的免提取核酸实时荧光RAA方法对10倍系列稀释的HAdV-3毒株进行检测,和实时荧光定量PCR方法相比,灵敏度相当,对应的最低浓度稀释样本的Ct值为36.87,对常见其他型别的呼吸道病毒检测无交叉反应。两种方法对56例HAdV-3阳性临床样本同时检测,结果完全一致。结论本文首次报道了免提取核酸的实时荧光RAA检测HAdV-3的方法,该方法具有较高的灵敏度和特异性,适合应用于临床实验室及基层单位快速检测HAdV-3。

关键词：腺病毒3型免提取核酸重组酶介导的等温扩增检测

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2012-2018年安徽省风疹病毒基因特征分析

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中国疫苗和免疫 2019年第3期25卷 248-252,256页

作者：周淑洁朱贞程晓东柴瑜陈霞唐继海张宁安徽省疾病预防控制中心安徽合肥230601 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

目的分析2012-2018年安徽省流行风疹病毒(Rubella virus,RV)的基因特征。方法从安徽省14个地市获得2012-2018年RV分离株,扩增和测定其基因序列(nt8731-9469),鉴定RV基因型,分析与WHO参考株、中国其他省份流行株、其他国家和地区流行株... 详细信息

目的分析2012-2018年安徽省流行风疹病毒(Rubella virus,RV)的基因特征。方法从安徽省14个地市获得2012-2018年RV分离株,扩增和测定其基因序列(nt8731-9469),鉴定RV基因型,分析与WHO参考株、中国其他省份流行株、其他国家和地区流行株的基因亲缘性关系和序列差异。结果获得安徽省2012-2018年RV分离株127株,经鉴定,1E基因型21株、2B基因型106株。1E基因型RV毒株流行于2012-2013年,属于中国本土流行的1E-ClusterA优势基因亚型,2014-2018年未检测到该基因型,2018年检测到输入型1E基因型毒株。2012-2018年多数2B基因型毒株与中国其他省份同期流行的2B基因型毒株一致,同属于2B-ClusterC基因亚型,2012年同时检测到输入型2B基因型毒株。安徽省流行的1E和2B基因型RV在E1基因的重要功能区域均高度保守。结论 2012-2018年安徽省流行RV基因型发生了新的变化,呈现多样性特点。

关键词：风疹病毒基因型

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2009—2017年浙江省手足口病流行病学特征及病原学监测分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第1期33卷 1-5页

作者：王笑笑蔡剑韩桃利王琦梅曹艳丽葛琼冀天娇浙江省疾病预防控制中心传染病预防控制所杭州310051 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 绍兴市疾病预防控制中心 312088 浙江省疾病预防控制中心微生物所杭州310051

目的分析浙江省2009-2017年手足口病流行病学特征和病原学监测结果,为手足口病的防控提供科学依据。方法运用描述流行病学方法分析手足口病在浙江省的三间分布特征,运用荧光定量逆转录聚合酶链反应的方法对标本进行检测。结果2009-2017... 详细信息

目的分析浙江省2009-2017年手足口病流行病学特征和病原学监测结果,为手足口病的防控提供科学依据。方法运用描述流行病学方法分析手足口病在浙江省的三间分布特征,运用荧光定量逆转录聚合酶链反应的方法对标本进行检测。结果2009-2017年,浙江省共累计报告手足口病病例1108093例,年平均发病率226.24/10万。浙江省手足口病呈周期性流行,2010、2012,2014和2016年的发病水平高于其他年份。4~7月份呈现发病主高峰.秋冬呈现次高峰。温州、台州和宁波等地市的手足口病发病水平高于其他地市。1~3岁儿童发病占65.67%,散居儿童占69.27%。病原学监测数据显示轻症手足口病病例肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)所占比例呈下降趋势,非EV-A71、非柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的其他肠道病毒明显升高,重症和死亡病例仍以EV-A71为主(56.3%)。结论浙江省手足口病的地区、季节和人群特征明显,近年来轻症病例以非EV-A71、非CV-A16的其他肠道病毒为主,重症和死亡病例以EVA71病原为主。持续的病原学监测有助于掌握优势病原型别,从而为防控提供依据。

关键词：手足口病流行病学特征病原学监测

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五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1 domain基因特征分析撤回

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病毒学报 2019年

作者：何佩崔爱利徐瑾高立冬余鹏博孙凯旋许文波许晓光大连医科大学国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室（中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所）世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室河南省疾病预防控制中心湖南省疾病预防控制中心陕西省疾病预防控制中心

为阐明我国部分地区人冠状病毒（Human coronavirus,HCoV）NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 domain基因特征分析。通过对HCoV-NL63... 详细信息

为阐明我国部分地区人冠状病毒（Human coronavirus,HCoV）NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 domain基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白（Spike glycoprotein,S）基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983～2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007～2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型（A3）;B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。

关键词：人冠状病毒NL63（HCoV-NL63）基因型基因特征分子流行病学

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北京地区住院患儿WU多瘤病毒感染的流行病学研究

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病毒学报 2019年第1期35卷 64-70页

作者：王超麻粉莲高寒春姚立红王浩魏田力郑丽舒国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052 首都医科大学附属北京友谊医院儿科北京100050

自2007年Gaynor A M等人通过高通量测序在肺炎患儿呼吸道样本中发现了WU多瘤病毒(Washington University polyomavirus,WUPyV)以来,WUPyV在世界各地被广泛检出。为了解北京地区急性呼吸道感染住院儿童中WUPyV感染情况及其临床特征,收集... 详细信息

自2007年Gaynor A M等人通过高通量测序在肺炎患儿呼吸道样本中发现了WU多瘤病毒(Washington University polyomavirus,WUPyV)以来,WUPyV在世界各地被广泛检出。为了解北京地区急性呼吸道感染住院儿童中WUPyV感染情况及其临床特征,收集北京地区2017年4月至2018年3月共1 276份呼吸道感染住院患儿的鼻咽抽吸物样本,使用real time PCR方法对样本进行WUPyV检测,同时对WUPyV阳性样本进行17种常见呼吸道病毒筛查。共检出WUPyV阳性样本76份(5.96%,76/1 276),4岁以下儿童居多(92.11%,70/76);WUPyV感染全年可见,无显著季节性;多伴随其他呼吸道病毒混合感染(60.53%,46/76),最常见混合感染为鼻病毒和A型流感病毒;WUPyV单一感染者与混合感染者病毒载量无显著性差异,临床诊断和表现基本一致;WUPyV感染患儿的常见诊断为支气管炎(68.42%,52/76)和肺炎(30.26%,23/76);临床症状主要表现为高热、咳嗽、咳痰。研究结果提示WUPyV是北京地区急性呼吸道感染住院患儿呼吸道样本中常见病毒之一,多见于4岁以下儿童。

关键词：急性呼吸道感染(ARTI) WU多瘤病毒(WUPyV) 流行病学

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