检索结果-内蒙古大学图书馆

2017~2018年河北省重症手足口病的主要致病病原体为柯萨奇病毒A组6型

病毒学报 2020年第2期36卷 192-200页

作者：肖金波于秋丽张勇宋洋张曼路环环韩振志刘莹莹冀天娇严冬梅祝双利许文波李琦国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430000 河北省疾病预防控制中心石家庄050000

肠道病毒是引起重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体,近年来引起重症手足口病的病原谱正在发生变化,这为病原谱的检测带来了困难,而包括高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)在内的新技术为明确重症手... 详细信息

肠道病毒是引起重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体,近年来引起重症手足口病的病原谱正在发生变化,这为病原谱的检测带来了困难,而包括高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)在内的新技术为明确重症手足口病的病原谱提供了帮助。为了明确河北省2017~2018年重症手足口病的病原谱,本研究采集2017~2018年河北省重症HFMD病例的50份标本(2017年29份,2018年21份)进行病毒分离,从23份标本中分离到病毒,采用一代测序方法获得其全长VP1区序列,而其余27份标本未能直接分离到病毒,其中17份采用高通量测序的方法获得了部分或者全长基因组序列。序列分析结果显示,近年来河北省重症HFMD的肠道病毒病原谱发生了较大变化,2017年重症HFMD标本中,10份检出肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71),1份检出柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16),10份检出柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)(其中高通量测序检出5份),还有3份检出其他肠道病毒;2018年重症HFMD标本中,1份检出CV-A16,7份CV-A6通过高通量测序检出,5份检出柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)(其中高通量测序检出3份),还有3份检出其他肠道病毒。通过高通量测序,可检出病原体的重症标本由原来的23份上升到40份,可检出CV-A6的标本由5份上升到17份,CV-A10由2份上升到5份;重症病例病原谱中CV-A6所占的比例由21.7%(5/23)上升到42.5%(17/40),CV-A10由8.7%(2/23)上升到12.5%(5/40),而EV-A71由于病毒分离比较敏感,含有EV-A71的标本病毒分离全部是阳性,高通量测序并没有多检出,在病原谱中的比例由43.5%(10/23)下降到25.0%(10/40)。RAxML构建的CV-A6和CV-A10的VP1区的系统发育树显示,CV-A6属于中国流行的优势基因亚型D3a,CV-A10属于中国流行的优势基因型C。河北重症HFMD标本检测到的两株CV-A6与其余中国CV-A6序列的3D区的核苷酸相似度为76.4%~98.9%,氨基酸相似度为92.7%~99.7%,两株CV-A10与其余中国CVA10序列的3D区的核苷酸相似度为93.2%~97.1%,氨基酸相似度为97.4%~99.7%。本研究揭示,引起河北重症HFMD的CV-A6和CV-A10均是中国目前流行的优势基因型,与中国流行株相比,并未发生新的重组事件。CVA6和CV-A10在引起河北重症HFMD的病原谱中所占比例逐渐增高,CV-A6超过EV-A71,已成为引起HFMD重症病例的优势型别,提示应该加强对CV-A6和CV-A10的监测,积极研制这两种病毒的疫苗,这将有助于进一步减少重症HFMD病例数,并减轻重症HFMD疾病负担。

关键词：重症手足口病(HFMD) 高通量测序(HTS) 病原谱柯萨奇病毒A组6型(CV-A6) 柯萨奇病毒A组10型(CV-A10)

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杜贝病毒、盖勒尤卜病毒、蒂亚福拉病毒等三种内罗病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

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国际病毒学杂志 2020年第5期27卷 412-416页

作者：杜珊珊赖丽金李阿茜黄晓霞王芹李川梁米芳李德新李建东中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的建立可检测杜贝病毒(dugbe virus,DUGV)、盖勒尤卜病毒(qalyub virus,QALV)和蒂亚福拉病毒(thiafora virus,TFAV)等三种内罗病毒基因组的实时荧光RT-PCR检测方法。方法收集、整理,比对、分析在公共数据库发布的三种病毒基因组S节段... 详细信息

目的建立可检测杜贝病毒(dugbe virus,DUGV)、盖勒尤卜病毒(qalyub virus,QALV)和蒂亚福拉病毒(thiafora virus,TFAV)等三种内罗病毒基因组的实时荧光RT-PCR检测方法。方法收集、整理,比对、分析在公共数据库发布的三种病毒基因组S节段核苷酸序列,确定检测靶标,利用生物信息软件设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征。结果所建实时荧光定量RT-PCR检测方法均可有效扩增检测病毒靶标RNA,检测限分别为160 copies/μL,20 copies/μL和10 copies/μL,检测科萨努尔森林病病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-刚果出血热病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,三种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性分析显示变异系数均在2%以内。结论本研究建立的检测DUGV、QALV和TFAV的实时荧光RT-PCR方法,可用于相关临床样本、媒介、宿主动物标本以及进出口物品筛查检测。

关键词：内罗病毒杜贝病毒盖勒尤卜病毒蒂亚福拉病毒实时荧光RT-PCR

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2017～2018监测年度中国大陆A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和基因特性分析

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病毒学报 2019年第3期35卷 431-439页

作者：成艳辉刘佳谭敏菊隗合江肖宁李希妍赵翔杨磊黄维娟王大燕中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家流感中心卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017～2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细... 详细信息

甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017～2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对1 079株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原分析,用深度测序法对其中121株流感病毒进行序列测定。抗原分析结果显示,2017～2018年检测的95%以上的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015抗原性类似。序列分析结果显示,2017～2018年流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因分为6B.1和6B.2两个分支,绝大部分毒株属于6B.1分支,少数毒株属于6B.2分支,两个分支间毒株的抗原性无明显差异。因此,上述监测结果表明,2017～2018年我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球的疫苗组分匹配。

关键词： A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性基因特性

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2017-2018重庆市手足口病病原谱及主要病原体基因特征分析

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国际病毒学杂志 2023年第5期30卷 393-399页

作者：王雯慧王江峡许红梅张勇孙强何云郭琴王晓艺路环环肖金波赵鹤鹤韩振志严冬梅许文波冀天娇张乐山东第一医科大学公共卫生与健康管理学院济南250117 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、国家脊髓灰质炎实验室、国家卫生健康委员会生物安全重点实验室、国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京102206 重庆医科大学附属儿童医院感染科、国家儿童健康与疾病临床医学研究中心儿童发育疾病研究教育部重点实验室、儿科学重庆市重点实验室、儿童感染免疫重庆市重点实验室、认知发育与学习记忆障碍转化医学重庆市重点实验室、重庆市干细胞治疗工程技术研究中心、儿童营养与健康重庆市重点实验室 400014 安徽理工大学医学院淮南232001

目的分析2017—2018年重庆地区手足口病病原谱及其主要病原体的基因特征。方法选择重庆市儿童医院作为研究对象,收集并整理该院区2017—2018年1071例诊断为手足口病患者的核酸检测信息,其中810份已明确了肠道病毒血清型,剩余175份血清... 详细信息

目的分析2017—2018年重庆地区手足口病病原谱及其主要病原体的基因特征。方法选择重庆市儿童医院作为研究对象,收集并整理该院区2017—2018年1071例诊断为手足口病患者的核酸检测信息,其中810份已明确了肠道病毒血清型,剩余175份血清型待鉴定,另有86份肠道病毒为阴性。通过病毒分离、核酸浓缩及基因测序等方法对上述261份样本进行鉴定,获得该地区手足口病完整的病原谱。使用MEGA 7.0软件构建四种主要病原体的系统进化树,进行基因特征的研究。结果通过改良的鉴定方法,261份标本中,除3份被鉴定为人副肠孤病毒(Human parechovirus,HPeV)外,其余258份样本均为肠道病毒阳性。其中CVA6(coxsackievirus A6)血清型占比最多,其次为EV-A71(enterovirus A71)另有CVA16(coxsackievirus A16)和CVA10(coxsackievirus A10)以及其他肠道病毒共计13种血清型。系统进化结果显示,重庆市CVA6血清型均为D3a基因亚型,EV-A71、CVA10和CVA16的优势基因亚型分别为C4a,C2b和B1b,这四种优势基因型与全国其他地区的基因型共同循环进化。结论本研究通过优化鉴定方法,提高了肠道病毒的检出率,进一步明确了重庆地区手足口病病原谱构成,CVA6是该地区2017—2018年手足口病的主要病原体,其次是EV-A71,同时这两种血清型也是导致重庆地区重症手足口病主要的病原体。

关键词：手足口病病原谱 VP1基因

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鼻病毒A21基因型的划分及全基因组特征分析

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病毒学报 2020年第1期36卷 1-13页

作者：张强张燕胡满丽谢智博王慧玲宋金华许文波安徽理工大学医学院淮南232001 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所) 世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室北京102206 中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430071

人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)是导致儿童急性呼吸道感染的主要病毒之一。最近的研究报道发现HRV-A21可导致危重症急性呼吸道感染。本研究将2013~2015年河北省发热呼吸道症候群哨点监测病例中获得的一株HRV-A21病毒标本(本课题组之前... 详细信息

人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)是导致儿童急性呼吸道感染的主要病毒之一。最近的研究报道发现HRV-A21可导致危重症急性呼吸道感染。本研究将2013~2015年河北省发热呼吸道症候群哨点监测病例中获得的一株HRV-A21病毒标本(本课题组之前的研究已获得VP4/2区序列),结合从GenBank数据库下载的全球98株HRV-A21代表株,基于VP4/2区构建亲缘性关系树。本研究首次将HRV-A21划分为A、B、C、D、E五个基因型,其中E基因型进一步划分为E1、E2和E3亚型,并发现E1、E2和E3亚型在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。我国流行的HRV-A21以C和E基因型为主。基于VP1区划分基因型的结果与VP4/2区相似。本研究进而对这一株HRV-A21进行了全基因组序列测定,并结合GenBank数据库下载的HRV-A21全基因组序列,对HRV-A21进行基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。结果显示VP2区、VP3区、VP1区和3D区都属于高变区,但变异程度VP1区>VP2区>VP3区>3D区,同时发现了保守的14个N-糖基化位点和26个O-糖基化位点,和新增的5个N-糖基化位点和5个O-糖基化位点。本研究在GenBank数据库的基础上结合本课题组获得的一株HRV-A21序列,对HRV-A21进行基因型和基因亚型的划分,对HRV-A21在全球和我国部分地区的分布情况和流行特点进行了初步的分析,并对HRV-A21全基因组序列特征进行了分析,丰富了HRV-A21基因数据库,为HRV-A21诊断、分子流行病学等的研究以及疾病的防控和治疗提供了基础数据。

关键词：人鼻病毒A21型(HRV-A21) 基因型基因特征全基因组分子流行病学糖基化

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2016—2017年宁夏手足口病的病原构成及流行的EV-A71和CV-A16基因特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第1期33卷 10-15页

作者：李婕马江涛刘俐张勇冀天娇许文波严冬梅武桂珍国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所中国疾病预防控制中心北京102206 宁夏疾病预防控制中心病毒科银川750004 北京市海淀区疾病预防控制中心 100089

目的了解引起2016—2017年宁夏自治区(宁夏)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成,分析主要病原体肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征。方法分析2016—2017年宁夏HFMD的核酸检测结果,确定HFMD的病原构成;对2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的肠道病毒毒株利用RT-PCR方法扩增VP1编码区并进行基因序列测定,BLAST分析确定毒株的血清型别,同时选取EV-A71和CV-A16分离株分别构建系统进化树。结果核酸检测结果显示,2016和2017年宁夏HFMD中阳性检出率最高的病原体分别为其他肠道病毒(enterovirus,EV)(397,43.72%)和EV-A71(918,56.18%),且不同月份检测出的优势病原体有差异。2017和2016年相比HFMD的病原构成由其他EV和CV-A16为主转变成EV-A71和其他EV为主。2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的EV-A71均属于C4基因亚型的C4a进化分支,CV-A16均属于B1基因亚型的B1b进化分支。结论宁夏HFMD的病原构成中,2017年EV-A71、CV-A16和其他EV的构成与2016年相比发生了动态变化,持续开展宁夏HFMD的病原构成中EV-A71的动态变化,对指导EV-A71疫苗的使用策略、集中优势医疗资源加强救治重症病例,降低重症HFMD的病死率具有重要意义。

关键词：手足口病病原构成公共卫生分子流行病学

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2015~2018年柯萨奇病毒A组6型在黑龙江省的持续流行

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病毒学报 2020年第2期36卷 201-206页

作者：张曼陈淑红张勇宋洋许军孙巍杨明韩振志肖金波路环环许文波刘志军杨倩潍坊医学院潍坊261053 黑龙江省疾病预防控制中心哈尔滨150001 国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206

手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一类常见的儿童传染病,自2009年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)已经成为引起HFMD流行持续循环的重要病原之一,是其他肠道病毒(Enterovirus,EV)中的优势病原,而黑龙江省CV-A6相关研究报道尚欠缺。本研究为了解2015~2018年黑龙江省HFMD流行概况和病原学组成,并分析该地区CV-A6的基因特征,收集2015~2018年黑龙江省HFMD疫情资料进行流行病学分析,并采集HFMD病例临床标本进行EV核酸检测。对分离出的EV毒株进行CV-A6的特异性荧光定量PCR法检测,对所有CV-A6阳性毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定,并与GenBank上下载的CV-A6分型代表株构建系统进化树,以了解CV-A6的基因特征。流行病学结果显示,2015~2018年黑龙江省HFMD疫情平稳且2017年有所下降,无死亡病例。黑龙江省每年7月~8月为HFMD流行高峰,患病人群平均年龄为(4.39±3.74)岁,男女患病比例为1.44∶1。全省13个地市均收集到标本,哈尔滨市标本数最多,占36.77%。2015~2018年在黑龙江省共分离到69株CV-A6,与CV-A6原型株的核苷酸相似性为81.8%~83.9%,氨基酸相似性为94.0%~96.3%,均属D3基因亚型的D3a进化分支。尽管肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和CV-A16为主要病原,但D3基因亚型的CV-A6也已成为引起黑龙江省HFMD流行的稳定型别之一,且有加强的趋势,因此应加强CV-A6疫情的监控和分析,为该地区HFMD防控及疫苗研制提供基础数据。

关键词：柯萨奇病毒A组6型(CV-A6) D3基因亚型手足口病(HFMD)

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应用宿主应答分析与VSITA宏基因组测序技术在疑似脑炎患者脑脊液中检出病原体

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第3期33卷 231-235页

作者：张益李洋杨梦婕张红马学军国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京 102206 湖南省疾病预防控制中心长沙 410005

目的对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测.方法同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,... 详细信息

目的对5份疑似脑炎患者的临床脑脊液中可能存在的病原体进行检测.方法同时采用随机扩增方式与病毒序列非依赖性的病毒靶向富集技术(virus sequence independent targeted amplification,VSITA)对5份脑脊液中的病毒病原进行样本制备,然后进行宏基因组二代测序,同时分析宿主转录组.最后结合定量PCR验证所检测到的病原.此外,比较两种样本制备方法的富集效率.结果通过高通量测序结合宏基因组分析的方法在3份脑脊液样本中检出巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)核酸序列,定量PCR验证为弱阳性(Ct值分别为30.23、32.83、34.8);转录组分析后的差异基因集进行功能富集后结果提示宿主CMV感染通路(Human cytomegalovirus infection)上调(P=0.213).病毒靶向扩增建库的测序结果优于随机方法(P=0.096).结论差异分析结果显示宿主对于CMV感染通路的表达有所提升,进一步证明了该疑似脑炎患者脑脊液中存在CMV感染.

关键词：脑炎病毒靶向富集技术宏基因组测序宿主应答巨细胞病毒

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2008～2017年安徽省手足口病重症病例流行病学及病原学分析

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病毒学报 2019年第3期35卷 461-466页

作者：杨倩史永林葛盈露马婉婉陈国平吴家兵张勇张燕严冬梅冀天娇张曼许文波中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 安徽省疾病预防控制中心合肥230601 潍坊医学院潍坊261053

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)为自限性疾病,但部分病例会发展成重症,甚至死亡。目前部分省份已经针对HFMD重症病例展开研究。本研究基于2008～2017年安徽省HFMD重症病例的监测数据、人口数据和地理资料,采用描述性流行... 详细信息

手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)为自限性疾病,但部分病例会发展成重症,甚至死亡。目前部分省份已经针对HFMD重症病例展开研究。本研究基于2008～2017年安徽省HFMD重症病例的监测数据、人口数据和地理资料,采用描述性流行病学方法对安徽省HFMD重症病例的流行病学及病原学构成进行系统分析。结果显示:2008～2017年,安徽省累计报告HFMD重症病例共4 738例,在全国排名第11位,其中死亡病例147例,在全国排名第9位。2008～2017年,安徽省各个地市均有HFMD重症病例报道,尤其以皖北地区为重点高发地区。流行病学分析提示,夏季为发病主高峰,秋冬季为次高峰,2008～2017年安徽省HFMD重症病例最主要的发病人群为5岁以下散居儿童,且男性多于女性。肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)仍是引起HFMD重症病例的绝对优势病原体,占全部重症病例的84.09%。本研究提示安徽省HFMD重症病例发病分布呈现明显季节性和地区差异以及特定人群高发。今后应继续加强安徽省HFMD重症病例流行病学与实验室监测,在高发季节,针对HFMD重症病例高发人群,采取积极有效干预措施,以降低重症病死率。

关键词：手足口病(HFMD) 重症病例流行病学病原学

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2017—2018年中国流感样病例暴发疫情分析

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中华预防医学杂志 2019年第10期53卷 982-986页

作者：刘丽军杨静祝菲汪立杰郭倩唐静房琼琼王大燕陈涛中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家流感中心世界卫生组织全球流感参比和研究合作中心卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的分析我国2017—2018年流感样病例暴发疫情的流行病学特征。方法数据来源于中国流感监测信息系统和突发公共卫生事件管理信息系统中中国各级疾病预防控制中心报告的2017年4月3日至2018年4月1日流感样病例暴发疫情的数据(不含中国香... 详细信息

目的分析我国2017—2018年流感样病例暴发疫情的流行病学特征。方法数据来源于中国流感监测信息系统和突发公共卫生事件管理信息系统中中国各级疾病预防控制中心报告的2017年4月3日至2018年4月1日流感样病例暴发疫情的数据(不含中国香港、澳门和台湾数据),对实验室确诊为流感的暴发疫情进行描述性流行病学分析。结果2017—2018年共报告流感样病例暴发疫情2398起(指病例数≥10例的暴发疫情),累计报告病例87084例,其中,流感暴发疫情2323起,病例数为85531例。南、北方流感暴发疫情均主要集中于2017年11月至2018年1月,最高峰均出现在2017年12月。南方报告流感样病例暴发共1850起(77.15%),北方为548起(22.85%)。暴发疫情发生的主要场所是中小学及幼托机构,共报告2210起(92.16%)。流感暴发规模以10~29例的小规模聚集性病例为主,共1606起(66.97%)。实验室检测结果显示,整个年度流感暴发疫情以B型流感为主,占62.76%(1505起)。结论中国2017—2018年流感暴发疫情主要集中于秋冬季,南方是流感样病例暴发疫情报告的高发地区;中小学和幼托机构是暴发疫情的高发场所,引起暴发疫情的主要病原是B型流感。

关键词：流感,人疾病暴发流行疾病特征

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