2010年世界卫生组织(World Health Organization,WHO)对Ⅱ型疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Vaccinederived Poliovirus,VDPV)定义进行了修订,为研究新定义的Ⅱ型VDPV的基因特征及进化,本研究对山西省2014年1例急性弛缓性麻痹(Acu...
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2010年世界卫生组织(World Health Organization,WHO)对Ⅱ型疫苗衍生脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Vaccinederived Poliovirus,VDPV)定义进行了修订,为研究新定义的Ⅱ型VDPV的基因特征及进化,本研究对山西省2014年1例急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的1株Ⅱ型VDPV进行全基因组序列测定和分析。测序显示毒株的基因全长为7 439个碱基,共编码2207个氨基酸,与Sabin2疫苗株相比不存在碱基的插入和缺失。该毒株在已知的减毒位点5′非编码区nt481上发生了回复突变,而在另一个减毒位点VP1衣壳编码区nt2909位点上未发生核苷酸变异。毒株与Sabin1发生重组,重组位点位于3D非结构编码区的nt6 247~6 281之间。VP1编码区基因进化树分析表明山西Ⅱ型VDPV的进化独立于国内外至今发现的其它Ⅱ型VDPVs,按照脊灰已知的基因进化速率估算该毒株已在人群中循环约176d。本研究再次证明了中国脊灰实验室网络监测的敏感性,能够及时准确地发现VDPV,在中国维持无脊灰状态过程中发挥重要作用。
目的通过对中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2013年脊髓灰质炎(脊灰)实验室网络(Polio Laboratory Network,PLN)监测数据和各项监测指标的分析和评估,为维持我国无脊灰状态提供病毒学依据。方法对中国免疫规划监测信息管理系统数据库中,31个省(自治区、直辖市,下同)报告的急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例个案调查表和中国疾病预防控制中心(Center for Disease Control and Prevention,CDC)病毒病预防控制所国家脊灰实验室(National Polio Laboratory,NPL)的监测数据库进行统计分析,对PLN的各项运转指标进行评价。结果中国2013年PLN收集到5623例AFP病例的11 126份粪便标本,14天内双份粪便标本采集率为92.78%,合格粪便标本采集率为92.35%,鉴定结果 28天内反馈率为99.10%。2013年从5623例粪便标本中有111例分离到脊灰病毒(Poliovirus,PV),分离率为1.97%;606例粪便标本分离到非脊灰肠道病毒(Non-polio Enterovirus,NPEV),分离率为10.78%。2013年,NPL收到PLN送检的237份PV分离物,按单个血清型定型统计共计304株,其中19株为疫苗衍生(Vaccine-derived)PV(VDPV),1株来源于1例非AFP病例,另18株来源于1例免疫缺陷相关的(Immunodeficiency-associated)VDPV(i VDPV)病例;未发现野生型(Wild)PV(WPV)。2013年,NPL和31个省CDC脊灰实验室都通过了世界卫生组织(World Health Organization)粪便标本PV等EV的新检测流程的盲样标本考核,NPL和其中8个省CDC脊灰实验室接受并通过了WHO现场评估认证,其他省级CDC脊灰实验室通过信函认证表格认证。结论中国PLN 2013年运转正常,未发现WPV或WPV病例,为维持我国无脊灰状态,早期发现VDPV或VDPV病例,早期采取应对措施阻断其传播提供了重要的病毒学依据。
目的对青海省2013年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease;HFMD)的病原谱和人肠道病毒A组71型(Human Enterovirus Group A Type 71,HEV_(A71))的基因特征进行分析。方法对青海省2013年送检的HFMD标本,用荧光定量逆转录-聚合酶链...
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目的对青海省2013年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease;HFMD)的病原谱和人肠道病毒A组71型(Human Enterovirus Group A Type 71,HEV_(A71))的基因特征进行分析。方法对青海省2013年送检的HFMD标本,用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)方法进行筛查,对HEV_(A71)阳性标本进行病毒分离,对分离到的病毒提取核酸,用RT-PCR方法对VP1编码区进行扩增及核苷酸序列测定和整理分析,并与HEV_(A71)各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树。结果对青海省2013年分离的62株HEV_(A71)进行VP1编码区核苷酸序列测定后,分析发现它们在VP1编码区核苷酸水平和氨基酸水平的同源性分别为95.5%-100.0%和99.0%-100.0%。与其他各基因型和基因亚型的HEV_(A71)代表株构建的亲缘进化树中显示,青海省HEV_(A71)分离株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型C_(4a)进化分支。与2008年、2012年在青海省分离的HEV_(A71)在核苷酸和氨基酸水平的同源性分别为95.8%-97.5%和99.0%-99.7%。结论2013年,C_(4a)亚型HEV_(A71)在青海省持续传播并占有绝对优势,且存在两条传播链的流行。
为了解引起2017年10月甘肃省兰州市一起疱疹性咽峡炎(Herpangina,HA)暴发疫情的致病病原体及其病原学特征,对采集的患儿的37份咽拭子样本开展病毒分离培养,然后对分离到的毒株采取一代测序获取VP1区全长核苷酸序列,根据分子定型的方法进行肠道病毒型别鉴定。根据VP1区核苷酸差异选择3个毒株进行二代测序,获取全基因组序列。使用MEGA软件(版本号11.0)进行病毒的核苷酸,氨基酸相似性分析,VP1区的氨基酸突变位点分析,并构建系统发育树,使用Simplot(版本号3.5.1)软件进行病毒重组分析。本次疫情中分离到的毒株鉴定为柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus A 2, CV-A2),分子分型显示属于D基因型,且VP1区第102位氨基酸发生了丙氨酸到甘氨酸(A102G)的突变,与省内2014-2015年分离到的两株CV-A2毒株在该位置的突变不同。重组分析发现,病毒在P2区和P3区发生了以CV-A4为主的重组事件。本次疫情的致病病原体CV-A2存在着VP1区氨基酸A102G的特征性变异及P2区和P3区的重组,需要加强对肠道病毒的变异和重组的监测和研究,以提升预警能力。
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