目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HA...
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目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性,确定基因型。结果从甲肝病例标本中获得54条HAV序列,核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国内地序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高,为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高,为99.07%-100%。在获得序列中,53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型,甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。
自2007年Gaynor A M等人通过高通量测序在肺炎患儿呼吸道样本中发现了WU多瘤病毒(Washington University polyomavirus,WUPyV)以来,WUPyV在世界各地被广泛检出。为了解北京地区急性呼吸道感染住院儿童中WUPyV感染情况及其临床特征,收集...
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自2007年Gaynor A M等人通过高通量测序在肺炎患儿呼吸道样本中发现了WU多瘤病毒(Washington University polyomavirus,WUPyV)以来,WUPyV在世界各地被广泛检出。为了解北京地区急性呼吸道感染住院儿童中WUPyV感染情况及其临床特征,收集北京地区2017年4月至2018年3月共1 276份呼吸道感染住院患儿的鼻咽抽吸物样本,使用real time PCR方法对样本进行WUPyV检测,同时对WUPyV阳性样本进行17种常见呼吸道病毒筛查。共检出WUPyV阳性样本76份(5.96%,76/1 276),4岁以下儿童居多(92.11%,70/76);WUPyV感染全年可见,无显著季节性;多伴随其他呼吸道病毒混合感染(60.53%,46/76),最常见混合感染为鼻病毒和A型流感病毒;WUPyV单一感染者与混合感染者病毒载量无显著性差异,临床诊断和表现基本一致;WUPyV感染患儿的常见诊断为支气管炎(68.42%,52/76)和肺炎(30.26%,23/76);临床症状主要表现为高热、咳嗽、咳痰。研究结果提示WUPyV是北京地区急性呼吸道感染住院患儿呼吸道样本中常见病毒之一,多见于4岁以下儿童。
基于人5型腺病毒(Human adenovirus type 5,HAdV⁃5)的腺病毒载体对造血细胞的基因转导效率低,将病毒fiber基因替换为HAdV⁃11p的同源基因F11p后,载体对造血细胞的感染效率增强。本研究拟在F11p纤维顶球(knob)结构域添加RGD4C多肽或HIV包...
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基于人5型腺病毒(Human adenovirus type 5,HAdV⁃5)的腺病毒载体对造血细胞的基因转导效率低,将病毒fiber基因替换为HAdV⁃11p的同源基因F11p后,载体对造血细胞的感染效率增强。本研究拟在F11p纤维顶球(knob)结构域添加RGD4C多肽或HIV包膜糖蛋白(gp120)的V3结构域,观察重组HAdV⁃5对造血细胞感染效率的变化。在前期构建的pKAd5f11p153R⁃EPG腺病毒质粒基础上,结合限制性酶切和DNA组装技术,在F11p 153 aa后(knob AB loop,153位)、228位(FG loop)以及300位(IJ loop)插入RGD4C肽或者gp120的V3肽,构建了共6种重组腺病毒载体(F153RGD⁃EG、F228RGD⁃EG、F300RGD⁃EG、F153CV⁃EG、F228CV⁃EG和F300CV⁃EG),以fiber未改造的HAdV5⁃EG和改造为F11p的F11p⁃EG病毒作对照,观察了其对4种造血细胞系U937、K562、Jurkat和HL60以及人原代T细胞的感染效率。结果显示,对于U937细胞,当感染复数(MOI,vp/cell)为100时,HAdV5⁃EG感染效率最低,为2%;其次为F228CV⁃EG,感染率为45%;F300RGD⁃EG、F153CV⁃EG和F300CV⁃EG感染率为85%~90%;F153RGD⁃EG、F228RGD⁃EG高于阳性对照病毒F11p⁃EG,三者分别为99%、99%、95%。各病毒对于Jurkat细胞的感染率均较高,但HAdV5⁃EG明显低于F11p⁃EG、F153RGD⁃EG和F228RGD⁃EG,当MOI为100时分别为75%、93%、93%和96%。感染K562细胞的情况与U937细胞类似。各病毒对于HL60细胞感染效率最低,MOI为500时,F300RGD⁃EG和F300CV⁃EG的转导效率为28%和33%,是F11p⁃EG的10倍。对于人原代T细胞,F153RGD⁃EG和F228RGD⁃EG优于F11p⁃EG,当MOI为1000时,感染率分别为87%、90%和84%。研究结果表明,F11p knob插入RGD4C比单独F11p替换的HAdV⁃5对造血细胞的感染效率高,同时,本研究还发现HAdV⁃11p fiber knob的AB、FG或IJ loop可插入外源多肽,为腺病毒嗜向性改造增加了新靶点。
为了建立牛轭湖病毒(Bayou virus,BAYV)、纽约病毒(New York virus,NYV)、厄尼诺洛峡谷病毒(El Moro Canyon virus,ELMCV)以及岛景病毒(Isla Vista virus,ISLAV)四种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术,本研究选用上述四种病毒的N蛋白基...
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为了建立牛轭湖病毒(Bayou virus,BAYV)、纽约病毒(New York virus,NYV)、厄尼诺洛峡谷病毒(El Moro Canyon virus,ELMCV)以及岛景病毒(Isla Vista virus,ISLAV)四种病毒快速筛查、诊断的核酸检测技术,本研究选用上述四种病毒的N蛋白基因作为靶标区域设计四组特异性引物探针,建立四重实时荧光定量RT-PCR检测方法。用四种病毒体外转录RNA进行灵敏度和重复性验证,并使用其他病毒细胞培养物及体外转录RNA进行特异性验证。结果显示,四重实时荧光定量PCR扩增效率均可达到95%以上,四种病毒体外转录RNA灵敏度介于1~10拷贝/μL,与单重检测方法无明显差异,且与其他病毒无交叉反应。稳定性评价结果显示,批内、批间变异系数均在3%以内。本研究所建立的检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于相关样本的诊断与筛查。
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)在全球感染超过2亿人,发病率不断上升,给资源贫乏的国家造成沉重的经济负担。有效的HCV诊断对治疗选择和治疗监测有指导意义。HCV感染检测技术包括血清学检测和核酸检测。血清学检测主要用于HCV感...
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丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)在全球感染超过2亿人,发病率不断上升,给资源贫乏的国家造成沉重的经济负担。有效的HCV诊断对治疗选择和治疗监测有指导意义。HCV感染检测技术包括血清学检测和核酸检测。血清学检测主要用于HCV感染筛查,操作简便,但窗口期长,不能判断病毒活动期或是既往感染。核酸检测灵敏度高,线性范围广,是确定病毒感染的直接证据。传统的变温核酸扩增技术已广泛应用于临床实验室。等温核酸扩增技术的发展克服了传统核酸扩增技术的局限性,可作为现场即时检验(point-of-care testing,POCT)的工具,能够满足我国基层医疗卫生机构乃至非洲和东南亚等HCV流行率高的低资源地区的需求。本文综述了HCV核酸检测技术的研究进展并展望了其发展趋势。
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