检索结果-内蒙古大学图书馆

中华实验和临床病毒学杂志 2024年第2期38卷 117-124页

作者：管恩蕊张骞陈爱珺王超黄益曼麻粉莲郑丽舒中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、传染病溯源预警和智能决策全国重点实验室、国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京100052

目的分析干扰素(interferon,IFN)α2b和λ1在Hep2细胞和人呼吸道上皮细胞(human airway epithelium,HAE)中抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)病毒活性。方法在Hep2细胞中,RSV(MOI=0.01)感染后,加入IFN-α2b或IFN-λ1,48 h后观察细胞病变(cytopathic effect,CPE)、RT-qPCR方法测定病毒载量、免疫荧光法检测RSV F蛋白及结晶紫法检测细胞存活率。在HAE细胞中,用IFN-α2b和IFN-λ1预处理24 h后,RSV(MOI=0.01)感染HAE,RT-qPCR方法测定第1~7天培养上清中的病毒载量,免疫荧光法检测RSV F蛋白及空斑法测定第7天培养上清中的病毒滴度。结果在Hep2细胞中,IFN-α2b和IFN-λ1处理组的CPE较病毒对照组均有所缓解,且均是高浓度组干扰素的CPE轻于低浓度组。不同浓度的IFN-α2b和IFN-λ1均可以显著降低RSV病毒载量(P<0.001),且高浓度组病毒载量明显低于低浓度组(P<0.001)。此外,IFN-α2b和IFN-λ1均能够降低RSV感染后F蛋白表达量,同时提高细胞存活率。在HAE细胞中,IFN-α2b和IFN-λ1均能抑制RSV病毒复制,降低病毒滴度(P<0.001)和降低RSV F蛋白表达量。结论IFN-α2b和IFN-λ1在传代细胞Hep2和HAE中对RSV均有较好抗病毒活性,为干扰素抗呼吸道病毒研究提供了数据参考。

关键词：呼吸道合胞病毒 IFN-α2b IFN-λ1 人呼吸道上皮细胞

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2011年甘肃省幼儿急疹病例中人疱疹病毒6型感染情况及病毒基因特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第1期36卷 71-76页

作者：周杨子刘建锋赵晓虹张燕崔爱利陈瑛中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 甘肃省疾病预防控制中心兰州730020

目的阐明2011年甘肃省幼儿急疹病例中人疱疹病毒6型(human herpesvirus-6,HHV-6)感染情况及病毒基因特征。方法应用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,q-PCR)方法对2011年甘肃省收集的169份幼儿急疹病例的咽拭子标本进行HHV-... 详细信息

目的阐明2011年甘肃省幼儿急疹病例中人疱疹病毒6型(human herpesvirus-6,HHV-6)感染情况及病毒基因特征。方法应用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,q-PCR)方法对2011年甘肃省收集的169份幼儿急疹病例的咽拭子标本进行HHV-6初筛,对HHV-6病毒核酸阳性标本进行U90基因PCR扩增、序列测定以及病毒基因特征分析。结果在169份幼儿急疹病例标本中,有60份标本检测为HHV-6病毒核酸阳性,获得了10条HHV-6B U90基因序列。HHV-6阳性病例主要集中在2岁以下婴幼儿,病例年龄中位数为9月龄。通过系统发育分析发现,HHV-6B可分为分支a和b。其中分支a又可进一步分为3个亚分支(亚分支a-1、a-2和a-3),不同亚分支之间呈现一定的地域聚集性。本研究获得的10条HHV-6B序列分散在系统发育树的不同分支上,分属于亚分支a-1和a-2以及分支b。在10条序列中未发现基因重组现象。结论甘肃省存在着多个HHV-6B分支/亚分支病毒同时流行,病毒呈现出序列多样性。通过本研究首次阐明了甘肃地区幼儿急疹病例中HHV-6B基因特征,填补了我国HHV-6B分子流行学研究的空白,同时也为全球HHV-6B研究积累了数据。

关键词：幼儿急疹人疱疹病毒6型B亚型基因特征

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rViRAL:几种常见呼吸道病毒感染宿主应答的基因表达交互查询系统

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病毒学报 2023年第4期39卷 991-998页

作者：李洋尤翀梁米芳郭琪张益周晓华北京大学重庆大数据研究院北京大学重庆401333 北京大学北京国际数学研究中心北京大学北京100871 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

建立操作便捷、用户友好的在线系统可以实现对海量病毒感染宿主应答数据的深度挖掘,促进对病毒与宿主相互作用的深入了解。通过收录整合1483份批量转录组和超30000个细胞的单细胞转录组数据,以R语言为核心,整合多种先进生物信息工具,设... 详细信息

建立操作便捷、用户友好的在线系统可以实现对海量病毒感染宿主应答数据的深度挖掘,促进对病毒与宿主相互作用的深入了解。通过收录整合1483份批量转录组和超30000个细胞的单细胞转录组数据,以R语言为核心,整合多种先进生物信息工具,设计开发用户友好的在线平台rViRAL(Respiratory Virus Response interActive anaLysis)。在rViRAL上,研究人员通过用户友好的交互界面即可实现对感染后宿主应答的系列分析,包括:差异表达分析、诊断性能评价以及单细胞层面上的分子变化等。此外,rViRAL还提供跨多种常见呼吸道病毒感染类型,对感兴趣的基因进行泛感染比较分析的功能。借助rViRAL,生物学家可以无需任何计算编程技能就可以对感兴趣的基因进行假设探索与验证,这将极大地促进呼吸道病毒感染免疫的数据挖掘、科学讨论和治疗及诊断靶点的发现。

关键词：病毒感染宿主应答转录组单细胞转录组在线平台

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2023年中国A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原和基因特性分析

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疾病监测 2025年第4期 492-498页

作者：成艳辉隗合江李希妍曾晓旭肖宁唐静谢怡然杨磊王大燕黄维娟中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家流感中心国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室

目的分析2023年中国分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原和基因特性。方法对2 148株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株用红细胞凝集抑制试验进行抗原分析，对其中505株毒株进行序列测定和分析。结果 2023年检测的2 148株毒株中，95.00%以上... 详细信息

目的分析2023年中国分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原和基因特性。方法对2 148株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株用红细胞凝集抑制试验进行抗原分析，对其中505株毒株进行序列测定和分析。结果 2023年检测的2 148株毒株中，95.00%以上的毒株抗原性与疫苗株A/Victoria/4897/2022和A/West Virginia/30/2022类似；98.42%(497/505)测序毒株的血凝素（HA）基因属于C.1分支，在此分支中存在多个有共同氨基酸位点变异的小分支；在测序毒株中，11株毒株有已知对神经氨酸酶抑制剂耐药的E119A、Q136K和H275Y氨基酸位点变异。结论 2023年中国流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与同期的疫苗株抗原性匹配，但HA基因存在多样性的特点。

关键词： A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性基因特性

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2019—2020年我国6省市人副流感病毒3型全基因组序列特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2023年第5期37卷 480-490页

作者：江洁孙利伟张凤王文慧王淼谢会王文洋朱贞张燕崔爱利李海毛乃颖中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所麻疹室世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 长春市儿童医院长春130000 青岛市疾病预防控制中心青岛市预防医学研究院青岛266033 河南省疾病预防控制中心郑州450016 甘肃省疾病预防控制中心兰州730000 北京市疾病预防控制中心北京100013 安徽理工大学淮南232001

目的本研究旨在分析2019—2020年期间我国6个省市(北京、河南、吉林、安徽、甘肃和山东)流行的人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3,HPIV3)的全基因组序列特征,以揭示其基因组的遗传变异特点和分子进化规律。方法根据基因型别... 详细信息

目的本研究旨在分析2019—2020年期间我国6个省市(北京、河南、吉林、安徽、甘肃和山东)流行的人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3,HPIV3)的全基因组序列特征,以揭示其基因组的遗传变异特点和分子进化规律。方法根据基因型别、遗传差异和时空分布等原则,从6个省市筛选出12株HPIV3流行代表株(其中7株为C3a型、2株为C3b型、3株为C3f型)。采用巢式RT-PCR方法进行分段重叠扩增并获取其全基因组序列。随后,构建全球HPIV3代表株的全基因组序列数据库,使用生物信息学软件开展分析。结果研究发现,这12株HPIV3代表株的全基因组序列长度在15227 bp~15370 bp之间,G+C含量为35.1%~35.3%,核苷酸一致性为97.6%~99.6%,与原型株(GenBank登录号:NC_001796.2)的核苷酸一致性为94.2%~94.5%。分析我国和全球可获取的HPIV3全基因组序列显示,基因组变异方式主要为点突变,未发现碱基缺失和基因重组现象。仅在本研究的一株吉林省代表株(CHN/Jilin036/2019/C3b)的F基因3′UTR区域发现ATTAAA碱基插入,其病原学意义有待进一步研究。对基因组编码蛋白的氨基酸比对结果显示,我国和全球广泛流行的C3a分支HPIV3在N蛋白、P蛋白和L蛋白上存在分支特异性变异位点,而我国流行的部分C3a毒株在L蛋白上还存在一个独特的变异位点(N216S),尚未发现我国C3b和C3f分支毒株存在特异性变异位点。基于全基因组的进化分析显示,全球HPIV3流行株的最近共同祖先株形成时间(the time to the most recent common ancestor,tMRCA)可追溯至1927年(95%HPD:1901—1945),平均分子进化速率为5.29×10^(-4)替换/位点/年,而我国HPIV3流行株的平均分子进化速率为5.24×10^(-4)替换/位点/年。此外,HPIV3编码的各个基因均受到负向选择压力,其中P基因、HN基因和F基因的核苷酸变异最为显著,且其分子进化速率高于其他基因。结论本研究期间6个省市流行的HPIV3病毒株全基因组进化相对保守,点突变是驱动HPIV3基因组进化的主要方式。

关键词：人副流感病毒3型全基因组序列遗传变异分析分子进化分析

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甘肃省两例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒的HA、NA基因特性和抗原性分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第2期36卷 166-171页

作者：李红育王平李保娣李梓李希妍杨磊刘佳谭敏菊粱姿萱徐丛杉马明辉王华王淼于德山王大燕甘肃省疾病预防控制中心甘肃省传染病病原学重点实验室兰州730000 庆阳市疾病预防控制中心庆阳745000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家流感中心卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的分析甘肃省发现的2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EAS-H1N1)的抗原性和基因特性,为疾病预防控制提供科学参考。方法对甘肃省2021年2月以来发现的2例人感染EAS-H1N1进行抗原性和基因组对比分析,并使用Mega7.0等软件分析其基因组特... 详细信息

目的分析甘肃省发现的2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(EAS-H1N1)的抗原性和基因特性,为疾病预防控制提供科学参考。方法对甘肃省2021年2月以来发现的2例人感染EAS-H1N1进行抗原性和基因组对比分析,并使用Mega7.0等软件分析其基因组特征。结果2例人感染EAS-H1N1病例,均有相关环境暴露史,获得2株毒株:A/Gansu-Xifeng/1143/2021和A/Gansu-Xifeng/1194/2021。2株毒株的HA、NA基因均来自欧亚类禽H1N1猪流感病毒,与河北、天津的人感染EAS-H1N1病毒和山东的貂体内分离的EAS-H1N1病毒亲缘关系较近;2株毒株的HA受体结合位点均发生E190D、D225E突变,NA蛋白均未发生H274Y和N294S突变。结论甘肃省人感染EAS-H1N1病毒基因组发生了部分重要分子突变,可能导致其毒力增强,并具备潜在的人际间传播能力。加强EAS-H1N1基因特征研究分析有助于从分子水平上监测病毒变异突变并对疫情进行科学防控。

关键词：欧亚类禽H1N1猪流感抗原性神经氨酸酶基因特性

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2016-2019年我国诺如病毒暴发疫情的分子流行病学特征分析

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疾病监测 2021年第8期36卷 774-779页

作者：朱曦孔翔羽章青李静欣李慧莹靳淼段招军中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206

目的了解中国诺如病毒监测网络(CaliciNet China)的发展及2016—2019年中国诺如病毒分子流行特征。方法收集2016年10月至2019年9月诺如病毒暴发流行病学和病例临床信息及标本,应用荧光反转录聚合酶链式反应(real-time,RT-PCR)进行诺如... 详细信息

目的了解中国诺如病毒监测网络(CaliciNet China)的发展及2016—2019年中国诺如病毒分子流行特征。方法收集2016年10月至2019年9月诺如病毒暴发流行病学和病例临床信息及标本,应用荧光反转录聚合酶链式反应(real-time,RT-PCR)进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序,将数据录入CaliciNet China数据库并进行基因分型。结果2016年10月至2019年9月,共报告诺如病毒疫情1153起,对其中776起疫情(67.3%)的阳性样本进行了基因分型。94.9%的暴发疫情与人–人传播有关,发生在托幼机构或学校(94.4%),每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰(65.0%)。57.6%的诺如病毒暴发由GⅡ.2[P16]引起。结论GⅡ.2[P16]是2016年10月至2019年9月引起我国诺如病毒暴发的主要基因型,主要发生在托幼机构或或学校,CaliciNet China正在进行的监测提供了有关毒株基因分型和暴发特征的信息。

关键词：诺如病毒胃肠炎暴发监测网络基因型

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轮状病毒受体结合特征研究进展

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第6期36卷 748-752页

作者：王铭月孙晓曼李丹地中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 甘肃中医药大学公共卫生学院兰州730000

轮状病毒(rotavirus,RV)是引起人类和动物急性胃肠炎的重要病原体。结构蛋白VP8*(viral protein 8*,VP8*)位于RV最外层的刺突状VP4的头部,VP8*在受体识别和结合中发挥重要作用。目前对RV受体结合特性的研究主要集中在A组轮状病毒(group ... 详细信息

轮状病毒(rotavirus,RV)是引起人类和动物急性胃肠炎的重要病原体。结构蛋白VP8*(viral protein 8*,VP8*)位于RV最外层的刺突状VP4的头部,VP8*在受体识别和结合中发挥重要作用。目前对RV受体结合特性的研究主要集中在A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)和C组轮状病毒(group C rotavirus,RVC)。本文对RV的蛋白结构、受体类型以及RVA和RVC受体结合特性及与受体相互作用的结构基础等研究进展进行综述。

关键词：轮状病毒 VP8*蛋白受体结合特征

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基于CRISPR/Cas9系统Ⅰ型干扰素受体亚单位1基因敲除的Caco-2细胞系的构建

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中国生物制品学杂志 2023年第2期36卷 145-150,157页

作者：刘欣奕安妮章青王宏孔翔羽王铭月庞立丽段招军甘肃中医药大学公共卫生学院甘肃兰州730000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 中国医学科学院医药生物技术研究所北京100050

目的利用成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palinmic repeats,CRISPR)/CRISPR相关蛋白9(CRISPR-associated protein 9,Cas9)系统在人结肠腺癌细胞Caco-2中敲除Ⅰ型干扰素受体亚单位1(interferon alpha/beta receptor subunit 1,IFNAR1)基因,构建IFNAR1基因敲除Caco-2细胞系。方法利用CRISPR/Cas9技术设计特异性识别IFNAR1基因外显子区的sgRNA(single guide RNA)序列,构建LentiCRISPRv2-IFNAR1-sgRNA重组质粒,慢病毒包装后感染Caco-2细胞,嘌呤霉素抗性筛选,有限稀释法培养单克隆细胞系。通过靶基因测序和Western blot法验证IFNAR1基因敲除情况;通过加入外源性IFNβ检测IFNAR1基因敲除细胞CXC趋化因子配体10(CXC chemokine ligand 10,CXCL10)和干扰素刺激基因20(interferon-stimulatd gene 20,ISG20)mRNA水平。结果质粒LentiCRISPRv2-IFNAR1-sgRNA测序结果显示插入位置均位于BsmBⅠ酶切黏性末端。共获得2株IFNAR1基因敲除单克隆细胞株,测序结果显示Caco-2-IFNAR1-KO1的IFNAR1第6个外显子发生5 bp缺失,Caco-2-IFNAR1-KO2的第7个外显子发生18 bp缺失,同时有1 bp增加。与野生型Caco-2细胞相比,Caco-2-IFNAR1-KO1和Caco-2-IFNAR1-KO2细胞IFNAR1蛋白未见表达。相比于0 ng/mL IFNβ,在50 ng/mL外源IFNβ刺激下,Caco-2-IFNAR1-KO1和Caco-2-IFNAR1-KO2细胞CXCL10基因mRNA水平(t分别为0.566和1.268,P>0.05)和ISG20基因mRNA水平(t分别为1.522和1.733,P>0.05)均无明显升高;与野生型Caco-2细胞相比,在50 ng/mL外源IFNβ刺激下,Caco-2-IFNAR1-KO1和Caco-2-IFNAR1-KO2细胞CXCL10基因mRNA水平(t分别为6.763和6.777,P<0.05)和ISG20基因mRNA水平(t分别为5.664和5.653,P<0.05)均显著降低。结论利用CRISPR/Cas9技术成功获得了IFNAR1基因敲除的Caco-2细胞株,该细胞系依赖Ⅰ型IFN受体(interferon alpha/beta receptor,IFNAR)激活的下游分子被明显抑制,为进一步探讨病毒感染Caco-2细胞后的天然免疫反应及复制包装机制提供了有力的工具。

关键词：人结肠腺癌细胞 CRISPR/Cas9系统 Ⅰ型干扰素受体亚单位1基因基因编辑干扰素β CXC趋化因子配体10 干扰素刺激基因20

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通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第1期36卷 15-20页

作者：朱曦王鹏飞闫玉晓章青李慧莹靳淼段招军中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 上海吉玛制药技术有限公司上海201203 兰州大学第一临床医学院上海730000

目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P... 详细信息

目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法,8株GⅡ.4 Sydney[P31]株中,6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明,本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇,2013年我国毒株GZ20133135株与2012—2014年GⅡ.4 Sydney[P31]参考株划为一簇。血型抗原受体结合位点(HBGAs)分析表明2014年以后的毒株在SiteⅡ发生了氨基酸突变Asp372Asn。通过抗原表位分析,2017年以后的毒株,在A表位(297、372和373)、B表位(333)、E表位(414)和H表位(309、310)都发生了变化;2020年的毒株20HN261和20HN253株在A表位(368)和G表位(355)较之前的毒株出现了新变化。结论本研究确定了我国流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因组关键位点变异情况,跟踪新毒株的出现提供了科学依据,为针对我国流行株疫苗研发设计提供了基础数据。

关键词：诺如病毒基因组系统进化分析

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