检索结果-内蒙古大学图书馆

广东省2020年首次报道E基因型柯萨奇病毒B组3型的鉴定及基因特征分析

病毒学报 2022年第1期38卷 57-63页

作者：杨倩曾汉日郑焕英严冬梅祝双利宋洋王东艳韩振志李冀琛张勇许文波世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生和健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 广东省疾病预防控制中心广州511430 潍坊医学院医学微生物教研室潍坊261053

柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)是肠道病毒中流行较为广泛的血清型之一,在全球多个国家和地区曾报道儿童急性心肌炎、无菌性脑膜炎、手足口病等的暴发流行,严重威胁儿童健康和公共卫生安全。本研究对广东省2020年手足口病患... 详细信息

柯萨奇病毒B组3型(Coxsackievirus B3,CVB3)是肠道病毒中流行较为广泛的血清型之一,在全球多个国家和地区曾报道儿童急性心肌炎、无菌性脑膜炎、手足口病等的暴发流行,严重威胁儿童健康和公共卫生安全。本研究对广东省2020年手足口病患者标本中分离到的8株CVB3进行基因特征和进化分析,结果显示分离到的8株CVB3 VP1区核苷酸序列相似性为98.2%~99.5%,与原型株Nancy的核苷酸序列相似性在77.9%~78.5%之间,与其他CVB3中国大陆流行株的核苷酸序列相似性为79.6%~82.2%。8株CVB3均为E基因型,为广东省首次报道。8株CVB3分离株在进化树上聚集,提示病毒发生了局部传播。全基因组序列分析提示2株广东CVB3分离株在非结构蛋白区有重组现象的发生。本研究为E基因型CVB3在我国的流行传播和疾病防控提供基础资料。

关键词：柯萨奇病毒B组3型基因特征手足口病 E基因型

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柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立

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病毒学报 2022年第2期38卷 264-270页

作者：赵鹤鹤冀天娇杨倩肖金波祝双利王东艳王建醒陈建华路环环韩振志张勇许文波严冬梅国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 山东省疾病预防控制中心济南250014 甘肃省疾病预防控制中心兰州730000 中国科学院生物安全大科学研究中心北京102206

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1... 详细信息

血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区(省、自治区、直辖市)上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株(Griggs)核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%~97.6%和92.3%~99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%~25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型,与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系,被划分为F基因型,推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性,但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。

关键词：柯萨奇病毒A组9型(CVA9) 基因分型分子进化

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新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型

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病毒学报 2021年第1期37卷 181-190页

作者：宋洋许文波中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行。随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平... 详细信息

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行。随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平台,并发表了对SARS-CoV-2基因分型、命名的规则。"GISAID"是目前SARS-CoV-2基因组序列共享和储存最大的数据库,"Nextstrain"和"CoV-GLUE"是国际最常用的SARS-CoV-2序列分析平台。目前有四种比较通用的SARS-CoV-2的基因分型方法,在本文中分别简称为:"中国分型法"、"Pangolin分型法"、"GISAID分型法"和"Nextstrain分型法"。这四种分型方法的定义不尽相同,但又有相似之处。本综述对目前SARS-CoV-2在线分析网络平台和不同的基因分型方法进行了较为系统的介绍、对比和总结。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 分子流行病学基因分型网络分析平台

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肠道病毒C组96型(EV-C96)新疆株的全基因组序列分析

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病毒学报 2022年第2期38卷 332-340页

作者：孙强刘莹唐海淑李晓嫘严冬梅祝双利王东艳崔惠许文波张勇中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所脊髓灰质炎室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室北京102206 新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心免疫规划科乌鲁木齐830011 中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430000

肠道病毒C组96型(EV-C96)是C组肠道病毒的一种新型肠道病毒,在临床上多与急性弛缓性麻痹等疾病相关联,世界分布较广,近年来陆续在中国、芬兰等多个国家的急性弛缓性麻痹患者、腹泻患者、健康人群或环境标本中分离到。为探究在我国新疆... 详细信息

肠道病毒C组96型(EV-C96)是C组肠道病毒的一种新型肠道病毒,在临床上多与急性弛缓性麻痹等疾病相关联,世界分布较广,近年来陆续在中国、芬兰等多个国家的急性弛缓性麻痹患者、腹泻患者、健康人群或环境标本中分离到。为探究在我国新疆地区流行的EV-C96毒株的基因特征与进化特征,本研究对2011年从我国新疆地区一名急性弛缓性麻痹病例及一名接触者中分离到的两株EV-C96进行了全基因组序列测定,随后与全球EV-C96流行株以及C组肠道病毒原型株进行进化分析,与C组肠道病毒代表株进行核苷酸和氨基酸相似性分析和重组分析。结果显示,两株新疆EV-C96毒株与原型株以及1991年在我国山东地区分离的毒株等早期流行株分布于两个分支,且在基因组结构的多个区域核苷酸差异性较大,同时其非结构蛋白区域与其它型别的C组肠道病毒之间存在重组。EV-C96可能通过重组方式发生毒力改变,需加强C组肠道病毒在我国的监测,提升对其所导致的暴发疫情进行应急处置的能力。本研究揭示了EV-C96的起源进化,证实了C组肠道病毒多个型别之间的重组关系,为我国肠道病毒的防控提供科学依据。

关键词： EV-C96 新型肠道病毒全基因组序列基因特征基因重组

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中国内地地区埃可病毒25型全基因组进化与重组分析

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病毒学报 2023年第4期39卷 1008-1016页

作者：王晓艺李世康寸建萍施勇刘莹莹卫海燕张勇王雯慧肖金波宋洋严冬梅杨倩孙强冀天娇许文波安徽理工大学医学院淮南232001 世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生和健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 湖南省疾病预防控制中心长沙410005 云南省疾病预防控制中心昆明650100 江西省疾病控制预防中心南昌330006 河北省疾病预防控制中心石家庄050000 河南省疾病预防控制中心郑州450000 山东第一医科大学(山东省医学科学院)公共卫生与健康管理学院济南250117

埃可病毒25型(Echovirus 25,E25)属于肠道病毒B组(Enterovirus B,EV⁃B),其在临床上可引起包括手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD),无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM),急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)等在内的多种疾病。本文从全国HFMD监测网络选取了2009⁃2018年的18株E25毒株进行全基因组测序,将所得全长序列及GenBank上目前已发表的E25全长序列,以及EV⁃B组其它原型株全长序列分别构建全基因组和各编码区的亲缘进化树,并依据不同进化分支选取具有代表性的两株E25毒株进行重组分析。结果显示,中国内地地区E25在P1区具有更高的亲缘关系,而P2和P3区建树中各出现了两个分支,且在每个分支上,与多个EV⁃B组的原型株具有较高的核苷酸同源性,提示E25可能存在多种重组模式。此外所选的两株毒株均与EV⁃B的其它血清型流行株在P2及P3不同区域发生重组,且重组的模式不相同,因此中国内地地区的E25至少存在两种重组模式,并且致病力可能与基因的重组有关。通过本研究的分析,进一步的揭示中国内地地区E25的重组特征,对其进化变异及后续的预防与治疗具有重要意义。

关键词：埃可病毒25型全基因组基因重组

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广州市生活污水中埃可病毒11型循环动态变化及基因特征分析

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病毒学报 2022年第5期38卷 1108-1116页

作者：黄淑芬张薇陈美钟郭雪祝双利李彩霞曾汉日方苓张勇郑焕英邓小玲南方医科大学公共卫生学院广州510515 广东省疾病预防控制中心广东新发突发传染病防治工作站广州511430 世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206

埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)属于B组肠道病毒,是最常见的人类肠道病毒(Enterovirus,EV)之一,是引起无菌性脑膜炎,新生儿感染的重要病原体之一。为探讨广州市生活污水监测中E11分离株循环动态变化及其基因组特征,本研究对2009-2021... 详细信息

埃可病毒11型(Echovirus 11,E11)属于B组肠道病毒,是最常见的人类肠道病毒(Enterovirus,EV)之一,是引起无菌性脑膜炎,新生儿感染的重要病原体之一。为探讨广州市生活污水监测中E11分离株循环动态变化及其基因组特征,本研究对2009-2021年广州市生活污水EV监测获得的E11分离株进行VP1区基因扩增及测序,结合2019年广东省发生的两起E11新生儿感染事件及部分散发病例中获得的E11分离株,与全球E11参考株进行序列相似性分析和系统发生学分析。结果显示,2009-2021年生活污水EV监测中E11分离株的核苷酸及氨基酸相似性分别为72.8%~99.3%和84.5%~99.6%。监测发现,广州市2018-2019年在污水中检出大量E11,与两起新生儿感染事件及散发病例的分离株核苷酸相似性高达96.2%~99.2%,但序列间仍存在差异,两起新生儿感染及散发病例感染的毒株为不同来源。通过系统进化树分析发现,2018-2019年污水E11分离株及两起新生儿感染与散发病例E11亲缘关系较近,分子分型结果均为E11 D5基因型。2017年及以前的污水分离株以A1基因型为主,但也有C3和D5基因型,2018年开始则以D5基因型为主,与同时期EV感染病例基因型结果一致。而在2021年污水中则发现了E11 E基因型,但广州暂未有该基因型的感染病例报道,仍需持续进行病例和环境监测。结果表明,生活污水监测能够及时反映EV在环境和人群中的循环动态变化,对EV引起的相关疾病起到预测预警作用。

关键词：埃可病毒11型污水监测基因特征循环动态变化

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中国2017-2019年<15岁儿童急性弛缓性麻痹病例监测

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中国疫苗和免疫 2021年第2期27卷 152-156,172页

作者：杨宏樊春祥祝双利王富珍李媛秋唐林温宁中国疾病预防控制中心免疫规划中心北京100050 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所/国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室/世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室北京102206

目的评价中国2017-2019年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测质量和维持无脊髓灰质炎(脊灰)状态。方法通过中国AFP病例监测信息管理系统收集2017-2019年AFP病例信息,进行描述性流行病学分析。结果中国2017年、2018年... 详细信息

目的评价中国2017-2019年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测质量和维持无脊髓灰质炎(脊灰)状态。方法通过中国AFP病例监测信息管理系统收集2017-2019年AFP病例信息,进行描述性流行病学分析。结果中国2017年、2018年和2019年<15岁儿童非脊灰AFP病例报告发生率分别为2.33/10万(5278例)、2.31/10万(5292例)和2.23/10万(5183例),合格粪便标本采集率分别为92.71%、92.10%和92.34%。各年AFP病例中脊灰疫苗全程免疫分别占93.99%、95.63%和95.76%。2017-2019年未检出脊灰野病毒。2017年河南省和山东省、2018年江苏省、2019年四川省和吉林省检出疫苗衍生脊灰病毒。结论中国2017-2019年AFP病例监测系统保持高质量运转,继续维持无脊灰状态。

关键词：脊髓灰质炎急性弛缓性麻痹监测

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2023年河南省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒病原学及流行病学分析

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病毒学报 2025年第3期 634-644页

作者：杨建辉张明瑜张璐豆巧华白祎然马雅婷郭永豪张勇河南省疾病预防控制中心河南省免疫预防医学重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室

为了解2023年河南省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（Nonpolio enterovirus,NPEV）的病原学及流行病学特征，为AFP的防控以及治疗提供理论支持。本研究采集2023年报告的AFP病例双份粪便标本... 详细信息

为了解2023年河南省急性弛缓性麻痹（Acute flaccid paralysis,AFP）病例中非脊髓灰质炎肠道病毒（Nonpolio enterovirus,NPEV）的病原学及流行病学特征，为AFP的防控以及治疗提供理论支持。本研究采集2023年报告的AFP病例双份粪便标本进行病毒分离培养，对检出的NPEV毒株VP1区进行核苷酸序列测定和分析，使用mafft v7.526和MEGA 5.1软件对序列进行比对和遗传进化分析。使用SPSS 26软件对数据进行统计分析。结果显示2023年河南省报告706例AFP病例，报告发病率为3.13/10万，共检出25株NPEV，检出率为3.54%(25/706），其中20株为A组肠道病毒（Enterovirus A,EV-A），占比为80%,5株为B组肠道病毒（Enterovirus B,EV-B），占比为20.00%，未检出C组和D组肠道病毒。EV-A中共有6个血清型，其中柯萨奇病毒A4(Coxsackievirus,CVA4）检出数最多（均为C基因型），检出率为35.00%(7/20），其次为CVA10（均为C基因型），检出率为30.00%(6/20),EV-B均为CVB2（均为D基因型），三种血清型均与手足口病例中检出的的毒株关系较近。不同人群之中，3～5岁组AFP病例报告率最高，为30.45%(215/706),0～2岁组中NPEV检出率最高，为5.46%(10/183），男女发病数比为1.37:1，不同性别之间NPEV检出率差异无统计学意义（P>0.05）。在地区分布上，EV-A分布最为广泛，其中CVA4主要分布在豫北、豫中和豫西，CVA10主要分布在豫北、豫中和豫南，EV-B主要分布在豫东和豫南。在时间分布上，夏秋两季检出率较高，冬春季检出率相对较低，其中EV-A呈现双峰，最高峰出现在10月份，EV-B主要发生在6-8月份。以上结果表明，2023年河南省分离的NPEV以EV-A中的CVA4和CVA10为主要血清型，且分布最为广泛，相比往年以EV-B为主要血清型发生了显著变化，后期应继续对NPEV进行监测，为NPEV可能引起的疾病的暴发流行预测预警提供基线数据。

关键词：急性弛缓性麻痹非脊髓灰质炎肠道病毒病原学特征

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埃可病毒11型感染RD细胞的转录组学分析及PLK1对其感染影响的初步探究

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中华实验和临床病毒学杂志 2021年第6期35卷 605-611页

作者：张国艳李冀琛张珂艺孙强张勇武桂珍中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒与病毒病重点实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室北京102206 潍坊医学院 261053

目的探究埃可病毒11型(echovirus 11,E11)感染人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells,RD)后细胞内宿主因子在转录水平上的变化,初步了解Polo样激酶1(polo-like kinase 1,PLK1)对E11复制的影响及可能的分子机制。方法利用转录... 详细信息

目的探究埃可病毒11型(echovirus 11,E11)感染人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma cells,RD)后细胞内宿主因子在转录水平上的变化,初步了解Polo样激酶1(polo-like kinase 1,PLK1)对E11复制的影响及可能的分子机制。方法利用转录组测序(RNA-Seq技术)对E11感染RD细胞组和RD细胞对照组进行差异表达基因分析。使用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析显著差异表达基因,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR,qPCR)对代表性差异基因的表达水平进行验证,并初步探究抑制PLK1对E11复制的影响。结果E11感染RD细胞后,共鉴定出3726个差异表达基因,感染组(感染后12 h、24 h和48 h)共同显著差异表达基因484个,这些显著差异表达基因主要富集在免疫反应、细胞内信号转导、转录因子活性、序列特异性DNA结合、蛋白激酶活性、核、膜的组成成分、PI3K-Akt信号通路等。使用qPCR对6个靶基因(CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1和PLK1)的表达情况进行验证,均与RNA-Seq结果一致,其中CXCL14、IFITM1、OAS1、SAMD9、MX1表达上调倍数在1.2~104.97倍之间,PLK1表达下调倍数在0.99~5.79倍之间。抑制PLK1后,E11复制能力增加。结论炎症反应、PI3K-Akt、MAPK等通路可能在E11感染抗病毒免疫过程中发挥重要作用,此外,宿主因子PLK1可能通过调节细胞周期在E11感染中起到关键作用。

关键词：埃可病毒11型转录组分析 Polo样激酶1 差异表达基因宿主因子

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2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究

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病毒学报 2021年第1期37卷 115-122页

作者：司芬芬卫海燕关路媛冀天娇王东艳张勇祝双利宋洋韩振志李俊含许文波严冬梅国家脊髓灰质炎实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室国家卫生健康委员会生物安全重点实验室国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 河南省疾病预防控制中心郑州450016 陕西省疾病预防控制中心西安710054 中国科学院生物安全大科学研究中心武汉430000

埃可病毒9型(Echovirus 9,ECHO-9)是引起无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)和手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)暴发流行的重要病原体,但目前全球关于ECHO-9分子流行病学研究仍比较匮乏,ECHO-9基于VP1全长的基因分型结果尚未明确。本研究依托国家HFMD监测网络,2013-2019年在中国大陆共分离到15株ECHO-9毒株,对其进行VP1区全长序列测定和分析,并与GenBank中下载的全部112条ECHO-9VP1区全长序列共同构建系统发育进化树。结果显示,全球ECHO-9分为A-G七个基因型,其中C、D和F基因型可被进一步划分为C1-C2,D1-D4和F1-F2基因亚型。各洲之间优势基因型别有显著差异,亚洲和欧洲分别以D和C基因型为绝对优势基因型。中国大陆ECHO-9优势基因型别为D基因型,但其优势基因亚型随时间推移有明显转变。2000-2005年,中国大陆ECHO-9全部为D1基因亚型,2006年开始出现D1、D2和D3基因亚型的共同流行,2010年后D1和D2基因亚型消失,D3成为中国大陆绝对优势基因型别。本研究测定的15株ECHO-9分离自2013-2019年,其中14株属于D3基因亚型,1株江西ECHO-9为C2基因亚型,推测其可能来源于境外。本研究建立了全球ECHO-9基于VP1全长的基因分型方法,揭示了ECHO-9在全国及全球范围的分子流行特征。

关键词：埃可病毒9型(ECHO-9) 无菌性脑膜炎(AM) 手足口病(HFMD) 基因分型分子流行病学

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