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IADR中国分会第八届年会暨第七届全国中青年口腔医师学术研讨会(The 8th Annual Scientific Meeting of IADR Chinese Division and The 7th National Symposium for Young Dentists)

作者：唐子圣曹慧敏刘正江禾赵建龙梁景平上海交通大学医学院附属第九人民医院牙体牙髓科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

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微阵列芯片检测四种产黑色素根管致病菌方法研究

微阵列芯片检测四种产黑色素根管致病菌方法研究

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2007年第七次全国牙体牙髓病学学术会议

作者：唐子圣曹慧敏刘正赵淑娟王蓓赵建龙梁景平上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科

目的:牙髓卟啉菌Pe、牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn是4种公认的根管致病菌,因为它们培养时都能产生黑色素并且在分类学上关系密切,因此在临床上要同时检测并鉴定出这4种产黑色素根管致病菌相当困难,本研究目的就是想利用微... 详细信息

目的:牙髓卟啉菌Pe、牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn是4种公认的根管致病菌,因为它们培养时都能产生黑色素并且在分类学上关系密切,因此在临床上要同时检测并鉴定出这4种产黑色素根管致病菌相当困难,本研究目的就是想利用微阵列芯片技术研制一种能同时检测上述4种产黑包素根管致病菌的微阵列芯片。方法:利用Genebank中细菌16S rDNA保守区序列设计一对通用引物,通过已知Pe、Pg、Pi和Pn的16S rDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA,PCR产物和已点样有Pe、Pg、Pi和Pn四种探针的微阵列芯片杂交,通过对杂交结果的分析,可以不断调整探针序列直到其特异性得到证实。然后通过检测临床感染根管细菌学标本来对这个微阵列芯片进行测试。结果:杂交结果显示芯片上的Pe、Pg、Pi和Pn4种探针只能和相对应的Pe、Pg、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应,并且用此芯片能从临床感染根管细菌学标本中准确快速的检测出Pe、Pg、Pi和Pn。结论:用微阵列芯片的方法可以准确检测Pe、Pg、Pi和Pn,具有很高的特异性,有希望发展为一种有效的临床检测系统。

关键词：微阵列芯片根管致病菌 16S rDNA

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显色法芯片技术快速鉴定分枝杆菌菌种

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中国医药生物技术 2007年第6期2卷 422-427页

作者：赵源胡忠义景奉香刘志辉王洁郑瑞娟陆俊梅赵辉尹俊内蒙古农业大学生物工程学院呼和浩特010018 上海市肺科医院上海市结核重点实验室中国科学院上海微系统与信息技术研究所广州市胸科医院

目的利用显色法芯片技术建立快速鉴定分枝杆菌菌种的方法.方法根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的分枝杆菌16S rDNA基因的保守区和突变区(第129～267位核苷酸的A突变区、第430～500位核苷酸的B突变区)分别设计引物和寡核苷酸探... 详细信息

目的利用显色法芯片技术建立快速鉴定分枝杆菌菌种的方法.方法根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的分枝杆菌16S rDNA基因的保守区和突变区(第129～267位核苷酸的A突变区、第430～500位核苷酸的B突变区)分别设计引物和寡核苷酸探针,用地高辛标记引物并制备玻璃芯片.采用双重PCR技术分别对16种分枝杆菌标准株、5种非分枝杆菌标准株和120株分枝杆菌临床分离株(非结核分枝杆菌40株、结核分枝杆菌复合群80株)进行扩增,扩增产物分别与玻璃芯片进行杂交检测,尼龙膜显色,以显现蓝黑色斑点作为阳性信号,并根据其在芯片方阵中的位置判断分枝杆菌种类.根据芯片杂交结果,选取部分经显色法芯片技术检测的临床分离株进行DNA测序.结果 16种分枝杆菌标准株和120株分枝杆菌临床分离株经PCR扩增均各产生2条DNA片段,其中1条长度为272～280 bp,1条长度为183～192 bp.16种分枝杆菌标准株均与芯片上特异性探针杂交,应用显色法芯片技术分析16种分枝杆菌标准株和5种非分枝杆菌标准株的特异性为100%.120株分枝杆菌临床分离株均与分枝杆菌属探针a杂交,其中79株确定为结核分枝杆菌复合群,38株确定为非结核分枝杆菌(不产色分枝杆菌17株,胞内分枝杆菌8株,猿猴分支杆菌6株,瘰疬分枝杆菌5株,偶然分支杆菌2株),另3株只与分枝杆菌属探针a杂交,没有鉴定到种.选取的26株分枝杆菌临床分离株(结核分枝杆菌复合群8株,不产色分枝杆菌5株,胞内分枝杆菌、猿猴分枝杆菌、未鉴定到种的分枝杆菌各3株,瘰疬分枝杆菌、偶然分枝杆菌各2株)DNA测序显示,未鉴定到种的3株分枝杆菌中,1株为结核分枝杆菌突变株,1株为 Mycobacterium lentiflavum,1株为 Mycobacterium arupense,芯片上无后2种菌株的特异性探针;其余23株菌株测序结果与芯片检测结果一致.结论显色法芯片技术能简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,具有一定的临床推广应用价值.

关键词：芯片分析技术分枝杆菌属 DNA,细菌聚合酶链反应

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应用16SrDNA基因芯片检测4种产黑色素感染根管可疑致病菌

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临床口腔医学杂志 2007年第11期23卷 655-658页

作者：江禾曹慧敏唐子圣朱彩莲梁景平赵建龙王友群刘正中国药科大学药学院江苏南京210009 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院.口腔医学院牙体牙髓科上海市口腔医学研究所

目的:研制快速检测牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis,Pe)、中间普氏菌(Prevotella intermedia,Pi)和变黑普氏菌(Prevotella nigrescens,Pn)的芯片系统。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物;通过已知Pg、Pe、Pi和Pn的16SrDNA可变区序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA并作荧光标记,PCR产物和已点样有Pg、Pe、Pi和Pn4种探针的芯片杂交,并用荧光扫描仪进行分析。结果:芯片上的Pg、Pe、Pi和Pn4种探针只与相对应的Pg、Pe、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应。结论:应用16SrDNA基因芯片可以准确检测Pg、Pe、Pi和Pn,快速、灵敏、特异性高,有望在临床上得到应用。

关键词： 16 S rDNA 微阵列芯片根管致病菌

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硅微喷阵列芯片的设计、制作与应用研究

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微细加工技术 2006年第4期 48-52页

作者：许宝建乔治金庆辉赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

介绍了一种用于制作生物微阵列的新型微喷阵列芯片。基于半导体光刻技术和干法刻蚀技术,成功制作了喷孔外侧含有间隙环的硅微喷阵列芯片,解决了溶液进样难、微阵列样品点缺失、样品点漂移以及液体回流等问题。在5 kPa气压驱动下,该芯片... 详细信息

介绍了一种用于制作生物微阵列的新型微喷阵列芯片。基于半导体光刻技术和干法刻蚀技术,成功制作了喷孔外侧含有间隙环的硅微喷阵列芯片,解决了溶液进样难、微阵列样品点缺失、样品点漂移以及液体回流等问题。在5 kPa气压驱动下,该芯片中的样品能在3.4 mm×3.4 mm的玻璃片上制成5×5样品微阵列,25个点的直径平均值为356μm,直径的变异系数(25个点直径的标准偏差与算术平均值的比值)为2.8%。计算流体力学模拟结果和实验结果均表明,该微喷阵列芯片能快速、稳定地制作出样品点大小均一的微阵列,进一步推动了微阵列芯片的应用和发展。

关键词：微喷阵列芯片微阵列深反应离子刻蚀计算流体力学模拟

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离子迁移谱技术及其在生命分析化学中应用

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现代仪器 2006年第2期12卷 31-34页

作者：李刚陈强赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

离子迁移谱技术是一种气相环境下的电泳检测技术,具有快速、灵敏、运行成本低等特点。作为一种重要的痕量化学物质检测技术,现已广泛应用于化学毒剂探测和机场、海关的毒品与爆炸物检测。近年来,离子迁移谱技术与电喷雾和基质辅助解吸... 详细信息

离子迁移谱技术是一种气相环境下的电泳检测技术,具有快速、灵敏、运行成本低等特点。作为一种重要的痕量化学物质检测技术,现已广泛应用于化学毒剂探测和机场、海关的毒品与爆炸物检测。近年来,离子迁移谱技术与电喷雾和基质辅助解吸附等离子化技术的结合,以及与质谱技术的联用,使得该技术的应用迅速拓展到生物医学领域。本文介绍离子迁移谱技术的主要原理并综述离子迁移谱技术在蛋白质化学、临床化学和药物化学等方面的应用。

关键词：离子迁移谱生命分析化学蛋白质化学临床化学药物化学

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应用16S rDNA结合膜芯片检测3种产黑色素牙周可疑致病菌

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上海口腔医学 2006年第3期15卷 290-293页

作者：唐子圣曹慧敏刘正赵淑娟王蓓梁景平赵建龙上海交通大学医学院附属第九人民医院.口腔医学院口腔内科上海200011 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

目的:探讨采用16SrDNA结合膜芯片检测牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn的价值。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物,通过已知Pg、Pi和Pn的16SrDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引... 详细信息

目的:探讨采用16SrDNA结合膜芯片检测牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn的价值。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物,通过已知Pg、Pi和Pn的16SrDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA,PCR产物和已点样有Pg、Pi和Pn的3种探针的膜芯片杂交,进行分析。结果:膜芯片上的Pg、Pi和Pn3种探针只能与相对应的Pg、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应。结论:用16SrDNA结合膜芯片,可准确检测Pg、Pi和Pn,具有很高的特异性,有望成为一种有效的临床检测方法。

关键词： 16S rDNA 微阵列芯片牙周致病菌

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聚合酶链式反应微芯片系统用于微量生物样品的快速扩增检测

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分析化学 2005年第9期33卷 1354-1357页

作者：邹志青陈飞周洪波金庆辉杨梦苏赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

基于MEMS微加工技术设计和制作了一种集成微加热器和温度传感器的聚合酶链式反应(PCR)微芯片。PCR微芯片结构通过有限元模拟验证分析。该芯片在PCR扩增过程中具有良好的制热效率和热传递均匀性。在微型温度控制电路装置下进行热循环反应... 详细信息

基于MEMS微加工技术设计和制作了一种集成微加热器和温度传感器的聚合酶链式反应(PCR)微芯片。PCR微芯片结构通过有限元模拟验证分析。该芯片在PCR扩增过程中具有良好的制热效率和热传递均匀性。在微型温度控制电路装置下进行热循环反应,芯片的温度起伏小于1℃/s,升降温速度分别达到5℃/s和3℃/s,30个热循环耗时30min。此系统已经用于GUS基因的扩增检测,获得了良好的结果,极大的缩短了热循环的时间,可用于微量生物样品的快速扩增检测。

关键词：聚合酶链式反应微芯片微加热器和温度传感器

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一种硅基集成PCR微芯片的传热数值分析

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功能材料与器件学报 2005年第4期11卷 471-475页

作者：陈飞邹志清周洪波金庆辉赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

设计和制作了一种基于MEMS技术的硅基集成PCR(聚合酶链式反应)微芯片,采用有限容积法,边界条件考虑自然对流换热和辐射换热,对PCR微芯片的传热过程进行了数值模拟。主要分析了样品的升、降温速度和样品内部的温度均一性。分析结果表明... 详细信息

设计和制作了一种基于MEMS技术的硅基集成PCR(聚合酶链式反应)微芯片,采用有限容积法,边界条件考虑自然对流换热和辐射换热,对PCR微芯片的传热过程进行了数值模拟。主要分析了样品的升、降温速度和样品内部的温度均一性。分析结果表明芯片具有较高的升、降温速度,而且样品内部的温度均一性也满足PCR反应的要求。芯片在温度控制系统下进行了热循环反应,实现了GUS基因的扩增,获得了良好的实验结果。

关键词： PCR微芯片传热数值模拟

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基因芯片法特异性检测丙型肝炎病毒的基因分型

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中国免疫学杂志 2005年第9期21卷 687-689页

作者：李宁毛红菊祁自柏刘康栋关洪全赵建龙上海200050 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯实验室中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯实验室沈阳110032 中国药品生物制品检定所北京100050 辽宁中医学院基础医学院

目的:采用基因芯片特异性检测血清中丙型肝炎病毒(HCV)并进行基因分型。方法:设计HCV基因型特异探针,将其固定在玻璃片上制成微阵列芯片。阳性组血清60份,阴性组血清15份,乙型肝炎血清5份(抗HCV阴性)。经核酸提取,多聚酶链式反应(PCR)扩... 详细信息

目的:采用基因芯片特异性检测血清中丙型肝炎病毒(HCV)并进行基因分型。方法:设计HCV基因型特异探针,将其固定在玻璃片上制成微阵列芯片。阳性组血清60份,阴性组血清15份,乙型肝炎血清5份(抗HCV阴性)。经核酸提取,多聚酶链式反应(PCR)扩增,与芯片上的探针杂交,最后分析结果并与测序分型结果比较。结果:阳性组血清全部检测到HCVRNA,均有基因芯片分型结果。基因芯片分型结果与测序分型结果一致者56例。阴性组血清HCVRNA全部阴性。乙型肝炎血清全部阴性。结论:基因芯片可准确对HCV感染血清做定性检测并同时检测HCV基因型,简便快捷,特异性好,并且不需荧光标记和昂贵的荧光扫描仪器,与乙型肝炎血清无交叉反应。可替代基因测序分型,适于临床大量样品的检测。

关键词：基因芯片丙型肝炎病毒基因型

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