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2013年全国第四次牙体牙髓病学临床研讨会

作者：漆正楠曹慧敏江禾刘正唐子圣上海交通大学医学院附属第九人民医院牙体牙髓科上海市口腔医学重点实验室中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

目的：检测原发性根尖周炎感染根管内的11种细菌，分析与临床症状相关的细菌及其组合。材料及方法：从原发性根尖周炎患者中收集90例感染根管内的细菌学样本，包括57例有症状样本与33例无症状样本。经DNA抽提及16S rDNA扩增后，将PCR产... 详细信息

目的：检测原发性根尖周炎感染根管内的11种细菌，分析与临床症状相关的细菌及其组合。材料及方法：从原发性根尖周炎患者中收集90例感染根管内的细菌学样本，包括57例有症状样本与33例无症状样本。经DNA抽提及16S rDNA扩增后，将PCR产物与点样有11种特异寡核苷酸探针的基因芯片杂交，利用激光共聚焦扫描仪分析杂交结果。通过卡方检验、聚类分析以及主成分分析等多种统计方法揭示检出率与临床症状相关的细菌及其组合。

关键词：微生物原发性根尖周炎基因芯片临床症状

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酶显色法基因芯片检测幽门螺杆菌克拉霉素耐药基因

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中华医院感染学杂志 2009年第24期19卷 3325-3329页

作者：宣世海周玉贵邵柏崔亚林周洁王琴徐康王惠民褚少朋景奉香金庆辉南通大学附属东台医院检验科江苏东台224200 南通大学附属医院检验医学中心江苏南通226001 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

目的建立酶显色法基因芯片快速、准确检测幽门螺杆菌(Hp)克拉霉素耐药基因。方法设计一对引物,以地高辛标记其中一条引物,扩增Hp 23S rRNA部分基因,得到285 bp DNA片段,根据23S rRNA上的5个位点设计探针和制作芯片,扩增产物与芯片杂交,... 详细信息

目的建立酶显色法基因芯片快速、准确检测幽门螺杆菌(Hp)克拉霉素耐药基因。方法设计一对引物,以地高辛标记其中一条引物,扩增Hp 23S rRNA部分基因,得到285 bp DNA片段,根据23S rRNA上的5个位点设计探针和制作芯片,扩增产物与芯片杂交,酶显色后扫描判读结果。结果63例Hp阳性标本中,芯片结果显示突变率:A2143G为3.17%、T2182C为11.11%、A2143G+T2182C为14.29%;酶显色法芯片和DNA直接测序法检测Hp 23S rRNA基因多态性结果符合率为96.83%;质粒浓度为1.53×102拷贝/μl时芯片法仍可检测到野生和突变信号。结论酶显色法芯片检测实现了高通量的同时具有较高敏感性和特异性,能同时检测23S rRNA的多种突变型,无需特殊仪器,可以用于指导临床合理用药和进行流行病学调查,有一定的临床应用价值。

关键词：基因芯片幽门螺杆菌克拉霉素耐药

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基因芯片技术分析慢性根尖周炎患牙产黑色素菌

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临床口腔医学杂志 2009年第2期25卷 82-85页

作者：唐子圣曹慧敏刘正江禾吴明桃赵建龙梁景平上海交通大学医学院附属第九人民医院.口腔医学院牙体牙髓科.上海市口腔医学研究所上海200011 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

目的:利用基因芯片技术分析慢性根尖周炎患牙根管中牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis,Pe)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)和中间普氏菌(Prevotella intermedia,Pi)三种产黑色素菌(black-pigmented bacteria,BPB)。方法:收集76例慢性根尖周炎患牙根管细菌学样本,经DNA抽提,PCR荧光标记后,与点样有Pe、Pg和Pi三种菌特异寡核苷酸探针的基因芯片进行杂交,用激光共聚焦扫描仪分析杂交结果,最后进行统计分析。结果:慢性根尖周炎患牙中Pe、Pg和Pi三种菌的检出率分别为48.68%,32.89%,42.11%。Pe和Pg两菌同时被检出具有统计学意义(p<0.05)。Pe和Pg与瘘管显著相关(p<0.01),Pe和Pg同时感染与瘘管、脓肿显著相关(p<0.01)。结论:产黑色素菌与慢性根尖周炎关系密切,Pe、Pg和瘘管、脓肿显著相关。用基因芯片技术分析慢性根尖周炎患牙中细菌具有快速、灵敏、高效的特点,而且可以通过增加基因芯片上探针数目扩展被检出菌的种类。

关键词：基因芯片慢性根尖周炎产黑色素菌根管致病菌

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酪氨酸激酶受体多肽片段在SPR传感芯片表面的磷酸化及其与下游蛋白的相互作用

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分析化学 2008年第10期36卷 1327-1332页

作者：李雪玲黄明辉曹慧敏陈瑶赵建龙杨梦苏中国科学院上海微系统与信息技术研究所香港城市大学深圳药用生物芯片重点实验室

胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R)信号转导通路与各种正常生理活动及多种疾病发生密切相关。将IGF-1R来源的未磷酸化多肽序列LYASVNPEY固定于表面等离子体共振(SPR)生物传感器专用的CM5芯片表面,以含有相应蛋白激酶的细胞裂解液进行处理... 详细信息

胰岛素样生长因子-1受体(IGF-1R)信号转导通路与各种正常生理活动及多种疾病发生密切相关。将IGF-1R来源的未磷酸化多肽序列LYASVNPEY固定于表面等离子体共振(SPR)生物传感器专用的CM5芯片表面,以含有相应蛋白激酶的细胞裂解液进行处理,利用SPR生物传感器和抗酪氨酸磷酸化抗体PY20进行酪氨酸磷酸化水平检测。结果表明:PY20能灵敏地检测多肽酪氨酸磷酸化水平变化,即能够区分不同孵育时间以及不同成分的细胞裂解液所引起的多肽酪氨酸磷酸化水平差异;研究了IGF-1R来源多肽的酪氨酸磷酸化对多肽-蛋白间相互作用的影响,证实了只存在磷酸化的多肽与其下游的胰岛素受体底物(IRS-1)相互作用,测定了此磷酸化的多肽与IRS-1的亲和常数(KA)为(2.02±0.09)×108Lmol-1、结合速率常数(ka)为(2.30±0.15)×106Lmol-1s-1以及解离速率常数(kd)为(1.14±0.13)×10-2s-1。这种新型的模拟受体的多肽酪氨酸磷酸化研究方法可用于受体磷酸化信号通路的研究以及基于这些信号通路的药物筛选研究。

关键词：表面等离子体共振生物传感器胰岛素样生长因子-1受体激酶酪氨酸磷酸化亲和力

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柔性神经微电极阵列设计及微加工工艺研究

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微细加工技术 2008年第2期 43-47页

作者：吴义伯邢玉梅倪鹤南徐爱兰惠春任秋实李刚上海交通大学微纳科学技术研究院微米/纳米加工技术国家重点实验室薄膜与微细技术教育部重点实验室上海200030 上海交通大学生命科学技术学院上海200030 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

采用聚对二甲苯(parylene)作为基底,通过对柔性神经微电极阵列结构、引线排布、电极材料等进行优化选择和设计,并采用微机电加工工艺(MEMS),设计并研制出了2×8柔性神经微电极阵列,旨在为视网膜神经接口电极的研究开发奠定基础。

关键词：微电极阵列聚对二甲苯微加工工艺柔性基底视网膜修复

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一种用于免疫测定的蛋白质微阵列的制备方法

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分析化学 2007年第1期35卷 153-158页

作者：许宝建金庆辉赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050 中国科学院研究生院北京100039

利用SU-8光刻胶光刻成型技术成功制备了具有进样孔、管道、贮液池和喷孔等结构的微喷阵列芯片,通过调节点样液中DMSO、硼酸盐和PBS溶液的混合比例,降低了点样液的蒸汽压,避免了微量溶液的快速蒸发,稳定了液体在管道中传输速度,提高了蛋... 详细信息

利用SU-8光刻胶光刻成型技术成功制备了具有进样孔、管道、贮液池和喷孔等结构的微喷阵列芯片,通过调节点样液中DMSO、硼酸盐和PBS溶液的混合比例,降低了点样液的蒸汽压,避免了微量溶液的快速蒸发,稳定了液体在管道中传输速度,提高了蛋白质传输到尼龙膜上的传输效率,避免了管道和喷孔之间的交叉污染,并解决了多次重复利用后残留样品影响等问题。人IgG经过该芯片喷点到尼龙膜形成5×5蛋白质微阵列,与辣根过氧化物酶标记的羊抗人IgG进行抗原抗体反应,25个样品点信号的相对标准偏差能达到4.1%,直径相对标准偏差达到了3.0%。

关键词： SU-8 微阵列微喷阵列芯片微制作免疫测定抗原抗体反应

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微阵列芯片检测六种口腔细菌方法研究

微阵列芯片检测六种口腔细菌方法研究

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IADR中国分会第八届年会暨第七届全国中青年口腔医师学术研讨会(The 8th Annual Scientific Meeting of IADR Chinese Division and The 7th National Symposium for Young Dentists)

作者：唐子圣曹慧敏刘正江禾赵建龙梁景平上海交通大学医学院附属第九人民医院牙体牙髓科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

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微阵列芯片检测四种产黑色素根管致病菌方法研究

微阵列芯片检测四种产黑色素根管致病菌方法研究

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2007年第七次全国牙体牙髓病学学术会议

作者：唐子圣曹慧敏刘正赵淑娟王蓓赵建龙梁景平上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔内科

目的:牙髓卟啉菌Pe、牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn是4种公认的根管致病菌,因为它们培养时都能产生黑色素并且在分类学上关系密切,因此在临床上要同时检测并鉴定出这4种产黑色素根管致病菌相当困难,本研究目的就是想利用微... 详细信息

目的:牙髓卟啉菌Pe、牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn是4种公认的根管致病菌,因为它们培养时都能产生黑色素并且在分类学上关系密切,因此在临床上要同时检测并鉴定出这4种产黑色素根管致病菌相当困难,本研究目的就是想利用微阵列芯片技术研制一种能同时检测上述4种产黑包素根管致病菌的微阵列芯片。方法:利用Genebank中细菌16S rDNA保守区序列设计一对通用引物,通过已知Pe、Pg、Pi和Pn的16S rDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA,PCR产物和已点样有Pe、Pg、Pi和Pn四种探针的微阵列芯片杂交,通过对杂交结果的分析,可以不断调整探针序列直到其特异性得到证实。然后通过检测临床感染根管细菌学标本来对这个微阵列芯片进行测试。结果:杂交结果显示芯片上的Pe、Pg、Pi和Pn4种探针只能和相对应的Pe、Pg、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应,并且用此芯片能从临床感染根管细菌学标本中准确快速的检测出Pe、Pg、Pi和Pn。结论:用微阵列芯片的方法可以准确检测Pe、Pg、Pi和Pn,具有很高的特异性,有希望发展为一种有效的临床检测系统。

关键词：微阵列芯片根管致病菌 16S rDNA

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应用16SrDNA基因芯片检测4种产黑色素感染根管可疑致病菌

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临床口腔医学杂志 2007年第11期23卷 655-658页

作者：江禾曹慧敏唐子圣朱彩莲梁景平赵建龙王友群刘正中国药科大学药学院江苏南京210009 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海交通大学医学院附属第九人民医院.口腔医学院牙体牙髓科上海市口腔医学研究所

目的:研制快速检测牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis,Pe)、中间普氏菌(Prevotella intermedia,Pi)和变黑普氏菌(Prevotella nigrescens,Pn)的芯片系统。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物;通过已知Pg、Pe、Pi和Pn的16SrDNA可变区序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA并作荧光标记,PCR产物和已点样有Pg、Pe、Pi和Pn4种探针的芯片杂交,并用荧光扫描仪进行分析。结果:芯片上的Pg、Pe、Pi和Pn4种探针只与相对应的Pg、Pe、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应。结论:应用16SrDNA基因芯片可以准确检测Pg、Pe、Pi和Pn,快速、灵敏、特异性高,有望在临床上得到应用。

关键词： 16 S rDNA 微阵列芯片根管致病菌

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硅微喷阵列芯片的设计、制作与应用研究

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微细加工技术 2006年第4期 48-52页

作者：许宝建乔治金庆辉赵建龙中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室

介绍了一种用于制作生物微阵列的新型微喷阵列芯片。基于半导体光刻技术和干法刻蚀技术,成功制作了喷孔外侧含有间隙环的硅微喷阵列芯片,解决了溶液进样难、微阵列样品点缺失、样品点漂移以及液体回流等问题。在5 kPa气压驱动下,该芯片... 详细信息

介绍了一种用于制作生物微阵列的新型微喷阵列芯片。基于半导体光刻技术和干法刻蚀技术,成功制作了喷孔外侧含有间隙环的硅微喷阵列芯片,解决了溶液进样难、微阵列样品点缺失、样品点漂移以及液体回流等问题。在5 kPa气压驱动下,该芯片中的样品能在3.4 mm×3.4 mm的玻璃片上制成5×5样品微阵列,25个点的直径平均值为356μm,直径的变异系数(25个点直径的标准偏差与算术平均值的比值)为2.8%。计算流体力学模拟结果和实验结果均表明,该微喷阵列芯片能快速、稳定地制作出样品点大小均一的微阵列,进一步推动了微阵列芯片的应用和发展。

关键词：微喷阵列芯片微阵列深反应离子刻蚀计算流体力学模拟

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