检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：李骞李旭东向俊峰孙红霞张虹刘岩周秋菊唐亚林徐筱杰北京分子科学国家实验室分子动态与稳态结构国家重点实验室中国科学院化学研究所北京100080 北京大学化学与分子工程学院

真核生物染色体末端存在端粒结构,人体端粒DNA 由5'-TTAGGG-3'重复单元组成，在生理条件下可通过鸟嘌呤碱基间的Hoogsteen 氢键形成G-四链体。研究表明,正常体细胞中通常无端粒酶的表达,而85％以上的肿瘤细胞中端粒酶表达呈阳性... 详细信息

真核生物染色体末端存在端粒结构,人体端粒DNA 由5'-TTAGGG-3'重复单元组成，在生理条件下可通过鸟嘌呤碱基间的Hoogsteen 氢键形成G-四链体。研究表明,正常体细胞中通常无端粒酶的表达,而85％以上的肿瘤细胞中端粒酶表达呈阳性,这说明端粒酶与细胞的恶性转化及维持分裂增殖可能具有密切的关系。G-四链体结构能够有效抑制端粒酶的活性,由此,以G-四链体为靶点来寻求能够诱导、稳定或识别四链体结构的小分子是当前研究开发抗肿瘤药物的重要途径和热点研究领域之一。文献报道蒽醌类化合物能够通过稳定G-四链体结构从而抑制肿瘤细胞增值,本文根据已知分子结构与生物活性的38个1,4-二取代蒽醌类化合物的细胞活性数据,通过分子模拟技术,建立了以G-四链体为靶标的抗肿瘤药效团模型。模型中含有两个氢键受体,两个疏水中心和一个正电中心。此模型具有较好的相关性(训练集抗肿瘤细胞增值IC50 预测值与实验值线性相关系数为0.86)。我们应用此模型在中草药三维结构数据库中进行虚拟筛选(数据库中的每个分子最多有100个构象可供选择),在筛选结果中选择了15个化合物为研究对象,通过光谱/波谱学分析、端粒重复扩增实验和抗肿瘤细胞增殖实验进行了分子机理和生物活性研究,研究表明平面型分子主要作用在G-四链体顶部的平坦区域,而链状分子主要是镶嵌在G-四链体侧面的沟槽中,化合物能够显著稳定G-四链体结构,本研究工作基于生物靶分子的识别,发展了一种发现和设计抗肿瘤先导分子结构的方法:通过能识别和稳定G-四链体的分子及其衍生物的细胞活性数据,构建药效团模型,在化合物库中进行虚拟筛选,由分子对接初步确定结合模式,利用分子动力学模拟预测活性,再结合三维构效关系进一步提出分子结构的改造方案,从而可以获得高活性的抗肿瘤化合物的结构,为新型抗肿瘤药物的研发提供基础。

关键词： G-四链体分子模拟抗肿瘤药物虚拟筛选生物活性

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单分子FRET技术研究蛋白质折叠过程

单分子FRET技术研究蛋白质折叠过程

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第五届全国化学生物学学术会议

作者：孟祥兰刘鹏程曲鹏王志珍赵新生北京大学分子动态与稳态结构国家重点实验室及化学与分子工程学院化学生物学系中国科学院生物物理研究所北京大学分子动态与稳态结构国家重点实验室及化学与分子工程学院化学生物学系中国科学院生物物理研究所北京大学分子动态与稳态结构国家重点实验室及化学与分子工程学院化学生物学系

＜正＞金黄色葡萄球菌核酸酶（Staphylococcal Nuclease）含有149个氨基酸,由α和β两个亚结构域组成,变性复性过程可逆,很早就作为酶学和蛋白质折叠研究的模型蛋白之一。我们采用半胱氨酸突变技术分别对α和β亚结构域的两个位点特异... 详细信息

＜正＞金黄色葡萄球菌核酸酶（Staphylococcal Nuclease）含有149个氨基酸,由α和β两个亚结构域组成,变性复性过程可逆,很早就作为酶学和蛋白质折叠研究的模型蛋白之一。我们采用半胱氨酸突变技术分别对α和β亚结构域的两个位点特异性地标记 Alexa 555和 Alexa 647染料,利用单分子荧光共振能量传递（FRET）技术研究了不同盐酸胍浓度下金黄色葡萄球菌

关键词：单分子检测荧光共振能量传递金黄色葡萄球菌核酸酶蛋白质折叠中间体

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LFMO和NBO的定域性和作用能解析

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高等学校化学学报 2006年第1期27卷 96-99页

作者：刘向文包鹏虞忠衡中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100080

为分析苯并分子C12H6的垂直共振能(VRE),建立了定域片断分子轨道(LFMO)和自然键轨道(NBO)两种基组,并在两种基组之上进行NBO能量分析和Morokum a能量分解.在NBO能量分析中,两种基组的VRE都是稳定的;而在Morokum a能量分解中,VRE的稳定... 详细信息

为分析苯并分子C12H6的垂直共振能(VRE),建立了定域片断分子轨道(LFMO)和自然键轨道(NBO)两种基组,并在两种基组之上进行NBO能量分析和Morokum a能量分解.在NBO能量分析中,两种基组的VRE都是稳定的;而在Morokum a能量分解中,VRE的稳定性取决于基组.在NBO能量分析中,Fock矩阵的一次性对角化忽视了σ体系和π体系之间的电子耦合作用.故NBO基组和NBO能量分析方法在计算VRE时似乎都不合理.

关键词：自然键轨道定域片断分子轨道一次性对角化 Morokuma能量分解垂直共振能

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DFT能量分解和氮苄叉基苯胺分子π电子离域能的研究

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高等学校化学学报 2006年第8期27卷 1526-1529页

作者：马艳平包鹏虞忠衡中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100080

为了探索密度泛函理论(DFT)方法中氮苄叉基苯胺分子π电子离域的本质,介绍了将非平面分子氮苄叉基苯胺分子的DFT能量分成π和σ的方法,并将π和σ电子能量分成单电子能部分:动能ΔEKπ(θ),ΔEKσ(θ)和位能ΔEPπ(θ),ΔEPσ(θ);双电... 详细信息

为了探索密度泛函理论(DFT)方法中氮苄叉基苯胺分子π电子离域的本质,介绍了将非平面分子氮苄叉基苯胺分子的DFT能量分成π和σ的方法,并将π和σ电子能量分成单电子能部分:动能ΔEKπ(θ),ΔEKσ(θ)和位能ΔEPπ(θ),ΔEPσ(θ);双电子相互作用部分:库仑作用ΔEπJπ(θ),ΔEσJσ(θ),ΔEπJσ(θ)和交换相关作用ΔEπXπC(θ),ΔEσXCσ(Δ)以及ΔEπXCσ(θ),分析了垂直离域能ΔEV的稳定性及π电子离域对π和σ体系的影响.在B3LYP/6-31G*,6-311G*,6-31G(2d),6-311G(2d)水平下的计算结果表明,与经典观点不同,π电子的离域是失稳定的,且平面时失稳定性最强;分析各个能量分量表明,在π电子的离域过程中,π和σ体系均对基组较敏感,π体系本身单电子能的影响大于σ体系,π电子离域对双电子部分作用的影响主要体现在π-σ的耦合作用上.

关键词：密度泛函能量分解 π电子离域氮苄叉基苯胺

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假根羽藻(Bryopsis corticulans)LHCⅡ的聚集态对Chl a电子激发态性质的影响

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科学通报 2006年第9期51卷 1027-1033页

作者：左萍陈晖吴义室沈世华王鹏艾希成张建平李良璧匡廷云中国科学院化学研究所分子科学中心分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100080 中国科学院植物研究所光合作用与环境分子生理学重点实验室北京100093

采用稳态吸收、荧光和皮秒时间分辨荧光光谱手段研究了假根羽藻(Bryopsis corticulans)捕光色素-蛋白复合物LHCⅡ(light-harvesting complexⅡ)的单体、三聚体和寡聚体中叶绿素(Chl)a的电子激发态性质．稳态光谱结果表明：选择性激发Chl... 详细信息

采用稳态吸收、荧光和皮秒时间分辨荧光光谱手段研究了假根羽藻(Bryopsis corticulans)捕光色素-蛋白复合物LHCⅡ(light-harvesting complexⅡ)的单体、三聚体和寡聚体中叶绿素(Chl)a的电子激发态性质．稳态光谱结果表明：选择性激发Chla或Chlb时,LHCⅡ寡聚体中Chla的荧光强度减弱并非由Chlb→Chla传能效率的降低造成,主要是由聚集体内激发态Chla的快速猝灭机制引起的．时间分辨荧光动力学分析表明：不同聚集态LHCⅡ中Chla的荧光动力学遵从双指数衰减行为,长寿命组分(4．1～4．7ns)来源于LHCⅡ中Chla的荧光发射；短寿命组分(135-540ps)归属为组成聚集体的蛋白单体内Chla分子间的激发态能量平衡过程,该能量平衡过程的时间尺度因LHCⅡ的聚集程度不同而异,在寡聚体(135ps)中比在单体(540ps)和三聚体(520ps)中的平衡显著加快．上述结果表明,LHCⅡ的三聚体向PSⅡ反应中心传能的本领最强,而寡聚体则具有较强的猝灭LHCⅡ内Chla电子激发态的能力,这可能是一种通过LHCⅡ分子结构的转换来实现光保护功能的机制．

关键词：捕光色素-蛋白复合物时间分辨荧光能量传递假根羽藻(Bryopsis corticulans)

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七叶一枝花中薯蓣皂苷的分离及结构鉴定研究

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分析科学学报 2006年第5期22卷 563-566页

作者：崔艳张秀凤刘扬严宝珍北京化工大学理学院北京100029 中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100080

本文利用高效液相色谱-串联质谱联用方法研究了七叶一枝花中的薯蓣皂苷。实验采用高效液相色谱分离了七叶一枝花中的3种薯蓣皂苷;通过与电喷雾质谱联用获得了这几种化合物的分子量信息;再用MS/MS获得了这几种化合物进一步的结构信息。... 详细信息

本文利用高效液相色谱-串联质谱联用方法研究了七叶一枝花中的薯蓣皂苷。实验采用高效液相色谱分离了七叶一枝花中的3种薯蓣皂苷;通过与电喷雾质谱联用获得了这几种化合物的分子量信息;再用MS/MS获得了这几种化合物进一步的结构信息。采用此方法可快速分析鉴定从七叶一枝花中分离得到的薯蓣皂苷。

关键词：七叶一枝花甾体皂苷薯蓣皂苷高效液相色谱-串联质谱

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ClNO和NSCl离子解离过程研究

ClNO和NSCl离子解离过程研究

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第十四届全国分子光谱学学术会议

作者：姚立葛茂发中国科学院化学研究所分子动态与稳态结构国家重点实验室北京100080

结合紫外光电子能谱-飞行时间质谱和量子化学计算研究了NXCl(X=O,S)离子的解离.在紫外光辐射电离后,ClNO+直接发生Cl-N键的断裂;而NSCl+除了发生S-Cl键的直接断裂,还发生异构化反应,生成更稳定的异构体SNCl+.实验结果表明,作者研制的紫... 详细信息

结合紫外光电子能谱-飞行时间质谱和量子化学计算研究了NXCl(X=O,S)离子的解离.在紫外光辐射电离后,ClNO+直接发生Cl-N键的断裂;而NSCl+除了发生S-Cl键的直接断裂,还发生异构化反应,生成更稳定的异构体SNCl+.实验结果表明,作者研制的紫外光电子能谱-飞行时间质谱可以作为研究气相瞬态物种的有力手段。

关键词： ClNO NSCl 紫外光电子能谱飞行时间质谱离子解离过程量子化学计算

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全氟烷基磺酸酯C—O键断裂的同面S_N2反应

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化学学报 2005年第10期63卷 897-902,i002页

作者：郭丽虞忠衡朱士正陈庆云中国科学院化学研究所分子动态和稳态国家重点实验室北京100080 中国科学院上海有机化学研究所上海200032

用密度泛函理论研究了CF3SO3CF2CF3+F-的碳氧键断裂反应的机理.首先,用DFT方法优化了反应物、中间体、过渡态、产物的平衡构型,分析了碳氧键断裂反应的势能面变化.发现在SN2反应机理中,除了S—O断裂SN2反应外,引起C—O键断裂的同面进攻... 详细信息

用密度泛函理论研究了CF3SO3CF2CF3+F-的碳氧键断裂反应的机理.首先,用DFT方法优化了反应物、中间体、过渡态、产物的平衡构型,分析了碳氧键断裂反应的势能面变化.发现在SN2反应机理中,除了S—O断裂SN2反应外,引起C—O键断裂的同面进攻也是一个可能的反应途径.理论计算表明,最终反应的产物是受热力学控制的,S—O键的断裂绝对地优于C—O的断裂.因此,C—O断裂的同面机理虽然是可能的,但却难以被实验观察到.本文还讨论了端基—CF3在同面SN2反应中的邻位效应,以及基组对这个效应的影响.

关键词： SN2反应键断裂全氟烷基磺酸酯 DFT方法热力学控制理论研究密度泛函平衡构型反应机理反应途径实验观察邻位效应反应物中间体过渡态势能面计算表产物端基碳

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丹酰基丝氨酸与桥联双环糊精作用机理的时间分辨荧光光谱研究

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高等学校化学学报 2005年第4期26卷 693-696页

作者：陈凯贾树岩郝雅琼吴立新吴玉清刘俊秋刘瑞斌张建平艾希成吉林大学超分子结构和材料教育部重点实验室长春130012 分子动态和稳态结构国家重点实验室中国科学院化学研究所分子科学中心北京100080

利用稳态、时间分辨荧光光谱,结合非线性最小二乘法拟合系统研究了手性探针分子丹酰-L-丝氨酸(DLS)与β-环糊精(β-CD)、2-位硒桥联β-CD(1)和2-位碲桥联β-CD(2)的复合及复合机理.对比研究了DLS与三种不同环糊精复合强度及复合方式的差... 详细信息

利用稳态、时间分辨荧光光谱,结合非线性最小二乘法拟合系统研究了手性探针分子丹酰-L-丝氨酸(DLS)与β-环糊精(β-CD)、2-位硒桥联β-CD(1)和2-位碲桥联β-CD(2)的复合及复合机理.对比研究了DLS与三种不同环糊精复合强度及复合方式的差别.结果表明,引入硒桥键不能使化合物1与丹酰基丝氨酸分子很好地复合;而引入碲桥键使化合物2对DLS分子的结合能力相对于β-CD有明显增强.

关键词：丹酰基丝氨酸硒桥联双环糊精碲桥联双环糊精非线性最小二乘法拟合时间分辨荧光光谱

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家蝇与大鼠GABA受体抑制剂的药效团模型及其3D-QSAR研究

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高等学校化学学报 2005年第3期26卷 546-549页

作者：任天瑞沈斌裴剑锋汪永生向文胜国家生物化学工程技术研究中心中国科学院过程工程研究所北京大学化学与分子工程学院分子动态与稳态结构国家重点实验室北京大学理论生物学中心中国科学院计算机网络信息中心北京100080

采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交... 详细信息

采用 DISCOtech方法 ,用 7个大鼠 γ-氨基丁酸 (GABA) A 受体抑制剂和 1 1个家蝇 GABAA 受体抑制剂分别建立了其药效团模型 ;用 Co MFA方法建立了 2 2个大鼠 GABAA 受体抑制剂和 2 9个家蝇 GABAA 受体抑制剂的 3 D-QSAR模型 ,模型的交叉验证相关系数分别为 0 .5 2 6和 0 .679,验证了药效团模型的合理性。

关键词： GABAA受体药效团模型三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA)

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