检索结果-内蒙古大学图书馆

热带海洋学报 2019年第4期38卷 30-40页

作者：雷新明黄晖练健生 MCCOOK Laurence J 中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所广东广州510301 广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州510301 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000 ARC Centre of Excellence for Coral Reef Studies James Cook UniversityTownsville2702Australia

珊瑚藻是海洋生态系统中一类重要的钙化红藻,且具有海洋初级生产力和生态服务功能,已经成为当前热点研究生物之一。目前,世界各国有关珊瑚藻的种类、分布等正在逐渐明晰,而我国海域珊瑚藻的分布研究尚属空白,许多种类的多样性信息也需... 详细信息

珊瑚藻是海洋生态系统中一类重要的钙化红藻,且具有海洋初级生产力和生态服务功能,已经成为当前热点研究生物之一。目前,世界各国有关珊瑚藻的种类、分布等正在逐渐明晰,而我国海域珊瑚藻的分布研究尚属空白,许多种类的多样性信息也需要更新。中国珊瑚藻本底信息的匮乏也阻碍了我国在各个层面上开展珊瑚藻研究与保护工作。为此,文章对中国海域珊瑚藻种类和分布现状进行了汇总与分析。结果表明,中国现有珊瑚藻种类记录162种,合并同物异名种后共计112种,隶属于10科26属,约占全球珊瑚藻种类数的15%;其中大陆有79种,台湾岛66种,香港10种。我国珊瑚藻的分布从渤海到南海均有分布,呈现出明显的热带与亚热带分布特征;其中辽宁、山东、浙江、福建、广东和香港海域记载较少(<20种),而台湾岛、海南岛和三沙海域则较多(>30种)。研究能为明确我国珊瑚藻的种类、数量及分布特征等方面提供良好的参考资料。

关键词：珊瑚藻多样性分布现状中国

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5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性

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水产学报 2018年第4期42卷 465-475页

作者：武宝生司李真孔晓瑜时伟杨敏中国科学院南海海洋研究所热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室中国科学院大学

为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442661 bp;通过对所有序列的长度... 详细信息

为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。

关键词：鲈形目鲹科 ITS1序列多态性系统演化假基因

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中国珊瑚藻分类与分布名录(珊瑚藻亚纲:珊瑚藻目,混石藻目,孢石藻目)

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海洋科学前沿 2019年第2期6卷 70-92页

作者：雷新明黄晖练健生孙有方杨剑辉中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚

我国是世界上生物多样性最高的国家之一。然而迄今为止还没有一个涵盖全国范围的珊瑚藻系统分类和分布名录。本文收集了涉及中国珊瑚藻分类和分布的文献,采用国际上最新的珊瑚藻亚纲下珊瑚藻种类分类系统,通过系统整理,汇编成中国珊瑚... 详细信息

我国是世界上生物多样性最高的国家之一。然而迄今为止还没有一个涵盖全国范围的珊瑚藻系统分类和分布名录。本文收集了涉及中国珊瑚藻分类和分布的文献,采用国际上最新的珊瑚藻亚纲下珊瑚藻种类分类系统,通过系统整理,汇编成中国珊瑚藻分类与分布名录。主要修订有:1) 珊瑚藻目分类单元升级为珊瑚藻亚纲(Corallinophycidae),原包括的三个科级单元分别升级为珊瑚藻目(Corallinales),混石藻目(Hapalidiales)和孢石藻目(Sporolithales);2) 修订了53种同物异名种;3) 补充了一个新属(壳状藻属Crustaphytum)和一新种(太平洋壳状藻C. pacificum)。本名录共收录了截止到2018年10月记述的所有珊瑚藻种类,共计3目10科26属112种,约占世界已接受种类数量的15%。其中,珊瑚藻目包括7科20属99种,混石藻目包括2科4属9种,孢石藻目包括1科2属4种。对沿海各省珊瑚藻的分布分析发现,台湾省是我国珊瑚藻物种多样性记录最丰富的省份,已记述23属66种;其次为海南(14属41种)。本名录全面概括了中国珊瑚藻类的分类和分布,可为深入开展全国范围的珊瑚藻类生物多样性研究与保护提供科学依据。

关键词：珊瑚藻分类多样性名录中国

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三亚珊瑚礁保护区珊瑚礁生态系统现状及其健康状况评价

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生物多样性 2018年第3期26卷 258-265页

作者：孙有方雷新明练健生杨剑辉吴莹莹黄晖中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广州510301 广东省应用海洋生物学重点实验室广州510301 中国科学院大学北京100049 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000 中国科学院北京综合研究中心北京101407

为评估三亚珊瑚礁国家级自然保护区珊瑚礁生态系统的健康状况,本文选取东岛、鹿回头、大东海3个站位调查了珊瑚礁群落、珊瑚礁鱼类和大型底栖动物。通过对比分析历史资料、珊瑚礁现场生态调查与监测及组织专家评审,筛选出一、二级指标... 详细信息

为评估三亚珊瑚礁国家级自然保护区珊瑚礁生态系统的健康状况,本文选取东岛、鹿回头、大东海3个站位调查了珊瑚礁群落、珊瑚礁鱼类和大型底栖动物。通过对比分析历史资料、珊瑚礁现场生态调查与监测及组织专家评审,筛选出一、二级指标并设置权重,使用综合指数计算了三亚珊瑚礁保护区珊瑚礁生态系统健康指数。结果显示,三亚珊瑚礁保护区内共有造礁珊瑚10科21属37种,软珊瑚3种,造礁珊瑚覆盖率和软珊瑚覆盖率分别为14.31%和0.19%,其中鹿回头造礁珊瑚覆盖率最高,为21.58%。珊瑚礁鱼类共14科28属36种,其中,雀鲷科的种类数最多,为11种。鹿回头4 m断面珊瑚礁鱼类密度最大,为154尾/300 m^2。砗磲和龙虾极少发现,珊瑚天敌核果螺多见。东岛、鹿回头、大东海珊瑚礁生态系统健康状况均处于"一般"。本文所采用的方法是结合常规珊瑚礁监测可获得的指标进行评价,简便易操作,通过在三亚珊瑚礁保护区的实践,能够很好地反映珊瑚礁生态系统现状及其健康状况,科研和业务化监测部门均可应用。

关键词：珊瑚礁生态系统健康评价生态现状三亚

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创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析

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微生物学报 2018年第7期58卷 1266-1273页

作者：云龙罗鹏田雨顺丁雄祺胡超群中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州510301 中国科学院大学北京101408

【目的】分析创伤弧菌(Vibrio vulnificus)全基因组框架序列,挖掘感兴趣的遗传位点,探索其是否具有CRISPR系统及其特征。【方法】在病虾体内分离获得了一株创伤弧菌TF3,通过Illumina Miseq测序得到基因组框架序列。经注释分析发现其基... 详细信息

【目的】分析创伤弧菌(Vibrio vulnificus)全基因组框架序列,挖掘感兴趣的遗传位点,探索其是否具有CRISPR系统及其特征。【方法】在病虾体内分离获得了一株创伤弧菌TF3,通过Illumina Miseq测序得到基因组框架序列。经注释分析发现其基因组中存在一个CRISPR-Cas系统,命名为CRISPR-CasTF3,进一步分析发现CRISPR-CasTF3位于一个基因岛上,将该基因岛命名为MGIVvu TF3。对CRISPR-CasTF3及MGIVvu TF3的特征和来源进行了分析。【结果】CRISPR-CasTF3属于与大肠杆菌类似的Ι-E型CRISPR-Cas系统,CRISPR-CasTF3包括8个cas基因,其排列为cas3-cas8e-cse2-cas6-cas7-cas5-cas1-cas2;具有50个重复序列,每二个重复序列间为一个Spacer序列。MGIVvu TF3具有att L和att R序列,含有位点特异性整合、剪切、转移相关的基因。MGIVvu TF3与霍乱弧菌O395基因组中的一个基因岛MGIVch0395具较高相似性,二者最显著的差别在于Spacer序列完全不同,以及各有几个非保守的预测基因。【结论】MGIVvu TF3及CRISPR-CasTF3极有可能通过基因水平转移获得,并且CRISPR-CasTF3系统可以借助MGIVvu TF3实现水平转移。

关键词： CRISPR cas基因基因岛创伤弧菌

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海洋浮游介形类的多样性和生态学研究进展

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生态科学 2019年第6期38卷 190-198页

作者：廖彤晨尹健强李开枝谭烨辉中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室中国科学院南海海洋研究所广州510301 中国科学院大学北京100049 广东省应用海洋生物学重点实验室中国科学院南海海洋研究所广州510301 中国科学院南海生态环境工程创新研究院广州510301

海洋浮游介形类(ostracods)是一类分布较广的小型甲壳动物,大多数是典型的有机碎屑摄食者,本身又是中深层鱼类的饵料,在海洋碳循环中起重要作用。目前海洋浮游介形类研究主要集中在海洋表层,大约还有200—400种的海洋浮游介形类未被发现... 详细信息

海洋浮游介形类(ostracods)是一类分布较广的小型甲壳动物,大多数是典型的有机碎屑摄食者,本身又是中深层鱼类的饵料,在海洋碳循环中起重要作用。目前海洋浮游介形类研究主要集中在海洋表层,大约还有200—400种的海洋浮游介形类未被发现,尤其是栖息于深海的种类。今后介形类分类学研究的重要趋势之一是深海种类的发现。我国介形类研究起步晚,积累少,应加强我国不同海域深海介形类及其与环境关系的深入研究。文章综述了海洋浮游介形类的多样性和生态学等方面的研究进展,重点概述了海腺萤科分类的发展,比较分析了不同海域介形类的物种多样性和分布特征,总结了浮游介形类的生态作用及其影响因素,概括了我国海洋浮游介形类的研究现状,以期为海洋生物多样性、海洋生物地球化学循环以及深海生态学等方面的研究提供基础依据。

关键词：多样性动物地理学生态学海腺萤科介形纲

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造礁石珊瑚共附生固氮微生物的固氮活性

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生态学杂志 2018年第7期37卷 2122-2129页

作者：张颖杨清松张燕英凌娟李俊年董俊德吉首大学生物资源与环境科学学院湖南吉首416000 中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室广州510301 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000

造礁石珊瑚是珊瑚礁生态系统的主要建造者,其共附生微生物参与的生物固氮过程可以缓解寡营养海域的氮素限制,从而维持珊瑚礁生态系统较高的初级生产力。本研究以位于海南三亚鹿回头和西沙南沙洲两地的造礁石珊瑚为对象,采用乙炔还原法... 详细信息

造礁石珊瑚是珊瑚礁生态系统的主要建造者,其共附生微生物参与的生物固氮过程可以缓解寡营养海域的氮素限制,从而维持珊瑚礁生态系统较高的初级生产力。本研究以位于海南三亚鹿回头和西沙南沙洲两地的造礁石珊瑚为对象,采用乙炔还原法测定了不同季节及不同物种的珊瑚共附生固氮微生物的固氮活性;同时测定了海水营养盐含量,分析了珊瑚固氮活性与环境因子之间的关系。结果表明:三亚鹿回头海域的鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)、澄黄滨珊瑚(Porites lutea)和芽枝鹿角珊瑚(Acropora gemmifera)的固氮活性无季节性差异;但相同季节3种珊瑚的固氮活性具有显著的物种间差异,其中鹿角杯形珊瑚的固氮活性最高(P<0.05),夏季为5.925×10^(-11)mol C_2H_4·g^(-1)·h^(-1),冬季为6.471×10^(-11)mol C_2H_4·g^(-1)·h^(-1);西沙寡营养条件下的澄黄滨珊瑚的固氮活性在夏季为5.401×10^(-11)mol C_2H_4·g^(-1)·h^(-1),显著高于同一季节三亚鹿回头的澄黄滨珊瑚的固氮活性(1.971×10^(-11)mol C_2H_4·g^(-1)·h^(-1))(P<0.01)。研究表明,在营养盐浓度较高的背景下,珊瑚的固氮活性受环境因子和季节变化的影响较小。西沙南沙州海水中溶解性营养盐浓度的升高可能会减弱珊瑚共附生固氮微生物的固氮能力。

关键词：珊瑚礁生态系统三亚鹿回头西沙南沙州季节性差异乙炔还原法

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大亚湾核电站邻近水域桡足幼体现场摄食研究

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热带海洋学报 2018年第2期37卷 17-25页

作者：徐翠莲李涛胡思敏王有军黄晖刘胜中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州510301 中国科学院大学北京100049 中国科学院海南热带海洋生物实验站海南三亚572000

桡足类种类多、数量大、分布广,在食物链中处于中间环节,对海洋生态系统的结构稳定起着重要作用。桡足类幼体获取的营养直接影响其发育,进而影响桡足类成体补充乃至种群的稳定。本研究于2015年夏季分别在大亚湾核电站邻近海域S1(进水口... 详细信息

桡足类种类多、数量大、分布广,在食物链中处于中间环节,对海洋生态系统的结构稳定起着重要作用。桡足类幼体获取的营养直接影响其发育,进而影响桡足类成体补充乃至种群的稳定。本研究于2015年夏季分别在大亚湾核电站邻近海域S1(进水口水域)和S2(排水口水域)站进行了调查采样,应用分子生物学方法检测了桡足幼体现场摄食食物组成。结果显示:1)两个站的桡足幼体内共检测到16种不同食物,包括浮游植物(硅藻)11种,后生动物2种、真菌、Ichthyosporea和卵菌类各1种共5大类,其中硅藻(47.30%,克隆数百分比,下同)和被囊动物类后生动物(41.89%)是其主要的食物类群;2)在S1和S2站桡足幼体内分别检测到9种和10种食物,但主要食物类型有差异,S1站较多后生动物(61.54%),而S2站较多硅藻(68.57%);3)S2站的桡足幼体杂食偏植食程度更高,其杂食性系数(0.31)低于S1站(0.72)。结果表明,桡足幼体能根据食物环境有选择地摄食植物饵料和动物饵料,调节食物营养结构;温排水影响水域桡足幼体更偏向植食性,尤其是硅藻,暗示全球变暖可能导致桡足幼体食性偏移。

关键词：大亚湾桡足幼体摄食多样性升温

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环介导等温扩增技术快速检测施罗氏弧菌(Vibrio shilonii)

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微生物学通报 2018年第9期45卷 1871-1880页

作者：杨艺滢陈偿罗鹏丁雄祺谢媚中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东广州510301 中国科学院南海海洋研究所广东省应用海洋生物学重点实验室广东广州510301 中国科学院大学北京100049 中国科学院南海海洋研究所西沙南沙深海海洋环境观测研究站广东广州510301

【背景】近年来,珊瑚白化事件频有发生,面临着严重衰退。由气候变化引起的珊瑚病原菌快速增殖是导致珊瑚白化的主要因素之一。施罗氏弧菌是枇杷珊瑚的致病菌,能侵入珊瑚虫体内而使珊瑚白化死亡。【目的】优化并建立一种钙黄绿素显色法... 详细信息

【背景】近年来,珊瑚白化事件频有发生,面临着严重衰退。由气候变化引起的珊瑚病原菌快速增殖是导致珊瑚白化的主要因素之一。施罗氏弧菌是枇杷珊瑚的致病菌,能侵入珊瑚虫体内而使珊瑚白化死亡。【目的】优化并建立一种钙黄绿素显色法快速检测珊瑚致病菌施罗氏弧菌的环介导等温扩增(Loop-mediatedisothermalamplificaiton,LAMP)检测技术。【方法】以枇杷珊瑚致病菌施罗氏弧菌为研究对象,针对施罗氏弧菌的rpoD (RNA polymerase subunit D)基因设计6条特异性扩增引物,建立LAMP检测体系并检测其特异性和灵敏度,同时对LAMP法、常规PCR和荧光定量PCR3种检测方法进行比较分析。【结果】供检测的10个样品菌株中,施罗氏弧菌反应结果为阳性,呈亮绿色,其他9株包括阴性对照(灭菌水为模板)反应结果为阴性,呈浅橙黄色;同时,所建立的钙黄绿素-LAMP方法最低检测限度为3.641×10~3 cps/mL,具有与荧光定量PCR等同的灵敏度和准确性,是常规PCR最低检测限度的0.1%;此外,通过模拟野外海水样品检测发现,钙黄绿素-LAMP方法对海水样品中施罗氏弧菌的检测限度可达1.3×10~2 CFU/mL。【结论】建立的钙黄绿素-LAMP检测技术具有很好的特异性、灵敏度和准确性,其操作方法简单、方便,无需昂贵仪器,适用于野外现场珊瑚致病菌施罗氏弧菌的快速检测。

关键词：枇杷珊瑚施罗氏弧菌环介导等温扩增

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马氏珠母贝水通道蛋白基因AQP4 cDNA克隆和表达分析

马氏珠母贝水通道蛋白基因AQP4 cDNA克隆和表达分析

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中国动物学会·中国海洋湖沼学会贝类学分会换届大会暨第十九次学术讨论会

作者：潘肖兰刘惠茹许濛许瀚之张华何毛贤中国科学院南海海洋研究所中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室广东省应用海洋生物学重点实验室中国科学院大学中国科学院南海生态环境工程创新研究院

水通道蛋白4（Aquaporin4,AQP4）是一类被动运输水的通道蛋白。本研究根据转录组测序获得的马氏珠母贝AQP4部分片段,采用RACE技术获得了AQP4的全长cDNA,命名为PfAQP4,其5’UTR长度为114 bp,3’UTR为839 bp,ORF长度为858 bp,总共编码285... 详细信息

水通道蛋白4（Aquaporin4,AQP4）是一类被动运输水的通道蛋白。本研究根据转录组测序获得的马氏珠母贝AQP4部分片段,采用RACE技术获得了AQP4的全长cDNA,命名为PfAQP4,其5’UTR长度为114 bp,3’UTR为839 bp,ORF长度为858 bp,总共编码285个氨基酸。PfAQP4含有6个α螺旋跨膜区,5个环、1个主要内嵌蛋白（Major intrinsic protein,MIP）结构域、2个NPA（Asn-Pro-Ala）基序,属于AQP1-like型。利用qPCR技术分析PfAQP4在不同组织、不同发育时期以及盐度胁迫条件下的mRNA表达模式。结果显示:（1）PfAQP4在所有检测组织中均表达,其中在闭壳肌、足、鳃中表达量较高;（2）在不同的发育时期PfAQP4均有表达,其表达量整体上呈现先升高后降低的趋势,其中在2-4细胞期表达量最高,在眼点幼虫期表达量最低;（3）盐度胁迫24、72、120后PfAQP4在高盐度组（36ppt）mRNA相对表达量显著上升,在168降至对照组水平;在低盐（16 ppt）组,PfAQP4相对表达量在24显著性上调,在72恢复至对照组水平。说明盐度影响鳃PfAQP4的表达量,表明在马氏珠母贝渗透压调节中PfAQP4起着非常重要的作用。

关键词：马氏珠母贝水通道蛋白4 盐度胁迫渗透压调节

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