检索结果-内蒙古大学图书馆

分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展（英文）

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物理化学学报 2017年第7期33卷 1354-1365页

作者：曹了然张春煜张鼎林楚慧郢张跃斌李国辉中国科学院大连化学物理研究所分子模拟与设计研究组分子反应动力学国家重点实验室辽宁大连116023 辽河油田总医院辽宁盘锦124010

在当今科学探索中,分子动力学模拟作为实验的辅助,替代甚至引导,有越来越大的重要性。在这篇综述里,我们概括介绍了分子模拟领域的发展历史,特别是专注于近期的进展,包括新的分子力场,增强采样技术以及在研究生物分子体系方面的最新成果。

关键词：分子动力学模拟分子力场增强采样酶促反应

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Modification of Surface Reactivity by CO： Effects on Decomposition and Polymerization of Acetaldehyde on Ru（0001）

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Chinese Journal of Chemical Physics 2017年第6期30卷 643-648,I0001页

作者：陈晓李方亮郭庆戴东旭杨学明中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室能源材料化学协同创新中心大连116023 中国科学院大学北京100049 上海科技大学上海201210

The adsorption and reaction of acetaldehyde on the clean and CO pre-covered Ru（0001） surfaces have been investigated using temperature programmed desorption method. On the clean Ru（0001） surface, the decomposition of acetaldehyde is the main reaction channel, with little polymerization occurring. However, on the CO pre-covered Ru（0001） surface, the de- composition of acetaldehyde is inhibited considerably with increasing CO coverage. Whereas, the polymerization occurs efficiently, especially at high CO coverage （θco〉0.5 ML）, which is strongly CO coverage dependent. Combined with previous studies, the well-ordered hexagohal structure of CO layer formed on the Ru（0001） surface at high CO coverage that matches the configuration of paraldehyde is likely to be the origin of this remarkable phenomenon.

关键词： Acetaldehyde Polymerization Temperature programmed desorption,Ru（0001）

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高能紫外激光解离-质谱系统搭建及应用

高能紫外激光解离-质谱系统搭建及应用

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2018年中国质谱学术大会（CMSC 2018）

作者：刘哲益王志鹏郑凯李杲肖春雷杨学明王方军中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室中国科学院大连化学物理研究所金催化中心

我们成功搭建了紫外激光解离-Exactive Plus EMR质谱分析测量系统,在质谱HCD解离阱中实现了193nm紫外激光解离生物分子和无机金属团簇分子,解离碎片在Orbitrap高分辨检测器中实现了高通量、高灵敏度分析检测。研究结果表明,高能紫外激... 详细信息

我们成功搭建了紫外激光解离-Exactive Plus EMR质谱分析测量系统,在质谱HCD解离阱中实现了193nm紫外激光解离生物分子和无机金属团簇分子,解离碎片在Orbitrap高分辨检测器中实现了高通量、高灵敏度分析检测。研究结果表明,高能紫外激光可以通过单光子直接激发肌红蛋白骨架,产生丰富的a-, x-, b-, y-,c-,z-系列离子碎片,与传统HCD解离方法相比极大提高了蛋白质的解离效率和序列覆盖率(图1)。此外,高能紫外激光还可以实现无机金属团簇如Au25(PPh3)10(SPh)5Cl2的高效解离,在实现外周保护配体的高效剥离后产生一系列裸露的金团簇碎片离子(Au1-Au20)。不同原子数的金团簇碎片离子的强度分布符合价电子配对规则。我们进一步在HCD解离阱中通入了Co等反应气体,可以通过吸附中间体的检测实现高通量测定不同金团簇碎片离子的化学反应活性。

关键词：质谱高能紫外激光蛋白质解离金属团簇解离

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Photoelectron Spectroscopic Study of Methanol Adsorbed Rutile TiO2（110） Surface

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Chinese Journal of Chemical Physics 2017年第6期30卷 626-630,I0001页

作者：郝群庆王志强戴东旭周传耀杨学明中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室大连116023 西安电子科技大学物理与光电工程学院西安710071

Methanol/TiO2（110） is a model system in the surface science study of photocatalysis where methanol is taken as a hole capture. However, the highest occupied molecular orbital of adsorbed methanol lies below the valence band maximum of TiO2, preventing the hole transfer. To study the level alignment of this system, electronic structure of methanol covered TiO2（110） surface has been measured by ultraviolet photoelectron spectroscopy and the molecular orbitals of adsorbed methanol have been clearly identified. The results indicate the weak interaction between methanol and TiO2 substrate. The static electronic structure also suggests the mismatch of the energy levels. These static experiments have been performed without band gap excitation which is the prerequisite of a photocatalytie process. Future study of the transient electronic structure using time-resolved UPS has also been discussed.

关键词： Methanol TiO2 Ultraviolet photoelectron spectroscopy Level alignment

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Environmentally benign and economic synthesis of covalent triazine-based frameworks

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Chinese Journal of Catalysis 2017年第3期38卷 583-588页

作者：张玲刘学杨瑞霞黄年玉邓伟侨三峡大学生物与制药学院湖北省天然产物研究与开发重点实验室湖北宜昌443002 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室辽宁大连116023

Covalent triazine-based frameworks（CTFs） are important microporous materials with a wide range of ***,we demonstrate an environmentally benign and economic synthetic pathway to *** monomers used for CTFs,aromatic nitriles,were obtained by cyanation using nontoxic potassium hexacyanoferrate（Ⅱ） in place of commonly used toxic ***,the CTFs were synthesized by trimerization of the corresponding cyano monomers in molten zinc chloride.A series of CTFs was synthesized,and the highest Brunauer-Emmett-Teller surface area measured in this series was 2404 m^2/*** the synthesized CTFs,CTF_（DCP） exhibited excellent CO_2 adsorption properties,with a CO_2 uptake of 225 mg/g at 0℃.

关键词： Covalent triazine-based framework Aryl bromide Cyanation Potassium hexacyanoferrate（Ⅱ） Palladium acetate

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煤及油母中常见C—X(X=N,S)的解离能

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化工学报 2017年第10期68卷 3900-3905页

作者：李璐樊红军胡浩权中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室辽宁大连116023 大连理工大学化工学院精细化工国家重点实验室辽宁大连116024

煤及油页岩中除了碳、氢和氧原子是主要的组成元素外,氮和硫等杂原子大都以C—X(X=N,S)的键合形式存在,在其结构及转化利用中同样发挥重要的作用。认识C—X的解离能,有助于建立氮、硫热解过程中的迁移模型,丰富对煤及油母中常见化学键... 详细信息

煤及油页岩中除了碳、氢和氧原子是主要的组成元素外,氮和硫等杂原子大都以C—X(X=N,S)的键合形式存在,在其结构及转化利用中同样发挥重要的作用。认识C—X的解离能,有助于建立氮、硫热解过程中的迁移模型,丰富对煤及油母中常见化学键性质的认识,对发展高效清洁的能源利用技术至关重要。利用双杂化密度泛函方法,系统研究了煤及油母中典型C—X键的解离能(BDE)范围。研究结果表明,煤及油母中常见C—N和C—S键的BDE值范围分别是154.1~55.7 kcal·mol^(-1)和83.0~56.6 kcal·mol^(-1)。在热解过程中,苯硫类自由基以及苯胺类自由基会在初期产生,其次才是巯基、胺类自由基等侧链取代自由基脱落。C—S键的整体BDE值范围比其他类型化学键更低,各类化学键最低BDE值的高低顺序符合O—H>C—H>C—C>C—N>C—S>C—O的规律,其中,只有当有PhO·生成时,C—S>C—O,否则C—O>C—S。

关键词：煤油母解离能焓热力学计算化学

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Crossed Molecular Beam Study of H＋CH4 and H＋CD4 Reactions： Vibrationally Excited CH3/CD3 Product Channels

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Chinese Journal of Chemical Physics 2017年第6期30卷 609-613,I0001页

作者：陈文韬俞盛锐袁道福谢婷杨家岳王思雯罗畅谭玉欣缪月张未卿吴国荣杨学明王兴安中国科学技术大学化学物理系能源材料化学协同创新中心合肥230026 浙江师范大学杭州高等研究院杭州311231 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室大连116023

We study the H＋CH4/CD4-＋H2/HD＋CH3/CD3 reactions using the time sliced velocity map ion imaging technique. Ion images of the CH3/CD3 products were measured by the （2＋1） resonance enhanced multi-photon ionization （REMPI） detection method. Besides the CH3/CD3 products in the ground state, ion images of the vibrationally excited CH3/CD3 products were also observed at two collision energies of 0.72 and 1.06 eV. It is shown that the angular distribution of the products CH3/CD3 in vibrationally excited states gradually vary from backward scattering to sideways scattering as the collision energy increases. Compared to the CH3/CD3 products in the ground state, the CH3/CD3 products in vibrationally excited states tend to be more sideways scattered, indicating that larger impact parameters play a more important role in the vibrationally excited product channels.

关键词： Velocity map ion imaging Crossed molecular beam Angular distribution Vibrationally excited state

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C2H4+H体系全维势能面的构建及其动力学研究

C2H4+H体系全维势能面的构建及其动力学研究

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中国物理学会2018年秋季学术会议

作者：付艳林傅碧娜韩永昌大连理工大学物理学院原子与分子物理研究所大连 116024 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室大连 116023 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室大连 116023 大连理工大学物理学院原子与分子物理研究所大连 116024

We report a new global and full-dimensional ground-state potential energy surface(PES)of the H+C2H4→H2+C2H3 *** PES was constructed by using fundamental invariant neural networks(FI-NN)fitting to about 100000 ab init... 详细信息

关键词：全维势能面神经网络 roaming动力学超级能量转移

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高能紫外激光解离-质谱系统搭建及应用

高能紫外激光解离-质谱系统搭建及应用

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2018年中国质谱学术大会

作者：刘哲益王志鹏郑凯李杲肖春雷杨学明王方军中国科学院大连化学物理研究所中国科学院分离分析化学重点实验室大连116023 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室大连市116023 中国科学院大连化学物理研究所金催化中心大连市116023

我们成功搭建了紫外激光解离-Exactive Plus EMR质谱分析测量系统，在质谱HCD解离阱中实现了193nm紫外激光解离生物分子和无机金属团簇分子，解离碎片在Orbitrap高分辨检测器中实现了高通量、高灵敏度分析检测。

关键词：质谱高能紫外激光蛋白质解离金属团簇解离

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An Exact Propagator for Solving the Triatomic Reactive Schrodinger Equation

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Chinese Journal of Chemical Physics 2017年第6期30卷 761-770,I0003页

作者：李学明孙志刚中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室和理论与计算化学中心大连116023 中国科学院大学北京100049

The exact short time propagator, in a form similar to the Crank-Nicholson method but in the spirit of spectrally transformed Hamiltonian, was proposed to solve the triatomic reactive time-dependent schrodinger equation. This new propagator is exact and unconditionally convergent for calculating reactive scattering processes with large time step sizes. In order to improve the computational efficiency, the spectral difference method was applied. This resulted the Hamiltonian with elements confined in a narrow diagonal band. In contrast to our previous theoretical work, the discrete variable representation was applied and resulted in full Hamiltonian matrix. As examples, the collision energy-dependent probability of the triatomic H＋H2 and O＋O2 reaction are calculated. The numerical results demonstrate that this new propagator is numerically accurate and capable of propagating the wave packet with large time steps. However, the efficiency and accuracy of this new propagator strongly depend on the mathematical method for solving the involved linear equations and the choice of preconditioner.

关键词： Time-dependent wavepacket method Spectral difference Spectrally transformed Hamiltonian Exact short time propagator Reactive scattering

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