检索结果-内蒙古大学图书馆

科学通报 2024年第9期69卷 1156-1163页

作者：李翠萍吴林寰舒畅鲍一明马俊才宋述慧中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 国家基因组科学数据中心北京100101 中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心北京100101 中国科学院大学北京100049 中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心) 基因组科学与信息重点实验室北京100101 中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心北京100101 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100101

在现代社会中,数据已成为重要的生产要素和国家基础性战略资源,是维护国家生物安全与社会稳定的利器[1].正确处理和利用数据,有助于我们及时、快速、有效地发现和解决问题,进一步维护社会的和谐稳定发展.在公共卫生安全领域,公共卫生安... 详细信息

在现代社会中,数据已成为重要的生产要素和国家基础性战略资源,是维护国家生物安全与社会稳定的利器[1].正确处理和利用数据,有助于我们及时、快速、有效地发现和解决问题,进一步维护社会的和谐稳定发展.在公共卫生安全领域,公共卫生安全事件成为21世纪人类生存面临的非传统安全威胁之一,特别是新发再发传染病对全球公共卫生和社会经济安全构成严重威胁[2,3].

关键词：公共卫生安全数据驱动非传统安全威胁全球公共卫生和谐稳定发展传染病 21世纪基础性

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系列硫氧化还原酶(SOR)的同源建模

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应用与环境生物学报 2010年第3期16卷 424-428页

作者：孟珍尤晓颜姜成英马俊才中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100101 中国科学院计算机网络信息中心科学数据中心北京100190

硫氧化还原酶(Sulfur oxygenase/reductase,SOR)在嗜热酸古菌硫氧化代谢中具有关键性作用,其催化机理和分子工程等都得到广泛关注.对SOR所涉及的亚基进行分子同源建模研究,并评估其可用性,通过1)序列相似性搜索,2)序列和结构比对,3)初... 详细信息

硫氧化还原酶(Sulfur oxygenase/reductase,SOR)在嗜热酸古菌硫氧化代谢中具有关键性作用,其催化机理和分子工程等都得到广泛关注.对SOR所涉及的亚基进行分子同源建模研究,并评估其可用性,通过1)序列相似性搜索,2)序列和结构比对,3)初始建模,4)分析和评估,5)精修和优化获得未知三维结构SOR的三维模型.同时讨论了此类蛋白质结构建模、评估策略、特征数据提取等.

关键词：同源建模模型合理性评估硫氧化还原酶

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中国HIV基因序列数据管理及分析系统

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中国艾滋病性病 2023年第8期29卷 848-853页

作者：曹丕郭翀晔冯毅李林陈奇廖玲洁李韩平卢键阮玉华杨彤宸范国梅孙清岚李敬云邢辉吴林寰中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心北京100101 中国国家微生物科学数据中心北京100101 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心北京102206 军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所北京100071

本文研究制定了HIV基因序列数据管理的标准格式和数据质量控制的要求,并建立数据系统,对公共参考数据和用户提交的个人数据进行统一管理及分析。通过整合国内外HIV的流行病学和基因序列数据,构建了HIV流行毒株分子传播网络和耐药位点监... 详细信息

本文研究制定了HIV基因序列数据管理的标准格式和数据质量控制的要求,并建立数据系统,对公共参考数据和用户提交的个人数据进行统一管理及分析。通过整合国内外HIV的流行病学和基因序列数据,构建了HIV流行毒株分子传播网络和耐药位点监测为主要功能的“中国艾滋病病毒基因序列数据平台”(https://***/hiv/)。平台融合基因序列质量控制、分子分型和分子网络等分析软件,建立了一体化分析流程,不仅能够提供在线分析工具,还利用融合的国内外基因序列数据,通过序列突变位点识别和分子分型分析,定位了全球和中国HIV-1序列的分型、突变位点及其耐药特征,通过结合多维数据综合分析,实现了全球和中国HIV-1毒株的时空分布谱的绘制、耐药突变谱的绘制,为解析全球不同亚型的耐药位点进化与传播规律,基于真实世界数据的HIV防治策略提供重要的数据支持。

关键词：艾滋病病毒数据库数据管理系统艾滋病病毒分子分型艾滋病病毒分子网络

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我国植物检疫性菌物数据库平台的建设及应用

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微生物学报 2021年第12期61卷 3806-3819页

作者：赵鹏段维军刘芳周欣范国梅马紫英蔡磊中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室北京100101 宁波检验检疫科学技术研究院浙江宁波315012 中华人民共和国宁波海关浙江宁波315012 中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心北京100101

近年来,随着我国对外贸易的不断增长,口岸检测样品量巨大,外来检疫性有害生物尤其是病原菌物传入我国的风险日趋增加,正成为我国国门生物安全的重要威胁。加强外来入侵菌物的防御能力建设,有效防范其造成的生物安全威胁迫在眉睫。由于... 详细信息

近年来,随着我国对外贸易的不断增长,口岸检测样品量巨大,外来检疫性有害生物尤其是病原菌物传入我国的风险日趋增加,正成为我国国门生物安全的重要威胁。加强外来入侵菌物的防御能力建设,有效防范其造成的生物安全威胁迫在眉睫。由于外来入侵菌物各类群的基础研究薄弱,标准参比物质缺乏、基础数据和可检索数据库缺失,大部分物种缺乏准确、高效的鉴定手段,使得现有口岸菌物检疫存在准确性较低、速度较慢、误检漏检率较高等问题。针对上述问题,以我国进境检疫对象及主要进口农林作物上的高频检出但鉴定困难、误检率高的菌物类群为对象,建立了其标准参比物质库、形态特征信息库、多基因序列数据库,并通过整合多个信息库资源实现从检疫样品中初筛到物种精准鉴定的多模块服务平台***/pqfungi,并开放共享。该数据库平台的应用有望促进我国口岸检疫部门的检测便利化水平大幅提升,在"智能海关"建设、维护国门生物安全及促进农林产品安全贸易中发挥重要作用。

关键词：植物检疫性菌物标准库多目标筛查国门安全

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中国微生物资源研究现状及未来发展态势分析（英文）

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微生物学报 2018年第12期58卷 2123-2133页

作者：吴林寰刘柳孙清岚刘斌于建荣徐萍陈方陈云伟李祯祺施慧琳周宇光马俊才中国科学院微生物研究所北京100101 世界微生物数据中心北京100101 中国科学院科技促进发展局北京100864 中国科学院上海生命科学信息中心上海210031 中国科学院成都文献情报中心成都610041 中国普通微生物菌种保藏中心北京100101 微生物资源前期开发国家重点实验室北京100101

【目的】微生物资源由于其对于生命科学基础研究和生物经济的重要价值,一直是全球生物技术竞争的战略重点。中国目前已经成为在生命科学研究领域最有影响力的国家之一,每年发表的论文数量居全球第二位。通过微生物资源的保藏和利用的分... 详细信息

【目的】微生物资源由于其对于生命科学基础研究和生物经济的重要价值,一直是全球生物技术竞争的战略重点。中国目前已经成为在生命科学研究领域最有影响力的国家之一,每年发表的论文数量居全球第二位。通过微生物资源的保藏和利用的分析能够一定程度反映我国微生物研究的整体状况和进展,并进一步反映生命科学研究和生物产业的发展趋势。【方法】本文通过分析我国微生物资源保藏、文献、专利等数据,阐述了我国微生物资源的保藏和利用现状,并同相关国家进行了比较,基于此分析,为我国微生物资源挖掘与利用提供战略方向和建议。【结论】近年来,我国建立了微生物资源国家平台,每年发表论文数量居全球第二位,申请和授权专利数量居全球第一位,充分反映了我国微生物资源研究及其在生物产业的应用现状。我国正在形成一个微生物资源保藏、研究和应用的完整体系,为我国乃至全球的生物经济的发展提供支撑。

关键词：微生物资源保藏中心研究评价

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行至半山坡更陡认识合成生物学发展的关键节点

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生命科学 2021年第12期33卷 1427-1428页

作者：赵国屏中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室上海200032 中国科学院上海营养与健康研究所生物医学大数据中心上海200031 中国科学院天津工业生物技术研究所国家合成生物技术创新中心天津300308 中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所深圳518055 复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系上海200438 山东大学公共卫生学院健康医疗大数据研究院济南250002

"合成生物学"这个名词,自法国化学家Stéphane Leduc (1853—1939)在其1910年出版的《生命与自然发生的物理化学理论》一书中首创(la biologie synthétique)以来,已经有111岁"高龄"了!当然,在其初生之时,... 详细信息

"合成生物学"这个名词,自法国化学家Stéphane Leduc (1853—1939)在其1910年出版的《生命与自然发生的物理化学理论》一书中首创(la biologie synthétique)以来,已经有111岁"高龄"了!当然,在其初生之时,化学与生命科学的交叉融合还极为初浅,由此带来了非科学"比拟(metaphor)"的"先天不足",被冷落了将近半个世纪。

关键词：合成生物学交叉融合关键节点物理化学化学与生命先天不足

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合成生物学的科学问题

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生命科学 2021年第12期33卷 1429-1435页

作者：罗楠赵国屏刘陈立中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所深圳合成生物学创新研究院中国科学院定量工程生物学重点实验室深圳518055 中国科学院分子植物科学卓越创新中心合成生物学重点实验室上海200032 中国科学院上海营养与健康研究所生物医学大数据中心上海200031 中国科学院天津工业生物技术研究所国家合成生物技术创新中心天津300308 复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系上海200438 山东大学公共卫生学院健康医疗大数据研究院济南250002 中国科学院大学北京100049

合成生物学不仅推动了生物工程应用的革命性发展,也为生命科学基础研究带来了崭新机遇。该文提出了合成生物学目前的核心科学问题,一方面是解答生命功能跨层次涌现的原理,另一方面是基于涌现性原理解决生命系统的理性设计与构建这一瓶... 详细信息

合成生物学不仅推动了生物工程应用的革命性发展,也为生命科学基础研究带来了崭新机遇。该文提出了合成生物学目前的核心科学问题,一方面是解答生命功能跨层次涌现的原理,另一方面是基于涌现性原理解决生命系统的理性设计与构建这一瓶颈问题;总结了在合成生物学研究中,当功能涌现原理已知或未知时的不同研究范式,并讨论了合成生物学的定量研究方法,包括基于"定量表征+数理建模"的白箱模型与基于"自动化+人工智能"的黑箱模型。通过结合自上而下的工程研究范式与定量化、理论化的研究方法,定量合成生物学这一新领域将有望推动基础生命科学与合成生物学的双重变革。

关键词：合成生物学定量合成生物学涌现性理性设计研究范式

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高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考

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中国食品药品监管 2024年第6期 32-39页

作者：刘东来吴林寰关文达庞慧芳胡松年许四宏中国食品药品检定研究院国家药品监督管理局医疗器械质量研究与评价重点实验室国家药品监督管理局体外诊断试剂质量研究与评价重点实验室中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心广州医科大学附属第一医院广州呼吸健康研究院中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因... 详细信息

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展。本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议。

关键词：病原宏基因组高通量测序生物信息学分析微生物基因组参考数据库建设现状技术要求

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病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考

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中国食品药品监管 2024年第5期 34-41页

作者：刘东来关文达吴林寰王浩杨子峰许四宏中国食品药品检定研究院国家药品监督管理局医疗器械质量研究与评价重点实验室国家药品监督管理局体外诊断试剂质量研究与评价重点实验室广州医科大学附属第一医院广州呼吸健康研究院中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测... 详细信息

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。

关键词：病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价数字参考品

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我国食品来源金黄色葡萄球菌种群结构分析

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中华流行病学杂志 2023年第6期44卷 982-989页

作者：郭亚慧贺子龙姬庆龙周海健孟凡亮胡晓丰魏销玥马俊才杨玉花赵薇龙丽瑾王新范佳铭遇晓杰张建中华德闫笑梅王海滨内蒙古科技大学包头医学院包头014040 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所/传染病预防控制国家重点实验室/感染性疾病诊治协同创新中心北京102206 北京大数据精准医学高级创新中心/北京航空航天大学医学与工程跨学科创新研究所/北京航空航天大学北京100191 中国检验检疫科学研究院北京100020 解放军疾病预防控制中心北京100032 中国科学院微生物学研究所微生物资源与大数据中心北京100101 吉林省疾病预防控制中心微生物检验所长春130051 西北农林科技大学食品科学与工程学院西安712100 海南省疾病预防控制中心海口570203 北京市朝阳区疾病预防控制中心北京100020

目的了解我国食源性金黄色葡萄球菌(金葡菌)的种群结构。方法通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因(spa)和葡萄球菌染色体mec基因盒(SCCmec)分型,使用BioNu... 详细信息

目的了解我国食源性金黄色葡萄球菌(金葡菌)的种群结构。方法通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因(spa)和葡萄球菌染色体mec基因盒(SCCmec)分型,使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。结果763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个spa型别,其中20种为新ST型别。72个(72/90,80.0%)ST型属于22个克隆群,其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,占82.44%(629/763)。其中优势克隆群中ST型和spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌(MRSA)的阳性率为7.60%,共鉴定出7种SCCmec型别,以ST59-t437-Ⅳa(17.24%,10/58)、ST239-t030-Ⅲ(12.07%,7/58)、ST59-t437-Ⅴb(8.62%,5/58)、ST338-t437-Ⅴb(6.90%,4/58)和ST338-t441-Ⅴb(6.90%,4/58)为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支,命名为Clade1和Clade2,相同克隆群、ST型和spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株,Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株,MRSA菌株按照SCCmec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。结论本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象,这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体,需高度关注。

关键词：金黄色葡萄球菌食源性全基因组测序分子分型

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