检索结果-内蒙古大学图书馆

水生生物学报 2014年第4期38卷 627-635页

作者：范启何舜平中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

鱼类群体遗传学研究主要集中在经济鱼类或濒危物种,然而一些经济价值较低的物种的遗传结构却甚少关注。因此,研究选择了经济价值较低的■(Hemiculter leucisculus),共计323尾个体分别来自13个长江流域及其附属湖泊的自然群体。通过扩增... 详细信息

鱼类群体遗传学研究主要集中在经济鱼类或濒危物种,然而一些经济价值较低的物种的遗传结构却甚少关注。因此,研究选择了经济价值较低的■(Hemiculter leucisculus),共计323尾个体分别来自13个长江流域及其附属湖泊的自然群体。通过扩增线粒体DNA Cytb基因序列片段(1100 bp),以探讨■种群遗传结构和遗传多样性。遗传多样性分析呈现出高单倍型多样性和高核苷酸多样性的模式,表明该种群在长江流域较为稳定。另外,基于线粒体细胞色素b基因的系统发育分析,显示■有5个线粒体谱系(谱系A-F)组成。中性检验和核苷酸错配分布分析均显示谱系A、B、E、F曾经历过种群扩张,并且呈现从上游向中游扩张的规律。谱系间较高且显著的遗传分化指数和显著的系统进化关系,均表明谱系A-F之间存在明显的遗传分化,暗示长江流域可能至少存在4个不同线粒体DNA水平上的种。■种群的遗传结构和多样性可能受到了长江流域特定格局的影响。

关键词：遗传结构细胞色素b基因遗传多样性长江流域

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长江上游干流及赤水河蛇遗传多样性与种群历史分析

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动物学杂志 2016年第5期51卷 833-843页

作者：李小兵唐琼英俞丹刘焕章中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾（14尾）、合江（30尾）及支流赤水河（32尾）蛇鲍（Saurogobio dabryi）种群的线粒体细胞色素b（cyt b）基因序列，研究蛇鲍3个地理种群的遗传多样性及种群历史。用于分析的Cyt b序列长1097 bp，含变... 详细信息

通过分析76尾来自长江上游干流宜宾（14尾）、合江（30尾）及支流赤水河（32尾）蛇鲍（Saurogobio dabryi）种群的线粒体细胞色素b（cyt b）基因序列，研究蛇鲍3个地理种群的遗传多样性及种群历史。用于分析的Cyt b序列长1097 bp，含变异位点28个，其中简约信息位点18个。76尾个体共检测到26个单倍型，整体呈现较高的单倍型多样性（Hd=0．872）和较低的核苷酸多样性（Pi=0．0040）。三个种群共享较多的单倍型。基于单倍型构建的系统发育树及NETWORK网络关系图显示：所有来自长江上游干流和赤水河的单倍型不能按照地理分布各自聚类，而是相互混杂聚在一起；网络关系图呈星状分布，未检测到原始单倍型和进化中心。此外，基于单倍型频率分析得到的三个种群问的遗传分化指数F ST值较低（分别为-0．0293、0．0280和0．0258）。分子方差分析（AMOVA）显示，整体上长江上游干流及赤水河蛇鲍种群变异主要来源于种群内，种群内的变异占总变异的80．00％，表明长江上游干流及赤水河蛇鲍种群属于同一种群，蛇约各地理种群问基因交流频繁。中性检验、错配分析及BSP（Bayesian skyline plot）分析显示，整体上长江干流及赤水河蛇鲍种群在距今0～0．025Ma（百万年）期间发生过种群扩张现象。

关键词：长江上游赤水河蛇约线粒体细胞色素b基因遗传多样性

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四膜虫功能基因组数据库增量更新2016:生活史和减数分裂转录组及磷酸化蛋白组资源建设

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基因组学与应用生物学 2016年第6期35卷 1443-1450页

作者：杨文涛张晶闫冠雄田苗袁冬霞缪炜曾宏辉熊杰中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网... 详细信息

原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网络和转录组数据,我们构建了四膜虫功能基因组数据库,其目前已成为模式生物嗜热四膜虫研究的两个重要数据库之一。在过去几年里,随着对四膜虫功能基因组学研究的深入,相关组学数据也实现了一定积累,对这些数据的整合也非常迫切。基于此,我们对四膜虫功能基因组数据库进行了增量更新。更新内容主要包括三个方面:(1)四膜虫生活史不同时期转录组数据;(2)四膜虫接合生殖减数分裂过程转录组数据;(3)磷酸化蛋白组数据。此次增量更新进一步提升和完善了四膜虫功能基因组数据库的内容和功能,对以四膜虫为对象的相关研究工作具有重要作用。

关键词：四膜虫四膜虫功能基因组数据库增量更新生活史转录组减数分裂转录组磷酸化蛋白组

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嗜热四膜虫SPO11基因缺陷型细胞株的基因表达变化分析

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基因组学与应用生物学 2016年第2期35卷 350-357页

作者：张晶闫冠雄田苗袁冬霞熊杰缪炜中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

有性生殖的关键过程是通过减数分裂产生生殖细胞,而减数分裂的一个重要环节是进行基于DNA双链断裂的同源染色体重组。在同源染色体重组过程中,SPO11蛋白催化产生DNA双链断裂,从而起始同源染色体的重组。因此,研究SPO11基因缺失在减数分... 详细信息

有性生殖的关键过程是通过减数分裂产生生殖细胞,而减数分裂的一个重要环节是进行基于DNA双链断裂的同源染色体重组。在同源染色体重组过程中,SPO11蛋白催化产生DNA双链断裂,从而起始同源染色体的重组。因此,研究SPO11基因缺失在减数分裂过程中所引起的基因表达变化有助于在转录组水平上了解该基因的作用。本研究通过对嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)野生型和SPO11敲除细胞株在接合生殖时期2 h、3 h、4 h、5 h四个时间点的转录组进行高通量测序。通过差异表达基因分析和功能富集分析,发现SPO11基因敲除之后嗜热四膜虫在接合生殖时期2 h时,与DNA代谢过程和DNA复制相关基因的表达发生变化,推测SPO11基因敲除导致的减数分裂过程异常可能与DNA代谢过程和DNA复制相关。

关键词：嗜热四膜虫减数分裂 SPO11 基因表达转录组

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野生圆口铜鱼卵巢成熟内分泌信号表达分析

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水生生物学报 2016年第3期40卷 431-442页

作者：夏雨果陈晓文贺江燕刘家寿殷战中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

圆口铜鱼(Coreius guichenoti)是一种呈群同步发育繁殖的鱼类,对其卵巢成熟各时期特征分析,可进一步了解鱼类卵巢成熟的分子调控机制,并为人工催产实践提供理论支持。研究以野生雌性圆口铜鱼不同发育时期的卵巢为研究对象,通过现场卵巢... 详细信息

圆口铜鱼(Coreius guichenoti)是一种呈群同步发育繁殖的鱼类,对其卵巢成熟各时期特征分析,可进一步了解鱼类卵巢成熟的分子调控机制,并为人工催产实践提供理论支持。研究以野生雌性圆口铜鱼不同发育时期的卵巢为研究对象,通过现场卵巢解剖观察以及实验室内组织学分析,收集处于Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ期的卵巢组织样本进行转录组分析。研究显示野生圆口铜鱼卵巢组织在其成熟发育各阶段具有明确的组织学和转录表达特征。研究采用全序列转录组测序分析,以鲤科模式鱼类斑马鱼的基因序列作为主要参考序列,共检测得到11495 bp基因片段。聚焦内分泌/自分泌信号分子的转录表达,发现促乳素(Prolactin,prl)、卵泡刺激素(Follicle-stimulating hormone,fsh)、雌激素(Estrogen)、前列腺素E2(Prostaglandin E2,PGE2)合成酶类、生长/分化因子9(Growth/differentiation factor 9,gdf9)、激活素(Activin)、和抗穆氏管激素(Anti-Müllerian hormone,amh)等转录表达和卵巢发育成熟呈现出显著的关联动态变化。通过对样品中卵巢成熟诱导激素(Maturationinducing hormone,MIH)合成酶分子的表达水平的观察,发现涉及MIH的17α,20β-dihydroxy-4-pregnen-3-one的合成酶分子表达水平较高,而另一种MIH分子11-deoxycorticosteron的合成酶的表达水平处于检测水平之下,因此,提示17α,20β-dihydroxy-4-pregnen-3-one可能是圆口铜鱼卵巢成熟后期的主要促进因子。同时,发现了完整的胆酸合成酶系列分子在卵巢转录组中的存在,这是鱼类卵巢组织中具有合成胆酸能力的首次报道,其生理作用有待进一步研究。总之,作为一种群同步发育的鱼类,此项研究为鱼类卵巢成熟发育过程中的内分泌信号调控网络提供了大量的数据参考。

关键词：圆口铜鱼卵巢成熟转录组测序分析内分泌/自分泌信号

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长江中下游三个湖泊中鳜消化道寄生蠕虫群落的组成与多样性

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水生生物学报 2015年第2期39卷 301-306页

作者：卢明淼李文祥王微微马幸荣吴山功邹红王桂堂中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

鱼类在食物网中的营养位置对其消化道寄生蠕虫的群落结构有重要作用。本研究调查了梁子湖、洞庭湖、鄱阳湖中鳜(Siniperca chuatsi)消化道寄生蠕虫群落的组成和多样性。在3个湖泊中共发现11种寄生蠕虫,优势种均为范尼道佛吸虫(Dollfustr... 详细信息

鱼类在食物网中的营养位置对其消化道寄生蠕虫的群落结构有重要作用。本研究调查了梁子湖、洞庭湖、鄱阳湖中鳜(Siniperca chuatsi)消化道寄生蠕虫群落的组成和多样性。在3个湖泊中共发现11种寄生蠕虫,优势种均为范尼道佛吸虫(Dollfustrema vaneyi),频率分布中感染有1—2种寄生虫的样本占65%,单个样本中最大物种数为6。3个湖泊中平均物种丰富度为1.53—2.13,Brillouin多样性指数为0.12—0.33,其中鄱阳湖中的多样性最高。梁子湖和洞庭湖之间的Jaccard相似度和百分比相似指数最高。通过比较食物网中不同营养位置鱼类的消化道寄生蠕虫群落结构,发现鳜的消化道寄生虫群落的物种丰富度与多样性水平都高于植食性和杂食性鱼类。研究还讨论了宿主食物组成对消化道寄生蠕虫群落结构的影响。

关键词：鳜寄生虫群落多样性

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长江上游长鳍吻鮈年龄与生长的研究

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四川动物 2010年第3期29卷 352-356页

作者：辛建峰杨宇峰刘焕章暨南大学水生生物研究所广州510632 中国科学院水生生物研究所武汉430072 中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072

根据2005～2007年对长江上游攀枝花、宜宾、合江、木洞、万州江段渔业资源调查资料,研究了长鳍吻鮈的年龄与生长特征。结果表明,体重与体长关系雌雄群体间无显著差异,其表达式为W=6.25×10-6L3.2115(R2=0.932,P<0.01);体长与鳞... 详细信息

根据2005～2007年对长江上游攀枝花、宜宾、合江、木洞、万州江段渔业资源调查资料,研究了长鳍吻鮈的年龄与生长特征。结果表明,体重与体长关系雌雄群体间无显著差异,其表达式为W=6.25×10-6L3.2115(R2=0.932,P<0.01);体长与鳞径关系雌雄群体间无显著差异,其表达式为L=12.00+0.52R(R2=0.906,P<0.01);用Von Bertalanffy方程拟合各生长参数分别为:L∞=299.42mm,k=0.24a-1,t0=-0.42a;生长拐点为4.45a;当前长鳍吻鮈资源处于过度利用状态。

关键词：长鳍吻鮈长江上游年龄生长

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基于线粒体COⅠ基因的沙鳅亚科鱼类DNA条形码及其分子系统发育研究

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水生生物学报 2014年第4期38卷 737-744页

作者：毛云涛甘小妮王绪祯中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

选择线粒体COⅠ基因作为分子标记,进行沙鳅亚科鱼类(Botiinae)DNA条形码及其分子系统发育研究。研究获得了沙鳅亚科7属19种共131个个体的COⅠ基因序列,利用MEGA5.0软件分析了沙鳅亚科鱼类COⅠ基因的序列特征,计算了种内及种间遗传距离... 详细信息

选择线粒体COⅠ基因作为分子标记,进行沙鳅亚科鱼类(Botiinae)DNA条形码及其分子系统发育研究。研究获得了沙鳅亚科7属19种共131个个体的COⅠ基因序列,利用MEGA5.0软件分析了沙鳅亚科鱼类COⅠ基因的序列特征,计算了种内及种间遗传距离。沙鳅亚科鱼类的分子系统发育关系的重建分别采用NJ法和Bayesian法。研究发现,沙鳅亚科COⅠ基因的碱基组成为:A 24.4%、T 29.5%、G 18.0%、C 28.1%。沙鳅亚科鱼类种内平均遗传距离为0.002±0.000,种间平均遗传距离为0.148±0.008。DNA条形码研究结果显示,所分析的19种沙鳅鱼类各自分别聚成单系分支,表明COⅠ基因在本研究中具有100%的物种鉴别率。同时,系统发育分析支持各属的单系性,并且结果显示沙鳅亚科鱼类聚为两个分支,其中一支由薄鳅属和副沙鳅属构成,另一分支则包括:(沙鳅属、色鳅属)和[中华沙鳅属、(缨须鳅属、安彦鳅属)]。因此,COⅠ基因可以作为有效的分子标记对沙鳅亚科进行DNA条形码研究以及分子系统发育研究。

关键词： DNA条形码 COⅠ基因沙鳅亚科物种鉴定

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点滴复膜酵母兔源分离株基因组测序及比较分析

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菌物学报 2022年第2期41卷 237-247页

作者：孙洪超付媛缪伟石团员浙江省农业科学院畜牧兽医研究所浙江杭州310021 中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室湖北武汉430072

点滴复膜酵母Cyniclomyces guttulatus是一种定殖及生长于犬、兔、豚鼠、龙猫、大鼠和小鼠等动物胃肠道内的真菌。与大多数传统酵母相比,点滴复膜酵母具有耐酸(pH 1.5–4.5)、耐高温(38–42℃)的独特生长特性,可在体外快速增殖。腹泻动... 详细信息

点滴复膜酵母Cyniclomyces guttulatus是一种定殖及生长于犬、兔、豚鼠、龙猫、大鼠和小鼠等动物胃肠道内的真菌。与大多数传统酵母相比,点滴复膜酵母具有耐酸(pH 1.5–4.5)、耐高温(38–42℃)的独特生长特性,可在体外快速增殖。腹泻动物粪便中可见大量点滴复膜酵母,尽管没有直接证据表明感染点滴复膜酵母会引起明显病状,但其被认为是多种动物的机会性致病菌。本研究通过全基因组测序和转录组测序明确点滴复膜酵母的基因结构和注释信息,获得点滴复膜酵母的系统性基因组和转录组数据。结果显示基因组大小为29.71 Mb,包含11307个基因,转录组大小为17.67 Mb,GC含量分别为43.02%和43.09%;mRNA、CDS、外显子和内含子的平均长度分别为1476、1447、1374和540 bp;点滴复膜酵母存在517个独特的基因家族,共包括1162个基因,该酵母的独特基因特点为后续研究奠定基础。比较分析结果表明,点滴复膜酵母的基因组大小和数量明显大于其他12种酵母,提示该酵母可能存在全基因组复制,这可能与其独特的胃肠道定殖、耐酸和耐高温生长特性密切相关。

关键词：点滴复膜酵母基因组测序全基因组复制

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鱼类生物完整性评价体系的构建及其在赤水河的应用

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淡水渔业 2014年第6期44卷 81-86,92页

作者：林鹏程刘飞高欣刘焕章中国科学院水生生物研究所中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072

基于河流生态系统相关理论模型以及鱼类适应与河流生态系统结构和功能的对应关系,提出了河流生态系统的四个属性:一般格局、空间连续性、空间异质性和时间过程,并选取33个候选指标用于构建鱼类生物完整性评价体系。结果表明,以期望值10... 详细信息

基于河流生态系统相关理论模型以及鱼类适应与河流生态系统结构和功能的对应关系,提出了河流生态系统的四个属性:一般格局、空间连续性、空间异质性和时间过程,并选取33个候选指标用于构建鱼类生物完整性评价体系。结果表明,以期望值10代表各江段的最佳情况,赤水河各江段(赤水河镇、赤水市和合江县江段)的生态完整性相对较好,平均得分为7.16。赤水河各江段的生态完整性在时空上均无显著性差异。诊断分析显示,赤水河镇江段的时间过程受到一定的干扰;赤水市江段的空间异质性受到一定的干扰;而合江江段的一般格局和空间异质性均受到一定的干扰。建议加强赤水河流域的生态保护,并根据不同江段生态完整性的退化原因制定相应的管理和保护措施。

关键词：生物完整性鱼类长江上游赤水河生态系统结构和功能

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