检索结果-内蒙古大学图书馆

中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会

作者：涂慧君邬龙袁作飞刘超迟浩孙瑞祥贺思敏中国科学院智能信息处理重点实验室中国科学院计算技术研究所

基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据导出软件p Par... 详细信息

基于质谱数据的蛋白质鉴定已经成为蛋白质组学中的基础技术[1],而母离子检测是深度解析鸟枪法蛋白质组学质谱数据的第一步。针对这个问题,我们在2012年开发了可以校准母离子的同位素峰[2],并导出共洗脱母离子[3]的质谱数据导出软件p Parse[4],之后又重新设计了快速灵敏的算法,开发了p Parse 2.0。p Parse 2.0由预处理、候选母离子生成、同位素峰重构与色谱曲线重构、特征提取、基于排序打分的过滤和基于多元自适应回归样条(Multivariate Adaptive Regression Spline,MARS)[5]的过滤六个部分组成,其中最核心的母离子分类在第六部分中完成。为了评价p Parse 2.0导出母离子的效果,我们使用Mann实验室的Velos数据集[6]对p Parse 2.0和Max Quant[7]进行了对比。使用三种不同的策略搜索同一数据文件,得到三个标注数据集合。这三个标注数据集分别从常规搜索、设置±3.2Da母离子误差窗口搜索和对碎裂窗口内全体候选母离子蛮力搜索的鉴定结果中生成。结果表明,在三个数据标注集上,pP arse 2.0的召回率比Max Quant高约3%到8%。在导出母离子数量方面,p Parse 2.0导出的母离子数目约为原始的二级谱图总数的两倍,而Max Quant导出的母离子数目约为原始的二级谱图总数的四倍。这表明p Parse 2.0导出的母离子更准确,错误的结果更少。同时,在相同的测试环境下,p Parse 2.0的速度至少比Max Quant快10倍。测试结果表明,在算法层面,目前p Parse 2.0已经稳定优于MaxQ uant。在应用层面,我们已经将p Parse 2.0成功地应用于蛋白质搜索引擎p Find 3中,用于提高蛋白质的鉴定率。在Velos数据上,分别使用基于仪器厂商提供的数据导出接口的软件和p Parse 2.0导出母离子,然后设置相同的搜索参数,使用p Find 3进行鉴定。对比的结果显示,使用p Parse 2.0时,肽段的鉴定率比不使用p Parse 2.0时高约18%。

关键词：蛋白质组学串联质谱母离子质量校准共洗脱母离子多元自适应回归样条

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一种尺度自适应的Mean Shift跟踪算法

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计算机研究与发展 2014年第1期51卷 215-224页

作者：张凤军赵岭安国成王宏安戴国忠中国科学院软件研究所人机交互技术与智能信息处理实验室北京100190 中国科学院计算技术研究所北京100190

针对传统Mean Shift中跟踪窗口尺度不能实时适应跟踪目标变化这一问题,提出一种基于图割理论的Mean Shift尺度自适应算法.根据每一帧图像的Mean Shift迭代结果,在其周围的一个小区域内,利用先验的肤色混合高斯模型构造图并建立关于标号... 详细信息

针对传统Mean Shift中跟踪窗口尺度不能实时适应跟踪目标变化这一问题,提出一种基于图割理论的Mean Shift尺度自适应算法.根据每一帧图像的Mean Shift迭代结果,在其周围的一个小区域内,利用先验的肤色混合高斯模型构造图并建立关于标号的能量模型,使用max flow/min cut算法计算出能量函数最小值实现图割,在图割后的肤色团块中寻找最大团判定为跟踪目标,并以该团的尺度来实时调整目标跟踪窗口.实验结果表明,该方法克服了缩放10%核带宽的经典尺度适应方法的带宽趋于缩小问题,实时地反映跟踪目标真实尺度变化,避免背景中其他目标的干扰,具有较好的实用性和鲁棒性,而且可以应用到娱乐游戏控制中,丰富人机交互操作方式.

关键词：图割理论均值移动尺度自适应跟踪人机交互

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二维流形上一组等距与尺度不变的形状描述子

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计算机辅助设计与图形学学报 2014年第10期26卷 1781-1788页

作者：曹伟国李海洋李诗锐李华中国科学院计算技术研究所智能信息处理重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049

在流形上构造了一组具有等距不变与尺度不变的形状描述子.该方法首先利用Biharmonic距离构造核函数,然后利用勒贝格积分构造具有等距不变的描述子,再利用曲面的勒贝格测度对形状描述子进行标准化,得到了一组新的描述子.这种新的形状描... 详细信息

在流形上构造了一组具有等距不变与尺度不变的形状描述子.该方法首先利用Biharmonic距离构造核函数,然后利用勒贝格积分构造具有等距不变的描述子,再利用曲面的勒贝格测度对形状描述子进行标准化,得到了一组新的描述子.这种新的形状描述子既具有等距不变性,又具有尺度不变性,反映了几何形状的内蕴性质.在非刚体模型上进行了大量实验,通过实验结果可以看出,该方法对于发生等距变形的物体具有很好的识别和区分效果.

关键词：非刚体等距变换尺度变换形状分析形状描述子不变量

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利用图像相位信息构造的仿射-卷积矩不变量

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计算机辅助设计与图形学学报 2014年第6期26卷 851-860页

作者：公明曹伟国李华中国科学院计算技术研究所智能信息处理重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049

不理想的成像设备或者成像条件经常会导致图像的退化现象,如相机失焦、相机与场景的相对运动等会使得图像模糊,不同拍摄视角会引起图像中几何形状的变化等.为了实现对退化图像的识别、检索等,利用图像的相位信息构造了一种仿射-卷积矩... 详细信息

不理想的成像设备或者成像条件经常会导致图像的退化现象,如相机失焦、相机与场景的相对运动等会使得图像模糊,不同拍摄视角会引起图像中几何形状的变化等.为了实现对退化图像的识别、检索等,利用图像的相位信息构造了一种仿射-卷积矩不变量对这些退化图像进行描述.首先利用高斯卷积变换、仿射变换对图像的模糊、几何变化建模;然后分析图像的相位谱图像在高斯卷积变换、仿射变换下的性质,提出了能同时对高斯卷积变换和仿射变换具有不变性质的不变量计算方法.通过对计算机合成变换的图像、真实拍摄的图像进行检索、识别实验,表明了文中提出的仿射-卷积矩不变量的有效性和适用性.

关键词：矩不变量图像模糊几何退化卷积变换仿射变换图像相位

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公式分层的谓词模态逻辑

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软件学报 2014年第5期25卷 1014-1024页

作者：孙梅莹邓少波陈博曹存根眭跃飞中国科学院计算技术研究所智能信息处理重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049

由于必然模态词的引入,谓词模态逻辑的公式在一个可能世界中的真假值可能依赖于其可达的可能世界.在谓词模态逻辑中存在个体跨可能世界相等问题.针对这一问题,Lewis提出了对应物理论,并且在对应物理论中用对应物关系来表示个体跨可能世... 详细信息

由于必然模态词的引入,谓词模态逻辑的公式在一个可能世界中的真假值可能依赖于其可达的可能世界.在谓词模态逻辑中存在个体跨可能世界相等问题.针对这一问题,Lewis提出了对应物理论,并且在对应物理论中用对应物关系来表示个体跨可能世界相等.但是,当一个对象具有一个以上的对应物时,谓词模态逻辑中的跨可能世界相等关系无法与对应物关系建立一一对应.通过限制谓词模态逻辑中全称量词?的范围,给出了一种公式分层的谓词模态逻辑.它是谓词模态逻辑的一个子逻辑,并且其语言与谓词模态逻辑的语言是相同的.但其公式是分层定义的,使得?可以出现在的范围内,并且不能出现在?的范围内.由于任意形如?x?(x)的表达式都不是该逻辑的公式,以量词开头的公式在一个可能世界w中的真假值只依赖于w,该逻辑避免了个体跨可能世界相等问题.给出了该逻辑的语言、语法和语义,并证明了该逻辑是可靠的和完备的.

关键词：跨可能世界相等谓词模态逻辑可变论域语义 Ⅴ-性质可靠性完备性

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pQuant:蛋白质组学定量数据解析软件

pQuant:蛋白质组学定量数据解析软件

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中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会

作者：刘超宋春青袁作飞迟浩付岩王乐珩贺思敏董梦秋孙瑞祥中国科学院计算技术研究所中国科学院智能信息处理重点实验室北京生命科学研究所

蛋白质定量是蛋白质组学的重要研究内容,而定量数据解析是其中最关键的环节之一。我们开发了相关软件pQuant,主要支持基于一级谱图信息的标记定量实验,如SILAC标记实验、15N标记实验等的数据解析。pQuant在定量算法上的特点是针对现在... 详细信息

蛋白质定量是蛋白质组学的重要研究内容,而定量数据解析是其中最关键的环节之一。我们开发了相关软件pQuant,主要支持基于一级谱图信息的标记定量实验,如SILAC标记实验、15N标记实验等的数据解析。pQuant在定量算法上的特点是针对现在复杂样品中普遍存在的近质量共洗脱肽段信号互相干扰的问题,为肽段轻、重标形式的每个同位素峰重构色谱曲线,而后挑选干扰最小的色谱曲线计算比值。如图1所示,蓝色曲线、红色曲线分别是肽段轻标、重标形式的同位素峰色谱曲线。预期比值应该是1:1。肽段重标形式的单同位素峰曲线受到了干扰,如果选取该曲线计算比值,会得到2.5:1的不准确比值。pQuant对各曲线受干扰程度进行了分析,选择轻标的单同位素峰曲线、重标的第一同位素峰曲线去计算比值,得到准确的结果。pQuant与Census[1]、Max Quant[2]在7种混合比例(1:1,1:2,1:5,1:10,10:1,5:1和2:1)的SILAC标记的He La细胞样品上对比了结果。Census报告的肽段"非数"比值能占到总结果数目的2.5%到10.7%,Max Quant报告的肽段"非数"比值能占到总结果数目的 1.8%到2.7%,而pQuant只有0.01%到0.5%。除去肽段"非数"比值,对比其他比值的标准差,Census和MaxQ uant比pQuant大30%到100%。pQuant定量精度有明显的提高[3]。

关键词：蛋白质组学代谢标记蛋白质定量

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pLink:基于交联质谱的数据库搜索方法的研究

pLink:基于交联质谱的数据库搜索方法的研究

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中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会

作者：尹吉澧孟佳明樊盛博迟浩刘超杨皓胡蓝青贺思敏孙瑞祥董梦秋中国科学院智能信息处理重点实验室中国科学院计算技术研究所北京生命科学研究所

交联质谱技术将质谱技术与交联技术相结合,为研究蛋白质的三维结构与蛋白质间的相互作用提供了新的技术手段。本课题组在已有工作的基础上研发了应用于化学交联技术的二肽交联鉴定软件系统p Link[1],并于2012年发表在Nature Methods期... 详细信息

交联质谱技术将质谱技术与交联技术相结合,为研究蛋白质的三维结构与蛋白质间的相互作用提供了新的技术手段。本课题组在已有工作的基础上研发了应用于化学交联技术的二肽交联鉴定软件系统p Link[1],并于2012年发表在Nature Methods期刊上。p Link软件针对高精度数据,深入挖掘交联质谱谱图离子特征,设计实现了整套高效的算法,包括开放式搜索策略、多种打分设计、E-value的计算、假发现率控制,是目前交联鉴定搜索引擎中的佼佼者。在应用范围上,根据交联试剂的不同,交联质谱鉴定可以适用于不同的研究方向,比如对生物体内真实环境的二硫键交联蛋白质的研究。截至2015年7月30日,p Link[1]共有注册下载用户448名,其中国内143,国外305。用户利用pL ink软件在Nature等期刊上发表了一系列重要文章[2-6]。经过两年的发展,本课题组利用一种高效的索引技术和基于半监督学习的多特征重打分方法,改进了原交联蛋白鉴定软件p Link,成功地加速了交联二肽的鉴定过程,并提升了鉴定的精度。新版p Link在交联质谱技术的各个环节上进行了优化,克服了过去的交联鉴定软件存在的一些缺点。一方面,针对大数据库在交联情况下组合爆炸的问题,采用多种索引结构,逐层鉴定两条肽段,大大缩小了候选肽的规模,在保证精度的同时极大地提高了鉴定速度,多个数据集测试后都有至少10倍以上的加速。另一方面,设计了基于线性支持向量机的多特征机器学习打分系统,并采用分开过滤策略,提高了交联谱图鉴定率。

关键词：蛋白质组学蛋白质鉴定蛋白质交联质谱 pLink

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局部回归模型驱动的人脸素描自动生成

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计算机辅助设计与图形学学报 2014年第12期26卷 2232-2243页

作者：吉娜烨柴秀娟山世光陈熙霖中国科学院计算技术研究所中国科学院智能信息处理重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049

为了兼顾生成人脸素描与对应照片间的相像性和艺术性,提出一种利用局部回归模型学习照片-素描间的映射关系自动生成人脸素描的方法.首先在图像局部区域上采用回归技术获得照片-素描对应局部区域之间的映射关系;然后将映射关系应用到输... 详细信息

为了兼顾生成人脸素描与对应照片间的相像性和艺术性,提出一种利用局部回归模型学习照片-素描间的映射关系自动生成人脸素描的方法.首先在图像局部区域上采用回归技术获得照片-素描对应局部区域之间的映射关系;然后将映射关系应用到输入的人脸照片上,考虑结构性特征并模拟铅笔素描笔触来合成对应的素描图像.在CUFS数据库上的实验结果表明,采用该方法合成的素描保持了原始人脸照片的身份信息,并且体现出较好的铅笔素描纹理.

关键词：人脸素描局部回归近邻 lasso 线积分卷积

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基于特征点轨迹的动作识别

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计算机学报 2014年第6期37卷 1281-1288页

作者：秦磊胡琼黄庆明田琦中国科学院智能信息处理重点实验室中国科学院计算技术研究所中国科学院大学美国德克萨斯大学圣安东尼奥分校

文中提出一种基于时空特征点轨迹的动作识别方法.首先为了克服局部时空特征时间信息缺失的问题,该方法采用KLT跟踪器对时空局部特征进行跟踪,将得到的时空特征跟踪轨迹作为基本的处理、描述单元.与局部时空特征相比,它能在更长的时间尺... 详细信息

文中提出一种基于时空特征点轨迹的动作识别方法.首先为了克服局部时空特征时间信息缺失的问题,该方法采用KLT跟踪器对时空局部特征进行跟踪,将得到的时空特征跟踪轨迹作为基本的处理、描述单元.与局部时空特征相比,它能在更长的时间尺度上对运动进行描述,进而更好地捕获运动的动态变化与转变过程.其次在时空特征轨迹基础上,该方法提出了轨迹相对位置、相对速度关系元来对轨迹之间的关系进行建模.对轨迹之间的关系进行建模有助于捕获不同动作在特征分布上存在的一些比较稳定的模式.最后利用多核学习方法融合多种特征来训练动作分类器.在交互动作数据库上对提出的方法进行了实验,实验结果证明了方法的有效性.

关键词：计算机视觉视觉特征提取人体动作识别特征点轨迹

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蛋白质结构与相互作用研究新方法--交联质谱技术

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生物化学与生物物理进展 2014年第11期41卷 1109-1125页

作者：樊盛博吴妍洁杨兵迟浩孟佳明卢珊张昆邬龙孙瑞祥董梦秋贺思敏中国科学院计算技术研究所中国科学院智能信息处理重点实验室北京100190 中国科学院大学北京100049 北京生命科学研究所北京102206

蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交... 详细信息

蛋白质的空间结构信息以及蛋白质间的相互作用信息对于研究蛋白质的功能有重要意义.研究蛋白质结构与相互作用的传统技术,如核磁共振技术、X射线晶体衍射技术等,对于蛋白质的纯度、结晶性和绝对量均有比较高的要求,限制了其广泛应用.交联质谱技术是近十多年来发展起来的新技术,它将质谱技术与交联技术相结合,在研究蛋白质结构与相互作用方面具有速度快、成本小、蛋白质各方面性状要求低等优势.本文就交联质谱技术各个环节的技术方法加以综述,包括交联质谱实验分离富集技术、常见交联剂特性、交联质谱数据库搜索算法、结果验证研究和交联质谱技术的应用等方面,并展望了该研究方向未来的发展.

关键词：交联质谱技术蛋白质结构蛋白质相互作用蛋白质组学质谱技术

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