检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2018年第1期45卷 23-35页

作者：徐洪凯闫克强何燕斌闻博杨焕明刘斯奇深圳华大生命科学研究院深圳518083 中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室北京100101 沃森基因组研究院杭州310008

宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思... 详细信息

宏蛋白质组学是一门新型科学,它运用质谱技术规模化地采集自然界微生物种群的蛋白质信息,并结合多种组学数据,开展微生物种群的遗传特征及其生物功能的研究.宏蛋白质组学的信息分析与传统蛋白质组学方法有较大的不同,亟需拓展新的分析思路.由于宏蛋白质组的研究对象是复杂度极高的微生物样品,因此,需要构建尽可能囊括样本中所含微生物的基因组信息的物种数据库.面对庞大的数据库,必须考虑到分析过程中所消耗的计算资源和鉴定结果的质控标准,因此,需要高度优化库容量、搜库、假阳性控制等参数.鉴于宏蛋白质组数据中广泛存在复杂的同源蛋白质序列,因此,需要充分利用NCBI数据库中的分类信息进行匹配,并运用LCA算法过滤处理才能将蛋白质有效地归组到物种.本文立足于宏蛋白质组学信息分析,从宏蛋白质组的数据库建立、蛋白质归并、生物学意义发掘等几个方面着手,对该领域的发展现状、面临挑战以及未来研究方向进行了评述.

关键词：宏蛋白质组学数据库数据分析蛋白归并物种分析

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寒冷诱导产热时大鼠棕色脂肪能量代谢相关蛋白谱的变化(英文)

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生物化学与生物物理进展 2010年第10期37卷 1108-1119页

作者：杨悦龚未王伟伟俞晓敏胡松年于军中国科学院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室北京100029 中国科学院研究生院北京100049

棕色脂肪组织(BAT)的生理作用与白色脂肪显著不同,它以产热的形式释放能量而不是将能量以 ATP的形式储存.线粒体是在能量代谢和维持细胞稳态中具有重要功能的细胞器.为了更好地了解棕色脂肪中的能量代谢过程,运用双向电泳及质谱相结合... 详细信息

棕色脂肪组织(BAT)的生理作用与白色脂肪显著不同,它以产热的形式释放能量而不是将能量以 ATP的形式储存.线粒体是在能量代谢和维持细胞稳态中具有重要功能的细胞器.为了更好地了解棕色脂肪中的能量代谢过程,运用双向电泳及质谱相结合的技术,分离了大鼠白色和棕色脂肪线粒体,对其差异蛋白质谱进行了系统分析和鉴定.参与脂肪和氨基酸代谢、三羧酸循环及线粒体呼吸链的蛋白质在棕色脂肪线粒体中的表达明显高于白色脂肪线粒体,在寒冷诱导下这些蛋白质的表达进一步上调.此外,参与辅酶 Q 合成的一系列 COQ 基因在棕色脂肪中经寒冷适应后表达明显上调.该研究表明,辅酶 Q合成的增高在非颤栗性产热中具有重要作用,为进一步了解棕色脂肪特异性的能量代谢提供了新的思路.

关键词：棕色脂肪组织寒冷适应产热辅酶Q

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miRNAs在肝癌干细胞中的作用

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中国生物化学与分子生物学报 2014年第12期30卷 1161-1168页

作者：刘淑阁李艳明方向东中国科学院北京基因组研究所中科院基因组科学及信息重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049

MicroRNAs(miRNAs)是一类参与转录后调控的小分子RNA,它在调控细胞的增殖、分化及肿瘤的形成等多种生理及病理过程中发挥着重要的作用.肝癌干细胞是肝癌组织中具有自我更新能力和分化潜能的一个微群体,它能够启始肝癌的发生,并且与肝癌... 详细信息

MicroRNAs(miRNAs)是一类参与转录后调控的小分子RNA,它在调控细胞的增殖、分化及肿瘤的形成等多种生理及病理过程中发挥着重要的作用.肝癌干细胞是肝癌组织中具有自我更新能力和分化潜能的一个微群体,它能够启始肝癌的发生,并且与肝癌的抗药性及复发等密切相关.已经有研究表明miRNAs对肝癌干细胞的发生发展起着重要的调控作用,包括致癌和抑癌的作用,因此总结miRNAs在肝癌干细胞中作用,有助于更好理解肝癌干细胞的特性及肝癌肿瘤生物学.近年来,除了传统的分子生物学手段,组学和系统生物学研究策略的运用也为miRNAs在肝癌中的研究提供了新的思路.鉴于此,深入研究miRNAs在肝癌干细胞中的分子机制,将为靶向肝癌干细胞的临床治疗提供新的途径.

关键词： miRNAs 肝癌干细胞肝癌

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低山丘陵区可见光谱的分形特征

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光谱学与光谱分析 2011年第2期31卷 473-477页

作者：张法升刘作新万昊雷刘淼中国科学院沈阳应用生态研究所辽宁省节水农业重点实验室辽宁沈阳110016 中国科学院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室北京100029 中国科学院研究生院北京100049

遥感影像记录的反射光谱特征主要来源于异质反射地物的光谱综合作用,了解其空间分布特征有助于影像解译和遥感模型的建立。该文以低山丘陵区10月底多光谱TM遥感影像为研究对象,采用统计学和多重分形相结合的手段分析其空间变异性。结果... 详细信息

遥感影像记录的反射光谱特征主要来源于异质反射地物的光谱综合作用,了解其空间分布特征有助于影像解译和遥感模型的建立。该文以低山丘陵区10月底多光谱TM遥感影像为研究对象,采用统计学和多重分形相结合的手段分析其空间变异性。结果表明,研究区可见光谱(0.45～0.69μm)亮度值(digitalnumber,DN)空间分布表现出统计意义上的尺度不变性;广义分维函数Dq分析表明TM 2(0.52～0.60μm)DN值空间分布为单一分形,TM 1(0.45～0.52μm)和TM 3(0.63～0.69μm)DN值则表现出统计多重分形特征;多重分形谱参数(αmax-αmin)和[f(αmax)-f(αmin)]分析进一步显示TM 3DN值具有高度异质的空间分布特征和最丰富的信息量,其次是TM 1,而TM 2DN值则具有相对较低的空间异质性和信息量。

关键词：亮度值尺度不变性多重分形空间异质性

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大肠杆菌O157∶H7微滴数字PCR定量方法的建立

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分析化学 2015年第3期43卷 319-324页

作者：董莲华张玲姜君王江南王晶陈唯军中国计量科学研究院中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室北京市计量检测科学研究院

以大肠杆菌O157∶H7(*** O157∶H7)rfb E基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR(dd PCR)方法。对dd PCR反应中的探针浓度进行了优化,考察了方法的线性范围、精密度、定量限和检出限。最终确定dd PCR反应中的最佳探针浓度为300... 详细信息

以大肠杆菌O157∶H7(*** O157∶H7)rfb E基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR(dd PCR)方法。对dd PCR反应中的探针浓度进行了优化,考察了方法的线性范围、精密度、定量限和检出限。最终确定dd PCR反应中的最佳探针浓度为300 nmol/L。*** O157∶H7基因组DNA浓度范围为41.25×105拷贝/20μL dd PCR反应液时,dd PCR方法线性相关系数(R2)为0.999。当DNA浓度为76088400拷贝/20μL时,方法的精密度最好(RSD<5%)。本方法的定量限为4拷贝/20μL,检出限为3拷贝/20μL。特异性验证结果表明,建立的dd PCR方法特异性良好,对13份猪肉、牛肉和鸡肉样品的检测结果与定量PCR方法检出结果一致。

关键词：微滴数字聚合酶链式反应大肠杆菌O157∶H7 拷贝数

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Sp1/Krüppel样因子的研究进展

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遗传 2010年第6期32卷 531-538页

作者：熊倩阮修艳方向东中国科学院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室北京100029 中国科学院研究生院北京100049

Sp1/Krüppel样因子(Sp1-like and Krüppel-like factors,Sp1/KLFs)是一组与真核细胞转录调控密切相关的锌指蛋白。Sp1/KLFs的羧基末端高度保守,含有3个串联的Cys2His2锌指结构,用于结合DNA;其氨基末端在不同的家族成员间存在... 详细信息

Sp1/Krüppel样因子(Sp1-like and Krüppel-like factors,Sp1/KLFs)是一组与真核细胞转录调控密切相关的锌指蛋白。Sp1/KLFs的羧基末端高度保守,含有3个串联的Cys2His2锌指结构,用于结合DNA;其氨基末端在不同的家族成员间存在较大差异,主要是通过结合辅助因子发挥转录调控作用。Sp1/KLFs的表达具有组织、细胞分布以及发育时期的特异性,它们通过调控多种富含GC或CACCC的启动子的基因的表达,参与细胞增殖、分化、凋亡和肿瘤发生、发展等多种生理、病理过程。文章综述了Sp1/KLFs的结构特征、作用机制及生物学功能。

关键词： Sp1/Krüppel样因子锌指区转录调控

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传染病易感基因产业与未来发展

传染病易感基因产业与未来发展

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新观点新学说学术沙龙系列活动之四十三

作者：王绪敏中科院基因组科学与信息重点实验室

今天参加这个沙龙,我感觉这个形式非常好,可以畅所欲言,各位专家各位老师都说了,易感性基因的研究以及公共卫生方面的一些建议。我说的可能比较远一些,我说一下纵向,时间上比较远。我非常有幸参加了人类基因组计划以及人类单倍体图计划H... 详细信息

今天参加这个沙龙,我感觉这个形式非常好,可以畅所欲言,各位专家各位老师都说了,易感性基因的研究以及公共卫生方面的一些建议。我说的可能比较远一些,我说一下纵向,时间上比较远。我非常有幸参加了人类基因组计划以及人类单倍体图计划Hapmap(人类单倍体图计划)计划(都参与其中),对于刚才说我们现在这些研究都是以人类基因组计划和Hapmap这些数据为基础的,这个我也非常认同。基因功能的研

关键词：测序仪麻风病第三代易感基因人类基因组计划传染病

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大数据时代的精准医学实践

大数据时代的精准医学实践

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2017年中华医学会糖尿病学分会全国学术会议

作者：方向东中科院基因组科学与信息重点实验室

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肿瘤精准医学大数据的整合与共享

肿瘤精准医学大数据的整合与共享

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2015精准医疗研讨会:从大数据到精准医学

作者：方向东中科院北京基因组研究所暨中科院基因组科学与信息重点实验室

精准医学并非全新的概念，它是继循证医学、个体化医疗、4P医学、转化医学之后，对于二十一世纪新型医疗模式的又一种诠释。其主要特征是集成了基因组、转录组、表观组、蛋白质组、代谢组、微生物组等生物大数据，在系统生物学的理论指...

精准医学并非全新的概念，它是继循证医学、个体化医疗、4P医学、转化医学之后，对于二十一世纪新型医疗模式的又一种诠释。其主要特征是集成了基因组、转录组、表观组、蛋白质组、代谢组、微生物组等生物大数据，在系统生物学的理论指导之下，采用数学建模和统计学分析等生物信息学研究手段，对大样本健康队列和特定疾病人群进行整合分析，针对疾病发展进程和不同病理状态进行准确分类，确定并验证疾病诊断和治疗的最佳靶点，以期实现针对特定患者的精准化医疗服务。其核心内容是：根据个体的基因和表型特征，早期快速诊断、适时个性化干预、精准有效治疗。

关键词：

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阿尔茨海默病基因组学研究

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国际药学研究杂志 2016年第1期43卷 1-7页

作者：雷红星中国科学院北京基因组研究所、基因组科学与信息重点实验室北京100101 中国科学院大学存济医学院北京脑重大疾病研究院阿尔茨海默病研究所

阿尔茨海默病(AD)是最大的一类神经退行性疾病。因为目前仍无有效干预手段,其药物开发迫在眉睫,而AD的基因组学研究则是其药物研发的重要原动力之一。AD的基因组学研究包括诸多方面,如大规模遗传风险研究、脑转录组研究、表观遗传研究等... 详细信息

阿尔茨海默病(AD)是最大的一类神经退行性疾病。因为目前仍无有效干预手段,其药物开发迫在眉睫,而AD的基因组学研究则是其药物研发的重要原动力之一。AD的基因组学研究包括诸多方面,如大规模遗传风险研究、脑转录组研究、表观遗传研究等,近年来均取得了一些显著进展,带动了AD的药物发现。同时,因为早期发现和早期干预是现阶段的重要任务,早期标志物研究也是前沿热点,其中包括外周血转录组研究等。本文将对这些方面的研究进行简短回顾。因为AD的发病机制可能存在较大的异质性,AD的基因组学将来也会成为AD个体化精准医疗的重要保障。

关键词：阿尔茨海默病基因组转录组表观遗传组药物发现

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