检索结果-内蒙古大学图书馆

分子科学学报 2021年第3期37卷 206-213页

作者：陈依帆赵俊强杨敏贺子豪高云龙刘鸿仪徐永涛新乡医学院医学工程学院新乡市生物医学信息研究重点实验室临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453003

本研究基于二苯乙烯的结构活性关系,设计了10个组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶1(LSD1)新型抑制剂.采用分子对接的方法并根据对接打分结果对得分最高的化合物进行分子动力学模拟,研究分析小分子和LSD1的相互作用机制,并对其进行ADME(吸收... 详细信息

本研究基于二苯乙烯的结构活性关系,设计了10个组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶1(LSD1)新型抑制剂.采用分子对接的方法并根据对接打分结果对得分最高的化合物进行分子动力学模拟,研究分析小分子和LSD1的相互作用机制,并对其进行ADME(吸收、分布、代谢和排泄)预测.分子对接和分子动力学结果显示设计的小分子与蛋白结合能力更强更稳定,ADME预测结果显示小分子具有良好的生物利用度和类药性.新设计的10个小分子可以作为LSD1抑制剂先导化合物,为新型LSD1抑制剂的研究设计提供新的方法和思路.

关键词： LSD1抑制剂分子对接分子动力学 ADME预测

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Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究

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化学研究与应用 2020年第7期32卷 1200-1206页

作者：刘鸿仪杨敏陈依帆贺子豪张松杰徐永涛新乡医学院生物医学工程学院河南新乡453000 新乡市生物医学信息研究重点实验室河南新乡453000 临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453000

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb... 详细信息

结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。

关键词：结核分枝杆菌谷氨酸激酶活化剂同源建模分子对接

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孤独症谱系障碍儿童照顾者负担状况及影响因素分析

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护理研究 2022年第4期36卷 719-722页

作者：张欣欣赵俊强新乡医学院护理学院河南453003 新乡医学院医学工程学院临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室

目的:探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童照顾者压力现状及影响因素。方法:采用一般资料问卷、Zarit照顾者负担量表对新乡市某三级甲等医院66名ASD儿童家长进行调查,分析ASD儿童照顾者个人负担、角色负担的影响因素。结果:ASD儿童照顾者ZBI总... 详细信息

目的:探讨孤独症谱系障碍(ASD)儿童照顾者压力现状及影响因素。方法:采用一般资料问卷、Zarit照顾者负担量表对新乡市某三级甲等医院66名ASD儿童家长进行调查,分析ASD儿童照顾者个人负担、角色负担的影响因素。结果:ASD儿童照顾者ZBI总分为(52.62±14.65)分,不同性别、患儿治疗时间、家庭人均月收入、医疗费用支付方式照顾者负担量表评分比较差异有统计学意义(P<0.05);线性回归分析结果表明,治疗时间正向影响照顾者负担压力(P<0.05),解释了总变异的27.2%。结论:ASD患儿康复过程中应关注家长的个人以及社会压力,减轻家长的负担,提升家庭幸福感。

关键词：孤独症谱系障碍儿童照顾者负担影响因素护理

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基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟

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化学研究与应用 2023年第7期35卷 1556-1564页

作者：贾梦珠韩迪路嘉瑞高云龙徐永涛新乡医学院医学工程学院河南新乡453003 河南省临床与生物医学大数据融合技术工程实验室河南新乡453003 河南省神经信息分析与药物智能设计国际联合实验室河南新乡453003

组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(... 详细信息

组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关。研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平。本研究以对HDAC4具有一定活性的丁酸钠(Sodium Butyrate,NaBu)为结构基础,采用基于片段的药物设计方法(Fragment-based drug design,FBDD)设计出五个小分子化合物SBD1、SBD2、SBD3、SBD4和SBD5,进而综合利用分子对接、分子动力学模拟以及ADMET预测等分子模拟方法对这些化合物与HDAC4的作用模式进行了探索。结合自由能结果显示在丁酸钠的结构基础上适当延长linker并在尾部引入芳香环,可以有效增强此类抑制剂与HDAC4的结合强度。通过能量分解和氢键分析考察了新抑制剂与HDAC4之间的关键相互作用。此外,通过ADMET预测,所有新设计的丁酸钠衍生物均具有良好的类药性和药代动力学特性,可以作为潜在的HDAC4抑制剂。研究结论可以为新型HDAC4抑制剂的设计提供理论基础。

关键词：组蛋白去乙酰化酶4抑制剂基于片段的药物设计分子动力学模拟分子力学/广义波恩模型表面积 ADMET预测

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使用遗传算法优化登革热病毒信封蛋白的肽抑制剂

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河南师范大学学报（自然科学版） 2019年第6期47卷 38-44页

作者：贺子豪赵俊强杨敏张松杰徐永涛新乡医学院生物医学工程学院河南新乡453000 新乡医学院三全学院河南新乡453000 新乡市生物医学信息研究重点实验室河南新乡453000 临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453000 新乡市智能医学虚拟重点实验室河南新乡453000

登革热病毒严重威胁了人类的健康.目前仍无有效的治疗措施.膜融合是登革热病毒入侵细胞的第一步.信封蛋白的构象变化在膜融合过程中起到关键作用.研发针对信封蛋白的肽抑制剂为治疗登革热提供了潜在的重要靶点.设计了优化针对信封蛋白... 详细信息

登革热病毒严重威胁了人类的健康.目前仍无有效的治疗措施.膜融合是登革热病毒入侵细胞的第一步.信封蛋白的构象变化在膜融合过程中起到关键作用.研发针对信封蛋白的肽抑制剂为治疗登革热提供了潜在的重要靶点.设计了优化针对信封蛋白的肽抑制剂的遗传算法,分别使用3种不同的选择算子(轮盘法、锦标赛法和并行法),对初始父代进行300代的优化.通过比较发现并行法的结果较好,命名最优的结果为DN58ga.与此同时还获得了一些多肽衍生物.通过计算验证,这些多肽比父代表现出与登革热病毒信封蛋白更好的结合能力.这些新的肽抑制剂有可能打断融合过程中的蛋白-蛋白相互作用,并有望作为开发登革热病毒信封蛋白新型抑制剂的起点.

关键词：登革热病毒膜融合信封蛋白肽抑制剂遗传算法

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DA-GAN肺结节分割网络研究

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中国测试 2022年第9期48卷 118-124页

作者：赵俊强李骥王昌刘华楠李南艾吴星阳新乡医学院河南新乡453003 新乡市智能影像诊断工程技术研究中心河南新乡453003 新乡市医学VR(AR)与智能反馈重点实验室河南新乡453003 临床与生物医学大数据融合技术河南省工程实验室河南新乡453003 郑州大学第一附属医院河南郑州450052

为提高肺结节分割的精度,解决分割过程中的隐识别问题,该文提出双注意力生成对抗网络(doubleattention generative adversarial network,DA-GAN),通过在训练过程中捕捉信息的上下文依赖性和局部一致性,实现肺结节分割的高完整度以及高... 详细信息

为提高肺结节分割的精度,解决分割过程中的隐识别问题,该文提出双注意力生成对抗网络(doubleattention generative adversarial network,DA-GAN),通过在训练过程中捕捉信息的上下文依赖性和局部一致性,实现肺结节分割的高完整度以及高精度。该方法将自注意力机制引入生成器,使高分辨率特征图中的关键信息保留到低分辨率特征图中,实现上下文特征图之间长距离的依赖性,产生病灶区域的特征表示,使得分割图准确地保留肺结节区域,提高分割精度。同时,还强调肺结节区域的局部特征,增强分割结果图中结节位置的准确度。在语义分割的指导下,使用2个独立的判别器来区分肺结节的不同区域,即中心区域和边缘区域。通过在生成器和判别器中引入这两种互补的注意力机制,使网络可以学习到更丰富准确的特征表示,生成更精细的研磨图像,即准确的结节中心和边缘纹理。实验结果表明,对边缘多变且模糊的磨玻璃型结节的分割效果也较以往的算法得到很大程度的提升。通过定量和定性的实验结果证明该方法的有效性,获得约91.27%的像素准确率。

关键词：肺结节分割自注意力机制生成对抗网络上下文信息

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基于图卷积神经网络和拓扑特征的微核糖核酸-疾病关联预测模型

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生物医学工程研究 2023年第2期42卷 122-130页

作者：畅豫霄董亚东徐永涛新乡医学院医学工程学院新乡453003 河南省临床与生物医学大数据融合技术工程实验室新乡453003 郑州大学第一附属医院互联网医疗系统与应用国家工程实验室郑州450052 河南省神经信息分析与药物智能设计国际联合实验室新乡453003

针对在微核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNA)-疾病关联性研究中信息使用不充分,且过度依赖网络节点的相似度信息,预测准确率较低的问题,本研究提出了基于图卷积神经网络(graph convolutional neural networks,GCN)及拓扑特征的miRN... 详细信息

针对在微核糖核酸(micro ribonucleic acid,miRNA)-疾病关联性研究中信息使用不充分,且过度依赖网络节点的相似度信息,预测准确率较低的问题,本研究提出了基于图卷积神经网络(graph convolutional neural networks,GCN)及拓扑特征的miRNA和疾病的关联预测计算模型GTMDA。该模型综合miRNA相似度矩阵、疾病语义相似度网络和miRNA-疾病关联关系矩阵,首先使用GCN和随机游走算法,分别获取miRNA和疾病的子图顶点嵌入特征及miRNA与疾病相似性网络的拓扑结构特征;然后将其输入多层感知器(multilayer perceptron,MLP),预测潜在关联性。结果表明,该模型的AUC值达到0.9475±0.0106,优于其他方法。此外,预测的前50个miRNA中,84%的乳腺恶性肿瘤、90%的食管癌和94%的肺癌得到了独立数据库的验证。因此,本研究模型可作为预测miRNA-疾病潜在关联的可靠模型。

关键词：链路预测高斯相互作用谱核相似性卷积运算分类特征图迭代无向图特征十折交叉验证

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