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广西植物 2021年第4期41卷 598-605页

作者：关淑文王毅郝佳波原晓龙陆斌李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGG... 详细信息

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGGPPS,并利用NCBI、ProParam、SignalP 4.1 server、DNAMAN和MEGA 7.0软件对ZaGGPPS基因进行生物信息学分析,并比较其在嫁接树和实生树中的表达量。结果表明:ZaGGPPS包含完整的cDNA开放阅读框(OFR),由1086 bp组成,编码361个氨基酸。其蛋白的相对分子量为39079.14 Da,理论等电点pI为6.38。Blast比对结果显示该蛋白质属于GGPPS家族蛋白,含有2个GGPPS蛋白特有的天冬氨酸富集基序,分别是“DDXXXXD”和“DDXXD”,以及5个特征性功能结构域。系统进化树结果显示竹叶花椒与芸香科植物甜橙(Citrus sinensis)、克里曼丁桔(***)、柚子(***)等亲缘关系较近。荧光定量PCR检测显示,ZaGGPPS基因在竹叶花椒中的表达量从高到低分别为实生树的叶、嫁接树的叶、实生树的茎、嫁接树的茎。牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶是竹叶花椒萜类化合物生物合成途径中的关键酶,通过嫁接可影响ZaGGPPS基因在叶和茎中的表达量。该文对竹叶花椒ZaGGPPS基因进行了克隆与分析,为后续深入研究竹叶花椒香气形成的分子机理及利用分子生物学手段选育优良品种提供理论依据。

关键词：竹叶花椒牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶克隆生物信息学分析

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油橄榄AP2/ERF转录因子鉴定及水胁迫表达分析

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广西植物 2022年第12期42卷 2032-2043页

作者：王丽娟王毅陆斌罗玛妮娅徐令文原晓龙李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP... 详细信息

为探究油橄榄AP2/ERF基因家族对水胁迫的响应机制,该研究对受干旱及水淹胁迫的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种的根和叶进行转录组测序,并对油橄榄中AP2/ERF转录因子的蛋白理化性质、基因结构及系统进化进行分析,同时分析与水胁迫相关的AP2/ERF转录因子在2个油橄榄品种中的基因表达差异且进行RT-qPCR验证。结果表明:(1)在油橄榄中鉴定得到110个AP2/ERF基因家族成员,该110个蛋白质所含氨基酸大小为173~717 bp,均不存在信号肽,为非分泌蛋白。将油橄榄AP2/ERF与模式植物拟南芥AP2/ERF蛋白构建进化树发现,油橄榄AP2/ERF蛋白分为AP2、RAV、ERF和Solosist 4大类,其中ERF分为ERF和DREB 2个亚类,ERF包含ERF B1~ERF B66个子亚类,DREB包含DREB A1~DREB A66个子亚类,这与模式植物拟南芥AP2/ERF的分类一致,每个亚家族同时包含了油橄榄和拟南芥AP2/ERF蛋白,说明拟南芥和油橄榄的AP2/ERF家族在进化水平上有一定的相似性。(2)油橄榄AP2/ERF同一亚家族蛋白具有相同的基因结构及保守元件,结合基因表达和进化树中已知水分调控功能的基因初步推测OeAP2-75、OeAP2-97、OeAP2-101、OeAP2-23、OeAP2-13与油橄榄水分调节密切相关,OeAP2-13、OeAP2-28、OeAP2-104、OeAP2-75、OeAP2-80、OeAP2-50在2个品种中都有不同的表达量,推测可能是‘佛奥’和‘TYZ-1号’抗性不同的原因。(3)利用RT-qPCR技术检测油橄榄AP2/ERF基因在不同胁迫下的表达变化,OeAP2-101、OeAP2-28、OeAP2-42受水胁迫诱导显著上调,这与转录组分析结果一致。该研究结果为油橄榄AP2/ERF家族基因的抗逆性表达及基因功能研究奠定了基础,为油橄榄选育抗旱和耐涝砧木品种提供了方法和理论依据。

关键词：油橄榄 AP2/ERF转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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牛樟逆境胁迫相关WRKY转录因子的鉴定及表达分析

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分子植物育种 2022年第21期20卷 7025-7035页

作者：张璋王毅罗玛妮娅郑元西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表... 详细信息

WRKY转录因子是植物逆境研究中最广泛的家族之一,在植物响应生物胁迫和非生物胁迫中具有重要作用。本研究利用本地BLAST对牛樟基因组进行比对分析得到58个牛樟WRKY基因序列,并对牛樟WRKY转录因子进行理化性质、保守基序、系统进化及表达谱分析。保守结构域和基序预测发现,牛樟转录因子家族蛋白主要分为三大类,即Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类,多数蛋白较保守,其中Ⅰ、Ⅱ类中有两个蛋白(CkWRKY25,CkWRKY1)存在Q残基的变异;CkWRKY基因表达谱数据分析发现,有22个基因在受干旱、低温胁迫时上调表达,占牛樟WRKY家族的37.9%,其中18个基因受干旱胁迫呈高表达水平,占上调基因的81.8%,4个基因在4℃低温胁迫下表达量显著升高,占比18.2%。将牛樟中22个表达差异显著的基因与14个具有抗旱、抗寒WRKY基因共同建树,结果显示36个WRKYs蛋白聚为两大类,参与干旱及低温胁迫的蛋白主要集中在第一大类中,其中CkWRKY26、CkWRKY38、CkWRKY39、CkWRKY45、CkWRKY55分别和参与干旱胁迫的蛋白聚为一支,且C端锌指结构均为C2H2;CkWRKY20、CkWRKY54和参与低温胁迫中陆地棉的GhWRKY62、毛果杨的PtWRKY34、西洋参的PqWRKY7、旱地棉的GaWRKY28、陆地棉的GhWRKY73以及小麦的TaWRKY19和TaWRKY10聚为一支。本研究基于牛樟高通量转录组数据,探究牛樟WRKY转录因子家族生物学特性,为深入研究牛樟WRKY基因非生物胁迫调控提供科学依据。

关键词：牛樟 WRKY转录因子转录组分析干旱与低温胁迫

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基于SSR标记的黑老虎种质资源的遗传多样性和遗传结构

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中南林业科技大学学报 2024年第5期44卷 156-166页

作者：李思广陈少瑜付玉嫔尹艾萍司马永康祁荣频周云王绍昌云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 屏边苗族自治县林业和草原局云南屏边661299

【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳后采用GenAlex v6.502、Ntsys V2.2及Struc... 详细信息

【目的】揭示黑老虎5个群体70份种质资源的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护及利用提供理论依据。【方法】用筛选出的17对引物进行所有样本SSR-PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳后采用GenAlex v6.502、Ntsys V2.2及Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】17对引物的70份样本中共检测到147个等位基因,平均每对引物扩增出8.647个等位基因。17个位点的Shannon信息指数(I)平均值为1.421,期望杂合度(He)平均值为0.648,多态信息指数(PIC)平均值为0.612。5个群体中马关群体(MGH)的遗传多样性最高,I和He分别为1.070和0.544。群体遗传分化系数(Fst)平均值为0.323,有32.3%的变异来源于群体间。分子方差分析(AMOVA)显示群体间方差分量比为28.8%,群体间的遗传变异占总变异量的28.8%。17个位点群体内近交系数(Fis)的平均值为0.161(Fis>0),黑老虎存在较强的近亲交配,5个群体中只有广西群体(GXH)Fis<0。基因流(Nm)为0.876,属中等水平。UPGMA聚类和STRUCTURE分析将70份黑老虎种质资源划分成了3个类群:类群Ⅰ由来自MGH的样本资源组成,类群Ⅱ主要由屏边群体(PBH)的样本资源组成,类群Ⅲ主要由GXH、贵州群体(GZH)及湖南群体(HNH)的样本资源组成。【结论】黑老虎种质资源具有丰富的遗传多样性,群体间存在极高的遗传分化,遗传变异主要来源于群体内的个体。大部分种质的遗传背景比较单一,同一群体的不同种质遗传组分基本相同。在黑老虎育种及资源保护和开发工作中,应在尽量涵盖全部群体类别的基础上,特别重视遗传多样性丰富的群体以及各群体内不同类型个体的选择、保存和利用。

关键词：黑老虎种质资源 SSR标记遗传多样性遗传结构

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生境对滇重楼种子发育与萌发的影响

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湖北农业科学 2011年第5期50卷 972-974页

作者：陈伟马绍宾陈宏伟国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650204 云南大学生命科学学院昆明650091

采用石蜡切片法研究生境对滇重楼种子发育的影响,萌发法研究果实重量、种子数、种仁重量同滇重楼种子萌发率的关系。结果显示,滇重楼种子在果实成熟时,胚停留在球形胚阶段,胚的发育程度与生境无关;中等大小果实育苗可以获得较高的萌发率。

关键词：滇重楼种子发育程度萌发率

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外来入侵植物肿柄菊群落动态变化特征

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生态学杂志 2020年第2期39卷 469-477页

作者：陈剑王四海杨卫吴超云南省林业科学院云南省森林植物资源培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201 西南林业大学/国家高原湿地研究中心昆明650224

外来入侵植物群落动态变化特征能反映当前入侵状态和发展态势,预示着入侵的后果和趋势,可为入侵植物的影响评估和防治提供依据。为了查明我国热带和亚热带地区普遍生长的外来入侵植物肿柄菊[Tithonia diversifolia(Hemsl.)***]群落建立... 详细信息

外来入侵植物群落动态变化特征能反映当前入侵状态和发展态势,预示着入侵的后果和趋势,可为入侵植物的影响评估和防治提供依据。为了查明我国热带和亚热带地区普遍生长的外来入侵植物肿柄菊[Tithonia diversifolia(Hemsl.)***]群落建立和变化特征,通过对肿柄菊群落分布典型地段的随机样方取样,分析不同茎级分枝在群落中的组成和相互影响关系,以及每丛枝数、枝长、丛密度、枝密度、每枝花序量、果序密度、地上生物量和土壤养分随群落平均基茎增粗的变化规律。结果表明:(1)群落中肿柄菊基茎较粗分枝增多对较细分枝的产生有抑制作用,群落发展到一定阶段后群落中较粗茎级的分枝控制着群落发展。(2)群落平均基茎粗与丛密度和枝密度呈显著负相关(P<0.01),与群落地上生物量呈显著正相关(P<0.01),与群落的果序密度没有相关性(P>0.1)。(3)随着肿柄菊群落平均基茎的增粗,土壤中全钾和有效磷含量显著增加(P<0.05),土壤有机质、全氮和水解性氮含量有减少趋势,但表现不显著(P>0.1)。随着群落定居时间增长,丛密度和枝密度降低,群落地上生物量持续增加,单位面积群落果序量不变,肿柄菊形成稳定的入侵群落,并且土壤养分含量会持续发生着改变。

关键词：肿柄菊群落建立群落特征地上生物量土壤养分

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海拔对纳帕海季节性湿地植被分布格局影响初探

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湖泊科学 2015年第3期27卷 392-400页

作者：陈剑缪福俊杨文忠原晓龙王娟周妍杨宇明国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650201 云南省林业科学院昆明650201 国家林业局竹子研究开发中心杭州310012

利用物种海拔分布范围(Rs)作为定量研究物种对环境适应能力的一个基础指标,以纳帕海季节性湿地这样一个近似平面的生态系统做为研究对象,结合GIS技术和野外实地调查,对物种分布格局、物种对水因子的适应性、水因子分布梯度和优势物种分... 详细信息

利用物种海拔分布范围(Rs)作为定量研究物种对环境适应能力的一个基础指标,以纳帕海季节性湿地这样一个近似平面的生态系统做为研究对象,结合GIS技术和野外实地调查,对物种分布格局、物种对水因子的适应性、水因子分布梯度和优势物种分布面积进行统计和可视化分析.研究结果表明:研究区域内优势物种的分布受水因子分布梯度的显著影响,在物种处于同一主导因子作用的情况下,处于同一竞争水平物种的分布面积与Rs没有明显相关性,但与基于Rs的Msh值(物种海拔分布范围中间值与当地海拔的差值)则表现出明显的负相关关系.结论说明Msh可作为定量研究物种对环境适应能力的一个指示指标,该指示指标可能对解释生态系统内物种分布格局有重要的生态意义.

关键词：物种海拔分布范围主导因子分布面积纳帕海

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23个云南八角品种的指纹图谱构建

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广东农业科学 2012年第21期39卷 157-159页

作者：陈海云陈少瑜宁德鲁吴涛耿树香李勇杰云南省林业科学院云南昆明650204 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650204

运用RAPD-PCR分子标记技术从22条扩增效果好的RAPD引物中筛选出两条具有扩增效果好、多态性高、条带清晰的特征引物:G11(TGC CCG TCGT)和M18(CAC CAT CCGT)。这两条特征引物能够将23个云南八角品种完全区分开,从而建立了23个云南八角品... 详细信息

运用RAPD-PCR分子标记技术从22条扩增效果好的RAPD引物中筛选出两条具有扩增效果好、多态性高、条带清晰的特征引物:G11(TGC CCG TCGT)和M18(CAC CAT CCGT)。这两条特征引物能够将23个云南八角品种完全区分开,从而建立了23个云南八角品种的指纹图谱,为云南八角的物种亲缘关系鉴定和遗传多样性分析提供科学参考。

关键词： RAPD—PCR 特征引物八角指纹图谱

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基于RAPD标记的云南23个八角优良无性系的聚类和遗传多样性分析

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西部林业科学 2013年第1期42卷 53-57页

作者：陈海云宁德鲁陈少瑜李勇杰吴涛谷丽萍云南省林业科学院云南昆明650201 国家林业局重点开放性实验室云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201

利用RAPD分子标记技术对云南省的23个八角优良无性系进行了聚类和遗传多样性分析。从筛选出的22条引物中,共扩增出197个位点,其中多态性位点183个,平均多态性比率为92.89%。采用成对算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)对Nei’s的一致... 详细信息

利用RAPD分子标记技术对云南省的23个八角优良无性系进行了聚类和遗传多样性分析。从筛选出的22条引物中,共扩增出197个位点,其中多态性位点183个,平均多态性比率为92.89%。采用成对算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)对Nei’s的一致度进行的聚类分析结果表明,在23个八角无性系中,广南7号与广南9号的遗传距离最近,广南9号与富宁3号的遗传距离最远。在遗传距离为0.142 5处将23个八角无性系分为4个类群。试验数据表明,其八角无性系间的遗传距离与地理距离的相关性不大。遗传多样性分析结果表明,云南23个八角优良无性系间存在较高的遗传多态性和丰富的遗传基础。

关键词： RAPD标记云南八角优良无性系聚类遗传多样性分析

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八角基因组DNA的提取方法

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福建林业科技 2012年第4期39卷 26-29页

作者：陈海云吴涛耿树香白平陈少瑜宁德鲁云南省林业科学院云南昆明650204 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650204

采用4种植物基因组DNA提取方法(CTAB法、SDS法、高盐法、试剂盒法)对八角基因组DNA进行提取试验。结果表明,对传统CTAB法稍加改良可以得到较为理想的提取效果,改良的内容包括①在加入CTAB提取缓冲液之前,先用CTAB-free缓冲液抽提1～2次... 详细信息

采用4种植物基因组DNA提取方法(CTAB法、SDS法、高盐法、试剂盒法)对八角基因组DNA进行提取试验。结果表明,对传统CTAB法稍加改良可以得到较为理想的提取效果,改良的内容包括①在加入CTAB提取缓冲液之前,先用CTAB-free缓冲液抽提1～2次;②将CTAB提取缓冲液中CTAB的用量从2%提高到3%;③提取缓冲液的用量由样品干重的10倍增加到60倍。用改良CTAB法提取的DNA经RAPD-PCR扩增,条带清晰,其质量能够满足分子标记的要求。

关键词：八角基因组DNA 改良CTAB法凝胶电泳 RAPD-PCR扩增

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