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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 789-797页

作者：徐令文王毅郝佳波张雨赵敏赵川李贤忠陆斌西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均... 详细信息

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均分子质量62228,平均理论等电点值为5.72,除JsTPS6、JsTPS23、JsTPS56分布于叶绿体和细胞质内,其余均定位于叶绿体.转录组测序分析表明,33个JsTPS基因只在茎中表达,11个JsTPS基因只在叶中表达,JsTPS基因家族表达具有组织特异性.JsTPS66、JsTPS24、JsTPS30、JsTPS3、JsTPS31、JsTPS1基因只在环剥处理试验株的叶中高表达,JsTPS10、JsTPS7只在结果老树的茎、叶中表达,JsTPS70同时在环剥植株的茎和结果老树的叶中表达,且前者表达量高于后者.推测JsTPS70可能参与茎条防御相关生理活动,JsTPS66可能参与叶片防御相关生理活动.

关键词：深纹核桃转录因子萜烯合成酶表达分析

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油橄榄WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 759-766页

作者：王丽娟王毅胡青陆斌李贤忠赵川赵敏冯发玉西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,... 详细信息

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,分析出7个WRKY转录因子(WRKY14、WRKY51、WRKY77、WRKY91、WRKY66、WRKY1、WRKY92)在‘佛奥’和‘TYZ-1号’中均有高度表达且共同参与干旱和水淹胁迫调控,推测这7个基因可能是油橄榄水分胁迫的主要调节因子.将WRKY蛋白与已知干旱调控的WRKY转录因子构建系统进化树,结果显示,7个与胁迫相关的转录因子中的4个(WRKY14、WRKY51、WRKY91、WRKY92)与已知干旱调控的WRKY基因相似度更高,推测这4个WRKY转录因子可能是参与‘TYZ-1号’干旱调控的主要基因.

关键词：油橄榄 WRKY转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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竹叶花椒MYB基因家族的鉴定及其表达特性的分析

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经济林研究 2021年第4期39卷 148-157页

作者：冯发玉王毅王丽娟罗玛妮娅徐令文杨彦萍陆斌西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

【目的】利用测序获得的竹叶花椒Zanthoxylum armatum转录组数据,研究竹叶花椒中MYB转录因子家族的序列信息、进化模式、表达模式,探寻此家族中参与竹叶花椒皮刺生长发育的相关基因,为进一步揭示MYB转录因子家族生物学功能提供理论依据... 详细信息

【目的】利用测序获得的竹叶花椒Zanthoxylum armatum转录组数据,研究竹叶花椒中MYB转录因子家族的序列信息、进化模式、表达模式,探寻此家族中参与竹叶花椒皮刺生长发育的相关基因,为进一步揭示MYB转录因子家族生物学功能提供理论依据,为后续的无刺竹叶花椒品种的基因工程培育奠定理论基础。【方法】利用生物信息学方法,从测序获得的竹叶花椒转录组数据库中筛选MYB转录因子,对其蛋白基序、理化性质、系统进化关系、基因表达特性等进行分析,并利用qRT-PCR技术和基因克隆,对所选基因进行验证。【结果】从竹叶花椒中共鉴定出39条MYB转录因子序列,其中包括9个R1-MYB型基因、28个R2R3-MYB型基因、1个R3型基因和1个R4型基因。对其蛋白理化性质的分析结果表明:39个MYB转录因子所含氨基酸数量为101~621个,其均为可溶性蛋白,而其二级结构以无规则卷曲为主。亚细胞定位预测结果显示:39个MYB转录因子定位于细胞核的可能性最大,这符合转录因子调控下游基因的表达特性。基因表达情况的分析结果显示:部分MYB转录因子在竹叶花椒同一组织的不同发育时期的表达差异显著,其中ZaMYB10、ZaMYB23和ZaMYB25这3个基因的表达量随着皮刺的不断发育均呈逐渐增长的趋势,表明这3个基因可能与皮刺的生长发育相关。qRT-PCR分析结果表明:ZaMYB10基因在皮刺中有特异表达。基因克隆结果表明:ZaMYB10基因具有长为1032 bp的完整的cDNA开放阅读框,其编码343个氨基酸。【结论】鉴定出39个竹叶花椒MYB转录因子,其均包含SANT保守结构域,根据表达模式判断,其中的ZaMYB10转录因子可能参与了竹叶花椒皮刺生长发育的调控。

关键词：竹叶花椒 MYB 皮刺生物信息学分析基因表达分析

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桑黄9个萜类合成酶基因的鉴定及表达分析

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森林与环境学报 2021年第4期41卷 402-409页

作者：李云琴王毅张子蕴原晓龙杨焱杨文忠云南省林业和草原科学院云南昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林草局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 上海市农业科学院食用菌研究所上海201106

为了解高等药用真菌桑黄的萜类合成酶(TPS)基因的功能,从桑黄全基因组中分离获得TPS基因,并对其进行生物信息学分析、系统发育树构建,分析其在不同碳源和氮源培养条件下的表达情况。结果表明:在桑黄基因组中分离出9个SsTPS基因,除SsTPS... 详细信息

为了解高等药用真菌桑黄的萜类合成酶(TPS)基因的功能,从桑黄全基因组中分离获得TPS基因,并对其进行生物信息学分析、系统发育树构建,分析其在不同碳源和氮源培养条件下的表达情况。结果表明:在桑黄基因组中分离出9个SsTPS基因,除SsTPS2蛋白质没有特征基序外,其余SsTPS蛋白质均具有TPS的典型特征基序;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。9个SsTPS聚为2个支系,初步推测SsTPS1为倍半萜合成酶,且可以催化合成α-muurolene;SsTPS3、SsTPS4、SsTPS5、SsTPS9属于倍半萜合成酶,SsTPS3和SsTPS5合成δ-cadinene的类似物或衍生物,SsTPS4和SsTPS9分别合成β-copaene、α-muurolene的类似物或衍生物;Ss TPS2为三萜合成酶。Ss TPS1、Ss TPS4、Ss TPS6基因在所有培养基中均不表达,其余基因呈现差异化表达,Ss TPS7仅在添加肌醇为碳源、大豆蛋白粉为氮源的培养基中低量表达;Ss TPS2、Ss TPS3、Ss TPS5、Ss TPS8、Ss TPS9分别在添加果糖为碳源、大豆蛋白粉为氮源、牛肉浸粉为氮源、酵母粉为氮源、香蕉粉为氮源的培养基中表达量最高。基因簇分析显示,Ss TPS1和Ss TPS4编码基因所在contig有基因簇的存在。

关键词：桑黄萜类合成酶生物信息学分析基因表达

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云南欧洲甜樱桃品种SSR鉴定及遗传多样性分析

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西南林业大学学报（自然科学） 2024年第6期44卷 72-80页

作者：杨跃仙段利武卯梅华王毅马山俊云南林业职业技术学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

为了解云南省目前引种和栽培的欧洲甜樱桃品种情况及其遗传多样性状况,经过SSR标记的筛选,对云南省昆明市、马龙县、石林县、牟定县不同基地和资源圃的85份欧洲甜樱桃品种进行基因型鉴定和遗传多样性分析。结果表明:共筛选出16个稳定性... 详细信息

为了解云南省目前引种和栽培的欧洲甜樱桃品种情况及其遗传多样性状况,经过SSR标记的筛选,对云南省昆明市、马龙县、石林县、牟定县不同基地和资源圃的85份欧洲甜樱桃品种进行基因型鉴定和遗传多样性分析。结果表明:共筛选出16个稳定性好、高度多态性的SSR标记;85份欧洲甜樱桃品种中有71份品种都有不同程度的重复,剔除同物异名和异物同名的品种后,筛选出31份欧洲甜樱桃品种;31份品种用16个SSR标记共扩增出74个等位片段,有效等位基因(Ne)的大小为1.1027~3.8363,平均值为2.70,香农指数(I)范围为0.2245~1.5151,平均值1.1295。观测杂合度(Ho)的范围为0.0968~0.7742,平均值0.6250,多态信息含量(PIC)的范围为0.0931~0.7393,平均值0.5953。该研究结果表明云南省85份甜樱桃品种实为31个基因型,遗传多样性水平中等偏高。

关键词：甜樱桃品种鉴定遗传多样性 SSR

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黑龙江丰林国家级自然保护区红松+紫椴+硕桦群系优势树种生态位特征与种间联结分析

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园林 2023年第10期40卷 14-21页

作者：白晓航施佳颖东南大学建筑学院江苏省城乡与景观数字技术工程中心南京210096 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650204 北京师范大学地理科学学部地表过程与资源生态国家重点实验室北京100875

阔叶红松林是中国东北东部山区地带性森林植被,具有丰富的物种组成与独特的建群种,在保持水土、防风固沙、气候调节、涵养水源、维持生态平衡和生物多样性等方面具有重要意义。目前,关于阔叶红松混交林的研究主要集中在群落结构、与土... 详细信息

阔叶红松林是中国东北东部山区地带性森林植被,具有丰富的物种组成与独特的建群种,在保持水土、防风固沙、气候调节、涵养水源、维持生态平衡和生物多样性等方面具有重要意义。目前,关于阔叶红松混交林的研究主要集中在群落结构、与土壤相互作用、对环境因子的适应策略、生物多样性共存机制等宏观层面,对特定群系类型的阔叶红松混交林的生态位及其种间关系的基础研究仍然缺乏。以黑龙江丰林国家级自然保护区内紫椴+硕桦+红松群系为研究对象,通过对该区域全面踏查设置植物群落调查样地,以期揭示该群系的优势树种生态位特征与种间联结。结果表明:建群种红松、硕桦、紫椴的生态位宽度较大,群系结构相对稳定,随着优势树种重要值的增加生态位宽度逐渐增加。群系中不同树种的生态位重叠有差异、呈网状结构,优势树种间的生态位分化程度较好。群系中优势树种整体上呈现显著正联结,正联结的种对数大于负联结的种对数,优势树种间正相互作用占优势,正相互作用的强度较低,群系群落结构相对稳定、向正向演替发展。研究揭示了以红松+紫椴+硕桦群系为主的阔叶红松林内优势树种生态位特征和不同树种的资源利用能力,为该区域阔叶红松混交林保护和可持续经营管理提供理论依据。

关键词：生态位种间联结自然保护区优势种阔叶红松混交林

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不同低温胁迫对两种沉香幼苗抗寒性的影响

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植物学研究 2022年第1期11卷 89-96页

作者：向振勇楚永新邵杨建谷丽萍郑科云南省林业和草原科学院/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省林业和草原科学院林业研究所云南昆明红河哈尼族彝族自治州林业和草原科学研究所云南蒙自云南农业大学园林园艺学院云南昆明云南省林业和草原科学院林业研究所云南昆明

以厚壳沉香(Aquilaria crassna)和白木香(Aquilaria sinensis)叶片作为处理材料,研究不同低温处理下两种沉香叶片中脯氨酸、可溶性蛋白质、可溶性糖以及丙二醛、电导率等指标变化,采用Fuzzy数学隶属函数对2种沉香进行抗寒性综合评价。... 详细信息

以厚壳沉香(Aquilaria crassna)和白木香(Aquilaria sinensis)叶片作为处理材料,研究不同低温处理下两种沉香叶片中脯氨酸、可溶性蛋白质、可溶性糖以及丙二醛、电导率等指标变化,采用Fuzzy数学隶属函数对2种沉香进行抗寒性综合评价。结果表明:2种沉香的抗寒能力均随着温度下降而先升高后降低,对2种沉香的抗寒性综合评价得知白木香抗寒能力强于厚壳沉香。我们认为沉香在低于5℃的环境中,很难成活,尤其是温度低于2℃以后,持续1天以上,植株会大量死亡,在大规模繁殖中,低温冻害应是重点考虑因素。

关键词：沉香抗寒性综合评价生理指标

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桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子及其在不同碳氮源条件下的表达

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菌物学报 2021年第7期40卷 1676-1687页

作者：张雪蕊张子蕴王毅原晓龙杨焱鲁东大学生命科学学院山东烟台264025 云南省林业与草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 上海市农业科学院食用菌研究所上海201106

Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子(C6zinc)在真菌次生代谢产物合成中发挥重要作用。本研究首先利用本地BLAST,从桑黄Sanghuangporussanghuang全基因组中获得Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子编码基因,并利用生物信息学手段分析编码蛋白保守结构... 详细信息

Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子(C6zinc)在真菌次生代谢产物合成中发挥重要作用。本研究首先利用本地BLAST,从桑黄Sanghuangporussanghuang全基因组中获得Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子编码基因,并利用生物信息学手段分析编码蛋白保守结构域、一级结构及二级结构,构建蛋白系统发育树,最后利用半定量PCR对它们在不同碳源和氮源培养条件下的表达情况进行检测。结果显示:从桑黄基因组中分析获得的11个Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白均具有Cy6型锌指基序,属于GAL4型锌簇蛋白转录因子;它们均为不稳定亲水性蛋白,具磷酸化修饰位点,糖基化修饰位点较少或没有,定位于细胞核中;其二级结构主要以无规卷曲和α螺旋为主;系统发育树分析结果显示,桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白分为2个大分支,其中Ⅰ类分支转录因子的保守结构域分布于蛋白N-端,Ⅱ类分支转录因子的保守结构域则分布于蛋白C-端;11个桑黄Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子在不同培养基培养的菌丝体中呈现差异化表达,其中,肌醇培养基和乳糖培养基能够有效促进大部分锌簇蛋白转录因子的表达;另外,基因簇分析显示桑黄锌簇蛋白SHCZ4可能是NRPS-PKS杂合基因簇体系的途经特异性转录因子。该结果将为桑黄次生代谢产物合成调控相关转录因子的研究以及潜在次生代谢相关基因簇的挖掘提供参考依据。

关键词：桑黄 Zn(Ⅱ)2Cys6锌簇蛋白转录因子次生代谢产物基因簇

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外来入侵植物肿柄菊在云南的扩散风险研究

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广西植物 2021年第5期41卷 789-798页

作者：陈剑王四海朱枫袁春明云南省林业和草原科学院昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物繁育和保护重点实验室昆明650201 西南林业大学地理与生态旅游学院昆明650224

预测外来入侵植物的潜在入侵范围以及对不同环境的适应性,能够为外来植物入侵提供预警和预防。该文通过实地调查肿柄菊(Tithonia diversifolia)在云南的入侵范围,以及收集世界其他地区分布点,结合12个关键环境变量,利用MaxEnt模型对肿... 详细信息

预测外来入侵植物的潜在入侵范围以及对不同环境的适应性,能够为外来植物入侵提供预警和预防。该文通过实地调查肿柄菊(Tithonia diversifolia)在云南的入侵范围,以及收集世界其他地区分布点,结合12个关键环境变量,利用MaxEnt模型对肿柄菊适生区范围和环境限制因子进行分析。结果表明:在世界范围适生区分布格局中,肿柄菊在云南无高适生区,次适生区总面积占全省总面积的3.58%,中适生区占32.90%,低适生区占42.80%,非适生区占20.72%;有扩散风险的区域主要为中适生区,普遍分布于云南省26°N以南地区;实地调查肿柄菊分布最高海拔2200 m,在海拔1000~1500 m分布最为密集,而模型预测显示海拔2000 m以下都适宜肿柄菊生长,且500~2000 m为最适宜海拔范围;在12个环境变量中年降雨量、人类足迹、年均温、海拔等环境变量对肿柄菊的分布起到了最重要的作用。综上结果表明,目前在云南肿柄菊零星的分布点已到达其潜在分布区的边缘,但已入侵区域还远小于潜在可入侵区域。为了预防肿柄菊在我国南方地区大面积扩散带来危害,有必要对其入侵和扩散态势进行监测。

关键词：外来入侵植物肿柄菊 MaxEnt模型环境变量扩散

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滇牡丹主要分布区11个居群果实特征的比较

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江西农业大学学报 2023年第3期45卷 619-630页

作者：杜春余潇牟亚萍李进张鹏远原晓龙王娟西南林业大学林学院云南昆明 650224 西南林业大学园林园艺学院云南昆明 650224 西南林业大学生命科学学院云南昆明 650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明 650201 西南林业大学绿色发展研究院云南昆明 650224

目的滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源，具有巨大的开发潜能，研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。方法以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象，统计果荚及种子性状数据，采用描述统计、相关性、K-均值聚类及... 详细信息

目的滇牡丹作为珍贵的油用野生牡丹资源，具有巨大的开发潜能，研究其果荚及结实特征可为滇牡丹育种工作提供帮助。方法以11个野生居群的滇牡丹果荚及种子为研究对象，统计果荚及种子性状数据，采用描述统计、相关性、K-均值聚类及方差分析等方法对数据进行分析。结果果荚及种子各性状变异系数（CV）变化范围9.15%~72.96%，其中果荚重具有最大的平均变异系数（53.54%），其次为发育种子数（52.68%）及败育种子数（51.39%），丽江利苴（DLG）居群在11个居群中拥有最大的平均果荚长度（7.49 cm），果荚宽度（6.66 cm）及果荚重（27.83 g）。采用K-均值聚类的方法对滇牡丹种子质量分级标准进行探究，结果表明Ⅰ级种子（单粒重>1.26 g、种子宽>1.25 cm、种子长>1.38 cm），Ⅱ级种子（单粒重0.84~1.26 g、种子宽1.10~1.25 cm、种子长1.22~1.38 cm），Ⅲ级种子（0.60 g单粒重~结论滇牡丹果荚性状变异丰富，果荚重、发育种子数及败育种子数等性状较其他性状具有较大的变异，11个居群中DLM与DLG两个居群在果荚及种子性状、结实特征上均优于其他居群，而昆明梁王山（DLW）居群表现最差。

关键词：滇牡丹果荚性状种子性状种子分级

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