检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2021年第3期40卷 1278-1283页

作者：原晓龙陈伟王毅李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC... 详细信息

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC含量为29.63%,偏好以AT碱基结尾;ENC值在37.66~60.30之间,且ENC值>45的CDS有37个,占总参试基因的82.22%;GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)与GCall均为极显著相关,GC_(3)与ENC呈显著相关。中性绘图分析显示GC_(12)和GC_(3)的相关系数为-0.1114,回归系数为-0.1111;ENC-plot软件分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot软件分析显示思茅松叶绿体基因组在密码子的碱基使用频率方面,T>A,G>C。这些说明思茅松叶绿体基因密码子偏好性的主要影响因素为选择,突变的作用较小。本研究为思茅松种源选择、系统发育等研究提供科学依据。

关键词：思茅松叶绿体基因组密码子偏好性选择

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滇牡丹中3个类查尔酮合成酶基因的克隆与表达

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浙江农业学报 2019年第9期31卷 1478-1484页

作者：原晓龙李云琴王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室

从开黄花的滇牡丹转录组中分离了3个CHS基因,利用生物信息学预测其基因功能,并比较不同花发育时期CHS基因的表达量。结果显示:3个CHS基因的cDNA全长分别为1173、1185、1128bp,依次命名为PdCHS1(GenBank登录号MK516264)、PdCHS2(GenBank... 详细信息

从开黄花的滇牡丹转录组中分离了3个CHS基因,利用生物信息学预测其基因功能,并比较不同花发育时期CHS基因的表达量。结果显示:3个CHS基因的cDNA全长分别为1173、1185、1128bp,依次命名为PdCHS1(GenBank登录号MK516264)、PdCHS2(GenBank登录号MK516265)和PdCHS3(GenBank登录号MK516266),分别编码390、394和375个氨基酸;这3个CHS基因编码的蛋白均为无信号肽的非分泌蛋白,均含查尔酮合成酶活性位点基序(G/A)FGPG。聚类结果显示,滇牡丹中的3个CHS蛋白归属于不同分支。基因表达结果显示,PdCHS1基因在花蕾期和花蕊中表达量较高,PdCHS2基因在末花期和初花期表达量较高,PdCHS3基因在末花期和花蕾期表达量较高。这3个CHS基因分别参与不同次生代谢产物的合成,推测PdCHS1参与柚皮素查尔酮,PdCHS2参与芪类化合物,PdCHS3参与聚酮类化合物的生物合成。

关键词：滇牡丹查尔酮合成酶基因生物信息学次生代谢

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思茅松及云南松转录组密码子偏好性比较分析

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中南林业科技大学学报 2023年第9期43卷 153-163页

作者：原晓龙王毅罗婷李云琴毕玮陈伟李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,... 详细信息

【目的】比较思茅松Pinus kesiya ***和云南松***转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,同时统计和计算其他相关参数,推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面,云南松为GC12(0.50)>GC3s(0.47),思茅松根为GC12(0.51)>GC3s(0.32);在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面,高产脂树皮为GC12(0.49)>GC3s(0.45),低产脂树皮为GC12(0.50)>GC3s(0.41),说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾;它们的CAI值相较于被子植物均较低,这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱;且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响;最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较,发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似,与构巢曲霉和拟南芥的相对接近,说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主,是多种因素共同作用的结果,构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供理论基础和参考依据。

关键词：思茅松云南松转录组密码子使用模式密码子偏好性密码子使用频率

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牛樟芝AcFPS基因的克隆及最佳表达培养基筛选

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基因组学与应用生物学 2020年第11期39卷 5240-5246页

作者：原晓龙李云琴王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPS)是萜类化合物生物合成过程中的关键酶和限速酶,影响后续支路产物的代谢。为探究牛樟芝中AcFPS基因与萜类化合物生物合成间的关系,本研究从牛樟芝基因组中分离并克隆得到AcFPS基因... 详细信息

法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase,FPS)是萜类化合物生物合成过程中的关键酶和限速酶,影响后续支路产物的代谢。为探究牛樟芝中AcFPS基因与萜类化合物生物合成间的关系,本研究从牛樟芝基因组中分离并克隆得到AcFPS基因,并对其蛋白进行生物信息学分析,比较AcFPS基因在含不同碳、氮源添加物培养基上的表达量。结果表明,AcFPS基因含5个外显子、4个内含子,其外显子拼接总长1095 bp,编码364个氨基酸;AcFPS是一种位于细胞质中无信号肽和跨膜结构的蛋白,该蛋白含有4个保守序列,分别为DomainⅠ(GGKLNRG LSVVD)、DomainⅡ(DDMMD)、DomainⅢ(KFSLQKHXLIVIXKT)、DomainⅣ(DDFLD);牛樟芝AcFPS与污叉丝孔菌(XP007371273)、白腐菌(XP008044628)、绣球菌(XP027616692)、根纤维孔菌(XP012183648)和绵腐卧孔菌(XP024343411)等多孔菌目真菌的FPS蛋白聚为一支;以果糖为碳源、以番茄浸粉为氮源能有效诱导AcFPS基因的表达。本研究为深入解析牛樟芝萜类化合物合成分子机制及其异源表达提供了依据。

关键词：牛樟芝 AcFPS基因基因克隆最佳表达培养基筛选

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生境片断化对濒危植物景东翅子树种群结构与动态的影响

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生物多样性 2021年第4期29卷 449-455页

作者：杨国平吴涛耿云芬李小双郝佳波袁春明中国科学院西双版纳热带植物园云南勐腊666303 云南省林业和草原科学院昆明650204 国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204 云南省森林植物培育与利用重点实验室昆明650204

生境的破坏及其片断化是生物多样性丧失的主要原因,了解生境片断化对植物种群动态的影响十分必要。本文比较分析了不同大小生境片断(5 ha和15 ha)和连续森林中濒危植物景东翅子树(Pterospermum kingtungense)种群的结构与动态,目的是明... 详细信息

生境的破坏及其片断化是生物多样性丧失的主要原因,了解生境片断化对植物种群动态的影响十分必要。本文比较分析了不同大小生境片断(5 ha和15 ha)和连续森林中濒危植物景东翅子树(Pterospermum kingtungense)种群的结构与动态,目的是明确影响景东翅子树种群动态的关键生活史阶段及其种群保护的目标,为濒危植物种群保护和管理策略的制定提供科学依据。在上述3种生境中分别设立3个50 m×100 m的1.5 ha固定样地,调查景东翅子树所有个体的胸径(其中幼苗和幼树为地径)和高度、个体的存活及幼苗的补充情况。基于上述统计参数,建立预测种群动态的Lefkovitch矩阵模型,同时应用矩阵模型的弹性分析方法量化种群统计参数对种群增长率的相对贡献。结果表明:(1)在5 ha和15 ha生境片断及连续森林各1.5 ha的样地中,2018年首次调查到景东翅子树的个体数分别为34、82和88株,2019年复查时的个体数分别为33、82和87株。3种生境中景东翅子树种群的年龄结构均以幼树为主,但5ha生境片断森林缺乏幼苗和大树(包括成树和亚成树),而15ha生境片断森林幼苗较丰富。(2)在3种生境中景东翅子树种群的增长率等于1(15 ha生境片断)或趋近于1(5 ha生境片断和连续森林),说明不同生境中的景东翅子树种群比较稳定,这主要是因为其各生活史阶段的存活率均较高。(3)景东翅子树成树和亚成树阶段的存活率对种群增长率的贡献最大,是影响其种群动态的关键生活史阶段。因此对于大树(包括成树和亚成树)的保护是极度濒危植物景东翅子树种群维持的关键。研究结果揭示小生境片断降低了景东翅子树种群的数量,改变了种群的结构,但对种群动态的影响效应尚未显现。因此对于这些小生境片断中濒危植物种群的保护和恢复是可行的,也是有价值的。

关键词：生境片断化种群动态 Lefkovitch矩阵模型种群增长率弹性分析

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西南桦叶绿体基因组密码子偏好性分析

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基因组学与应用生物学 2020年第12期39卷 5758-5764页

作者：原晓龙李云琴王毅张劲峰云南省林业和草原科学院昆明650201 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性广泛存在于各种植物中。本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列。结果显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86~56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80%,RSCU>... 详细信息

密码子偏好性广泛存在于各种植物中。本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列。结果显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86~56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80%,RSCU>1的密码子中有23个以A或U作为结尾,说明其密码子偏好以AU结尾;ENC与密码子第3位碱基的GC含量呈显著相关;3种图形分析均表明西南桦叶绿体基因组密码子偏好性受突变影响较大;最优密码子以C结尾的有7个,G结尾的有2个,U结尾的有1个。本研究为西南桦无性系地理种源鉴定、保持种源多样性提供了科学依据。

关键词：西南桦(Betula alnoides) 叶绿体基因组密码子偏好性突变

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降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析

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广西植物 2021年第4期41卷 622-630页

作者：原晓龙李云琴张劲峰王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依... 详细信息

为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66~54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05~0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。

关键词：降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性选择

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土壤含水量对极小种群毛枝五针松幼苗抗氧化活性的影响

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热带亚热带植物学报 2016年第2期24卷 182-188页

作者：康洪梅张珊珊杨文忠方波云南省林业科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为探究水分对毛枝五针松（Pinuswangii）幼苗生理特性的影响，对不同土壤含水量下幼苗松针的抗氧化活性进行了研究。结果表明，土壤含水量为田问持水量的40％～80％时，其POD、SOD和CAT活性较强；随着处理时间的延长，细胞质膜渗透性减... 详细信息

为探究水分对毛枝五针松（Pinuswangii）幼苗生理特性的影响，对不同土壤含水量下幼苗松针的抗氧化活性进行了研究。结果表明，土壤含水量为田问持水量的40％～80％时，其POD、SOD和CAT活性较强；随着处理时间的延长，细胞质膜渗透性减弱，抗逆性变弱；脯氨酸、可溶性糖和蛋白质含量均以20％～40％的田问持水量较高；处理30d后丙二醛含量随着土壤含水量的增加而提高，在土壤含水量为田问持水量的40％时，丙二醛含量最低，抗逆性最强。因此，人工培育幼苗时，土壤水分过多的时间尽量不要超过30d，控制土壤水分为田问最大持水量的30％～50％，这样能提高幼苗存活率。

关键词：毛枝五针松土壤含水量幼苗生理特性

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应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

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东北林业大学学报 2020年第4期48卷 36-41页

作者：张珊珊陈剑杨文忠国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室(云南省林业科学院) 昆明650201

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最... 详细信息

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。

关键词：富民枳简化基因组测序遗传多样性分析遗传管理

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云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性分析

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西北林学院学报 2020年第4期35卷 26-31,124页

作者：原晓龙康洪梅王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40%,... 详细信息

以云南蓝果树叶绿体基因组为研究对象,采用Codon W 1.4.2等软件,通过分析云南蓝果树叶绿体基因组52个基因密码子的偏好性,探究影响密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:1)Codon W和CUSP软件分析显示密码子第3位碱基GC含量为28.40%,ENC值>45的基因有39个,说明密码子偏好以AT结尾,且存在较弱偏性。2)中性绘图分析显示,GC12与GC3的相关系数为0.1612,相关性不显著,说明密码子第1、第2位与第3位碱基组成存在显著差异。3)ENC绘图结合ENC比值频率表显示,大部分基因距离标准曲线较远,说明密码子偏好性主要受选择的影响。4)PR2-plot分析显示密码子第3位碱基使用频率方面,T>A,G>C,说明密码子偏好性受多重因素影响。5)确定UUG、UCA、GCU、AAU、GAU和GGA为最优密码子。综上所述,云南蓝果树叶绿体基因组密码子的使用主要受选择的影响,受其他如突变等因素的影响较弱。

关键词：云南蓝果树叶绿体基因组密码子偏好性选择最优密码子

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