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分子植物育种 2023年

作者：卢珍红原晓龙李绅崇单芹丽杨春梅王毅云南省农业科学院花卉研究所云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物资源培育与开发利用重点实验室

WRKY在植物响应生物胁迫和非生物胁迫方面通过调节植物激素信号转导途径发挥重要作用。本研究通过GO、KEGG等常用数据库和本地BLAST对非洲菊全基因组进行比对分析，获得80个非洲菊WRKY基因序列。保守基序、序列比对和聚类分析发现非洲菊... 详细信息

WRKY在植物响应生物胁迫和非生物胁迫方面通过调节植物激素信号转导途径发挥重要作用。本研究通过GO、KEGG等常用数据库和本地BLAST对非洲菊全基因组进行比对分析，获得80个非洲菊WRKY基因序列。保守基序、序列比对和聚类分析发现非洲菊WRKY转录蛋白可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类，均至少含有1个WRKY结构域，WRKY保守基序有WKKY、WCKY和WTKY 3种变型。转录组分析发现存在78个具有表达能力的WRKY基因，2个基因不表达。RT-qPCR分析结果显示GbWRKY51基因显著上调，可能同隐地疫霉菌响应密切相关。蛋白互作分析发现GbWRKY51可能通过调节植保素或乙烯的生物合成来防御隐地疫霉菌胁迫。本研究可为非洲菊WRKY转录因子在抗病、生物胁迫防御响应及功能验证提供数据支持和理论基础。

关键词：非洲菊 WRKY转录因子基因组挖掘隐地疫霉菌 RT-qPCR

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竹叶花椒ZaGGPPS基因克隆与表达分析

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广西植物 2021年第4期41卷 598-605页

作者：关淑文王毅郝佳波原晓龙陆斌李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGG... 详细信息

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGGPPS,并利用NCBI、ProParam、SignalP 4.1 server、DNAMAN和MEGA 7.0软件对ZaGGPPS基因进行生物信息学分析,并比较其在嫁接树和实生树中的表达量。结果表明:ZaGGPPS包含完整的cDNA开放阅读框(OFR),由1086 bp组成,编码361个氨基酸。其蛋白的相对分子量为39079.14 Da,理论等电点pI为6.38。Blast比对结果显示该蛋白质属于GGPPS家族蛋白,含有2个GGPPS蛋白特有的天冬氨酸富集基序,分别是“DDXXXXD”和“DDXXD”,以及5个特征性功能结构域。系统进化树结果显示竹叶花椒与芸香科植物甜橙(Citrus sinensis)、克里曼丁桔(***)、柚子(***)等亲缘关系较近。荧光定量PCR检测显示,ZaGGPPS基因在竹叶花椒中的表达量从高到低分别为实生树的叶、嫁接树的叶、实生树的茎、嫁接树的茎。牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶是竹叶花椒萜类化合物生物合成途径中的关键酶,通过嫁接可影响ZaGGPPS基因在叶和茎中的表达量。该文对竹叶花椒ZaGGPPS基因进行了克隆与分析,为后续深入研究竹叶花椒香气形成的分子机理及利用分子生物学手段选育优良品种提供理论依据。

关键词：竹叶花椒牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶克隆生物信息学分析

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基于积分投影模型预测濒危植物景东翅子树的种群动态

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生态环境学报 2022年第8期31卷 1530-1536页

作者：袁春明杨国平耿云芬张珊珊云南省林业和草原科学院云南昆明650204 国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650204 云南省森林植物培育与利用重点实验室云南昆明650204 中国科学院西双版纳热带植物园云南勐腊666303

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大... 详细信息

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大小的片断和连续森林中景东翅子树的种群动态如何?(2)驱动景东翅子树种群动态变化的关键因子是什么?在不同大小片断(5 hm^(2)和15 hm^(2))和连续森林中分别设立3个50 m×100 m固定样地,调查景东翅子树所有个体的胸径(幼苗和幼树为地径)、繁殖产出、个体的存活及幼苗的补充情况。基于连续3年的种群统计调查及实验数据,建立不同时间段(2018—2019、2019—2020和2020—2021年)上述3种生境中景东翅子树的积分投影模型,同时应用弹性分析方法量化种群统计参数对种群增长率的相对贡献。结果表明,(1)不同时段不同生境中景东翅子树的种群生命率(或统计过程)存在一定差异。3种生境中景东翅子树的死亡个体数为0—2 plant·a^(-1)·hm^(-2),年开花个体数为0—4 plant·a^(-1)·hm^(-2),新增个体数为0—1.3 plant·a^(-1)·hm^(-2)。(2)除5 hm^(2)片断在2020—2021年间受人为影响导致较大下降外,3种生境中景东翅子树种群的增长率等于或趋近于1,说明其种群是稳定的。(3)3个时段3种生境中景东翅子树种群的存活和生长对种群增长率的贡献占99.2%以上,说明种群的存活和生长是驱动种群增长、维持种群稳定的关键因子。研究认为如果没有较大的人为干扰和环境的波动如严重干旱等,3种生境中景东翅子树种群可维持稳定。

关键词：生境片断化濒危植物景东翅子树种群生命率种群动态积分投影模型弹性分析

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乳油木叶绿体基因组密码子偏好性分析

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分子植物育种 2020年第17期18卷 5658-5664页

作者：原晓龙李云琴张劲峰王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC... 详细信息

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS(Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC含量为27.47%,ENC范围在36.31~56.88,平均值为42.98。RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响。最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG。本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据。

关键词：乳油木(Vitellaria paradoxa) 叶绿体基因组密码子偏好性突变

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牛樟芝中一个新型还原型聚酮合酶基因的克隆及表达分析

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广西植物 2018年第9期38卷 1146-1154页

作者：原晓龙华梅陈剑王娟杨宇明王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650204

为了研究牛樟芝中PKS基因与化合物之间的关系,该研究通过对牛樟芝基因组分析获得牛樟芝聚酮合酶基因,以此序列为模板设计含有起始密码子和终止密码子的特异引物并以牛樟芝c DNA为模板克隆获得一个高度还原型PKS(HR-PKS)基因全长,命名为A... 详细信息

为了研究牛樟芝中PKS基因与化合物之间的关系,该研究通过对牛樟芝基因组分析获得牛樟芝聚酮合酶基因,以此序列为模板设计含有起始密码子和终止密码子的特异引物并以牛樟芝c DNA为模板克隆获得一个高度还原型PKS(HR-PKS)基因全长,命名为AcPKS2;对AcPKS2基因进行生物信息学分析,并比较该基因在不同培养基上的表达量。结果表明:AcPKS2全长7 842 bp,有24个内含子,其外显子共编码2 613个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为293.5 kDa,理论等电点pI为5.78。用CDD分析其结构域显示,该基因属于HR-PKS,其结构域组织排列为KS-AT-DH-MT-ER-KR-ACP-TE,8个结构域其活性位点分别为β-酮基合成酶(DTACSSSL)、酰基转移酶(GHSIGETA)、脱水酶(RNDGSTSPL)、甲基转移酶(SFDIITAFDV)、烯酰还原酶(HAGVSSPAA)、酮基还原酶(GSPGQANYTAA)、酰基转移酶(YGLDSLTSVRL)、硫酯酶(KQPNGPY)。系统发育树显示AcPKS2与其他化合物未知的HR-PKS蛋白聚为一支,结构域和系统进化树分析显示该基因可能编码一种新的含TE结构域高度还原型聚酮合酶;表达分析结果显示葡萄糖和果糖能够诱导该基因的表达。

关键词：牛樟芝高度还原型PKS 生物信息学分析基因表达

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云南蓝果树凋落物对其天然更新的影响

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东北林业大学学报 2016年第1期44卷 6-10页

作者：张珊珊向振勇康洪梅杨文忠国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室(云南省林业科学院) 昆明650201

为了探讨云南蓝果树(Nyssa yunnanensis ***)濒危机理,采用野外调查和室内控制相结合的方法,分析云南蓝果树凋落物对其天然更新的影响。结果表明:野外条件下,去除凋落物处理对云南蓝果树种子萌发率和幼苗都有显著的影响。室内受控实验发... 详细信息

为了探讨云南蓝果树(Nyssa yunnanensis ***)濒危机理,采用野外调查和室内控制相结合的方法,分析云南蓝果树凋落物对其天然更新的影响。结果表明:野外条件下,去除凋落物处理对云南蓝果树种子萌发率和幼苗都有显著的影响。室内受控实验发现,凋落物厚度和凋落物位置对云南蓝果树种子萌发和幼苗的影响差异显著;不同质量分数的凋落物浸提液,显著影响云南蓝果树的种子萌发率及幼苗的生长,抑制程度随浸提液质量分数的增加而增强。云南蓝果树幼苗生长受限与其根部丛枝菌根真菌被浸提液抑制有关。因此,云南蓝果树凋落物对其天然更新具有物理阻碍作用和化感作用,应定期对天然林合理地清理林下凋落物,以促进云南蓝果树的天然更新。

关键词：云南蓝果树凋落物天然更新种子萌发幼苗生长

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昆阳磷矿植被恢复地土壤肥力状况分析及评价

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长江流域资源与环境 2012年第12期21卷 1492-1498页

作者：和丽萍王玉杰方向京孟广涛李贵祥北京林业大学水土保持学院北京100083 云南省林业科学院云南昆明650204 国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650204

采用野外调查、室内分析并结合相关的方法,对昆阳磷矿人工林植被恢复样地土壤养分指标进行研究,以对矿区植被恢复地土壤肥力现状进行科学合理的评价。结果表明:矿区植被恢复地土壤的容重均小于1.8g/cm,孔隙多,结构性较好,有益于植物的生... 详细信息

采用野外调查、室内分析并结合相关的方法,对昆阳磷矿人工林植被恢复样地土壤养分指标进行研究,以对矿区植被恢复地土壤肥力现状进行科学合理的评价。结果表明:矿区植被恢复地土壤的容重均小于1.8g/cm,孔隙多,结构性较好,有益于植物的生长;植被恢复地土壤样本的有机质含量缺乏,全氮和碱解氮含量属于中等和较缺乏水平,全磷和有效磷、全钾和速效钾含量极为丰富。土壤有机质、有效磷,变异系数较大,分布不均匀,碱解氮、全氮、全磷、速效钾为中等变异的养分指标,变异系数相对小些,土壤中全钾呈弱变异,在土壤中的含量相对分布比较均匀。通过灰色关联度分析,得出研究区不同植被类型或不同年代组合恢复模式土壤肥力顺序为:2005年恢复的旱冬瓜+藏柏+麻栎林>2006年恢复的旱冬瓜+藏柏+麻栎林>2007年恢复的旱冬瓜+藏柏林>平台覆土>2005年恢复的旱冬瓜+藏柏林>2005年恢复的旱冬瓜+藏柏+墨西哥柏林。

关键词：植被恢复土壤肥力评价昆阳磷矿

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滇牡丹类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因的鉴定与表达分析

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西部林业科学 2018年第5期47卷 19-25页

作者：原晓龙陈剑陈中华华梅王娟王毅云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以野生滇牡丹为试验材料,以其转录组数据为基础,采用反转录PCR技术克隆得到一个具完整开放阅读框的类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因(Pd7GT),并通过生物信息学分析手段、基因表达对该基因进行分析。结果显示:该基因全长1 446bp (Gen Bank... 详细信息

以野生滇牡丹为试验材料,以其转录组数据为基础,采用反转录PCR技术克隆得到一个具完整开放阅读框的类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶基因(Pd7GT),并通过生物信息学分析手段、基因表达对该基因进行分析。结果显示:该基因全长1 446bp (Gen Bank登录号为KX394687),可编码481个蛋白氨基酸;生物信息学分析发现Pd7GT蛋白C末端含有典型糖基转移酶识别区(WAPQV)和UDP-葡萄糖基配体绑定位点(HCGWNS)的PSPG盒子,其蛋白序列GWAPQVMILEHEAVGGFVTHCGWNSTLEGISAGLPLVTWPIFAEQFYNEK,与可可(XP_007042481)、Herrannia umbratica (XP_021298085)、毛果杨(XP_006379195)、巨桉(XP_010066837)等以葡萄糖为糖基配体的类黄酮7-O-糖基转移酶聚为一类; Pd7GT基因在组织茎中表达量最高、不同花发育时期的花谢期表达量最高、不同颜色花瓣中黄花花瓣表达量最高。本研究为滇牡丹糖基转移酶异源表达、分子育种等研究提供一定的基础,为未来通过基因工程培育具新颖花色和抗性的滇牡丹新品种提供必要材料。

关键词：滇牡丹类黄酮7-O-葡萄糖基转移酶生物信息学分析基因表达

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丽江云杉体细胞胚胎发生

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林业科学 2010年第8期46卷 162-167页

作者：陈芳陈少瑜吴涛王寅冰易善军宁德鲁云南省林业科学院昆明650204 国家林业局云南省珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南省森林植物培育与利用重点实验室昆明650204 西南林学院昆明650224

体细胞胚胎发生是细胞工程中植株再生的重要途径之一，可作为基因工程的受体系统，同时也是研究细胞全能性、细胞分化及其形态建成的理想试验体系。在应用上，体细胞胚胎发生是一种有效的大规模无性繁殖方法（郭奕明等，2003；贾彩凤等... 详细信息

体细胞胚胎发生是细胞工程中植株再生的重要途径之一，可作为基因工程的受体系统，同时也是研究细胞全能性、细胞分化及其形态建成的理想试验体系。在应用上，体细胞胚胎发生是一种有效的大规模无性繁殖方法（郭奕明等，2003；贾彩凤等，2006；Stasollaetal．，2003；Sutton，2002）。在目前已成功诱导体胚形成的植物中，草本植物占了大多数。

关键词：丽江云杉体细胞胚胎发生胚性愈伤组织

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油橄榄×尖叶木樨榄种间杂交种真实性的SSR鉴定

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分子植物育种 2019年第7期17卷 2279-2284页

作者：潘莉李勇杰马婷吴涛宁德鲁云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室昆明650201

油橄榄种间杂交可拓宽现有油橄榄种质资源的遗传基础,其杂种真实性鉴定可为种间杂交技术改良和种质利用提供技术条件。云南省林业科学院以佛奥(Olea europaea cv. Frantoio)作母本、尖叶木樨榄(***)作父本,成功杂交育得子代。本研究利... 详细信息

油橄榄种间杂交可拓宽现有油橄榄种质资源的遗传基础,其杂种真实性鉴定可为种间杂交技术改良和种质利用提供技术条件。云南省林业科学院以佛奥(Olea europaea cv. Frantoio)作母本、尖叶木樨榄(***)作父本,成功杂交育得子代。本研究利用14个在亲本间存在差异的油橄榄SSR标记,对3个种间杂交子代和1个疑似杂交种"欧莱雅"的杂种真实性进行了鉴定。结果表明,1个SSR标记(EMO90)仅在佛奥和杂交子代中有SSR-PCR扩增产物,而在尖叶木樨榄中无产物,表现为显性标记;其余13个SSR标记(Oli23,Oli26, GAPU01, GAPU59, GAPU71, DCA05, DCA07, DCA08, DCA15, DCA18, EMO2, EMO3, UDO09)为共显性标记,其中3个SSR标记(GAPU71, EMO2和EMO3)能够将子代杂合而亲本纯合的基因型直观进行呈现,明确证实了杂交种的真实性。本研究为今后油橄榄远缘杂交育种时杂种的早期鉴定提供了技术支持。

关键词：油橄榄尖叶木樨榄杂交种种间杂交 SSR

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