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分子植物育种 2022年第23期20卷 7737-7750页

作者：徐令文王毅王丽娟郝佳波张雨李贤忠陆斌西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsW... 详细信息

WRKY是一类存在于植物中的转录因子,参与激素调节通路,与植物生长发育有关。基于深纹核桃转录组测序数据,本研究利用NCBI在线工具筛选蛋白结构域,获得深纹核桃WRKY转录因子基因序列。通过生物信息学方法进行分析,结果表明,共发掘88个JsWRKY转录因子,根据结构域数目和锌指结构可以分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,氨基酸大小为104~981 aa,平均分子质量为45 503.23,平均理论等电点(pI)值为7.334 5,其中88个转录因子脂肪系数(Aliphatic index)均小于100,均不具有信号肽和跨膜结构;87个WRKY转录因子为不稳定蛋白,除了JsWRKY7定位于细胞核和细胞质,其余87个JsWRKY转录因子均定位于细胞核。转录组测序分析显示JsWRKY转录因子在6年生的Juglans sigillata cv. Xixiang嫁接树进行环剥与不进行无环剥、结果的老树3种条件下,除了3个基因(JsWRKY19, Js WRKY75, JsWRKY84)不表达,其余基因在茎、叶中的表达均有变化,其中JsWRKY42、JsWRKY18、JsWRKY55、JsWRKY34、JsWRKY88、JsWRKY59、JsWRKY43、JsWRKY78基因只在结果的老树叶片中高表达;JsWRKY32、JsWRKY47、JsWRKY67、JsWRKY51、JsWRKY61、JsWRKY79、JsWRKY9、JsWRKY63、JsWRKY73、JsWRKY44、JsWRKY33、JsWRKY7、JsWRKY68、JsWRKY45仅于无环剥处理的茎中高表达;JsWRKY27、JsWRKY77、JsWRKY86、JsWRKY80只在环剥处理的茎中高表达;JsWRKY20、JsWRKY21、JsWRKY58只在老树的茎、叶中表达;JsWRKY46、JsWRKY65、JsWRKY56只在有环剥、无环剥处理下茎、叶中表达。本研究结果为进一步挖掘JsWRKY转录因子功能及其分子生物学研究奠定了基础,同时为进一步研究其他植物WRKY转录因子的家族特征提供理论依据。

关键词：深纹核桃(Juglans sigillata) 基因组 WRKY转录因子表达分析

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基于积分投影模型预测濒危植物景东翅子树的种群动态

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生态环境学报 2022年第8期31卷 1530-1536页

作者：袁春明杨国平耿云芬张珊珊云南省林业和草原科学院云南昆明650204 国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650204 云南省森林植物培育与利用重点实验室云南昆明650204 中国科学院西双版纳热带植物园云南勐腊666303

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大... 详细信息

了解种群动态及其关键驱动因子对濒危物种的保护至关重要。景东翅子树为国家Ⅱ级重点保护野生植物,按IUCN红色名录濒危等级和标准划分为极危种。生境的丧失及其片断化是该物种濒危的主要威胁因素。该研究主要回答以下2个问题:(1)不同大小的片断和连续森林中景东翅子树的种群动态如何?(2)驱动景东翅子树种群动态变化的关键因子是什么?在不同大小片断(5 hm^(2)和15 hm^(2))和连续森林中分别设立3个50 m×100 m固定样地,调查景东翅子树所有个体的胸径(幼苗和幼树为地径)、繁殖产出、个体的存活及幼苗的补充情况。基于连续3年的种群统计调查及实验数据,建立不同时间段(2018—2019、2019—2020和2020—2021年)上述3种生境中景东翅子树的积分投影模型,同时应用弹性分析方法量化种群统计参数对种群增长率的相对贡献。结果表明,(1)不同时段不同生境中景东翅子树的种群生命率(或统计过程)存在一定差异。3种生境中景东翅子树的死亡个体数为0—2 plant·a^(-1)·hm^(-2),年开花个体数为0—4 plant·a^(-1)·hm^(-2),新增个体数为0—1.3 plant·a^(-1)·hm^(-2)。(2)除5 hm^(2)片断在2020—2021年间受人为影响导致较大下降外,3种生境中景东翅子树种群的增长率等于或趋近于1,说明其种群是稳定的。(3)3个时段3种生境中景东翅子树种群的存活和生长对种群增长率的贡献占99.2%以上,说明种群的存活和生长是驱动种群增长、维持种群稳定的关键因子。研究认为如果没有较大的人为干扰和环境的波动如严重干旱等,3种生境中景东翅子树种群可维持稳定。

关键词：生境片断化濒危植物景东翅子树种群生命率种群动态积分投影模型弹性分析

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思茅松叶绿体基因组密码子偏好性分析

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基因组学与应用生物学 2021年第3期40卷 1278-1283页

作者：原晓龙陈伟王毅李江云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC... 详细信息

密码子偏好性(codon usage bias)是指同义密码子的使用频率不同的现象,该现象广泛存在于植物中。本研究利用CodonW1.4.2和CUSP软件分析思茅松(Pinus kesiya ***)叶绿体基因组的45条CDS,结果显示思茅松叶绿体基因组密码子第三位碱基的GC含量为29.63%,偏好以AT碱基结尾;ENC值在37.66~60.30之间,且ENC值>45的CDS有37个,占总参试基因的82.22%;GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)与GCall均为极显著相关,GC_(3)与ENC呈显著相关。中性绘图分析显示GC_(12)和GC_(3)的相关系数为-0.1114,回归系数为-0.1111;ENC-plot软件分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远;PR2-plot软件分析显示思茅松叶绿体基因组在密码子的碱基使用频率方面,T>A,G>C。这些说明思茅松叶绿体基因密码子偏好性的主要影响因素为选择,突变的作用较小。本研究为思茅松种源选择、系统发育等研究提供科学依据。

关键词：思茅松叶绿体基因组密码子偏好性选择

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滇紫草基因组大小测定

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分子植物育种 2023年

作者：马福仙余姣君原晓龙王毅张汉尧黄冈师范学院生物与农业资源学院云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室

滇紫草(Onosma paniculatum)通常作为紫草(Arnebiae radix)的替代品使用，是云南传统的中药材。本研究首次采用流式细胞术(以玉米(Zea mays)基因组为对照)和高通量测序技术的Survey分析测定滇紫草基因组大小。结果显示，流式细胞术测定... 详细信息

滇紫草(Onosma paniculatum)通常作为紫草(Arnebiae radix)的替代品使用，是云南传统的中药材。本研究首次采用流式细胞术(以玉米(Zea mays)基因组为对照)和高通量测序技术的Survey分析测定滇紫草基因组大小。结果显示，流式细胞术测定的滇紫草基因组大小约为880.20 Mbp；高通量测序获得原始数据64.09 Gb，处理后得到约59.72 Gb的过滤数据(Clean data)，测序质量良好；数据约简法(K-monomeric unit， K-mer)分析预估滇紫草为复杂基因组，大小为848.08 Mbp，杂合度为0.3%，GC含量约为37.17%。分析滇紫草基因组的基本信息，为其后续研究物种进化、基因资源利用和药用成分合成途径等提供科学依据。

关键词：滇紫草流式细胞术 K-mer分析基因组大小

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西南桦基因组调查测序

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分子植物育种 2023年

作者：马福仙董洪进原晓龙耿云芬王毅丁淑金张汉尧黄冈师范学院生物与农业资源学院云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室西南林业大学林学院西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室

西南桦(Betula alnoides)是重要的用材树种，且具有潜在的药用价值。本研究采用流式细胞术(以玉米(Zea mays)基因组为对照)和基于MGISEQ2000测序平台的基因组调查方法测定西南桦基因组大小。结果显示，流式细胞术测定的西南桦基因组大... 详细信息

西南桦(Betula alnoides)是重要的用材树种，且具有潜在的药用价值。本研究采用流式细胞术(以玉米(Zea mays)基因组为对照)和基于MGISEQ2000测序平台的基因组调查方法测定西南桦基因组大小。结果显示，流式细胞术测定的西南桦基因组大小约为1.00 Gb；高通量测序获得原始数据32.82 Gb，处理后得到约30.38 Gb的过滤数据(Clean data)，测序质量良好；数据约简法(K-monomeric unit， K-mer)分析预估西南桦是复杂基因组，为四倍体植物，基因组大小为924.00 Mb，杂合度为3.3%，GC含量约为36.14%。分析西南桦基因组的基本信息，为其后续研究物种进化、倍性水平和全基因组测序等提供科学依据。

关键词：西南桦流式细胞术数据约简法(K-mer)分析基因组大小

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云南沟谷雨林建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性

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南方农业学报 2022年第3期53卷 850-858页

作者：陈少瑜李江陈伟冯弦云南省林业和草原科学院/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业和草原科学院林业研究所云南昆明650201 云南省林业和草原科学院林产化工研究所云南昆明650201

【目的】了解云南特有的沟谷雨林主要建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性及遗传结构特征,为雨林植被恢复的采种规划和恢复效果评估提供重要参考。【方法】采用SSR分子标记技术,检测分析云南省西双版纳州和普洱市思茅区的绒毛番龙眼3个天... 详细信息

【目的】了解云南特有的沟谷雨林主要建群种绒毛番龙眼居群的遗传多样性及遗传结构特征,为雨林植被恢复的采种规划和恢复效果评估提供重要参考。【方法】采用SSR分子标记技术,检测分析云南省西双版纳州和普洱市思茅区的绒毛番龙眼3个天然居群和1个人工居群共82个样本的SSR多态性,采用POPGENE v.1.32、GenAlEx 6.501和STRUCTURE 2.3.3等进行遗传多样性及遗传结构分析。【结果】19对SSR引物共检测到88个等位基因,每对引物平均4.632个,19个位点的Shannon’s信息指数(I)变化范围为0.264~1.687,平均为0.879;多态信息指数(PIC)变化范围为0.128~0.729,平均为0.422,期望杂合度(He)的变化范围为0.138~0.765,平均为0.473;4个居群I和He的均值分别为0.785,0.437。19个位点的遗传分化系数(F_(ST))均值为0.069,基因流(Nm)的均值为3.363。STRUCTURE分析将绒毛番龙眼4个居群82个样本分为4个类群,基于遗传距离的UPGMA聚类显示4个居群聚为2个分支,菜阳河天然林居群、普文人工林居群和普文天然林居群聚为一支,勐养镇天然林居群单独为另一支。【结论】绒毛番龙眼的遗传多样性处于中等水平;居群间的遗传分化较低,遗传变异主要来源于居群内;建议特别关注居群内个体的选择和保护,在沟谷雨林植被恢复中设定天然居群多样性水平的恢复目标,并通过科学的采种规划实现这一目标。

关键词：绒毛番龙眼 SSR分子标记珍稀濒危树种沟谷雨林建群种遗传多样性

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桑黄聚酮合酶基因的全基因组挖掘及表达分析

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分子植物育种 2022年

作者：余姣君原晓龙王毅李云琴毕玮杨焱黄冈师范学院生物与农业资源学院云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室上海市农业科学院食用菌研究所

聚酮类化合物是一类具有重要生物活性的天然次生代谢产物。本研究从桑黄基因组中挖掘得到4条PKS基因，克隆获得其全长cDNA后对它们进行生物信息学分析，并检测其在含不同碳氮源添加物培养基上的具体表达情况。结果显示，这4个蛋白序列... 详细信息

聚酮类化合物是一类具有重要生物活性的天然次生代谢产物。本研究从桑黄基因组中挖掘得到4条PKS基因，克隆获得其全长cDNA后对它们进行生物信息学分析，并检测其在含不同碳氮源添加物培养基上的具体表达情况。结果显示，这4个蛋白序列均含有β-酮基合成酶(DTACSSSL)、酰基转移酶(GHSXGET)、酰基载体蛋白(LGLDRAH)等3个保守的结构域基序。聚类分析显示SsPKS1、SsPKS2及其他真菌PKS聚为一支，它们的结构域顺序为SAT-KS-AT-ACP；SsPKS3与暴马桑黄、茶褐根腐菌的PKS，及其他小菇属的hispidin合成酶聚为一支，它们的结构域组成为CaiC-P-KS-AT-ACP；SsPKS4与其他锈革孔菌科、曲霉属等其它真菌聚为一支，其结构域组织顺序为SAT-KS-AT-ACP-ACP-TE。结合基因簇分析结果，SsPKS3基因簇的核心基因为Hispidin合成酶，其可能产物为hispidin；SsPKS4与暴马桑黄LNZH02000005.1 contig的基因簇基本一致，其可能化合物为真菌色素。基因表达结果显示桑树桑黄基因组中的SsPKS3基因在以乳糖为主要碳源、以麦芽浸粉为主要氮源的培养基上表达量最高，且高于其他3个PKS基因。本研究为桑黄中聚酮化合物与具体基因相互关联，化合物分离和异源表达奠定基础。

关键词：桑黄聚酮合酶生物信息学分析基因表达 Hispidin

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长瓣万代兰——中国万代兰属(兰科)一新记录种

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西部林业科学 2023年第6期52卷 128-131页

作者：念松华和凤美蒋宏云南农业大学园林园艺学院云南昆明650201 云南省林业和草原科学院云南昆明650201 云南省森林植物培育与开发利用重点实验/国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201 云南省高黎贡山生物多样性重点实验室云南昆明650201 高黎贡山森林生态系统云南省野外科学观测研究站云南保山678000

报道了在中国、印度发现的兰科万代兰属一新记录种——长瓣万代兰。该种与叉唇万代兰相似,但长瓣万代兰花瓣狭长圆形;唇瓣侧裂片三角形,先端渐尖,两侧裂片之间呈宽囊状较中裂片宽,中裂片卵形,顶端3裂与后者相区别。本文描述了新记录种... 详细信息

报道了在中国、印度发现的兰科万代兰属一新记录种——长瓣万代兰。该种与叉唇万代兰相似,但长瓣万代兰花瓣狭长圆形;唇瓣侧裂片三角形,先端渐尖,两侧裂片之间呈宽囊状较中裂片宽,中裂片卵形,顶端3裂与后者相区别。本文描述了新记录种的形态特征,并提供了彩色图版。同时,讨论了该种的地理分布和受威胁状况。

关键词：长瓣万代兰万代兰属兰科新记录种

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石斛新品种‘云雪檀’和‘鑫禾紫龙’

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园艺学报 2025年第3期52卷 817-818页

作者：江期川钟华杨卫周彬毕玮卢正玖云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室昆明650201 昆明市林业和草原科学研究所昆明650223 德宏鑫禾农业科技开发有限责任公司云南芒市678499

‘云雪檀’和‘鑫禾紫龙’是从浅紫红色花的檀香石斛(Dendrobiumanosmum)自交后代中选育出的不同花色的新品种。茎丛生,圆柱形,茎长33~48 cm,具数节,节间长1.5~2.2 cm,茎粗0.4~0.9 cm,不分枝。叶二列状互生,长椭圆形,长7.1~10.5 cm,宽1.... 详细信息

‘云雪檀’和‘鑫禾紫龙’是从浅紫红色花的檀香石斛(Dendrobiumanosmum)自交后代中选育出的不同花色的新品种。茎丛生,圆柱形,茎长33~48 cm,具数节,节间长1.5~2.2 cm,茎粗0.4~0.9 cm,不分枝。叶二列状互生,长椭圆形,长7.1~10.5 cm,宽1.9~3.4 cm。总状花序,每1~2朵花为一束,花横径6.8~8.2 cm。‘云雪檀’的花萼片、花瓣、唇瓣均呈白色(2015RHS NN155D),唇瓣无眼;‘鑫禾紫龙’的呈深紫红色(2015RHS 64A)。花期4—6月,适宜热带亚热带地区或温室种植。

关键词：石斛檀香石斛杂交品种

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降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析

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广西植物 2021年第4期41卷 622-630页

作者：原晓龙李云琴张劲峰王毅云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依... 详细信息

为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,该文利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1(46.01%)>GC2(38.98%)>GC3(27.80%)。有效密码子数(ENC)范围为37.66~54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU>1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾。这些说明其偏好以A和U结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05~0.05区间外的基因有38个;PR2-plot分析说明在碱基的使用频率方面,U>A、G>C,说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定为最优密码子。该研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。

关键词：降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性选择

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