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西部林业科学 2013年第2期42卷 8-13页

作者：吴涛陈海云陈少瑜宁德鲁冯丹李勇杰张艳丽云南省林业科学院云南昆明650201 国家林业局重点开放性实验室云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201

以文山、广西2个居群6个单株的八角嫩叶为研究材料,以八角叶片基因组DNA为模板,在分析归纳相关树种ISSR-PCR体系的基础上,确定一个反应体系并对ISSR引物库进行筛选,同时结合正交设计针对具体引物进行体系优化。结果表明,八角的ISSR-PCR... 详细信息

以文山、广西2个居群6个单株的八角嫩叶为研究材料,以八角叶片基因组DNA为模板,在分析归纳相关树种ISSR-PCR体系的基础上,确定一个反应体系并对ISSR引物库进行筛选,同时结合正交设计针对具体引物进行体系优化。结果表明,八角的ISSR-PCR反应体系(25μL)为DNA模板0.003～0.016 ng,Taq DNA聚合酶0.5～1.0 U,dNTPs 0.2 mmol.L-1,Mg2+浓度2.5～3.0 mmol.L-1,引物浓度0.6～0.8μmol.L-1。扩增程序为,94℃预变性5 min;94℃变性30 s,引物特异温度退火45 s,72℃延伸1 min,40个循环;72℃最后延伸7min;4℃保存。获得效果稳定并具有多态性的ISSR引物13条。研究结果可为八角遗传多样性分析和种质资源鉴定等研究奠定基础。

关键词：八角 ISSR—PCR 反应体系 DNA模板扩增程序引物筛选

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竹叶花椒查尔酮合成酶基因克隆与表达

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分子植物育种 2020年第16期18卷 5300-5305页

作者：关淑文王毅郝佳波原晓龙陆斌西南林业大学昆明650224 云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

查尔酮合成酶(chalcone synthase, CHS)是植物次生代谢途径中的关键酶。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的CHS基因的全长cDNA序列,命名为ZaCHS (NCBI登录号... 详细信息

查尔酮合成酶(chalcone synthase, CHS)是植物次生代谢途径中的关键酶。本研究依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法成功地从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的CHS基因的全长cDNA序列,命名为ZaCHS (NCBI登录号:MK953733)。序列分析结果表明,ZaCHS包含完整的cDNA开放阅读框(OFR),由1 173 bp组成,编码390个氨基酸。Blast比对结果显示该蛋白属于CHS家族蛋白;系统进化树结果显示竹叶花椒ZaCHS与芸香科植物甜橙、克里曼丁桔等的CHS亲缘关系较近。荧光定量PCR检测显示,ZaCHS在竹叶花椒中的表达量从高到低分别为:嫁接树的叶、嫁接树的茎、实生树的茎、实生树的叶。通过对竹叶花椒CHS基因进行克隆与分析,为后续深入研究竹叶花椒类黄酮代谢途径相关基因、CHS基因表达调控以及CHS基因家族进化提供帮助。

关键词：竹叶花椒查尔酮合成酶嫁接基因功能分析

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竹叶花椒ZaGGPPS基因克隆与表达分析

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广西植物 2021年第4期41卷 598-605页

作者：关淑文王毅郝佳波原晓龙陆斌李贤忠西南林业大学林学院昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室昆明650201

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGG... 详细信息

为了揭示竹叶花椒萜类代谢的分子机理及嫁接对其风味的影响,该文依据转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)中克隆得到一个全新的牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶(GGPPS)基因的全长cDNA序列,命名为ZaGGPPS,并利用NCBI、ProParam、SignalP 4.1 server、DNAMAN和MEGA 7.0软件对ZaGGPPS基因进行生物信息学分析,并比较其在嫁接树和实生树中的表达量。结果表明:ZaGGPPS包含完整的cDNA开放阅读框(OFR),由1086 bp组成,编码361个氨基酸。其蛋白的相对分子量为39079.14 Da,理论等电点pI为6.38。Blast比对结果显示该蛋白质属于GGPPS家族蛋白,含有2个GGPPS蛋白特有的天冬氨酸富集基序,分别是“DDXXXXD”和“DDXXD”,以及5个特征性功能结构域。系统进化树结果显示竹叶花椒与芸香科植物甜橙(Citrus sinensis)、克里曼丁桔(***)、柚子(***)等亲缘关系较近。荧光定量PCR检测显示,ZaGGPPS基因在竹叶花椒中的表达量从高到低分别为实生树的叶、嫁接树的叶、实生树的茎、嫁接树的茎。牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶是竹叶花椒萜类化合物生物合成途径中的关键酶,通过嫁接可影响ZaGGPPS基因在叶和茎中的表达量。该文对竹叶花椒ZaGGPPS基因进行了克隆与分析,为后续深入研究竹叶花椒香气形成的分子机理及利用分子生物学手段选育优良品种提供理论依据。

关键词：竹叶花椒牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合成酶克隆生物信息学分析

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清香桂红色与绿色茎干株系的RAPD差异分析

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云南农业大学学报（自然科学版） 2018年第5期33卷 898-903页

作者：陈海云周筑白平李红永培伟吴涛张学星云南省林业科学院云南昆明650201 云南山川园林有限公司云南昆明650100 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南昆明650201

【目的】分别以红色和绿色茎干的清香桂植株为材料,对其遗传物质进行分子水平上的差异检测。【方法】用混合DNA样品对200个10碱基随机引物进行筛选,然后用筛出的引物对红色和绿色茎干的清香桂单株DNA样品各14个进行RAPD-PCR扩增,对差异... 详细信息

【目的】分别以红色和绿色茎干的清香桂植株为材料,对其遗传物质进行分子水平上的差异检测。【方法】用混合DNA样品对200个10碱基随机引物进行筛选,然后用筛出的引物对红色和绿色茎干的清香桂单株DNA样品各14个进行RAPD-PCR扩增,对差异性条带进行回收测序和核苷酸序列分析。【结果】43个引物在28个样品中具有多态性,8个能在多数红色和绿色茎干植株中产生差异条带,其中3个引物(C06、M09和N10)可稳定地产生清晰的7个差异性条带,且条带C06-350在所有14个红茎植株类型中都出现而在14个绿茎植株中均缺失,其核苷酸序列长度为352～381 bp,在NCBI上未搜索到同源的核苷酸或氨基酸序列。【结论】红茎与绿茎清香桂植株之间发生了遗传变化,C06-350是与清香桂红茎特征紧密联系的1个标记。

关键词：清香桂红色茎干 RAPD

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深纹核桃与防御相关的萜烯合成酶基因鉴定分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 789-797页

作者：徐令文王毅郝佳波张雨赵敏赵川李贤忠陆斌西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均... 详细信息

在深纹核桃(Julans sigillata ***)转录组数据中,鉴定萜烯合成酶的基因家族成员,并使用生物信息学方法分析其理化性质、蛋白结构,对不同状态下的表达模式进行分析.深纹核桃萜烯合成酶基因家族中含有65个基因,所含氨基酸176~852个,平均分子质量62228,平均理论等电点值为5.72,除JsTPS6、JsTPS23、JsTPS56分布于叶绿体和细胞质内,其余均定位于叶绿体.转录组测序分析表明,33个JsTPS基因只在茎中表达,11个JsTPS基因只在叶中表达,JsTPS基因家族表达具有组织特异性.JsTPS66、JsTPS24、JsTPS30、JsTPS3、JsTPS31、JsTPS1基因只在环剥处理试验株的叶中高表达,JsTPS10、JsTPS7只在结果老树的茎、叶中表达,JsTPS70同时在环剥植株的茎和结果老树的叶中表达,且前者表达量高于后者.推测JsTPS70可能参与茎条防御相关生理活动,JsTPS66可能参与叶片防御相关生理活动.

关键词：深纹核桃转录因子萜烯合成酶表达分析

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油橄榄WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第6期50卷 759-766页

作者：王丽娟王毅胡青陆斌李贤忠赵川赵敏冯发玉西南林业大学林学院云南昆明650224 云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南昆明650201

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,... 详细信息

以干旱和水淹胁迫下的‘佛奥’和‘TYZ-1号’2个品种苗木为试材,基于油橄榄全基因组数据,鉴定出106个油橄榄WRKYGQK七肽结构蛋白(WRKY)基因家族成员.利用生物信息学软件进行结构和功能预测,结合油橄榄水分(干旱、水淹)胁迫基因表达谱,分析出7个WRKY转录因子(WRKY14、WRKY51、WRKY77、WRKY91、WRKY66、WRKY1、WRKY92)在‘佛奥’和‘TYZ-1号’中均有高度表达且共同参与干旱和水淹胁迫调控,推测这7个基因可能是油橄榄水分胁迫的主要调节因子.将WRKY蛋白与已知干旱调控的WRKY转录因子构建系统进化树,结果显示,7个与胁迫相关的转录因子中的4个(WRKY14、WRKY51、WRKY91、WRKY92)与已知干旱调控的WRKY基因相似度更高,推测这4个WRKY转录因子可能是参与‘TYZ-1号’干旱调控的主要基因.

关键词：油橄榄 WRKY转录因子生物信息学基因表达谱水分胁迫

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非洲菊对隐地疫霉侵染响应WRKY转录因子的鉴定及表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：卢珍红原晓龙李绅崇单芹丽杨春梅王毅云南省农业科学院花卉研究所云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物资源培育与开发利用重点实验室

WRKY在植物响应生物胁迫和非生物胁迫方面通过调节植物激素信号转导途径发挥重要作用。本研究通过GO、KEGG等常用数据库和本地BLAST对非洲菊全基因组进行比对分析，获得80个非洲菊WRKY基因序列。保守基序、序列比对和聚类分析发现非洲菊... 详细信息

WRKY在植物响应生物胁迫和非生物胁迫方面通过调节植物激素信号转导途径发挥重要作用。本研究通过GO、KEGG等常用数据库和本地BLAST对非洲菊全基因组进行比对分析，获得80个非洲菊WRKY基因序列。保守基序、序列比对和聚类分析发现非洲菊WRKY转录蛋白可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类，均至少含有1个WRKY结构域，WRKY保守基序有WKKY、WCKY和WTKY 3种变型。转录组分析发现存在78个具有表达能力的WRKY基因，2个基因不表达。RT-qPCR分析结果显示GbWRKY51基因显著上调，可能同隐地疫霉菌响应密切相关。蛋白互作分析发现GbWRKY51可能通过调节植保素或乙烯的生物合成来防御隐地疫霉菌胁迫。本研究可为非洲菊WRKY转录因子在抗病、生物胁迫防御响应及功能验证提供数据支持和理论基础。

关键词：非洲菊 WRKY转录因子基因组挖掘隐地疫霉菌 RT-qPCR

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云南热区4种林分土壤有机碳的比较研究

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西部林业科学 2013年第3期42卷 79-85页

作者：陈伟孟梦李江邱琼冯弦杨斌徐玉梅国家林业局重点开放性实验室云南珍稀濒特森林植物保护和繁育实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650201 云南省林业科学院云南昆明650201

以普洱市思茅区清水河13年生西南桦人工林、高阿丁枫人工林、思茅松人工林及思茅松天然林为研究对象,对林分土层0～50 cm土壤有机碳含量及密度进行调查分析。结果表明:(1)土壤有机碳含量、可溶性有机碳含量和土壤微生物量碳含量在4种林... 详细信息

以普洱市思茅区清水河13年生西南桦人工林、高阿丁枫人工林、思茅松人工林及思茅松天然林为研究对象,对林分土层0～50 cm土壤有机碳含量及密度进行调查分析。结果表明:(1)土壤有机碳含量、可溶性有机碳含量和土壤微生物量碳含量在4种林分中均呈随土层深度增加而递减的变化趋势,0～50 cm土层土壤有机碳含量为高阿丁枫人工林>西南桦人工林>思茅松人工林>思茅松天然林,土壤可溶性碳含量为高阿丁枫人工林最大,西南桦人工林最小;土壤微生物量碳主要集中于土壤表层,西南桦人工林土壤微生物量碳含量最高。(2)土壤可溶性碳占土壤有机碳的比值范围为0.32%～1.25%,3种人工林土壤表层微生物量碳占土壤有机碳的比值均大于思茅松天然林,3种人工林均处于碳的积累阶段。(3)0～50 cm土层土壤有机碳密度以思茅松人工林最大,达到85.79 t/hm2;其次为西南桦人工林、高阿丁枫人工林,思茅松天然林最低,为61.36 t/hm2。(4)土壤可溶性碳、土壤微生物量碳与土壤有机碳含量成显著的正相关关系,土壤有机碳和可溶性碳与土壤容重成显著的负相关关系。

关键词：云南热区人工林土壤有机碳

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沉水樟与非生物胁迫相关bHLH基因家族成员鉴定及表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：杨志娟王毅张艺原晓龙王拓璋郑元西南林业大学林学院云南省林业科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室

沉水樟(Cinnamomum micranthum)是重要速生经济树种，也是中国Ⅲ级濒危保护植物。本研究基于沉水樟基因组鉴定出bHLH家族转录因子，并结合转录组测序获得的干旱和低温处理沉水樟的的基因表达谱，从中筛选得到与干旱和低温胁迫响应相关的... 详细信息

沉水樟(Cinnamomum micranthum)是重要速生经济树种，也是中国Ⅲ级濒危保护植物。本研究基于沉水樟基因组鉴定出bHLH家族转录因子，并结合转录组测序获得的干旱和低温处理沉水樟的的基因表达谱，从中筛选得到与干旱和低温胁迫响应相关的bHLHs。结果显示：在沉水樟基因组中共鉴定到158个具有bHLH基因保守结构域的成员(CmbHLH001～CmbHLH158)，平均氨基酸数为371个，其中156个CmbHLHs是不稳定蛋白，且大部分属于亲水蛋白。根据亚细胞定位预测结果显示，大部分CmbHLHs必须在细胞核内才能发挥稳定生物学功能。沉水樟bHLH转录因子基序分析结果表明，158个bHLH都含有保守结构域motif 1和motif 2。基于沉水樟转录组数据的表达谱分析结果，在干旱和低温胁迫下，有16个CmbHLHs表达上调，33个表达下调。其中，CmbHLH123在干旱处理中差异上调倍数最高，CmbHLH049、CmbHLH061、CmbHLH072、CmbHLH080、CmbHLH081、CmbHLH090、CmbHLH112、CmbHLH125、CmbHLH126在干旱和低温胁迫中均显示下调，且在低温处理中差异下调倍数最高；CmbHLH133在干旱和低温同时处理时差异上调倍数最高。本研究为进一步确定bHLHs生物学功能奠定基础。

关键词：沉水樟 bHLH转录因子干旱和低温胁迫表达分析

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濒危植物大果木莲种群格局及濒危原因分析

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植物资源与环境学报 2012年第2期21卷 102-106页

作者：陈少瑜付玉嫔吴涛司马永康郝佳波韩燕云南省林业科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物培育与开发利用重点实验室云南昆明650204 西南林业大学资源学院云南昆明650224

采用径级结构代替年龄结构以及方差均值比率法对木兰科(Magnoliaceae)木莲属(Manglietia Bl.)濒危植物大果木莲(Manglietia grandis Hu et Cheng)种群的年龄结构和种群格局进行了研究,并编制了大果木莲种群的特定时间生命表和存活曲线;... 详细信息

采用径级结构代替年龄结构以及方差均值比率法对木兰科(Magnoliaceae)木莲属(Manglietia Bl.)濒危植物大果木莲(Manglietia grandis Hu et Cheng)种群的年龄结构和种群格局进行了研究,并编制了大果木莲种群的特定时间生命表和存活曲线;结合生殖生物学特征以及遗传多样性研究结果,分析了导致大果木莲濒危的主要原因。根据株高和胸径可分别将大果木莲种群的年龄结构分为5级、高度结构分为6级;在大果木莲的5个年龄结构分级中,成年个体较多,幼年个体较少;其高度结构完整,个体高度主要在20 m以下。种群的方差均值比率为0.838 3,其空间分布格局属于随机分布。根据特定时间生命表可将大果木莲种群的发育分为3个阶段:幼树阶段(年龄级为Ⅱ～Ⅲ级)、成树阶段(年龄级为Ⅲ～Ⅳ级)、老树阶段(年龄级为Ⅳ～Ⅴ级),其中成树阶段个体死亡率最低。大果木莲种群存活曲线接近DeeveyⅠ型,属于衰退型种群。种群自我更新能力差、种子生产力低下、有性生殖困难、生境片断化导致的基因流受限以及人为干扰是大果木莲濒危的主要原因。针对大果木莲濒危现状和致危原因,提出了相应的保护对策和建议。

关键词：大果木莲种群格局年龄结构生命表存活曲线濒危原因

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