为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式，本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列，利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示，非洲菊叶绿体基因组密码子第...
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为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式，本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列，利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示，非洲菊叶绿体基因组密码子第3位的GC含量为27.94%，偏向于以碱基A和U结尾；ENC范围36.02～57.43，平均值为47.66，ENC值>45的基因有40条，密码子的偏性较弱；RSCU值>1.00的密码子有29个。中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析结果显示，自然选择是非洲菊叶绿体基因组密码子使用偏性的主要影响因素。最优密码子为UUG、CUU、AAU、AGA、GGA、UAU、CAU。本研究结果为非洲菊重要经济性状的遗传改良、叶绿体遗传和进化分析提供必要的基础数据。
【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云...
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【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC_(3)(49.39%)45的占86%,表明其密码子的偏性较弱;GC_(12)和GC_(3)的相关性不显著(r=0.1664,b=-0.1577);ENC频数比值分布在-0.05~0.05的基因频率占比57%,说明油麦吊云杉叶绿体基因组CUB受选择影响的同时也受到其他因素影响;油麦吊云杉cpDNA中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。
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